MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Chlamydia trachomatis L2b/UCH-2 complete genome

Total Repeats: 281

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020931	GAAGGA	2	12	1357	1368	50 %	0 %	50 %	0 %	478454032
2	NC_020931	AAAGCT	2	12	5538	5549	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478454036
3	NC_020931	TAGCAA	2	12	11428	11439	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478454042
4	NC_020931	AAAGCT	2	12	11559	11570	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478454042
5	NC_020931	TAGTGA	2	12	12705	12716	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478454043
6	NC_020931	ATATAC	2	12	16572	16583	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478454046
7	NC_020931	GTTCCT	2	12	19990	20001	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478454049
8	NC_020931	CTTTTT	2	12	22144	22155	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478454051
9	NC_020931	GTGAGG	2	12	26074	26085	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	478454052
10	NC_020931	GGATTT	2	12	36551	36562	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478454064
11	NC_020931	AATTAG	2	12	37971	37982	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	478454065
12	NC_020931	TTCCTG	2	12	38270	38281	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478454065
13	NC_020931	TTTTGA	2	12	45507	45518	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	478454071
14	NC_020931	TGAACG	2	12	52917	52928	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478454078
15	NC_020931	GTGATT	2	12	52936	52947	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478454078
16	NC_020931	GGTTCA	2	12	55706	55717	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478454080
17	NC_020931	GAAAAG	2	12	56962	56973	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478454081
18	NC_020931	AGTTGT	2	12	58167	58178	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478454082
19	NC_020931	AGTTGT	2	12	58311	58322	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478454082
20	NC_020931	TCTTGT	2	12	59220	59231	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478454082
21	NC_020931	TCCTAA	2	12	60033	60044	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478454083
22	NC_020931	GTTCTT	2	12	63947	63958	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478454085
23	NC_020931	CTATTT	2	12	72257	72268	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	478454092
24	NC_020931	ACTCTT	2	12	73386	73397	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478454093
25	NC_020931	TTTCTG	2	12	73936	73947	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478454094
26	NC_020931	GATCAT	2	12	74066	74077	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478454094
27	NC_020931	TAGTAC	2	12	77060	77071	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478454095
28	NC_020931	GGTTTA	2	12	80713	80724	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478454098
29	NC_020931	GTCTGT	2	12	83757	83768	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	478454101
30	NC_020931	TTCTGA	2	12	89371	89382	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478454105
31	NC_020931	AAAAGA	2	12	94435	94446	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	478454110
32	NC_020931	AGCTGT	2	12	96528	96539	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478454111
33	NC_020931	TCTTTT	2	12	97193	97204	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478454113
34	NC_020931	GGGGCT	2	12	98141	98152	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	478454113
35	NC_020931	TTTGAG	2	12	100341	100352	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478454115
36	NC_020931	TCAGAA	2	12	106982	106993	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478454120
37	NC_020931	CATAAC	2	12	110026	110037	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	478454123
38	NC_020931	TGTTCT	2	12	112793	112804	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478454125
39	NC_020931	ACTTCG	2	12	116086	116097	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478454127
40	NC_020931	TTGCCA	2	12	119627	119638	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478454132
41	NC_020931	TTGGTA	2	12	121241	121252	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478454134
42	NC_020931	AGGATC	2	12	121620	121631	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478454134
43	NC_020931	AAGGGT	2	12	123427	123438	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	478454135
44	NC_020931	GGGTTT	2	12	124390	124401	0 %	50 %	50 %	0 %	478454136
45	NC_020931	TTGCAT	2	12	124672	124683	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478454136
46	NC_020931	AAGAGA	2	12	125041	125052	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478454136
47	NC_020931	TTAAAA	2	12	133976	133987	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478454143
48	NC_020931	AGGTTG	2	12	135218	135229	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	478454144
49	NC_020931	GAGTTA	2	12	140266	140277	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478454153
50	NC_020931	TGGAAA	2	12	142819	142830	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	478454156
51	NC_020931	TGGAAT	2	12	143694	143705	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478454157
52	NC_020931	ATGGTT	2	12	143938	143949	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478454157
53	NC_020931	TGCTCT	2	12	146130	146141	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478454160
54	NC_020931	GAAAGG	2	12	149868	149879	50 %	0 %	50 %	0 %	478454162
55	NC_020931	GCTTTG	2	12	150111	150122	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	478454162
56	NC_020931	TGTGCG	2	12	154234	154245	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	478454166
57	NC_020931	CCTCAT	2	12	155532	155543	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478454167
