MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Streptomyces hygroscopicus subsp. jinggangensis TL01 plasmid pSHJGH1

Total Repeats: 162

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020894	GACGC	2	10	20	29	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
2	NC_020894	GCAGC	2	10	1901	1910	20 %	0 %	40 %	40 %	474987155
3	NC_020894	CCGGG	2	10	2714	2723	0 %	0 %	60 %	40 %	474987155
4	NC_020894	GGGAC	2	10	2801	2810	20 %	0 %	60 %	20 %	474987155
5	NC_020894	ACCCC	2	10	3196	3205	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
6	NC_020894	CGGGC	2	10	3425	3434	0 %	0 %	60 %	40 %	474987156
7	NC_020894	GGACG	2	10	4621	4630	20 %	0 %	60 %	20 %	474987159
8	NC_020894	CGGCT	2	10	4769	4778	0 %	20 %	40 %	40 %	474987159
9	NC_020894	GCCGG	2	10	4821	4830	0 %	0 %	60 %	40 %	474987159
10	NC_020894	GGCCG	2	10	5200	5209	0 %	0 %	60 %	40 %	474987160
11	NC_020894	GTGTG	2	10	7075	7084	0 %	40 %	60 %	0 %	474987162
12	NC_020894	GCCTG	2	10	7690	7699	0 %	20 %	40 %	40 %	474987162
13	NC_020894	GCCCG	2	10	8377	8386	0 %	0 %	40 %	60 %	474987162
14	NC_020894	GCGGG	2	10	9752	9761	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
15	NC_020894	CACGG	2	10	10956	10965	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
16	NC_020894	CGCAG	2	10	11207	11216	20 %	0 %	40 %	40 %	474987166
17	NC_020894	GACCG	2	10	11232	11241	20 %	0 %	40 %	40 %	474987166
18	NC_020894	CGGGC	2	10	11323	11332	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
19	NC_020894	CGGCC	2	10	11906	11915	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
20	NC_020894	CACCG	2	10	11953	11962	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
21	NC_020894	GTGGA	2	10	12814	12823	20 %	20 %	60 %	0 %	474987169
22	NC_020894	CGTTG	2	10	14676	14685	0 %	40 %	40 %	20 %	474987170
23	NC_020894	ACCTG	2	10	15991	16000	20 %	20 %	20 %	40 %	474987173
24	NC_020894	GAGCT	2	10	16702	16711	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
25	NC_020894	AGCTG	2	10	18169	18178	20 %	20 %	40 %	20 %	474987175
26	NC_020894	TAAGC	2	10	18186	18195	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
27	NC_020894	GTGGG	2	10	18292	18301	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
28	NC_020894	GGGGC	2	10	19089	19098	0 %	0 %	80 %	20 %	474987177
29	NC_020894	GCCGC	2	10	21607	21616	0 %	0 %	40 %	60 %	474987182
30	NC_020894	GGACC	2	10	22318	22327	20 %	0 %	40 %	40 %	474987184
31	NC_020894	GCACC	2	10	22998	23007	20 %	0 %	20 %	60 %	474987184
32	NC_020894	CACCG	2	10	23762	23771	20 %	0 %	20 %	60 %	474987185
33	NC_020894	CGGGT	2	10	24350	24359	0 %	20 %	60 %	20 %	474987186
34	NC_020894	TCCGC	2	10	24368	24377	0 %	20 %	20 %	60 %	474987186
35	NC_020894	CGTGG	2	10	24404	24413	0 %	20 %	60 %	20 %	474987186
36	NC_020894	GCCGC	2	10	24828	24837	0 %	0 %	40 %	60 %	474987187
37	NC_020894	GGCCG	2	10	25456	25465	0 %	0 %	60 %	40 %	474987188
38	NC_020894	GCCGG	2	10	26602	26611	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
39	NC_020894	CCGTG	2	10	29449	29458	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
40	NC_020894	GCGGG	2	10	30573	30582	0 %	0 %	80 %	20 %	474987194
