MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis L1/115 complete genome

Total Repeats: 109

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020929	TATTT	2	10	7631	7640	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_020929	GGTGT	2	10	13906	13915	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
3	NC_020929	AAAGA	2	10	33691	33700	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
4	NC_020929	TGCAA	2	10	42924	42933	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
5	NC_020929	GAAGA	2	10	48537	48546	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
6	NC_020929	CTATT	2	10	50119	50128	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
7	NC_020929	AATTT	2	10	54644	54653	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_020929	AAAAG	2	10	69598	69607	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
9	NC_020929	CTTGC	2	10	72541	72550	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
10	NC_020929	AAAAG	2	10	77291	77300	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
11	NC_020929	ATCAA	2	10	78989	78998	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
12	NC_020929	TTTGT	2	10	85728	85737	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
13	NC_020929	AATAA	2	10	88727	88736	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_020929	CTTTT	2	10	94799	94808	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
15	NC_020929	ACAAA	2	10	98344	98353	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
16	NC_020929	GCTCT	2	10	114624	114633	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
17	NC_020929	TTGCA	2	10	137676	137685	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
18	NC_020929	AAGAG	2	10	138928	138937	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
19	NC_020929	AAAAG	2	10	142149	142158	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
20	NC_020929	CAAAA	2	10	162403	162412	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
21	NC_020929	AGAAA	2	10	183284	183293	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
22	NC_020929	CGATA	2	10	188527	188536	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
23	NC_020929	CTAAG	2	10	199219	199228	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
24	NC_020929	ATTTC	2	10	217747	217756	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
25	NC_020929	CAATA	2	10	220870	220879	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
26	NC_020929	TACAA	2	10	244581	244590	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
27	NC_020929	TTTCA	2	10	260711	260720	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
28	NC_020929	AAAGC	2	10	295537	295546	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
29	NC_020929	TGTTT	2	10	298416	298425	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
30	NC_020929	GCAAC	2	10	330443	330452	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
31	NC_020929	CTTGT	2	10	330503	330512	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
32	NC_020929	CCTTT	2	10	330962	330971	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
33	NC_020929	AAGGC	2	10	358716	358725	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
34	NC_020929	GCTTC	2	10	360826	360835	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
35	NC_020929	TCTCT	2	10	364478	364487	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
36	NC_020929	AACAA	2	10	364861	364870	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
37	NC_020929	AAAAC	2	10	365185	365194	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
38	NC_020929	AAGCG	2	10	400700	400709	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
39	NC_020929	TATCT	2	10	406228	406237	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
40	NC_020929	GTATA	2	10	412947	412956	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
41	NC_020929	AGCAA	2	10	412983	412992	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
42	NC_020929	AAAAT	2	10	414832	414841	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_020929	CTCTT	2	10	424901	424910	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
44	NC_020929	TAAAA	2	10	427443	427452	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_020929	AGAAA	2	10	433117	433126	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
46	NC_020929	CTCTT	2	10	433156	433165	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
47	NC_020929	GAAGA	2	10	433166	433175	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
48	NC_020929	AAATT	2	10	433445	433454	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_020929	AATTT	2	10	433466	433475	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_020929	TAAAA	2	10	461678	461687	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_020929	CAAAA	2	10	482084	482093	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
52	NC_020929	AATCT	2	10	499428	499437	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
53	NC_020929	CTTCT	2	10	499641	499650	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
54	NC_020929	TTTCT	2	10	505028	505037	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
55	NC_020929	CCTTT	2	10	506037	506046	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
56	NC_020929	TAAAA	2	10	511052	511061	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_020929	AGGAA	2	10	513036	513045	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
58	NC_020929	ATGAA	2	10	513059	513068	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
59	NC_020929	TCCTC	2	10	514159	514168	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
60	NC_020929	TTGGA	2	10	520500	520509	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
61	NC_020929	CAAAA	2	10	521266	521275	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
62	NC_020929	TTTTC	2	10	533574	533583	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
63	NC_020929	AAAAG	2	10	554841	554850	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
64	NC_020929	GAAAA	2	10	562023	562032	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
65	NC_020929	ATTTT	2	10	563460	563469	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_020929	ATACT	2	10	569533	569542	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
67	NC_020929	TCCCC	2	10	572326	572335	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
68	NC_020929	AAAGG	2	10	578489	578498	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
69	NC_020929	TTTCC	2	10	626105	626114	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
70	NC_020929	TTATT	2	10	645834	645843	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_020929	TCGTC	2	10	646937	646946	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
72	NC_020929	AGAAA	2	10	679503	679512	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
73	NC_020929	TTTAT	2	10	694500	694509	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_020929	TCATG	2	10	694695	694704	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
75	NC_020929	AAAAC	2	10	698806	698815	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
76	NC_020929	GAAAA	2	10	704156	704165	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
77	NC_020929	TTATT	2	10	711218	711227	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_020929	GAAGA	2	10	734119	734128	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
79	NC_020929	TTTCT	2	10	743632	743641	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
80	NC_020929	AGAAT	2	10	756930	756939	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
81	NC_020929	AGGGG	2	10	757161	757170	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
82	NC_020929	AAAAG	2	10	777741	777750	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
83	NC_020929	AGGTA	2	10	781140	781149	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
84	NC_020929	TCCTT	2	10	782323	782332	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
85	NC_020929	CTCCA	2	10	782477	782486	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
86	NC_020929	TTTCT	2	10	801748	801757	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
87	NC_020929	AGAAA	2	10	810280	810289	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
88	NC_020929	AAGAG	2	10	822120	822129	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
89	NC_020929	CTTTT	2	10	856444	856453	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
90	NC_020929	AGAAA	2	10	860795	860804	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
91	NC_020929	CTTTT	2	10	878488	878497	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
92	NC_020929	TAGAA	2	10	886957	886966	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
93	NC_020929	CTTTT	2	10	902991	903000	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
94	NC_020929	TTTTA	2	10	903736	903745	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_020929	AGAGC	2	10	906024	906033	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
96	NC_020929	AAGAG	2	10	925694	925703	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
97	NC_020929	GCTAG	2	10	925720	925729	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
98	NC_020929	TCGTT	2	10	934106	934115	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
99	NC_020929	TTCTT	2	10	937063	937072	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
100	NC_020929	GCCTG	2	10	953422	953431	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
101	NC_020929	CTTCA	2	10	958903	958912	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
102	NC_020929	CTAGT	2	10	965761	965770	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
103	NC_020929	TAAAA	2	10	981756	981765	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_020929	ATAAA	2	10	981787	981796	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_020929	TATTT	2	10	1005354	1005363	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_020929	TAGAA	2	10	1016777	1016786	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
107	NC_020929	TTAGA	2	10	1021417	1021426	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
108	NC_020929	TTTTC	2	10	1035076	1035085	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
109	NC_020929	TTTTA	2	10	1039057	1039066	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.