MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Chlamydia trachomatis L1/115 complete genome

Total Repeats: 280

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020929	GAAGGA	2	12	1357	1368	50 %	0 %	50 %	0 %	478451326
2	NC_020929	AAAGCT	2	12	5538	5549	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478451330
3	NC_020929	TAGCAA	2	12	11428	11439	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478451336
4	NC_020929	AAAGCT	2	12	11559	11570	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478451336
5	NC_020929	TAGTGA	2	12	12705	12716	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478451337
6	NC_020929	ATATAC	2	12	16572	16583	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478451340
7	NC_020929	GTTCCT	2	12	19990	20001	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478451343
8	NC_020929	CTTTTT	2	12	22144	22155	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478451345
9	NC_020929	GTGAGG	2	12	26073	26084	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	478451346
10	NC_020929	GGATTT	2	12	36550	36561	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478451358
11	NC_020929	AATTAG	2	12	37970	37981	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	478451359
12	NC_020929	TTCCTG	2	12	38269	38280	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478451359
13	NC_020929	TTTTGA	2	12	45506	45517	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	478451365
14	NC_020929	TGAACG	2	12	52917	52928	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478451372
15	NC_020929	GTGATT	2	12	52936	52947	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478451372
16	NC_020929	GGTTCA	2	12	55706	55717	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478451374
17	NC_020929	GAAAAG	2	12	56962	56973	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478451375
18	NC_020929	AGTTGT	2	12	58170	58181	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478451376
19	NC_020929	AGTTGT	2	12	58314	58325	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478451376
20	NC_020929	TCTTGT	2	12	59223	59234	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478451376
21	NC_020929	TCCTAA	2	12	60036	60047	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478451377
22	NC_020929	GTTCTT	2	12	63950	63961	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478451379
23	NC_020929	CTATTT	2	12	72260	72271	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	478451386
24	NC_020929	ACTCTT	2	12	73389	73400	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478451387
25	NC_020929	TTTCTG	2	12	73939	73950	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478451388
26	NC_020929	GATCAT	2	12	74069	74080	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478451388
27	NC_020929	TAGTAC	2	12	77063	77074	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478451389
28	NC_020929	GGTTTA	2	12	80716	80727	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478451392
29	NC_020929	GTCTGT	2	12	83760	83771	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	478451395
30	NC_020929	TTCTGA	2	12	89374	89385	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478451399
31	NC_020929	AAAAGA	2	12	94438	94449	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	478451404
32	NC_020929	AGCTGT	2	12	96531	96542	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478451405
33	NC_020929	TCTTTT	2	12	97196	97207	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478451407
34	NC_020929	GGGGCT	2	12	98144	98155	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	478451407
35	NC_020929	TTTGAG	2	12	100343	100354	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478451409
36	NC_020929	TCAGAA	2	12	106984	106995	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478451414
37	NC_020929	CATAAC	2	12	110028	110039	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	478451417
38	NC_020929	TGTTCT	2	12	112795	112806	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478451419
39	NC_020929	ACTTCG	2	12	116088	116099	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478451421
40	NC_020929	TTGCCA	2	12	119629	119640	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478451426
41	NC_020929	TTGGTA	2	12	121243	121254	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478451428
42	NC_020929	AGGATC	2	12	121622	121633	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478451428
43	NC_020929	AAGGGT	2	12	123429	123440	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	478451429
44	NC_020929	GGGTTT	2	12	124392	124403	0 %	50 %	50 %	0 %	478451430
45	NC_020929	TTGCAT	2	12	124674	124685	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478451430
46	NC_020929	AAGAGA	2	12	125043	125054	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478451430
47	NC_020929	TTAAAA	2	12	133978	133989	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478451437
48	NC_020929	AGGTTG	2	12	135220	135231	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	478451438
49	NC_020929	GAGTTA	2	12	140268	140279	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478451447
50	NC_020929	TGGAAA	2	12	142821	142832	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	478451450
51	NC_020929	TGGAAT	2	12	143696	143707	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478451451
52	NC_020929	ATGGTT	2	12	143940	143951	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478451451
53	NC_020929	TGCTCT	2	12	146132	146143	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478451454
54	NC_020929	GAAAGG	2	12	149870	149881	50 %	0 %	50 %	0 %	478451456
55	NC_020929	GCTTTG	2	12	150113	150124	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	478451456
56	NC_020929	TGTGCG	2	12	154236	154247	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	478451460
57	NC_020929	CCTCAT	2	12	155534	155545	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478451461
58	NC_020929	TGGAGA	2	12	156992	157003	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	478451463
59	NC_020929	CTCCAT	2	12	158361	158372	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478451464
60	NC_020929	TCCTTG	2	12	158957	158968	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478451465
