MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Chlamydia trachomatis L2b/UCH-2 complete genome

Total Repeats: 757

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020931	TGTGA	2	10	3878	3887	20 %	40 %	40 %	0 %	478454035
2	NC_020931	TTGAA	2	10	4234	4243	40 %	40 %	20 %	0 %	478454036
3	NC_020931	GAGAA	2	10	4528	4537	60 %	0 %	40 %	0 %	478454036
4	NC_020931	GAAAA	2	10	4965	4974	80 %	0 %	20 %	0 %	478454036
5	NC_020931	TTACA	2	10	5120	5129	40 %	40 %	0 %	20 %	478454036
6	NC_020931	GTCTT	2	10	5816	5825	0 %	60 %	20 %	20 %	478454037
7	NC_020931	TATTT	2	10	7631	7640	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_020931	TGGTA	2	10	8289	8298	20 %	40 %	40 %	0 %	478454039
9	NC_020931	CGAAA	2	10	9697	9706	60 %	0 %	20 %	20 %	478454040
10	NC_020931	GGCTG	2	10	10333	10342	0 %	20 %	60 %	20 %	478454041
11	NC_020931	CCTCT	2	10	11125	11134	0 %	40 %	0 %	60 %	478454042
12	NC_020931	AAAGG	2	10	11284	11293	60 %	0 %	40 %	0 %	478454042
13	NC_020931	AAGAA	2	10	12404	12413	80 %	0 %	20 %	0 %	478454043
14	NC_020931	AAAGA	2	10	13802	13811	80 %	0 %	20 %	0 %	478454044
15	NC_020931	GGTGT	2	10	13906	13915	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
16	NC_020931	GATTT	2	10	15649	15658	20 %	60 %	20 %	0 %	478454046
17	NC_020931	CGTTC	2	10	16760	16769	0 %	40 %	20 %	40 %	478454047
18	NC_020931	GCTTC	2	10	17133	17142	0 %	40 %	20 %	40 %	478454047
19	NC_020931	GAAGG	2	10	17504	17513	40 %	0 %	60 %	0 %	478454047
20	NC_020931	GTTGT	2	10	20930	20939	0 %	60 %	40 %	0 %	478454050
21	NC_020931	AAGAT	2	10	22042	22051	60 %	20 %	20 %	0 %	478454051
22	NC_020931	TTTGC	2	10	22653	22662	0 %	60 %	20 %	20 %	478454051
23	NC_020931	GGAAA	2	10	24407	24416	60 %	0 %	40 %	0 %	478454051
24	NC_020931	AGAGG	2	10	26132	26141	40 %	0 %	60 %	0 %	478454052
25	NC_020931	GGAGA	2	10	27911	27920	40 %	0 %	60 %	0 %	478454053
26	NC_020931	GGATA	2	10	27937	27946	40 %	20 %	40 %	0 %	478454053
27	NC_020931	ATCCG	2	10	28662	28671	20 %	20 %	20 %	40 %	478454055
28	NC_020931	AGGGT	2	10	29180	29189	20 %	20 %	60 %	0 %	478454055
29	NC_020931	CCTAT	2	10	30220	30229	20 %	40 %	0 %	40 %	478454056
30	NC_020931	GAAGG	2	10	31019	31028	40 %	0 %	60 %	0 %	478454057
31	NC_020931	GAGCT	2	10	32059	32068	20 %	20 %	40 %	20 %	478454058
32	NC_020931	AAAGA	2	10	33692	33701	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
33	NC_020931	CTATT	2	10	36733	36742	20 %	60 %	0 %	20 %	478454064
34	NC_020931	TCCTA	2	10	36780	36789	20 %	40 %	0 %	40 %	478454064
35	NC_020931	ACGAT	2	10	38695	38704	40 %	20 %	20 %	20 %	478454065
36	NC_020931	AATTT	2	10	39586	39595	40 %	60 %	0 %	0 %	478454066
37	NC_020931	AGCAA	2	10	42710	42719	60 %	0 %	20 %	20 %	478454068
38	NC_020931	CGATG	2	10	42767	42776	20 %	20 %	40 %	20 %	478454068
39	NC_020931	TGCAA	2	10	42925	42934	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
40	NC_020931	TTTAT	2	10	44770	44779	20 %	80 %	0 %	0 %	478454071
41	NC_020931	CTTTC	2	10	46866	46875	0 %	60 %	0 %	40 %	478454073
42	NC_020931	AGTTT	2	10	47405	47414	20 %	60 %	20 %	0 %	478454073
43	NC_020931	GAAGA	2	10	48538	48547	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
44	NC_020931	CTATT	2	10	50119	50128	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
45	NC_020931	CTTTT	2	10	50570	50579	0 %	80 %	0 %	20 %	478454076