58	NC_020931	TGGAGA	2	12	156990	157001	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	478454169
59	NC_020931	CTCCAT	2	12	158359	158370	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478454170
60	NC_020931	TCCTTG	2	12	158955	158966	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478454171
61	NC_020931	AACAGC	2	12	161592	161603	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478454174
62	NC_020931	TAAAAA	2	12	174021	174032	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	478454180
63	NC_020931	AAAAAG	2	12	174188	174199	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	478454181
64	NC_020931	ATTTGC	2	12	189310	189321	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478454194
65	NC_020931	AAACAT	2	12	190404	190415	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	478454196
66	NC_020931	AGCAAC	2	12	190739	190750	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478454196
67	NC_020931	TCTGGA	2	12	196010	196021	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478454202
68	NC_020931	CTGGAT	2	12	211601	211612	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478454215
69	NC_020931	GAAATA	2	12	211924	211935	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	478454215
70	NC_020931	GATGCA	2	12	218817	218828	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478454222
71	NC_020931	ACTCCA	2	12	219707	219718	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	478454223
72	NC_020931	CTGCTT	2	12	219939	219950	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478454223
73	NC_020931	ATTGCT	2	12	223248	223259	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478454226
74	NC_020931	TCCTAG	2	12	223538	223549	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478454226
75	NC_020931	GCAACG	2	12	224026	224037	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478454227
76	NC_020931	CTTAGC	2	12	226658	226669	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478454229
77	NC_020931	TTCCTT	2	12	233490	233501	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478454234
78	NC_020931	TCTCCT	2	12	236371	236382	0 %	50 %	0 %	50 %	478454235
79	NC_020931	CCTGCA	2	12	252346	252357	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478454254
80	NC_020931	ACCTTT	2	12	257541	257552	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478454259
81	NC_020931	TCATAA	2	12	265387	265398	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478454266
82	NC_020931	AAGTGT	2	12	266113	266124	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478454266
83	NC_020931	ATCTAA	2	12	269389	269400	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478454269
84	NC_020931	TGGAAT	2	12	271587	271598	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478454271
85	NC_020931	GGAACA	2	12	275474	275485	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	478454273
86	NC_020931	CACGCG	2	12	277847	277858	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	478454275
87	NC_020931	TTTCTT	2	12	278026	278037	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478454275
88	NC_020931	CTCCTA	2	12	282188	282199	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478454278
89	NC_020931	GCAATG	2	12	288307	288318	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478454284
90	NC_020931	CGACAT	2	12	288980	288991	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	478454285
91	NC_020931	CCCTTA	2	12	290434	290445	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478454287
92	NC_020931	AAAATA	2	12	292532	292543	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	478454289
93	NC_020931	ACCACT	2	12	294887	294898	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	478454291
94	NC_020931	CATTGC	2	12	298133	298144	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478454294
95	NC_020931	CCAAAA	2	12	299312	299323	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478454295
96	NC_020931	TCTTTT	2	12	301197	301208	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478454297
97	NC_020931	CAAGAC	2	12	302288	302299	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478454298
98	NC_020931	AGCTTA	2	12	303568	303579	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478454300
99	NC_020931	CAAAGA	2	12	308953	308964	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	478454305
100	NC_020931	ATGGCT	2	12	309569	309580	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478454306
101	NC_020931	TACAAA	2	12	313759	313770	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	478454309
102	NC_020931	TTAATT	2	12	315438	315449	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478454311
103	NC_020931	AAAACA	2	12	318923	318934	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	478454313
104	NC_020931	CAGGAC	2	12	340898	340909	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478454332
105	NC_020931	ATTCAA	2	12	345875	345886	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478454337
106	NC_020931	AGACCG	2	12	345949	345960	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478454337
107	NC_020931	TTCTTA	2	12	357852	357863	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	478454345
108	NC_020931	CAGCCT	2	12	369929	369940	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478454358
109	NC_020931	ATGCTA	2	12	373846	373857	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478454360
110	NC_020931	CAATAG	2	12	380452	380463	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478454363
111	NC_020931	ACTGAA	2	12	380593	380604	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478454363
112	NC_020931	CTGCAC	2	12	380786	380797	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478454363
113	NC_020931	TCCATA	2	12	391145	391156	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478454372
114	NC_020931	TTAGGT	2	12	392496	392507	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478454374
115	NC_020931	AGGGAA	2	12	393822	393833	50 %	0 %	50 %	0 %	478454375
