MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Thermoplasmatales archaeon BRNA1

Total Repeats: 668

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020892	CCCTT	2	10	244	253	0 %	40 %	0 %	60 %	474933594
2	NC_020892	CCTAC	2	10	6657	6666	20 %	20 %	0 %	60 %	474933601
3	NC_020892	ATATT	2	10	13613	13622	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_020892	GCAGG	2	10	17692	17701	20 %	0 %	60 %	20 %	474933614
5	NC_020892	TGGCG	2	10	19051	19060	0 %	20 %	60 %	20 %	474933615
6	NC_020892	CATTT	2	10	21047	21056	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
7	NC_020892	ATCTC	2	10	29502	29511	20 %	40 %	0 %	40 %	474933623
8	NC_020892	TTCGA	2	10	29801	29810	20 %	40 %	20 %	20 %	474933623
9	NC_020892	CTTTG	2	10	31001	31010	0 %	60 %	20 %	20 %	474933624
10	NC_020892	GCACC	2	10	32071	32080	20 %	0 %	20 %	60 %	474933626
11	NC_020892	ACATC	2	10	33367	33376	40 %	20 %	0 %	40 %	474933627
12	NC_020892	CCTTG	2	10	34812	34821	0 %	40 %	20 %	40 %	474933630
13	NC_020892	GGAGC	2	10	35402	35411	20 %	0 %	60 %	20 %	474933632
14	NC_020892	GCGCC	2	10	39332	39341	0 %	0 %	40 %	60 %	474933638
15	NC_020892	AGAGG	2	10	42089	42098	40 %	0 %	60 %	0 %	474933642
16	NC_020892	TGAAG	2	10	42409	42418	40 %	20 %	40 %	0 %	474933642
17	NC_020892	CCCAT	2	10	44648	44657	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
18	NC_020892	TTCGG	2	10	49272	49281	0 %	40 %	40 %	20 %	474933653
19	NC_020892	GTTCC	2	10	49319	49328	0 %	40 %	20 %	40 %	474933653
20	NC_020892	GGCAG	2	10	56765	56774	20 %	0 %	60 %	20 %	474933663
21	NC_020892	GCGAT	2	10	59384	59393	20 %	20 %	40 %	20 %	474933666
22	NC_020892	TCCGG	2	10	60517	60526	0 %	20 %	40 %	40 %	474933666
23	NC_020892	CCGTT	2	10	60625	60634	0 %	40 %	20 %	40 %	474933666
24	NC_020892	CCTCG	2	10	63281	63290	0 %	20 %	20 %	60 %	474933669
25	NC_020892	GGACC	2	10	66506	66515	20 %	0 %	40 %	40 %	474933673
26	NC_020892	AATTA	2	10	69075	69084	60 %	40 %	0 %	0 %	474933675
27	NC_020892	TTACC	2	10	69557	69566	20 %	40 %	0 %	40 %	474933675
28	NC_020892	TGTCT	2	10	70431	70440	0 %	60 %	20 %	20 %	474933676
29	NC_020892	GAAGG	2	10	73340	73349	40 %	0 %	60 %	0 %	474933678
30	NC_020892	CGCAT	2	10	75240	75249	20 %	20 %	20 %	40 %	474933680
31	NC_020892	TGACC	2	10	75913	75922	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
32	NC_020892	AATCC	2	10	77258	77267	40 %	20 %	0 %	40 %	474933683
33	NC_020892	CGGAA	2	10	78034	78043	40 %	0 %	40 %	20 %	474933685
34	NC_020892	ATTGG	2	10	80210	80219	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
35	NC_020892	ACCCC	2	10	80770	80779	20 %	0 %	0 %	80 %	474933687
36	NC_020892	TCCCC	2	10	85772	85781	0 %	20 %	0 %	80 %	474933690
37	NC_020892	CCTGG	2	10	86063	86072	0 %	20 %	40 %	40 %	474933691
38	NC_020892	TAAGG	2	10	87034	87043	40 %	20 %	40 %	0 %	474933692
39	NC_020892	CAGTT	2	10	89328	89337	20 %	40 %	20 %	20 %	474933694
40	NC_020892	AGGAT	2	10	92424	92433	40 %	20 %	40 %	0 %	474933697
41	NC_020892	TCGAA	2	10	93746	93755	40 %	20 %	20 %	20 %	474933698
