MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis L1/115 complete genome

Total Repeats: 342

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020929	AAGG	2	8	1906	1913	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2	NC_020929	GGAG	2	8	6903	6910	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
3	NC_020929	TATG	2	8	7552	7559	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
4	NC_020929	ATTT	2	8	7693	7700	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_020929	TTTG	2	8	7785	7792	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
6	NC_020929	TATT	2	8	9908	9915	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_020929	AGAA	2	8	11802	11809	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
8	NC_020929	AAGG	2	8	14038	14045	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
9	NC_020929	CAAA	2	8	16672	16679	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
10	NC_020929	GCCA	2	8	21620	21627	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
11	NC_020929	CGCT	2	8	21868	21875	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
12	NC_020929	TTAA	2	8	21889	21896	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_020929	GTTA	2	8	21926	21933	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
14	NC_020929	GATC	2	8	21981	21988	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
15	NC_020929	ATTG	2	8	28537	28544	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
16	NC_020929	TGTT	2	8	44344	44351	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
17	NC_020929	AATA	2	8	44582	44589	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_020929	AAGT	2	8	48504	48511	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
19	NC_020929	TATT	2	8	52768	52775	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_020929	GTTT	2	8	54628	54635	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
21	NC_020929	TGTT	2	8	54636	54643	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
22	NC_020929	TAAT	2	8	54680	54687	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_020929	CAGA	2	8	61354	61361	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
24	NC_020929	ACAA	2	8	67998	68005	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
25	NC_020929	AAGG	2	8	68096	68103	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
26	NC_020929	GATA	2	8	72565	72572	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
27	NC_020929	TCTA	2	8	77224	77231	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
28	NC_020929	GTTT	2	8	79998	80005	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
29	NC_020929	GGTT	2	8	80353	80360	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
30	NC_020929	GTTT	2	8	88660	88667	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
31	NC_020929	TTTA	2	8	88683	88690	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_020929	GTTT	2	8	88695	88702	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
33	NC_020929	GTTT	2	8	88746	88753	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
34	NC_020929	AACA	2	8	88759	88766	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
35	NC_020929	GAAT	2	8	91013	91020	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
36	NC_020929	AAGT	2	8	91045	91052	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
37	NC_020929	AAAT	2	8	94291	94298	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_020929	CATT	2	8	94938	94945	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
39	NC_020929	TATT	2	8	98321	98328	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_020929	GATA	2	8	100210	100217	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
41	NC_020929	AAGA	2	8	107303	107310	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
42	NC_020929	CTGG	2	8	121017	121024	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
43	NC_020929	TTCC	2	8	123214	123221	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
44	NC_020929	GTTT	2	8	135591	135598	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
45	NC_020929	ATCT	2	8	152310	152317	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
46	NC_020929	GCTG	2	8	152349	152356	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
47	NC_020929	TGTT	2	8	157924	157931	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
48	NC_020929	AAAG	2	8	158766	158773	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
49	NC_020929	TTTA	2	8	158775	158782	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_020929	TAAT	2	8	158892	158899	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_020929	TAAT	2	8	159728	159735	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_020929	GCTT	2	8	162373	162380	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
53	NC_020929	CTTC	2	8	166444	166451	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
54	NC_020929	TTAG	2	8	170852	170859	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
55	NC_020929	AAAC	2	8	172599	172606	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
56	NC_020929	GTAT	2	8	173781	173788	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
57	NC_020929	GGAA	2	8	178967	178974	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
58	NC_020929	TTGA	2	8	180102	180109	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
59	NC_020929	TTCC	2	8	181749	181756	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
60	NC_020929	TCTA	2	8	181817	181824	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
61	NC_020929	AATT	2	8	181951	181958	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_020929	AAGA	2	8	183305	183312	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
63	NC_020929	TCGC	2	8	184167	184174	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
64	NC_020929	AAAC	2	8	188609	188616	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
65	NC_020929	GGAC	2	8	188968	188975	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
66	NC_020929	CTTT	2	8	190180	190187	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
67	NC_020929	ACGA	2	8	199053	199060	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
68	NC_020929	GAAA	2	8	199339	199346	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
69	NC_020929	TAAA	2	8	200139	200146	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_020929	CCTT	2	8	212473	212480	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
71	NC_020929	CTAT	2	8	216199	216206	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
72	NC_020929	GCAA	2	8	216443	216450	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
73	NC_020929	AATT	2	8	217780	217787	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_020929	CTTG	2	8	218129	218136	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
75	NC_020929	AAAC	2	8	221859	221866	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
76	NC_020929	TCCT	2	8	224483	224490	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