116	NC_020931	CTGAAG	2	12	394657	394668	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478454376
117	NC_020931	TAATCT	2	12	400077	400088	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	478454379
118	NC_020931	GAACAA	2	12	400579	400590	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	478454380
119	NC_020931	CTAAAG	2	12	400962	400973	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478454381
120	NC_020931	CCTTTC	2	12	402126	402137	0 %	50 %	0 %	50 %	478454382
121	NC_020931	TTTTAA	2	12	405990	406001	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478454384
122	NC_020931	ACATGC	2	12	411667	411678	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	478454392
123	NC_020931	GGCTCT	2	12	412402	412413	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478454393
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125	NC_020931	CCCCCA	2	12	415330	415341	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	478454395
126	NC_020931	TTCCTC	2	12	419395	419406	0 %	50 %	0 %	50 %	478454399
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129	NC_020931	TGATAA	2	12	425461	425472	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	478454404
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131	NC_020931	TTCTCC	2	12	439870	439881	0 %	50 %	0 %	50 %	478454418
132	NC_020931	ATGAAG	2	12	448921	448932	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	478454426
133	NC_020931	TAACTC	2	12	449438	449449	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478454426
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136	NC_020931	CCAATA	2	12	457766	457777	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	478454431
137	NC_020931	ATCGGC	2	12	463613	463624	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	478454439
138	NC_020931	TATTGG	2	12	464206	464217	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478454439
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140	NC_020931	TCTTCA	2	12	476979	476990	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478454444
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144	NC_020931	CTGAAG	2	12	492104	492115	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478454457
145	NC_020931	TGAGTA	2	12	492558	492569	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478454457
146	NC_020931	AAACTG	2	12	496005	496016	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478454461
147	NC_020931	GGTAAT	2	12	504343	504354	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478454469
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149	NC_020931	GGTTGT	2	12	507479	507490	0 %	50 %	50 %	0 %	478454473
150	NC_020931	GCTGTT	2	12	509837	509848	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	478454475
151	NC_020931	CTCTAT	2	12	513330	513341	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478454479
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153	NC_020931	TAATTC	2	12	515159	515170	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	478454480
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163	NC_020931	CTTCCT	2	12	538835	538846	0 %	50 %	0 %	50 %	478454500
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180	NC_020931	CTGCTC	2	12	597521	597532	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	478454568
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185	NC_020931	ACTGTA	2	12	616086	616097	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478454584
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201	NC_020931	AGCTGG	3	18	684075	684092	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	478454645
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215	NC_020931	ATGCAA	2	12	761617	761628	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478454706
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219	NC_020931	ATGAAG	2	12	780723	780734	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	478454721
220	NC_020931	ATTAGG	2	12	786507	786518	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478454726
221	NC_020931	CCCTGA	2	12	789503	789514	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478454729
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223	NC_020931	AAGCTC	2	12	792664	792675	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	478454732
224	NC_020931	TTTCTT	2	12	795527	795538	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478454734
225	NC_020931	AGAAAT	2	12	798717	798728	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	478454737
226	NC_020931	GAAATT	2	12	800331	800342	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	478454739
227	NC_020931	TAGCCT	2	12	803960	803971	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478454740
228	NC_020931	CACCTA	2	12	818522	818533	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	478454750
229	NC_020931	AAGAGG	2	12	824402	824413	50 %	0 %	50 %	0 %	478454754
230	NC_020931	GAAAGG	2	12	829279	829290	50 %	0 %	50 %	0 %	478454759
231	NC_020931	AGCTTC	2	12	830733	830744	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478454760
232	NC_020931	ATCACA	2	12	834837	834848	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	478454765
233	NC_020931	GATCCG	2	12	839446	839457	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	478454769
234	NC_020931	TTATGC	2	12	846396	846407	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478454775
235	NC_020931	ATGGGG	2	12	849430	849441	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	478454778
236	NC_020931	AAAGAA	2	12	849909	849920	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	478454778
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240	NC_020931	GACCTG	2	12	863200	863211	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	478454784
241	NC_020931	GAAGAG	2	12	883665	883676	50 %	0 %	50 %	0 %	478454794
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.