MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Chlamydia trachomatis L2/25667R complete genome

Total Repeats: 759

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020930	TGTGA	2	10	3878	3887	20 %	40 %	40 %	0 %	478446836
2	NC_020930	TTGAA	2	10	4234	4243	40 %	40 %	20 %	0 %	478446837
3	NC_020930	GAGAA	2	10	4528	4537	60 %	0 %	40 %	0 %	478446837
4	NC_020930	GAAAA	2	10	4965	4974	80 %	0 %	20 %	0 %	478446837
5	NC_020930	TTACA	2	10	5120	5129	40 %	40 %	0 %	20 %	478446837
6	NC_020930	GTCTT	2	10	5816	5825	0 %	60 %	20 %	20 %	478446838
7	NC_020930	TATTT	2	10	7631	7640	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_020930	TGGTA	2	10	8289	8298	20 %	40 %	40 %	0 %	478446840
9	NC_020930	CGAAA	2	10	9697	9706	60 %	0 %	20 %	20 %	478446841
10	NC_020930	GGCTG	2	10	10333	10342	0 %	20 %	60 %	20 %	478446842
11	NC_020930	CCTCT	2	10	11125	11134	0 %	40 %	0 %	60 %	478446843
12	NC_020930	AAAGG	2	10	11284	11293	60 %	0 %	40 %	0 %	478446843
13	NC_020930	AAGAA	2	10	12404	12413	80 %	0 %	20 %	0 %	478446844
14	NC_020930	AAAGA	2	10	13802	13811	80 %	0 %	20 %	0 %	478446845
15	NC_020930	GGTGT	2	10	13906	13915	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
16	NC_020930	GATTT	2	10	15649	15658	20 %	60 %	20 %	0 %	478446847
17	NC_020930	CGTTC	2	10	16760	16769	0 %	40 %	20 %	40 %	478446848
18	NC_020930	GCTTC	2	10	17133	17142	0 %	40 %	20 %	40 %	478446848
19	NC_020930	GAAGG	2	10	17504	17513	40 %	0 %	60 %	0 %	478446848
20	NC_020930	GTTGT	2	10	20930	20939	0 %	60 %	40 %	0 %	478446851
21	NC_020930	AAGAT	2	10	22042	22051	60 %	20 %	20 %	0 %	478446852
22	NC_020930	TTTGC	2	10	22653	22662	0 %	60 %	20 %	20 %	478446852
23	NC_020930	GGAAA	2	10	24407	24416	60 %	0 %	40 %	0 %	478446852
24	NC_020930	AGAGG	2	10	26131	26140	40 %	0 %	60 %	0 %	478446853
25	NC_020930	GGAGA	2	10	27910	27919	40 %	0 %	60 %	0 %	478446854
26	NC_020930	GGATA	2	10	27936	27945	40 %	20 %	40 %	0 %	478446854
27	NC_020930	ATCCG	2	10	28661	28670	20 %	20 %	20 %	40 %	478446856
28	NC_020930	AGGGT	2	10	29179	29188	20 %	20 %	60 %	0 %	478446856
29	NC_020930	CCTAT	2	10	30219	30228	20 %	40 %	0 %	40 %	478446857
30	NC_020930	GAAGG	2	10	31018	31027	40 %	0 %	60 %	0 %	478446858
31	NC_020930	GAGCT	2	10	32058	32067	20 %	20 %	40 %	20 %	478446859
32	NC_020930	AAAGA	2	10	33691	33700	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
33	NC_020930	CTATT	2	10	36732	36741	20 %	60 %	0 %	20 %	478446865
34	NC_020930	TCCTA	2	10	36779	36788	20 %	40 %	0 %	40 %	478446865
35	NC_020930	ACGAT	2	10	38694	38703	40 %	20 %	20 %	20 %	478446866
36	NC_020930	AATTT	2	10	39585	39594	40 %	60 %	0 %	0 %	478446867
37	NC_020930	AGCAA	2	10	42709	42718	60 %	0 %	20 %	20 %	478446869
38	NC_020930	CGATG	2	10	42766	42775	20 %	20 %	40 %	20 %	478446869
39	NC_020930	TGCAA	2	10	42924	42933	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
40	NC_020930	TTTAT	2	10	44769	44778	20 %	80 %	0 %	0 %	478446872
41	NC_020930	CTTTC	2	10	46864	46873	0 %	60 %	0 %	40 %	478446874
42	NC_020930	AGTTT	2	10	47403	47412	20 %	60 %	20 %	0 %	478446874
43	NC_020930	GAAGA	2	10	48536	48545	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
44	NC_020930	CTATT	2	10	50120	50129	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
45	NC_020930	CTTTT	2	10	50571	50580	0 %	80 %	0 %	20 %	478446877
46	NC_020930	CCGTA	2	10	54405	54414	20 %	20 %	20 %	40 %	478446880
47	NC_020930	AATTT	2	10	54645	54654	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_020930	TTATC	2	10	55808	55817	20 %	60 %	0 %	20 %	478446881
49	NC_020930	GTTGT	2	10	56873	56882	0 %	60 %	40 %	0 %	478446882
50	NC_020930	GAGCA	2	10	60373	60382	40 %	0 %	40 %	20 %	478446884
51	NC_020930	TGTGA	2	10	62822	62831	20 %	40 %	40 %	0 %	478446886
52	NC_020930	AGTGA	2	10	64343	64352	40 %	20 %	40 %	0 %	478446887