42	NC_020892	ACTGC	2	10	93996	94005	20 %	20 %	20 %	40 %	474933698
43	NC_020892	GAGCA	2	10	95231	95240	40 %	0 %	40 %	20 %	474933699
44	NC_020892	TGATC	2	10	96264	96273	20 %	40 %	20 %	20 %	474933700
45	NC_020892	ATTGG	2	10	96815	96824	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
46	NC_020892	AAGAT	2	10	97610	97619	60 %	20 %	20 %	0 %	474933702
47	NC_020892	TACCG	2	10	98100	98109	20 %	20 %	20 %	40 %	474933702
48	NC_020892	GAAGA	2	10	98545	98554	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
49	NC_020892	GGACA	2	10	101369	101378	40 %	0 %	40 %	20 %	474933707
50	NC_020892	TTTCA	2	10	102080	102089	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
51	NC_020892	GATGT	2	10	102100	102109	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
52	NC_020892	AGAGA	2	10	104336	104345	60 %	0 %	40 %	0 %	474933710
53	NC_020892	ATGGA	2	10	104956	104965	40 %	20 %	40 %	0 %	474933710
54	NC_020892	GAGGC	2	10	106050	106059	20 %	0 %	60 %	20 %	474933712
55	NC_020892	CGATG	2	10	112790	112799	20 %	20 %	40 %	20 %	474933721
56	NC_020892	TTTGA	2	10	114237	114246	20 %	60 %	20 %	0 %	474933722
57	NC_020892	TCAGG	2	10	114461	114470	20 %	20 %	40 %	20 %	474933722
58	NC_020892	TTTAT	2	10	117663	117672	20 %	80 %	0 %	0 %	474933725
59	NC_020892	TTCTT	2	10	118157	118166	0 %	80 %	0 %	20 %	474933725
60	NC_020892	AAGGC	2	10	123658	123667	40 %	0 %	40 %	20 %	474933733
61	NC_020892	TCCTC	2	10	139624	139633	0 %	40 %	0 %	60 %	474933752
62	NC_020892	AAAAT	2	10	144751	144760	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_020892	GCATC	2	10	146040	146049	20 %	20 %	20 %	40 %	474933762
64	NC_020892	CGGCC	2	10	155437	155446	0 %	0 %	40 %	60 %	474933771
65	NC_020892	TGGAT	2	10	155664	155673	20 %	40 %	40 %	0 %	474933771
66	NC_020892	ACGTC	2	10	162413	162422	20 %	20 %	20 %	40 %	474933780
67	NC_020892	AAGGG	2	10	165170	165179	40 %	0 %	60 %	0 %	474933782
68	NC_020892	TGCCG	2	10	169240	169249	0 %	20 %	40 %	40 %	474933788
69	NC_020892	ACAGG	2	10	169572	169581	40 %	0 %	40 %	20 %	474933788
70	NC_020892	GGAGG	2	10	170531	170540	20 %	0 %	80 %	0 %	474933789
71	NC_020892	AGAGG	2	10	173561	173570	40 %	0 %	60 %	0 %	474933791
72	NC_020892	GCGTC	2	10	179551	179560	0 %	20 %	40 %	40 %	474933797
73	NC_020892	CGGTT	2	10	183565	183574	0 %	40 %	40 %	20 %	474933801
74	NC_020892	CGATG	2	10	184263	184272	20 %	20 %	40 %	20 %	474933802
75	NC_020892	CGTCT	2	10	186029	186038	0 %	40 %	20 %	40 %	474933804
76	NC_020892	CTGGC	2	10	186271	186280	0 %	20 %	40 %	40 %	474933805
77	NC_020892	GGACT	2	10	187494	187503	20 %	20 %	40 %	20 %	474933806
78	NC_020892	GACTC	2	10	190298	190307	20 %	20 %	20 %	40 %	474933810
79	NC_020892	GCACT	2	10	190423	190432	20 %	20 %	20 %	40 %	474933810
80	NC_020892	TTCCA	2	10	194076	194085	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
81	NC_020892	ATCCC	2	10	198769	198778	20 %	20 %	0 %	60 %	474933820
82	NC_020892	GCGAT	2	10	201665	201674	20 %	20 %	40 %	20 %	474933825
83	NC_020892	CACTG	2	10	204828	204837	20 %	20 %	20 %	40 %	474933825
