MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis L2b/UCH-2 complete genome

Total Repeats: 109

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020931	TATTT	2	10	7631	7640	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_020931	GGTGT	2	10	13906	13915	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
3	NC_020931	AAAGA	2	10	33692	33701	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
4	NC_020931	TGCAA	2	10	42925	42934	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
5	NC_020931	GAAGA	2	10	48538	48547	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
6	NC_020931	CTATT	2	10	50119	50128	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
7	NC_020931	AATTT	2	10	54644	54653	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_020931	AAAAG	2	10	69595	69604	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
9	NC_020931	CTTGC	2	10	72538	72547	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
10	NC_020931	AAAAG	2	10	77288	77297	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
11	NC_020931	ATCAA	2	10	78986	78995	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
12	NC_020931	TTTGT	2	10	85725	85734	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
13	NC_020931	AATAA	2	10	88724	88733	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_020931	CTTTT	2	10	94796	94805	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
15	NC_020931	ACAAA	2	10	98342	98351	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
16	NC_020931	GCTCT	2	10	114622	114631	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
17	NC_020931	TTGCA	2	10	137674	137683	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
18	NC_020931	AAGAG	2	10	138926	138935	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
19	NC_020931	AAAAG	2	10	142147	142156	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
20	NC_020931	CAAAA	2	10	162401	162410	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
21	NC_020931	AGAAA	2	10	183333	183342	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
22	NC_020931	CGATA	2	10	188578	188587	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
23	NC_020931	CTAAG	2	10	199271	199280	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
24	NC_020931	ATTTC	2	10	217799	217808	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
25	NC_020931	CAATA	2	10	220922	220931	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
26	NC_020931	TACAA	2	10	244633	244642	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
27	NC_020931	TTTCA	2	10	260762	260771	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
28	NC_020931	AAAGC	2	10	295588	295597	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
29	NC_020931	TGTTT	2	10	298467	298476	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
30	NC_020931	GCAAC	2	10	330492	330501	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
31	NC_020931	CTTGT	2	10	330552	330561	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
32	NC_020931	CCTTT	2	10	331011	331020	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
33	NC_020931	AAGGC	2	10	358765	358774	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
34	NC_020931	GCTTC	2	10	360874	360883	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
35	NC_020931	AGTAG	2	10	360951	360960	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
36	NC_020931	TCTCT	2	10	364523	364532	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
37	NC_020931	AACAA	2	10	364906	364915	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
38	NC_020931	AAAAC	2	10	365230	365239	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
39	NC_020931	AAGCG	2	10	400745	400754	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
40	NC_020931	TATCT	2	10	406273	406282	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
41	NC_020931	GTATA	2	10	412992	413001	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
42	NC_020931	AGCAA	2	10	413028	413037	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
43	NC_020931	AAAAT	2	10	414877	414886	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_020931	CTCTT	2	10	424946	424955	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
45	NC_020931	TAAAA	2	10	427488	427497	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_020931	AGAAA	2	10	433162	433171	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
47	NC_020931	CTCTT	2	10	433201	433210	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
48	NC_020931	GAAGA	2	10	433211	433220	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
49	NC_020931	AAATT	2	10	433490	433499	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_020931	AATTT	2	10	433511	433520	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_020931	TAAAA	2	10	461723	461732	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_020931	CAAAA	2	10	482130	482139	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
53	NC_020931	AATCT	2	10	499473	499482	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
54	NC_020931	CTTCT	2	10	499686	499695	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
55	NC_020931	TTTCT	2	10	505073	505082	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
56	NC_020931	CCTTT	2	10	506082	506091	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
57	NC_020931	TAAAA	2	10	511097	511106	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_020931	AGGAA	2	10	513081	513090	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
59	NC_020931	ATGAA	2	10	513104	513113	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
60	NC_020931	TCCTC	2	10	514203	514212	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
61	NC_020931	TTGGA	2	10	520544	520553	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
62	NC_020931	CAAAA	2	10	521310	521319	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
63	NC_020931	TTTTC	2	10	533326	533335	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
64	NC_020931	AAAAG	2	10	554593	554602	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
65	NC_020931	GAAAA	2	10	561775	561784	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
66	NC_020931	ATTTT	2	10	563212	563221	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_020931	ATACT	2	10	569285	569294	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
68	NC_020931	TCCCC	2	10	572078	572087	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
69	NC_020931	AAAGG	2	10	578241	578250	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
70	NC_020931	TTTCC	2	10	625858	625867	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
71	NC_020931	TTATT	2	10	645587	645596	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_020931	TCGTC	2	10	646690	646699	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
73	NC_020931	AGAAA	2	10	679255	679264	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
74	NC_020931	TTTAT	2	10	694252	694261	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_020931	TCATG	2	10	694447	694456	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
76	NC_020931	AAAAC	2	10	698559	698568	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
77	NC_020931	GAAAA	2	10	703909	703918	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
78	NC_020931	TTATT	2	10	710971	710980	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_020931	GAAGA	2	10	733873	733882	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
80	NC_020931	TTTCT	2	10	743384	743393	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
81	NC_020931	AGAAT	2	10	756682	756691	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
82	NC_020931	AGGGG	2	10	756913	756922	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
83	NC_020931	AAAAG	2	10	777496	777505	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
84	NC_020931	AGGTA	2	10	780895	780904	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
85	NC_020931	TCCTT	2	10	782078	782087	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
86	NC_020931	CTCCA	2	10	782232	782241	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
87	NC_020931	TTTCT	2	10	801492	801501	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
88	NC_020931	AGAAA	2	10	810024	810033	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
89	NC_020931	AAGAG	2	10	821864	821873	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
90	NC_020931	CTTTT	2	10	856200	856209	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
91	NC_020931	AGAAA	2	10	860551	860560	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
92	NC_020931	CTTTT	2	10	878244	878253	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
93	NC_020931	TAGAA	2	10	886713	886722	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
94	NC_020931	CTTTT	2	10	902747	902756	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
95	NC_020931	TTTTA	2	10	903492	903501	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_020931	AGAGC	2	10	905780	905789	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
97	NC_020931	AAGAG	2	10	925450	925459	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
98	NC_020931	GCTAG	2	10	925476	925485	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
99	NC_020931	TCGTT	2	10	933862	933871	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
100	NC_020931	TTCTT	2	10	936819	936828	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
101	NC_020931	GCCTG	2	10	953178	953187	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
102	NC_020931	CTTCA	2	10	958659	958668	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
103	NC_020931	CTAGT	2	10	965518	965527	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
104	NC_020931	TAAAA	2	10	981513	981522	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_020931	ATAAA	2	10	981544	981553	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_020931	TATTT	2	10	1005111	1005120	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_020931	TAGAA	2	10	1016535	1016544	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
108	NC_020931	TTTTC	2	10	1034856	1034865	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
109	NC_020931	TTTTA	2	10	1038837	1038846	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.