41	NC_020894	TCGTG	2	10	31860	31869	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
42	NC_020894	GTCCA	2	10	32401	32410	20 %	20 %	20 %	40 %	474987196
43	NC_020894	CGGGG	2	10	33413	33422	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
44	NC_020894	CCTGG	2	10	33792	33801	0 %	20 %	40 %	40 %	474987199
45	NC_020894	GCGCG	2	10	34762	34771	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
46	NC_020894	CGAGG	2	10	36663	36672	20 %	0 %	60 %	20 %	474987205
47	NC_020894	CCTCG	2	10	37941	37950	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
48	NC_020894	CTGGC	2	10	38361	38370	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
49	NC_020894	TCCGC	2	10	39568	39577	0 %	20 %	20 %	60 %	474987206
50	NC_020894	AGCAG	2	10	40169	40178	40 %	0 %	40 %	20 %	474987206
51	NC_020894	CGGCG	2	10	40444	40453	0 %	0 %	60 %	40 %	474987207
52	NC_020894	GGGCT	2	10	41600	41609	0 %	20 %	60 %	20 %	474987208
53	NC_020894	GGCCG	2	10	43846	43855	0 %	0 %	60 %	40 %	474987211
54	NC_020894	GCCGC	2	10	46333	46342	0 %	0 %	40 %	60 %	474987213
55	NC_020894	AGGCC	2	10	46387	46396	20 %	0 %	40 %	40 %	474987213
56	NC_020894	ACGCC	2	10	47924	47933	20 %	0 %	20 %	60 %	474987214
57	NC_020894	GCACC	2	10	48584	48593	20 %	0 %	20 %	60 %	474987214
58	NC_020894	TCCCC	2	10	49325	49334	0 %	20 %	0 %	80 %	474987214
59	NC_020894	CGACA	2	10	50263	50272	40 %	0 %	20 %	40 %	474987214
60	NC_020894	CACCC	2	10	51364	51373	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
61	NC_020894	GTCCA	2	10	52063	52072	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
62	NC_020894	GGTGC	2	10	52741	52750	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
63	NC_020894	GATGG	2	10	52838	52847	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
64	NC_020894	CCTGC	2	10	58639	58648	0 %	20 %	20 %	60 %	474987220
65	NC_020894	ACACC	2	10	61237	61246	40 %	0 %	0 %	60 %	474987221
66	NC_020894	CCGGC	2	10	63749	63758	0 %	0 %	40 %	60 %	474987224
67	NC_020894	GCCGG	2	10	64517	64526	0 %	0 %	60 %	40 %	474987225
68	NC_020894	TCCGC	2	10	66180	66189	0 %	20 %	20 %	60 %	474987227
69	NC_020894	GCCCC	2	10	67948	67957	0 %	0 %	20 %	80 %	474987229
70	NC_020894	GCGCC	2	10	69223	69232	0 %	0 %	40 %	60 %	474987232
71	NC_020894	CCCCG	2	10	70198	70207	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
72	NC_020894	CGTCC	2	10	70293	70302	0 %	20 %	20 %	60 %	474987236
73	NC_020894	CGACG	2	10	71743	71752	20 %	0 %	40 %	40 %	474987236
74	NC_020894	ACCTG	2	10	72459	72468	20 %	20 %	20 %	40 %	474987236
75	NC_020894	CGCGG	2	10	73965	73974	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
76	NC_020894	GACCC	2	10	77480	77489	20 %	0 %	20 %	60 %	474987241
77	NC_020894	TCCCC	2	10	77788	77797	0 %	20 %	0 %	80 %	474987241
78	NC_020894	CCGCG	2	10	78134	78143	0 %	0 %	40 %	60 %	474987241
79	NC_020894	GCGCC	2	10	78435	78444	0 %	0 %	40 %	60 %	474987242
80	NC_020894	ACCCC	2	10	78529	78538	20 %	0 %	0 %	80 %	474987242
81	NC_020894	CCGGA	2	10	80619	80628	20 %	0 %	40 %	40 %	474987246
82	NC_020894	CTGGC	2	10	80787	80796	0 %	20 %	40 %	40 %	474987246
