MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis L2/25667R complete genome

Total Repeats: 345

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020930	AAGG	2	8	1906	1913	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2	NC_020930	GGAG	2	8	6903	6910	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
3	NC_020930	TATG	2	8	7552	7559	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
4	NC_020930	ATTT	2	8	7693	7700	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_020930	TTTG	2	8	7785	7792	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
6	NC_020930	TATT	2	8	9908	9915	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_020930	AGAA	2	8	11802	11809	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
8	NC_020930	AAGG	2	8	14038	14045	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
9	NC_020930	CAAA	2	8	16672	16679	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
10	NC_020930	GCCA	2	8	21620	21627	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
11	NC_020930	CGCT	2	8	21868	21875	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
12	NC_020930	TTAA	2	8	21889	21896	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_020930	GTTA	2	8	21926	21933	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
14	NC_020930	GATC	2	8	21981	21988	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
15	NC_020930	ATTG	2	8	28537	28544	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
16	NC_020930	TGTT	2	8	44344	44351	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
17	NC_020930	AATA	2	8	44582	44589	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_020930	AAGT	2	8	48503	48510	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
19	NC_020930	TATT	2	8	52769	52776	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_020930	GTTT	2	8	54629	54636	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
21	NC_020930	TGTT	2	8	54637	54644	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
22	NC_020930	TAAT	2	8	54681	54688	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_020930	ACAA	2	8	67989	67996	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
24	NC_020930	AAGG	2	8	68087	68094	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
25	NC_020930	GATA	2	8	72556	72563	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
26	NC_020930	TCTA	2	8	77215	77222	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
27	NC_020930	GTTT	2	8	79989	79996	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
28	NC_020930	GGTT	2	8	80344	80351	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
29	NC_020930	GTTT	2	8	88651	88658	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
30	NC_020930	TTTA	2	8	88674	88681	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_020930	GTTT	2	8	88686	88693	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
32	NC_020930	GTTT	2	8	88737	88744	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
33	NC_020930	AACA	2	8	88750	88757	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
34	NC_020930	GAAT	2	8	91004	91011	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
35	NC_020930	AAGT	2	8	91036	91043	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
36	NC_020930	AAAT	2	8	94282	94289	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_020930	CATT	2	8	94929	94936	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
38	NC_020930	TATT	2	8	98312	98319	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_020930	GATA	2	8	100201	100208	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
40	NC_020930	AAGA	2	8	107294	107301	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
41	NC_020930	CTGG	2	8	121008	121015	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
42	NC_020930	TTCC	2	8	123205	123212	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
43	NC_020930	GTTT	2	8	135582	135589	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
44	NC_020930	ATCT	2	8	152302	152309	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
45	NC_020930	GCTG	2	8	152341	152348	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
46	NC_020930	TGTT	2	8	157916	157923	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
47	NC_020930	AAAG	2	8	158758	158765	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
48	NC_020930	TTTA	2	8	158767	158774	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_020930	TAAT	2	8	158884	158891	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_020930	TAAT	2	8	159720	159727	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_020930	GCTT	2	8	162365	162372	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
52	NC_020930	CTTC	2	8	166436	166443	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
53	NC_020930	TTAG	2	8	170844	170851	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
54	NC_020930	AAAC	2	8	172591	172598	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
55	NC_020930	GTAT	2	8	173773	173780	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
56	NC_020930	GGAA	2	8	178959	178966	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
57	NC_020930	TTGA	2	8	180145	180152	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
58	NC_020930	TTCC	2	8	181792	181799	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
59	NC_020930	TCTA	2	8	181860	181867	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
60	NC_020930	AATT	2	8	181994	182001	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_020930	AAGA	2	8	183351	183358	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
62	NC_020930	TCGC	2	8	184213	184220	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
63	NC_020930	AAAC	2	8	188655	188662	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
64	NC_020930	GGAC	2	8	189014	189021	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
65	NC_020930	CTTT	2	8	190225	190232	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
66	NC_020930	ACGA	2	8	199100	199107	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
67	NC_020930	GAAA	2	8	199386	199393	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
68	NC_020930	TAAA	2	8	200186	200193	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_020930	CCTT	2	8	212520	212527	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
70	NC_020930	CTAT	2	8	216246	216253	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
71	NC_020930	GCAA	2	8	216490	216497	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
72	NC_020930	AATT	2	8	217827	217834	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_020930	CTTG	2	8	218176	218183	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
74	NC_020930	AAAC	2	8	221906	221913	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
75	NC_020930	TCCT	2	8	224530	224537	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
