MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis L2/25667R complete genome

Total Repeats: 110

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020930	TATTT	2	10	7631	7640	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_020930	GGTGT	2	10	13906	13915	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
3	NC_020930	AAAGA	2	10	33691	33700	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
4	NC_020930	TGCAA	2	10	42924	42933	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
5	NC_020930	GAAGA	2	10	48536	48545	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
6	NC_020930	CTATT	2	10	50120	50129	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
7	NC_020930	AATTT	2	10	54645	54654	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_020930	AAAAG	2	10	69589	69598	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
9	NC_020930	CTTGC	2	10	72532	72541	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
10	NC_020930	AAAAG	2	10	77282	77291	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
11	NC_020930	ATCAA	2	10	78980	78989	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
12	NC_020930	TTTGT	2	10	85719	85728	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
13	NC_020930	AATAA	2	10	88718	88727	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_020930	CTTTT	2	10	94790	94799	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
15	NC_020930	ACAAA	2	10	98335	98344	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
16	NC_020930	GCTCT	2	10	114615	114624	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
17	NC_020930	TTGCA	2	10	137668	137677	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
18	NC_020930	AAGAG	2	10	138920	138929	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
19	NC_020930	AAAAG	2	10	142141	142150	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
20	NC_020930	CAAAA	2	10	162395	162404	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
21	NC_020930	AGAAA	2	10	183330	183339	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
22	NC_020930	CGATA	2	10	188573	188582	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
23	NC_020930	CTAAG	2	10	199266	199275	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
24	NC_020930	ATTTC	2	10	217794	217803	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
25	NC_020930	CAATA	2	10	220917	220926	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
26	NC_020930	TACAA	2	10	244628	244637	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
27	NC_020930	TTTCA	2	10	260757	260766	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
28	NC_020930	AAAGC	2	10	295583	295592	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
29	NC_020930	TGTTT	2	10	298462	298471	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
30	NC_020930	GCAAC	2	10	330489	330498	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
31	NC_020930	CTTGT	2	10	330549	330558	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
32	NC_020930	CCTTT	2	10	331008	331017	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
33	NC_020930	AAGGC	2	10	358762	358771	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
34	NC_020930	GCTTC	2	10	360873	360882	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
35	NC_020930	AGTAG	2	10	360950	360959	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
36	NC_020930	TCTCT	2	10	364521	364530	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
37	NC_020930	AACAA	2	10	364904	364913	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
38	NC_020930	AAAAC	2	10	365228	365237	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
39	NC_020930	AAGCG	2	10	400743	400752	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
40	NC_020930	TATCT	2	10	406271	406280	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
41	NC_020930	GTATA	2	10	412990	412999	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
42	NC_020930	AGCAA	2	10	413026	413035	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
43	NC_020930	AAAAT	2	10	414875	414884	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_020930	CTCTT	2	10	424944	424953	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
45	NC_020930	TAAAA	2	10	427486	427495	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_020930	AGAAA	2	10	433160	433169	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
47	NC_020930	CTCTT	2	10	433199	433208	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
48	NC_020930	GAAGA	2	10	433209	433218	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
49	NC_020930	AAATT	2	10	433488	433497	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_020930	AATTT	2	10	433509	433518	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_020930	TAAAA	2	10	461721	461730	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_020930	CAAAA	2	10	482127	482136	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
53	NC_020930	AATCT	2	10	499469	499478	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
54	NC_020930	CTTCT	2	10	499682	499691	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
55	NC_020930	TTTCT	2	10	505069	505078	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
56	NC_020930	CCTTT	2	10	506078	506087	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
57	NC_020930	TAAAA	2	10	511093	511102	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_020930	AGGAA	2	10	513077	513086	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
59	NC_020930	ATGAA	2	10	513100	513109	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
60	NC_020930	TCCTC	2	10	514199	514208	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
61	NC_020930	TTGGA	2	10	520540	520549	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
62	NC_020930	CAAAA	2	10	521306	521315	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
63	NC_020930	TTTTC	2	10	533332	533341	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
64	NC_020930	AAAAG	2	10	554599	554608	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
65	NC_020930	GAAAA	2	10	561781	561790	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
66	NC_020930	ATTTT	2	10	563218	563227	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_020930	ATACT	2	10	569291	569300	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
68	NC_020930	TCCCC	2	10	572084	572093	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
69	NC_020930	AAAGG	2	10	578247	578256	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
70	NC_020930	TTTCC	2	10	625862	625871	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
71	NC_020930	TTATT	2	10	645591	645600	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_020930	TCGTC	2	10	646694	646703	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
73	NC_020930	AGAAA	2	10	679260	679269	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
74	NC_020930	TTTAT	2	10	694257	694266	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_020930	TCATG	2	10	694452	694461	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
76	NC_020930	AAAAC	2	10	698564	698573	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
77	NC_020930	GAAAA	2	10	703914	703923	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
78	NC_020930	TTATT	2	10	710976	710985	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_020930	GAAGA	2	10	733878	733887	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
80	NC_020930	TTTCT	2	10	743391	743400	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
81	NC_020930	AGAAT	2	10	756689	756698	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
82	NC_020930	AGGGG	2	10	756920	756929	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
83	NC_020930	AAAAG	2	10	777495	777504	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
84	NC_020930	AGGTA	2	10	780894	780903	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
85	NC_020930	TCCTT	2	10	782077	782086	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
86	NC_020930	CTCCA	2	10	782231	782240	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
87	NC_020930	TTTCT	2	10	801502	801511	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
88	NC_020930	AGAAA	2	10	810034	810043	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
89	NC_020930	AAGAG	2	10	821874	821883	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
90	NC_020930	CTTTT	2	10	856199	856208	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
91	NC_020930	AGAAA	2	10	860550	860559	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
92	NC_020930	CTTTT	2	10	878243	878252	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
93	NC_020930	TAGAA	2	10	886712	886721	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
94	NC_020930	CTTTT	2	10	902746	902755	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
95	NC_020930	TTTTA	2	10	903491	903500	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_020930	AGAGC	2	10	905779	905788	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
97	NC_020930	AAGAG	2	10	925449	925458	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
98	NC_020930	GCTAG	2	10	925475	925484	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
99	NC_020930	TCGTT	2	10	933861	933870	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
100	NC_020930	TTCTT	2	10	936818	936827	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
101	NC_020930	GCCTG	2	10	953177	953186	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
102	NC_020930	CTTCA	2	10	958658	958667	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
103	NC_020930	CTAGT	2	10	965516	965525	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
104	NC_020930	TAAAA	2	10	981511	981520	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_020930	ATAAA	2	10	981542	981551	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_020930	TATTT	2	10	1005109	1005118	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_020930	TAGAA	2	10	1016532	1016541	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
108	NC_020930	TTAGA	2	10	1021172	1021181	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
109	NC_020930	TTTTC	2	10	1034831	1034840	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
110	NC_020930	TTTTA	2	10	1038812	1038821	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.