84	NC_020892	CATGG	2	10	205478	205487	20 %	20 %	40 %	20 %	474933826
85	NC_020892	TCCGC	2	10	205825	205834	0 %	20 %	20 %	60 %	474933826
86	NC_020892	GGCAG	2	10	209942	209951	20 %	0 %	60 %	20 %	474933831
87	NC_020892	GGAGG	2	10	212279	212288	20 %	0 %	80 %	0 %	474933833
88	NC_020892	AACCT	2	10	213982	213991	40 %	20 %	0 %	40 %	474933835
89	NC_020892	CGGAG	2	10	215102	215111	20 %	0 %	60 %	20 %	474933837
90	NC_020892	CGATG	2	10	217762	217771	20 %	20 %	40 %	20 %	474933840
91	NC_020892	CCTCC	2	10	217773	217782	0 %	20 %	0 %	80 %	474933840
92	NC_020892	TCCGG	2	10	218150	218159	0 %	20 %	40 %	40 %	474933840
93	NC_020892	CGCTG	2	10	220261	220270	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
94	NC_020892	GCAGA	2	10	221680	221689	40 %	0 %	40 %	20 %	474933842
95	NC_020892	TCCCG	2	10	222518	222527	0 %	20 %	20 %	60 %	474933843
96	NC_020892	AGTCC	2	10	222583	222592	20 %	20 %	20 %	40 %	474933843
97	NC_020892	CCCCG	2	10	222894	222903	0 %	0 %	20 %	80 %	474933843
98	NC_020892	ATGAA	2	10	227337	227346	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
99	NC_020892	CATAC	2	10	229190	229199	40 %	20 %	0 %	40 %	474933848
100	NC_020892	AAGAT	2	10	232919	232928	60 %	20 %	20 %	0 %	474933849
101	NC_020892	TGTTC	2	10	237701	237710	0 %	60 %	20 %	20 %	474933855
102	NC_020892	GCCCC	2	10	240037	240046	0 %	0 %	20 %	80 %	474933857
103	NC_020892	CTGGA	2	10	241252	241261	20 %	20 %	40 %	20 %	474933859
104	NC_020892	GGAAG	2	10	241921	241930	40 %	0 %	60 %	0 %	474933860
105	NC_020892	CATCC	2	10	242879	242888	20 %	20 %	0 %	60 %	474933861
106	NC_020892	GAAGA	2	10	247433	247442	60 %	0 %	40 %	0 %	474933866
107	NC_020892	AGGAG	2	10	259954	259963	40 %	0 %	60 %	0 %	474933881
108	NC_020892	CATTT	2	10	261377	261386	20 %	60 %	0 %	20 %	474933883
109	NC_020892	ATTGG	2	10	262385	262394	20 %	40 %	40 %	0 %	474933885
110	NC_020892	TGTCC	2	10	263760	263769	0 %	40 %	20 %	40 %	474933887
111	NC_020892	AGGAA	2	10	264298	264307	60 %	0 %	40 %	0 %	474933888
112	NC_020892	CCTGT	2	10	266451	266460	0 %	40 %	20 %	40 %	474933889
113	NC_020892	CCCGA	2	10	267714	267723	20 %	0 %	20 %	60 %	474933892
114	NC_020892	TCCCC	2	10	273371	273380	0 %	20 %	0 %	80 %	474933896
115	NC_020892	ATTTA	2	10	274037	274046	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_020892	TTCTC	2	10	274761	274770	0 %	60 %	0 %	40 %	474933898
117	NC_020892	CATCC	2	10	277798	277807	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
118	NC_020892	CCGCG	2	10	282514	282523	0 %	0 %	40 %	60 %	474933903
119	NC_020892	TCCTC	2	10	283464	283473	0 %	40 %	0 %	60 %	474933904
120	NC_020892	TGATC	2	10	290007	290016	20 %	40 %	20 %	20 %	474933913
121	NC_020892	GCGGG	2	10	291957	291966	0 %	0 %	80 %	20 %	474933915
122	NC_020892	GCGGG	2	10	293820	293829	0 %	0 %	80 %	20 %	474933918
123	NC_020892	TCGCT	2	10	299289	299298	0 %	40 %	20 %	40 %	474933921
124	NC_020892	CAGGG	2	10	301866	301875	20 %	0 %	60 %	20 %	474933923
125	NC_020892	GCAGC	2	10	302121	302130	20 %	0 %	40 %	40 %	474933924