46	NC_020931	CCGTA	2	10	54404	54413	20 %	20 %	20 %	40 %	478454079
47	NC_020931	AATTT	2	10	54644	54653	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_020931	TTATC	2	10	55807	55816	20 %	60 %	0 %	20 %	478454080
49	NC_020931	GTTGT	2	10	56872	56881	0 %	60 %	40 %	0 %	478454081
50	NC_020931	GAGCA	2	10	60379	60388	40 %	0 %	40 %	20 %	478454083
51	NC_020931	TGTGA	2	10	62828	62837	20 %	40 %	40 %	0 %	478454085
52	NC_020931	AGTGA	2	10	64349	64358	40 %	20 %	40 %	0 %	478454086
53	NC_020931	CCTTC	2	10	64623	64632	0 %	40 %	0 %	60 %	478454086
54	NC_020931	AGGAG	2	10	66851	66860	40 %	0 %	60 %	0 %	478454088
55	NC_020931	GTTAA	2	10	66981	66990	40 %	40 %	20 %	0 %	478454088
56	NC_020931	CAAGC	2	10	69347	69356	40 %	0 %	20 %	40 %	478454090
57	NC_020931	AAAAG	2	10	69595	69604	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
58	NC_020931	GGAGC	2	10	70217	70226	20 %	0 %	60 %	20 %	478454091
59	NC_020931	GCGAT	2	10	70407	70416	20 %	20 %	40 %	20 %	478454091
60	NC_020931	CTCTT	2	10	70761	70770	0 %	60 %	0 %	40 %	478454091
61	NC_020931	AGGGG	2	10	71407	71416	20 %	0 %	80 %	0 %	478454091
62	NC_020931	AAGAA	2	10	71449	71458	80 %	0 %	20 %	0 %	478454091
63	NC_020931	CTTGC	2	10	72538	72547	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
64	NC_020931	ATTGG	2	10	72739	72748	20 %	40 %	40 %	0 %	478454093
65	NC_020931	GAAAA	2	10	73811	73820	80 %	0 %	20 %	0 %	478454093
66	NC_020931	TGGGA	2	10	74228	74237	20 %	20 %	60 %	0 %	478454094
67	NC_020931	TATTT	2	10	76755	76764	20 %	80 %	0 %	0 %	478454095
68	NC_020931	AAAAG	2	10	77288	77297	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
69	NC_020931	ATCAA	2	10	78986	78995	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
70	NC_020931	TGTCT	2	10	80550	80559	0 %	60 %	20 %	20 %	478454098
71	NC_020931	TTACT	2	10	81057	81066	20 %	60 %	0 %	20 %	478454098
72	NC_020931	AGAAA	2	10	82447	82456	80 %	0 %	20 %	0 %	478454100
73	NC_020931	GGAAG	2	10	82960	82969	40 %	0 %	60 %	0 %	478454100
74	NC_020931	AGCGA	2	10	85426	85435	40 %	0 %	40 %	20 %	478454102
75	NC_020931	TTTGT	2	10	85725	85734	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
76	NC_020931	GATCC	2	10	86511	86520	20 %	20 %	20 %	40 %	478454103
77	NC_020931	AGAGC	2	10	87846	87855	40 %	0 %	40 %	20 %	478454104
78	NC_020931	AATAA	2	10	88724	88733	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_020931	TTTTC	2	10	91578	91587	0 %	80 %	0 %	20 %	478454107
80	NC_020931	GGATG	2	10	91838	91847	20 %	20 %	60 %	0 %	478454108
81	NC_020931	CAACA	2	10	93377	93386	60 %	0 %	0 %	40 %	478454109
82	NC_020931	ACAGC	2	10	94422	94431	40 %	0 %	20 %	40 %	478454110
83	NC_020931	CTTTT	2	10	94796	94805	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
84	NC_020931	GGAAC	2	10	95134	95143	40 %	0 %	40 %	20 %	478454111
85	NC_020931	GGATT	2	10	96034	96043	20 %	40 %	40 %	0 %	478454111
86	NC_020931	CAATC	2	10	97136	97145	40 %	20 %	0 %	40 %	478454113
87	NC_020931	TTTGC	2	10	97270	97279	0 %	60 %	20 %	20 %	478454113
88	NC_020931	ATTCA	2	10	97534	97543	40 %	40 %	0 %	20 %	478454113
89	NC_020931	GATCC	2	10	97793	97802	20 %	20 %	20 %	40 %	478454113
90	NC_020931	GTTTT	2	10	98214	98223	0 %	80 %	20 %	0 %	478454113
91	NC_020931	ACAAA	2	10	98342	98351	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