83	NC_020894	TCTGG	2	10	83578	83587	0 %	40 %	40 %	20 %	474987248
84	NC_020894	GCCAG	2	10	84556	84565	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
85	NC_020894	CCGTG	2	10	87090	87099	0 %	20 %	40 %	40 %	474987249
86	NC_020894	CGAGC	2	10	87513	87522	20 %	0 %	40 %	40 %	474987250
87	NC_020894	CCCGG	2	10	88192	88201	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
88	NC_020894	ACCTC	2	10	90539	90548	20 %	20 %	0 %	60 %	474987256
89	NC_020894	CGACC	2	10	95356	95365	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
90	NC_020894	CGGCA	2	10	96612	96621	20 %	0 %	40 %	40 %	474987264
91	NC_020894	CTGCC	2	10	97068	97077	0 %	20 %	20 %	60 %	474987264
92	NC_020894	GCCGC	2	10	97302	97311	0 %	0 %	40 %	60 %	474987265
93	NC_020894	GCCGC	2	10	98189	98198	0 %	0 %	40 %	60 %	474987266
94	NC_020894	GCGCC	2	10	98514	98523	0 %	0 %	40 %	60 %	474987267
95	NC_020894	ACGAG	2	10	98772	98781	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
96	NC_020894	GCGCC	2	10	100970	100979	0 %	0 %	40 %	60 %	474987273
97	NC_020894	ACGCC	2	10	101101	101110	20 %	0 %	20 %	60 %	474987273
98	NC_020894	CTCGG	2	10	101744	101753	0 %	20 %	40 %	40 %	474987274
99	NC_020894	GCGCC	2	10	102264	102273	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
100	NC_020894	GGCGC	2	10	102289	102298	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
101	NC_020894	ATCCG	2	10	102349	102358	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
102	NC_020894	ACCCG	2	10	103868	103877	20 %	0 %	20 %	60 %	474987278
103	NC_020894	GGTCA	2	10	106812	106821	20 %	20 %	40 %	20 %	474987281
104	NC_020894	ACGAG	2	10	107503	107512	40 %	0 %	40 %	20 %	474987282
105	NC_020894	CCAGT	2	10	114911	114920	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
106	NC_020894	ACGAC	2	10	120054	120063	40 %	0 %	20 %	40 %	474987284
107	NC_020894	CCGCC	2	10	122051	122060	0 %	0 %	20 %	80 %	474987285
108	NC_020894	GAGCA	2	10	123365	123374	40 %	0 %	40 %	20 %	474987286
109	NC_020894	GGCCT	2	10	124146	124155	0 %	20 %	40 %	40 %	474987286
110	NC_020894	CTGGG	2	10	125548	125557	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
111	NC_020894	GCACG	2	10	128542	128551	20 %	0 %	40 %	40 %	474987291
112	NC_020894	GGATC	2	10	129598	129607	20 %	20 %	40 %	20 %	474987292
113	NC_020894	TCGAC	2	10	129627	129636	20 %	20 %	20 %	40 %	474987292
114	NC_020894	CCGGC	2	10	130708	130717	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
115	NC_020894	GTGGA	2	10	133109	133118	20 %	20 %	60 %	0 %	474987297
116	NC_020894	CGGGC	2	10	135482	135491	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
117	NC_020894	AGGCC	2	10	135697	135706	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
118	NC_020894	CAGCG	2	10	135902	135911	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
119	NC_020894	GGTGC	2	10	136532	136541	0 %	20 %	60 %	20 %	474987303
120	NC_020894	CTGCA	2	10	136554	136563	20 %	20 %	20 %	40 %	474987303
121	NC_020894	ACTCC	2	10	137611	137620	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
122	NC_020894	CGGTG	2	10	137628	137637	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