61	NC_020929	AACAGC	2	12	161594	161605	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478451468
62	NC_020929	TAAAAA	2	12	174023	174034	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	478451474
63	NC_020929	AAAAAG	2	12	174190	174201	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	478451475
64	NC_020929	ATTTGC	2	12	189259	189270	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478451488
65	NC_020929	AAACAT	2	12	190353	190364	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	478451490
66	NC_020929	AGCAAC	2	12	190688	190699	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478451490
67	NC_020929	TCTGGA	2	12	195958	195969	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478451496
68	NC_020929	CTGGAT	2	12	211549	211560	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478451509
69	NC_020929	GAAATA	2	12	211872	211883	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	478451509
70	NC_020929	GATGCA	2	12	218765	218776	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478451516
71	NC_020929	ACTCCA	2	12	219655	219666	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	478451517
72	NC_020929	CTGCTT	2	12	219887	219898	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478451517
73	NC_020929	ATTGCT	2	12	223196	223207	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478451520
74	NC_020929	TCCTAG	2	12	223486	223497	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478451520
75	NC_020929	GCAACG	2	12	223974	223985	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478451521
76	NC_020929	CTTAGC	2	12	226606	226617	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478451523
77	NC_020929	TTCCTT	2	12	233438	233449	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478451528
78	NC_020929	TCTCCT	2	12	236319	236330	0 %	50 %	0 %	50 %	478451529
79	NC_020929	CCTGCA	2	12	252295	252306	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478451549
80	NC_020929	ACCTTT	2	12	257490	257501	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478451554
81	NC_020929	TCATAA	2	12	265336	265347	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478451561
82	NC_020929	AAGTGT	2	12	266062	266073	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478451561
83	NC_020929	ATCTAA	2	12	269338	269349	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478451564
84	NC_020929	TGGAAT	2	12	271536	271547	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478451566
85	NC_020929	GGAACA	2	12	275423	275434	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	478451568
86	NC_020929	CACGCG	2	12	277796	277807	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	478451570
87	NC_020929	TTTCTT	2	12	277975	277986	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478451570
88	NC_020929	CTCCTA	2	12	282137	282148	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478451573
89	NC_020929	GCAATG	2	12	288256	288267	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478451579
90	NC_020929	CGACAT	2	12	288929	288940	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	478451580
91	NC_020929	CCCTTA	2	12	290383	290394	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478451582
92	NC_020929	AAAATA	2	12	292481	292492	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	478451584
93	NC_020929	ACCACT	2	12	294836	294847	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	478451586
94	NC_020929	CATTGC	2	12	298082	298093	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478451589
95	NC_020929	CCAAAA	2	12	299261	299272	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478451590
96	NC_020929	TCTTTT	2	12	301146	301157	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478451592
97	NC_020929	CAAGAC	2	12	302237	302248	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478451593
98	NC_020929	AGCTTA	2	12	303517	303528	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478451595
99	NC_020929	CAAAGA	2	12	308902	308913	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	478451600
100	NC_020929	ATGGCT	2	12	309518	309529	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478451601
101	NC_020929	TACAAA	2	12	313708	313719	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	478451604
102	NC_020929	TTAATT	2	12	315387	315398	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478451606
103	NC_020929	AAAACA	2	12	318873	318884	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	478451608
104	NC_020929	ATTCAA	2	12	345826	345837	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478451632
105	NC_020929	AGACCG	2	12	345900	345911	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478451632
106	NC_020929	TTCTTA	2	12	357803	357814	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	478451640
107	NC_020929	CAGCCT	2	12	369884	369895	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478451653
108	NC_020929	ATGCTA	2	12	373801	373812	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478451655
109	NC_020929	CAATAG	2	12	380407	380418	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478451658
110	NC_020929	ACTGAA	2	12	380548	380559	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478451658
111	NC_020929	CTGCAC	2	12	380741	380752	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478451658
112	NC_020929	TCCATA	2	12	391100	391111	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478451667
113	NC_020929	TTAGGT	2	12	392451	392462	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478451669
114	NC_020929	AGGGAA	2	12	393777	393788	50 %	0 %	50 %	0 %	478451670
115	NC_020929	CTGAAG	2	12	394612	394623	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478451671
116	NC_020929	TAATCT	2	12	400032	400043	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	478451674
117	NC_020929	GAACAA	2	12	400534	400545	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	478451675
118	NC_020929	CTAAAG	2	12	400917	400928	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478451676
119	NC_020929	CCTTTC	2	12	402081	402092	0 %	50 %	0 %	50 %	478451677
120	NC_020929	TTTTAA	2	12	405945	405956	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478451679
121	NC_020929	ACATGC	2	12	411622	411633	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	478451687