76	NC_020930	AAAT	2	8	240145	240152	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_020930	AAGA	2	8	240164	240171	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
78	NC_020930	TTTC	2	8	242765	242772	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
79	NC_020930	TAAA	2	8	243599	243606	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_020930	AATA	2	8	247258	247265	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_020930	GCAG	2	8	248920	248927	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
82	NC_020930	CCAA	2	8	250851	250858	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
83	NC_020930	AAAC	2	8	251459	251466	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
84	NC_020930	TAAA	2	8	260867	260874	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_020930	CAAA	2	8	263802	263809	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
86	NC_020930	ATTT	2	8	270312	270319	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_020930	GTTT	2	8	276154	276161	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
88	NC_020930	AAAG	2	8	276189	276196	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
89	NC_020930	TGCC	2	8	276677	276684	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
90	NC_020930	GGGA	2	8	280525	280532	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
91	NC_020930	TAAA	2	8	281667	281674	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_020930	GATA	2	8	283328	283335	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
93	NC_020930	AATC	2	8	288453	288460	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
94	NC_020930	ACAA	2	8	294220	294227	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
95	NC_020930	GCTT	2	8	295550	295557	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
96	NC_020930	CCCT	2	8	296117	296124	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
97	NC_020930	ACTA	2	8	298366	298373	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
98	NC_020930	TAAA	2	8	298589	298596	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_020930	TCCA	2	8	301748	301755	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
100	NC_020930	TCCC	2	8	301950	301957	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
101	NC_020930	ATTG	2	8	303134	303141	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
102	NC_020930	AATA	2	8	314523	314530	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_020930	TAAA	2	8	314544	314551	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_020930	CAGA	2	8	314552	314559	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
105	NC_020930	AATA	2	8	314619	314626	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_020930	AATT	2	8	318535	318542	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_020930	GCTA	2	8	324923	324930	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
108	NC_020930	TTAA	2	8	330266	330273	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_020930	CAGT	2	8	330611	330618	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
110	NC_020930	CAAG	2	8	336800	336807	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
111	NC_020930	CGAT	2	8	345009	345016	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
112	NC_020930	TTTA	2	8	360306	360313	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_020930	CAAA	2	8	360600	360607	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
114	NC_020930	TAGT	2	8	360911	360918	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
115	NC_020930	GCTT	2	8	364963	364970	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
116	NC_020930	TAAA	2	8	365243	365250	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_020930	AAAT	2	8	366162	366169	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_020930	ATCT	2	8	366217	366224	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
119	NC_020930	TAAA	2	8	377996	378003	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_020930	TTTA	2	8	387964	387971	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_020930	GATT	2	8	388723	388730	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
122	NC_020930	AATT	2	8	388772	388779	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_020930	ATAA	2	8	388832	388839	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_020930	TTAT	2	8	392165	392172	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_020930	GCAA	2	8	392211	392218	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
126	NC_020930	TCAT	2	8	401508	401515	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
127	NC_020930	CAAA	2	8	403644	403651	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
128	NC_020930	AGCA	2	8	408788	408795	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
129	NC_020930	ATTT	2	8	413061	413068	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_020930	AGAA	2	8	413071	413078	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
131	NC_020930	ATTA	2	8	414860	414867	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_020930	GTAA	2	8	423255	423262	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
133	NC_020930	GAAA	2	8	423304	423311	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
134	NC_020930	TTCT	2	8	424923	424930	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
135	NC_020930	AACT	2	8	427155	427162	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
136	NC_020930	CAAA	2	8	427502	427509	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
137	NC_020930	ACTC	2	8	432193	432200	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
138	NC_020930	AAAC	2	8	437225	437232	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
139	NC_020930	AAAT	2	8	437367	437374	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_020930	TAAC	2	8	439933	439940	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
141	NC_020930	AATT	2	8	444797	444804	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_020930	AAAC	2	8	444810	444817	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
143	NC_020930	CTTC	2	8	444952	444959	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
144	NC_020930	TCTT	2	8	450617	450624	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
145	NC_020930	TAAT	2	8	450630	450637	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_020930	GCAA	2	8	454284	454291	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
147	NC_020930	CTTT	2	8	461833	461840	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
148	NC_020930	TTCT	2	8	463274	463281	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
149	NC_020930	CAAA	2	8	463299	463306	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
150	NC_020930	AGAA	2	8	482328	482335	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
151	NC_020930	AACA	2	8	485925	485932	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
152	NC_020930	TAAA	2	8	485988	485995	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.