53	NC_020930	CCTTC	2	10	64617	64626	0 %	40 %	0 %	60 %	478446887
54	NC_020930	AGGAG	2	10	66845	66854	40 %	0 %	60 %	0 %	478446889
55	NC_020930	GTTAA	2	10	66975	66984	40 %	40 %	20 %	0 %	478446889
56	NC_020930	CAAGC	2	10	69341	69350	40 %	0 %	20 %	40 %	478446891
57	NC_020930	AAAAG	2	10	69589	69598	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
58	NC_020930	GGAGC	2	10	70211	70220	20 %	0 %	60 %	20 %	478446892
59	NC_020930	GCGAT	2	10	70401	70410	20 %	20 %	40 %	20 %	478446892
60	NC_020930	CTCTT	2	10	70755	70764	0 %	60 %	0 %	40 %	478446892
61	NC_020930	AGGGG	2	10	71401	71410	20 %	0 %	80 %	0 %	478446892
62	NC_020930	AAGAA	2	10	71443	71452	80 %	0 %	20 %	0 %	478446892
63	NC_020930	CTTGC	2	10	72532	72541	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
64	NC_020930	ATTGG	2	10	72733	72742	20 %	40 %	40 %	0 %	478446894
65	NC_020930	GAAAA	2	10	73805	73814	80 %	0 %	20 %	0 %	478446894
66	NC_020930	TGGGA	2	10	74222	74231	20 %	20 %	60 %	0 %	478446895
67	NC_020930	TATTT	2	10	76749	76758	20 %	80 %	0 %	0 %	478446896
68	NC_020930	AAAAG	2	10	77282	77291	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
69	NC_020930	ATCAA	2	10	78980	78989	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
70	NC_020930	TGTCT	2	10	80544	80553	0 %	60 %	20 %	20 %	478446899
71	NC_020930	TTACT	2	10	81051	81060	20 %	60 %	0 %	20 %	478446899
72	NC_020930	AGAAA	2	10	82441	82450	80 %	0 %	20 %	0 %	478446901
73	NC_020930	GGAAG	2	10	82954	82963	40 %	0 %	60 %	0 %	478446901
74	NC_020930	AGCGA	2	10	85420	85429	40 %	0 %	40 %	20 %	478446903
75	NC_020930	TTTGT	2	10	85719	85728	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
76	NC_020930	GATCC	2	10	86505	86514	20 %	20 %	20 %	40 %	478446904
77	NC_020930	AGAGC	2	10	87840	87849	40 %	0 %	40 %	20 %	478446905
78	NC_020930	AATAA	2	10	88718	88727	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_020930	TTTTC	2	10	91572	91581	0 %	80 %	0 %	20 %	478446908
80	NC_020930	GGATG	2	10	91832	91841	20 %	20 %	60 %	0 %	478446909
81	NC_020930	CAACA	2	10	93371	93380	60 %	0 %	0 %	40 %	478446910
82	NC_020930	ACAGC	2	10	94416	94425	40 %	0 %	20 %	40 %	478446911
83	NC_020930	CTTTT	2	10	94790	94799	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
84	NC_020930	GGAAC	2	10	95128	95137	40 %	0 %	40 %	20 %	478446912
85	NC_020930	GGATT	2	10	96028	96037	20 %	40 %	40 %	0 %	478446912
86	NC_020930	CAATC	2	10	97130	97139	40 %	20 %	0 %	40 %	478446914
87	NC_020930	TTTGC	2	10	97264	97273	0 %	60 %	20 %	20 %	478446914
88	NC_020930	ATTCA	2	10	97528	97537	40 %	40 %	0 %	20 %	478446914
89	NC_020930	GATCC	2	10	97787	97796	20 %	20 %	20 %	40 %	478446914
90	NC_020930	GTTTT	2	10	98208	98217	0 %	80 %	20 %	0 %	478446914
91	NC_020930	ACAAA	2	10	98335	98344	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
92	NC_020930	AAGCT	2	10	99412	99421	40 %	20 %	20 %	20 %	478446915
93	NC_020930	ATAGC	2	10	100464	100473	40 %	20 %	20 %	20 %	478446916
94	NC_020930	TTCCC	2	10	101068	101077	0 %	40 %	0 %	60 %	478446917
95	NC_020930	AGCGA	2	10	103392	103401	40 %	0 %	40 %	20 %	478446919
96	NC_020930	TTTCT	2	10	103750	103759	0 %	80 %	0 %	20 %	478446919
97	NC_020930	CTTCT	2	10	103804	103813	0 %	60 %	0 %	40 %	478446919
98	NC_020930	ATCAT	2	10	104956	104965	40 %	40 %	0 %	20 %	478446920
99	NC_020930	GGCAT	2	10	105664	105673	20 %	20 %	40 %	20 %	478446920
100	NC_020930	AAAGC	2	10	109390	109399	60 %	0 %	20 %	20 %	478446923
101	NC_020930	GCATT	2	10	110550	110559	20 %	40 %	20 %	20 %	478446925
102	NC_020930	GCTCT	2	10	114615	114624	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
103	NC_020930	TGTTT	2	10	115239	115248	0 %	80 %	20 %	0 %	478446928
104	NC_020930	CATGT	2	10	115617	115626	20 %	40 %	20 %	20 %	478446928