77	NC_020929	AAAT	2	8	240098	240105	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_020929	AAGA	2	8	240117	240124	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
79	NC_020929	TTTC	2	8	242718	242725	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
80	NC_020929	TAAA	2	8	243552	243559	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_020929	AATA	2	8	247211	247218	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_020929	GCAG	2	8	248873	248880	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
83	NC_020929	CCAA	2	8	250804	250811	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
84	NC_020929	AAAC	2	8	251412	251419	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
85	NC_020929	TAAA	2	8	260821	260828	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_020929	CAAA	2	8	263756	263763	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
87	NC_020929	ATTT	2	8	270266	270273	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_020929	GTTT	2	8	276108	276115	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
89	NC_020929	AAAG	2	8	276143	276150	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
90	NC_020929	TGCC	2	8	276631	276638	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
91	NC_020929	GGGA	2	8	280479	280486	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
92	NC_020929	TAAA	2	8	281621	281628	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_020929	GATA	2	8	283282	283289	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
94	NC_020929	AATC	2	8	288407	288414	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
95	NC_020929	ACAA	2	8	294174	294181	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
96	NC_020929	GCTT	2	8	295504	295511	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
97	NC_020929	CCCT	2	8	296071	296078	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
98	NC_020929	ACTA	2	8	298320	298327	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
99	NC_020929	TAAA	2	8	298543	298550	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_020929	TCCA	2	8	301702	301709	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
101	NC_020929	TCCC	2	8	301904	301911	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
102	NC_020929	ATTG	2	8	303088	303095	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
103	NC_020929	AATA	2	8	314477	314484	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_020929	TAAA	2	8	314498	314505	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_020929	CAGA	2	8	314506	314513	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
106	NC_020929	AATA	2	8	314573	314580	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_020929	AATT	2	8	318489	318496	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_020929	GCTA	2	8	324877	324884	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
109	NC_020929	TTAA	2	8	330220	330227	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_020929	CAGT	2	8	330565	330572	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
111	NC_020929	CAAG	2	8	336754	336761	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
112	NC_020929	CGAT	2	8	344963	344970	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
113	NC_020929	TTTA	2	8	360260	360267	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_020929	CAAA	2	8	360554	360561	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
115	NC_020929	TAGT	2	8	360864	360871	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
116	NC_020929	GCTT	2	8	364920	364927	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
117	NC_020929	TAAA	2	8	365200	365207	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_020929	AAAT	2	8	366119	366126	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_020929	ATCT	2	8	366174	366181	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
120	NC_020929	TAAA	2	8	377953	377960	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_020929	TTTA	2	8	387921	387928	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_020929	GATT	2	8	388680	388687	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
123	NC_020929	AATT	2	8	388729	388736	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_020929	ATAA	2	8	388789	388796	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_020929	TTAT	2	8	392122	392129	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_020929	GCAA	2	8	392168	392175	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
127	NC_020929	TCAT	2	8	401465	401472	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
128	NC_020929	CAAA	2	8	403601	403608	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
129	NC_020929	ATTT	2	8	413018	413025	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_020929	AGAA	2	8	413028	413035	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
131	NC_020929	ATTA	2	8	414817	414824	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_020929	GTAA	2	8	423212	423219	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
133	NC_020929	GAAA	2	8	423261	423268	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
134	NC_020929	TTCT	2	8	424880	424887	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
135	NC_020929	AACT	2	8	427112	427119	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
136	NC_020929	CAAA	2	8	427459	427466	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
137	NC_020929	ACTC	2	8	432150	432157	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
138	NC_020929	AAAC	2	8	437182	437189	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
139	NC_020929	AAAT	2	8	437324	437331	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_020929	TAAC	2	8	439890	439897	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
141	NC_020929	AATT	2	8	444754	444761	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_020929	AAAC	2	8	444767	444774	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
143	NC_020929	CTTC	2	8	444909	444916	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
144	NC_020929	TCTT	2	8	450574	450581	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
145	NC_020929	TAAT	2	8	450587	450594	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_020929	GCAA	2	8	454241	454248	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
147	NC_020929	CTTT	2	8	461790	461797	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
148	NC_020929	TTCT	2	8	463231	463238	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
149	NC_020929	CAAA	2	8	463256	463263	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
150	NC_020929	AGAA	2	8	482285	482292	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
151	NC_020929	AACA	2	8	485882	485889	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
152	NC_020929	TAAA	2	8	485945	485952	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.