123	NC_020894	GGTGC	2	10	137672	137681	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
124	NC_020894	CACCG	2	10	137728	137737	20 %	0 %	20 %	60 %	474987305
125	NC_020894	TCCCG	2	10	137891	137900	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
126	NC_020894	GGTGG	2	10	137955	137964	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
127	NC_020894	GGCTG	2	10	138185	138194	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
128	NC_020894	CGCGG	2	10	138960	138969	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
129	NC_020894	GTGCG	2	10	139365	139374	0 %	20 %	60 %	20 %	474987307
130	NC_020894	CAGCA	2	10	139906	139915	40 %	0 %	20 %	40 %	474987308
131	NC_020894	AGCCG	2	10	139954	139963	20 %	0 %	40 %	40 %	474987308
132	NC_020894	CCGCC	2	10	141548	141557	0 %	0 %	20 %	80 %	474987310
133	NC_020894	ACCGG	2	10	141747	141756	20 %	0 %	40 %	40 %	474987310
134	NC_020894	GGTGA	2	10	141999	142008	20 %	20 %	60 %	0 %	474987311
135	NC_020894	CGGAC	2	10	142079	142088	20 %	0 %	40 %	40 %	474987311
136	NC_020894	GCTGC	2	10	143717	143726	0 %	20 %	40 %	40 %	474987313
137	NC_020894	TGCGG	2	10	143858	143867	0 %	20 %	60 %	20 %	474987314
138	NC_020894	CGGGG	2	10	145626	145635	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
139	NC_020894	CTCGT	2	10	145716	145725	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
140	NC_020894	GGCGC	2	10	145742	145751	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
141	NC_020894	GGCGC	2	10	146503	146512	0 %	0 %	60 %	40 %	474987318
142	NC_020894	GTGCG	2	10	148157	148166	0 %	20 %	60 %	20 %	474987320
143	NC_020894	TTGCC	2	10	150431	150440	0 %	40 %	20 %	40 %	474987324
144	NC_020894	GGGGA	2	10	150574	150583	20 %	0 %	80 %	0 %	474987324
145	NC_020894	GCCGG	2	10	151538	151547	0 %	0 %	60 %	40 %	474987326
146	NC_020894	GGCCC	2	10	151898	151907	0 %	0 %	40 %	60 %	474987327
147	NC_020894	AGCGA	2	10	152017	152026	40 %	0 %	40 %	20 %	474987327
148	NC_020894	GGACC	2	10	152718	152727	20 %	0 %	40 %	40 %	474987327
149	NC_020894	CGCCC	2	10	153975	153984	0 %	0 %	20 %	80 %	474987330
150	NC_020894	GCACC	2	10	154098	154107	20 %	0 %	20 %	60 %	474987330
151	NC_020894	ACCGC	2	10	154364	154373	20 %	0 %	20 %	60 %	474987330
152	NC_020894	TCCCC	2	10	154835	154844	0 %	20 %	0 %	80 %	474987331
153	NC_020894	GGACC	2	10	155101	155110	20 %	0 %	40 %	40 %	474987332
154	NC_020894	GCGAG	2	10	155475	155484	20 %	0 %	60 %	20 %	474987333
155	NC_020894	AGCCG	2	10	155649	155658	20 %	0 %	40 %	40 %	474987333
156	NC_020894	CGTCC	2	10	155797	155806	0 %	20 %	20 %	60 %	474987333
157	NC_020894	CGGAA	2	10	156171	156180	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
158	NC_020894	GCCCC	2	10	156514	156523	0 %	0 %	20 %	80 %	474987334
159	NC_020894	CCGGG	2	10	156997	157006	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
160	NC_020894	TTCCG	2	10	159370	159379	0 %	40 %	20 %	40 %	474987337
161	NC_020894	CCTGA	2	10	160136	160145	20 %	20 %	20 %	40 %	474987337
162	NC_020894	CTGGC	2	10	160718	160727	0 %	20 %	40 %	40 %	474987337

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.