105	NC_020930	TATCG	2	10	116321	116330	20 %	40 %	20 %	20 %	478446928
106	NC_020930	TTTCT	2	10	116837	116846	0 %	80 %	0 %	20 %	478446929
107	NC_020930	GGAGA	2	10	117033	117042	40 %	0 %	60 %	0 %	478446929
108	NC_020930	AAAGA	2	10	119084	119093	80 %	0 %	20 %	0 %	478446932
109	NC_020930	CCAAT	2	10	122047	122056	40 %	20 %	0 %	40 %	478446935
110	NC_020930	GCTTC	2	10	123148	123157	0 %	40 %	20 %	40 %	478446935
111	NC_020930	TACAA	2	10	126937	126946	60 %	20 %	0 %	20 %	478446939
112	NC_020930	ATCCA	2	10	129344	129353	40 %	20 %	0 %	40 %	478446943
113	NC_020930	GAAGA	2	10	130894	130903	60 %	0 %	40 %	0 %	478446943
114	NC_020930	AAAAG	2	10	132806	132815	80 %	0 %	20 %	0 %	478446944
115	NC_020930	GATTC	2	10	133137	133146	20 %	40 %	20 %	20 %	478446944
116	NC_020930	GGATA	2	10	135755	135764	40 %	20 %	40 %	0 %	478446946
117	NC_020930	ATTGT	2	10	136452	136461	20 %	60 %	20 %	0 %	478446947
118	NC_020930	TGTTT	2	10	136878	136887	0 %	80 %	20 %	0 %	478446948
119	NC_020930	TTGCA	2	10	137668	137677	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
120	NC_020930	AAGAG	2	10	138920	138929	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
121	NC_020930	TCCAG	2	10	140625	140634	20 %	20 %	20 %	40 %	478446954
122	NC_020930	GTACA	2	10	141356	141365	40 %	20 %	20 %	20 %	478446955
123	NC_020930	TAGAT	2	10	141729	141738	40 %	40 %	20 %	0 %	478446955
124	NC_020930	AAAAG	2	10	142141	142150	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
125	NC_020930	AAAAC	2	10	142621	142630	80 %	0 %	0 %	20 %	478446956
126	NC_020930	TGCTA	2	10	143707	143716	20 %	40 %	20 %	20 %	478446958
127	NC_020930	GGAGC	2	10	143754	143763	20 %	0 %	60 %	20 %	478446958
128	NC_020930	CTGGG	2	10	145169	145178	0 %	20 %	60 %	20 %	478446960
129	NC_020930	GTTTT	2	10	145916	145925	0 %	80 %	20 %	0 %	478446961
130	NC_020930	GAACC	2	10	149650	149659	40 %	0 %	20 %	40 %	478446962
131	NC_020930	ATTCT	2	10	153147	153156	20 %	60 %	0 %	20 %	478446966
132	NC_020930	CTGTG	2	10	153351	153360	0 %	40 %	40 %	20 %	478446966
133	NC_020930	TTCTT	2	10	155824	155833	0 %	80 %	0 %	20 %	478446969
134	NC_020930	AGGAA	2	10	160383	160392	60 %	0 %	40 %	0 %	478446973
135	NC_020930	CAAAA	2	10	162395	162404	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
136	NC_020930	AGAGA	2	10	163623	163632	60 %	0 %	40 %	0 %	478446976
137	NC_020930	AGCAA	2	10	164058	164067	60 %	0 %	20 %	20 %	478446976
138	NC_020930	TATGA	2	10	164482	164491	40 %	40 %	20 %	0 %	478446977
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152	NC_020930	TGAGT	2	10	182962	182971	20 %	40 %	40 %	0 %	478446988
153	NC_020930	AGAAA	2	10	183330	183339	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
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156	NC_020930	AGAGA	2	10	185815	185824	60 %	0 %	40 %	0 %	478446992
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249	NC_020930	CTAAA	2	10	328309	328318	60 %	20 %	0 %	20 %	478447125
250	NC_020930	CAAAA	2	10	328789	328798	80 %	0 %	0 %	20 %	478447125
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252	NC_020930	CTTGT	2	10	330549	330558	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
253	NC_020930	CCTTT	2	10	331008	331017	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
254	NC_020930	CTAAA	2	10	334111	334120	60 %	20 %	0 %	20 %	478447129
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262	NC_020930	ATCTC	2	10	347948	347957	20 %	40 %	0 %	40 %	478447141
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266	NC_020930	TAGCA	2	10	354496	354505	40 %	20 %	20 %	20 %	478447142
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268	NC_020930	GCTTC	2	10	360873	360882	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
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