126	NC_020892	CTCGT	2	10	305793	305802	0 %	40 %	20 %	40 %	474933929
127	NC_020892	AAGGG	2	10	306111	306120	40 %	0 %	60 %	0 %	474933929
128	NC_020892	TTCGT	2	10	308713	308722	0 %	60 %	20 %	20 %	474933933
129	NC_020892	TATTT	2	10	308917	308926	20 %	80 %	0 %	0 %	474933934
130	NC_020892	TGGTG	2	10	312580	312589	0 %	40 %	60 %	0 %	474933938
131	NC_020892	TGTCC	2	10	317304	317313	0 %	40 %	20 %	40 %	474933942
132	NC_020892	CATCC	2	10	318880	318889	20 %	20 %	0 %	60 %	474933947
133	NC_020892	TGAAT	2	10	322006	322015	40 %	40 %	20 %	0 %	474933954
134	NC_020892	TGAAA	2	10	323056	323065	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
135	NC_020892	ATTCG	2	10	323111	323120	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
136	NC_020892	CTTTT	2	10	324102	324111	0 %	80 %	0 %	20 %	474933957
137	NC_020892	TTCAG	2	10	325933	325942	20 %	40 %	20 %	20 %	474933958
138	NC_020892	CACTA	2	10	336183	336192	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
139	NC_020892	AAAGG	2	10	341958	341967	60 %	0 %	40 %	0 %	474933973
140	NC_020892	CCGTC	2	10	345171	345180	0 %	20 %	20 %	60 %	474933975
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143	NC_020892	CCAAA	2	10	349781	349790	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
144	NC_020892	GGAAG	2	10	351873	351882	40 %	0 %	60 %	0 %	474933983
145	NC_020892	ATGCG	2	10	355032	355041	20 %	20 %	40 %	20 %	474933988
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149	NC_020892	AAGAA	2	10	364348	364357	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
150	NC_020892	AGCGC	2	10	364621	364630	20 %	0 %	40 %	40 %	474934002
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154	NC_020892	CCCCT	2	10	377407	377416	0 %	20 %	0 %	80 %	474934011
155	NC_020892	CCGAG	2	10	382378	382387	20 %	0 %	40 %	40 %	474934013
156	NC_020892	CCGCG	2	10	390218	390227	0 %	0 %	40 %	60 %	474934021
157	NC_020892	CCGCG	2	10	391602	391611	0 %	0 %	40 %	60 %	474934022
158	NC_020892	CCTTC	2	10	393835	393844	0 %	40 %	0 %	60 %	474934025
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162	NC_020892	GTGCC	2	10	405132	405141	0 %	20 %	40 %	40 %	474934040
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164	NC_020892	GAAAA	2	10	408201	408210	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
165	NC_020892	CCAAT	2	10	409525	409534	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
166	NC_020892	ACGTA	2	10	410369	410378	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
167	NC_020892	TGCGG	2	10	410788	410797	0 %	20 %	60 %	20 %	474934045
168	NC_020892	ATTCC	2	10	418675	418684	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
169	NC_020892	GACTC	2	10	421875	421884	20 %	20 %	20 %	40 %	474934052
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171	NC_020892	CCTCC	2	10	426713	426722	0 %	20 %	0 %	80 %	474934057
172	NC_020892	GGAGG	2	10	428230	428239	20 %	0 %	80 %	0 %	474934058
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174	NC_020892	GGGCT	2	10	439334	439343	0 %	20 %	60 %	20 %	474934072