122	NC_020929	GGCTCT	2	12	412357	412368	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478451688
123	NC_020929	ATCTTG	2	12	413951	413962	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478451689
124	NC_020929	CCCCCA	2	12	415285	415296	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	478451690
125	NC_020929	TTCCTC	2	12	419350	419361	0 %	50 %	0 %	50 %	478451694
126	NC_020929	CTCTAC	2	12	422604	422615	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478451696
127	NC_020929	CGGAAT	2	12	423511	423522	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478451698
128	NC_020929	TGATAA	2	12	425416	425427	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	478451699
129	NC_020929	AGCTAA	2	12	427789	427800	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478451702
130	NC_020929	TTCTCC	2	12	439825	439836	0 %	50 %	0 %	50 %	478451713
131	NC_020929	ATGAAG	2	12	448876	448887	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	478451721
132	NC_020929	TAACTC	2	12	449393	449404	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478451721
133	NC_020929	ATCCGC	2	12	450318	450329	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478451721
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135	NC_020929	CCAATA	2	12	457721	457732	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	478451726
136	NC_020929	ATCGGC	2	12	463568	463579	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	478451734
137	NC_020929	TATTGG	2	12	464161	464172	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478451734
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139	NC_020929	TCTTCA	2	12	476933	476944	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478451739
140	NC_020929	CTACAA	2	12	480708	480719	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	478451739
141	NC_020929	CCAATC	2	12	485176	485187	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	478451743
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143	NC_020929	CTGAAG	2	12	492059	492070	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478451752
144	NC_020929	TGAGTA	2	12	492513	492524	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478451752
145	NC_020929	AAACTG	2	12	495960	495971	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478451756
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147	NC_020929	AGTTTT	2	12	505306	505317	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	478451766
148	NC_020929	GGTTGT	2	12	507434	507445	0 %	50 %	50 %	0 %	478451768
149	NC_020929	GCTGTT	2	12	509792	509803	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	478451770
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159	NC_020929	ATGTCA	2	12	530036	530047	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478451784
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162	NC_020929	CTTCCT	2	12	539083	539094	0 %	50 %	0 %	50 %	478451795
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179	NC_020929	CTGCTC	2	12	597769	597780	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	478451863
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184	NC_020929	ACTGTA	2	12	616333	616344	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478451879
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188	NC_020929	CTCGAG	2	12	634620	634631	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	478451896
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214	NC_020929	ATGCAA	2	12	761865	761876	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478452001
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217	NC_020929	TTTCCA	2	12	774357	774368	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478452012
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219	NC_020929	ATTAGG	2	12	786752	786763	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478452021
220	NC_020929	CCCTGA	2	12	789748	789759	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478452024
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222	NC_020929	AAGCTC	2	12	792920	792931	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	478452027
223	NC_020929	TTTCTT	2	12	795783	795794	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478452029
224	NC_020929	AGAAAT	2	12	798973	798984	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	478452032
225	NC_020929	GAAATT	2	12	800587	800598	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	478452034
226	NC_020929	TAGCCT	2	12	804216	804227	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478452035
227	NC_020929	CACCTA	2	12	818778	818789	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	478452045
228	NC_020929	AAGAGG	2	12	824658	824669	50 %	0 %	50 %	0 %	478452049
229	NC_020929	GAAAGG	2	12	829535	829546	50 %	0 %	50 %	0 %	478452054
230	NC_020929	AGCTTC	2	12	830989	831000	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478452055
231	NC_020929	ATCACA	2	12	835093	835104	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	478452060
232	NC_020929	GATCCG	2	12	839702	839713	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	478452064
233	NC_020929	TTATGC	2	12	846640	846651	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478452070
234	NC_020929	ATGGGG	2	12	849674	849685	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	478452073
235	NC_020929	AAAGAA	2	12	850153	850164	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	478452073
236	NC_020929	GGCTAG	2	12	850536	850547	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	478452073
237	NC_020929	GAGAAA	2	12	850583	850594	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478452073
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239	NC_020929	GACCTG	2	12	863444	863455	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	478452079
240	NC_020929	GAAGAG	2	12	883909	883920	50 %	0 %	50 %	0 %	478452089
241	NC_020929	TTTTCT	2	12	886299	886310	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478452090
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251	NC_020929	GACATA	2	12	915838	915849	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478452116
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.