92	NC_020931	AAGCT	2	10	99419	99428	40 %	20 %	20 %	20 %	478454114
93	NC_020931	AGGGG	2	10	99778	99787	20 %	0 %	80 %	0 %	478454114
94	NC_020931	ATAGC	2	10	100471	100480	40 %	20 %	20 %	20 %	478454115
95	NC_020931	TTCCC	2	10	101075	101084	0 %	40 %	0 %	60 %	478454116
96	NC_020931	AGCGA	2	10	103399	103408	40 %	0 %	40 %	20 %	478454118
97	NC_020931	TTTCT	2	10	103757	103766	0 %	80 %	0 %	20 %	478454118
98	NC_020931	CTTCT	2	10	103811	103820	0 %	60 %	0 %	40 %	478454118
99	NC_020931	ATCAT	2	10	104963	104972	40 %	40 %	0 %	20 %	478454119
100	NC_020931	GGCAT	2	10	105671	105680	20 %	20 %	40 %	20 %	478454119
101	NC_020931	AAAGC	2	10	109397	109406	60 %	0 %	20 %	20 %	478454122
102	NC_020931	GCATT	2	10	110557	110566	20 %	40 %	20 %	20 %	478454124
103	NC_020931	GCTCT	2	10	114622	114631	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
104	NC_020931	TGTTT	2	10	115246	115255	0 %	80 %	20 %	0 %	478454127
105	NC_020931	CATGT	2	10	115624	115633	20 %	40 %	20 %	20 %	478454127
106	NC_020931	TATCG	2	10	116328	116337	20 %	40 %	20 %	20 %	478454127
107	NC_020931	TTTCT	2	10	116844	116853	0 %	80 %	0 %	20 %	478454128
108	NC_020931	GGAGA	2	10	117040	117049	40 %	0 %	60 %	0 %	478454128
109	NC_020931	AAAGA	2	10	119091	119100	80 %	0 %	20 %	0 %	478454131
110	NC_020931	CCAAT	2	10	122054	122063	40 %	20 %	0 %	40 %	478454134
111	NC_020931	GCTTC	2	10	123155	123164	0 %	40 %	20 %	40 %	478454134
112	NC_020931	TACAA	2	10	126944	126953	60 %	20 %	0 %	20 %	478454138
113	NC_020931	ATCCA	2	10	129351	129360	40 %	20 %	0 %	40 %	478454142
114	NC_020931	GAAGA	2	10	130901	130910	60 %	0 %	40 %	0 %	478454142
115	NC_020931	AAAAG	2	10	132813	132822	80 %	0 %	20 %	0 %	478454143
116	NC_020931	GATTC	2	10	133144	133153	20 %	40 %	20 %	20 %	478454143
117	NC_020931	GGATA	2	10	135762	135771	40 %	20 %	40 %	0 %	478454145
118	NC_020931	ATTGT	2	10	136459	136468	20 %	60 %	20 %	0 %	478454146
119	NC_020931	TTGCA	2	10	137674	137683	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
120	NC_020931	AAGAG	2	10	138926	138935	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
121	NC_020931	TCCAG	2	10	140631	140640	20 %	20 %	20 %	40 %	478454153
122	NC_020931	GTACA	2	10	141362	141371	40 %	20 %	20 %	20 %	478454154
123	NC_020931	TAGAT	2	10	141735	141744	40 %	40 %	20 %	0 %	478454154
124	NC_020931	AAAAG	2	10	142147	142156	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
125	NC_020931	AAAAC	2	10	142627	142636	80 %	0 %	0 %	20 %	478454155
126	NC_020931	TGCTA	2	10	143713	143722	20 %	40 %	20 %	20 %	478454157
127	NC_020931	GGAGC	2	10	143760	143769	20 %	0 %	60 %	20 %	478454157
128	NC_020931	CTGGG	2	10	145175	145184	0 %	20 %	60 %	20 %	478454159
129	NC_020931	GTTTT	2	10	145922	145931	0 %	80 %	20 %	0 %	478454160
130	NC_020931	GAACC	2	10	149656	149665	40 %	0 %	20 %	40 %	478454161
131	NC_020931	ATTCT	2	10	153153	153162	20 %	60 %	0 %	20 %	478454165
132	NC_020931	CTGTG	2	10	153357	153366	0 %	40 %	40 %	20 %	478454165
133	NC_020931	TTCTT	2	10	155830	155839	0 %	80 %	0 %	20 %	478454168
134	NC_020931	AGGAA	2	10	160389	160398	60 %	0 %	40 %	0 %	478454172
135	NC_020931	CAAAA	2	10	162401	162410	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
136	NC_020931	AGAGA	2	10	163629	163638	60 %	0 %	40 %	0 %	478454175