175	NC_020892	ACGTG	2	10	440661	440670	20 %	20 %	40 %	20 %	474934074
176	NC_020892	TCCAA	2	10	442246	442255	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
177	NC_020892	GTCCT	2	10	445089	445098	0 %	40 %	20 %	40 %	474934079
178	NC_020892	CCGGC	2	10	446220	446229	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
179	NC_020892	AAGGG	2	10	451246	451255	40 %	0 %	60 %	0 %	474934090
180	NC_020892	AAGGC	2	10	451277	451286	40 %	0 %	40 %	20 %	474934090
181	NC_020892	CAGGG	2	10	452831	452840	20 %	0 %	60 %	20 %	474934092
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195	NC_020892	CCCCG	2	10	487613	487622	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
196	NC_020892	CGAAG	2	10	495295	495304	40 %	0 %	40 %	20 %	474934136
197	NC_020892	TTCCG	2	10	496321	496330	0 %	40 %	20 %	40 %	474934136
198	NC_020892	ATGTT	2	10	497039	497048	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
199	NC_020892	CTGCG	2	10	499094	499103	0 %	20 %	40 %	40 %	474934140
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221	NC_020892	GGAAT	2	10	564858	564867	40 %	20 %	40 %	0 %	474934209
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224	NC_020892	TCCGA	2	10	572314	572323	20 %	20 %	20 %	40 %	474934216
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226	NC_020892	CGGGG	2	10	575227	575236	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
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232	NC_020892	GCCGG	2	10	584167	584176	0 %	0 %	60 %	40 %	474934227
233	NC_020892	CATCC	2	10	587228	587237	20 %	20 %	0 %	60 %	474934232
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243	NC_020892	CGACA	2	10	596462	596471	40 %	0 %	20 %	40 %	474934243
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249	NC_020892	TCCTG	2	10	611039	611048	0 %	40 %	20 %	40 %	474934256
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251	NC_020892	ATGTG	2	10	617388	617397	20 %	40 %	40 %	0 %	474934263
252	NC_020892	GTTAA	2	10	618942	618951	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
253	NC_020892	CCCGG	2	10	621239	621248	0 %	0 %	40 %	60 %	474934267
254	NC_020892	GACCT	2	10	622050	622059	20 %	20 %	20 %	40 %	474934268
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256	NC_020892	CCCCA	2	10	625050	625059	20 %	0 %	0 %	80 %	474934269
257	NC_020892	AGCCT	2	10	626518	626527	20 %	20 %	20 %	40 %	474934270
258	NC_020892	AGTCC	2	10	629548	629557	20 %	20 %	20 %	40 %	474934273
259	NC_020892	GACGC	2	10	632518	632527	20 %	0 %	40 %	40 %	474934279
260	NC_020892	GCCCC	2	10	632587	632596	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
261	NC_020892	TTCTC	2	10	632757	632766	0 %	60 %	0 %	40 %	474934280
262	NC_020892	TTCCT	2	10	635964	635973	0 %	60 %	0 %	40 %	474934283
263	NC_020892	ATTCC	2	10	637156	637165	20 %	40 %	0 %	40 %	474934284
264	NC_020892	CCTCG	2	10	644526	644535	0 %	20 %	20 %	60 %	474934290
265	NC_020892	CCTCG	2	10	644904	644913	0 %	20 %	20 %	60 %	474934290
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