137	NC_020931	AGCAA	2	10	164064	164073	60 %	0 %	20 %	20 %	478454175
138	NC_020931	TATGA	2	10	164488	164497	40 %	40 %	20 %	0 %	478454176
139	NC_020931	CAAAA	2	10	167567	167576	80 %	0 %	0 %	20 %	478454177
140	NC_020931	AAGAG	2	10	168400	168409	60 %	0 %	40 %	0 %	478454177
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153	NC_020931	AGGGG	2	10	183165	183174	20 %	0 %	80 %	0 %	478454187
154	NC_020931	AGAAA	2	10	183333	183342	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
155	NC_020931	TTGAG	2	10	183715	183724	20 %	40 %	40 %	0 %	478454188
156	NC_020931	ATAGA	2	10	183737	183746	60 %	20 %	20 %	0 %	478454188
157	NC_020931	AGAGA	2	10	185820	185829	60 %	0 %	40 %	0 %	478454191
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159	NC_020931	CGATA	2	10	188578	188587	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
160	NC_020931	TATGC	2	10	189529	189538	20 %	40 %	20 %	20 %	478454194
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168	NC_020931	CTAAG	2	10	199271	199280	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
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175	NC_020931	CTTGT	2	10	211274	211283	0 %	60 %	20 %	20 %	478454215
176	NC_020931	TTTCT	2	10	212124	212133	0 %	80 %	0 %	20 %	478454215
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179	NC_020931	GAAAC	2	10	218960	218969	60 %	0 %	20 %	20 %	478454222
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181	NC_020931	TATCT	2	10	221140	221149	20 %	60 %	0 %	20 %	478454224
182	NC_020931	TTTTC	2	10	221342	221351	0 %	80 %	0 %	20 %	478454224
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197	NC_020931	GTATT	2	10	245625	245634	20 %	60 %	20 %	0 %	478454245
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248	NC_020931	TAAAT	2	10	327547	327556	60 %	40 %	0 %	0 %	478454322
249	NC_020931	CTAAA	2	10	328312	328321	60 %	20 %	0 %	20 %	478454323
250	NC_020931	CAAAA	2	10	328792	328801	80 %	0 %	0 %	20 %	478454323
251	NC_020931	GCAAC	2	10	330492	330501	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
252	NC_020931	CTTGT	2	10	330552	330561	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
253	NC_020931	CCTTT	2	10	331011	331020	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
254	NC_020931	CTAAA	2	10	334114	334123	60 %	20 %	0 %	20 %	478454327
255	NC_020931	TCCAA	2	10	334749	334758	40 %	20 %	0 %	40 %	478454327
256	NC_020931	TCCAT	2	10	334832	334841	20 %	40 %	0 %	40 %	478454327
257	NC_020931	CAGAG	2	10	337226	337235	40 %	0 %	40 %	20 %	478454328
258	NC_020931	CTTCA	2	10	338923	338932	20 %	40 %	0 %	40 %	478454330
259	NC_020931	CATTG	2	10	339027	339036	20 %	40 %	20 %	20 %	478454330
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262	NC_020931	ATCTC	2	10	347951	347960	20 %	40 %	0 %	40 %	478454339
263	NC_020931	CCTTC	2	10	350157	350166	0 %	40 %	0 %	60 %	478454339
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266	NC_020931	TAGCA	2	10	354499	354508	40 %	20 %	20 %	20 %	478454340
267	NC_020931	AAGGC	2	10	358765	358774	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
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269	NC_020931	AGTAG	2	10	360951	360960	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
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