MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Clostridium stercorarium subsp. stercorarium DSM 8532

Total Repeats: 137

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020887	TGATAT	2	12	6406	6417	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
2	NC_020887	TCAAAA	2	12	30985	30996	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_020887	AATATA	2	12	31897	31908	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_020887	TTACAT	2	12	31917	31928	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_020887	GTGAAA	2	12	88118	88129	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
6	NC_020887	GTTAAA	2	12	95090	95101	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
7	NC_020887	AAAGAC	2	12	106835	106846	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_020887	AAATTA	2	12	119477	119488	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_020887	AGTGAG	2	12	119849	119860	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
10	NC_020887	TAAAAA	2	12	141639	141650	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_020887	ATGGAA	2	12	191282	191293	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
12	NC_020887	ATTTTT	2	12	205022	205033	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_020887	GTTTGA	2	12	206185	206196	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
14	NC_020887	AAATTT	2	12	217382	217393	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_020887	GTTTTT	2	12	218959	218970	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
16	NC_020887	TTTTTC	2	12	219036	219047	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_020887	AAAATG	2	12	248119	248130	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
18	NC_020887	AATAAA	2	12	250108	250119	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_020887	TTTGCG	2	12	298473	298484	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_020887	TTTGGA	2	12	343226	343237	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
21	NC_020887	CCTTAA	2	12	422630	422641	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_020887	TCTTTC	2	12	458356	458367	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_020887	TTTTAC	2	12	470904	470915	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_020887	CAGTAA	2	12	490656	490667	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_020887	TTAATT	2	12	495934	495945	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_020887	TATTAA	2	12	496021	496032	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_020887	ATTCTT	2	12	501811	501822	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_020887	AAACGA	2	12	509720	509731	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_020887	ATCCGT	2	12	547976	547987	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_020887	AGGTTT	2	12	549948	549959	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
31	NC_020887	AATGCC	2	12	689588	689599	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_020887	ATCAAT	2	12	696767	696778	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_020887	ATAACC	2	12	712477	712488	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_020887	TTTAAT	2	12	753806	753817	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_020887	TCATAT	2	12	753995	754006	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
36	NC_020887	TTTTAA	2	12	786707	786718	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_020887	AGGCTA	2	12	795082	795093	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_020887	AATCGG	2	12	820159	820170	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
39	NC_020887	TATAAT	2	12	829440	829451	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_020887	AAAAAT	2	12	838839	838850	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_020887	ACTTTT	2	12	992602	992613	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_020887	GACATG	2	12	995713	995724	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
43	NC_020887	GTAATT	2	12	995815	995826	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
44	NC_020887	TAAATT	2	12	1016431	1016442	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_020887	TAAAAT	2	12	1029988	1029999	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_020887	ATTTAA	2	12	1033392	1033403	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_020887	AAACTG	2	12	1039978	1039989	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
48	NC_020887	TAAATT	2	12	1063257	1063268	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_020887	ATATTG	2	12	1118150	1118161	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
50	NC_020887	TTTCTG	2	12	1140114	1140125	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
51	NC_020887	ATAAAA	2	12	1222084	1222095	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_020887	CCGGTT	2	12	1264857	1264868	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_020887	AAAAGA	2	12	1296316	1296327	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
54	NC_020887	ATAAAC	2	12	1325792	1325803	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
55	NC_020887	AGCCAG	3	18	1350453	1350470	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_020887	TAAATA	2	12	1351831	1351842	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_020887	TATATT	2	12	1356524	1356535	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_020887	TTTGTT	2	12	1362654	1362665	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
59	NC_020887	CGGGAA	2	12	1384283	1384294	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_020887	AGGGAA	2	12	1394276	1394287	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
61	NC_020887	TTTTCA	2	12	1398163	1398174	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
62	NC_020887	TTTATA	2	12	1407153	1407164	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_020887	TTAATA	2	12	1445447	1445458	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_020887	TTTTAT	3	18	1466465	1466482	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_020887	GAAAAA	2	12	1478686	1478697	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
66	NC_020887	CCCTCA	2	12	1483251	1483262	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
67	NC_020887	ATTAAA	2	12	1488441	1488452	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_020887	CCTTTC	2	12	1496754	1496765	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
69	NC_020887	CTTAAT	2	12	1516598	1516609	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_020887	TTTTAA	2	12	1519951	1519962	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_020887	ACCTGT	2	12	1534823	1534834	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_020887	GAAAGA	2	12	1575090	1575101	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
73	NC_020887	TATTTT	2	12	1630822	1630833	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_020887	ATACTT	2	12	1673009	1673020	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
75	NC_020887	GATTCT	2	12	1683169	1683180	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
76	NC_020887	ATGTAA	2	12	1694521	1694532	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
77	NC_020887	TTTTTC	2	12	1722693	1722704	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_020887	TGTATA	2	12	1747351	1747362	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
79	NC_020887	TATTTT	2	12	1763148	1763159	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_020887	TTTTTA	2	12	1769159	1769170	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_020887	TACATT	2	12	1785405	1785416	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_020887	CATAAT	2	12	1786243	1786254	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
83	NC_020887	TACATT	2	12	1787512	1787523	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
84	NC_020887	ACATTT	2	12	1788298	1788309	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
85	NC_020887	TTTGAA	2	12	1844893	1844904	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
86	NC_020887	GTCCTT	2	12	1845453	1845464	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_020887	TCCAAT	2	12	1850720	1850731	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_020887	TGGAAA	2	12	1851747	1851758	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
89	NC_020887	TTTTTA	2	12	1890679	1890690	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_020887	AAAAAC	2	12	1890920	1890931	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
91	NC_020887	TTGGTG	2	12	1918720	1918731	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
92	NC_020887	TTTTCA	2	12	1938029	1938040	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
93	NC_020887	TAACTA	2	12	1963213	1963224	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
94	NC_020887	TCTTTT	2	12	1967917	1967928	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
95	NC_020887	AATATA	2	12	1993834	1993845	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_020887	TTGTTT	2	12	1994115	1994126	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
97	NC_020887	ATTTTA	2	12	2005261	2005272	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_020887	GTCTGT	2	12	2016692	2016703	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
99	NC_020887	TAAAAA	2	12	2036514	2036525	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_020887	TTTCTG	2	12	2038609	2038620	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
101	NC_020887	ATTACA	2	12	2079150	2079161	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
102	NC_020887	TTTTTA	2	12	2094186	2094197	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_020887	TTTCTG	2	12	2106104	2106115	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
104	NC_020887	AAATTA	2	12	2119066	2119077	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_020887	ACATTT	2	12	2129784	2129795	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
106	NC_020887	GGATCG	2	12	2163284	2163295	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
107	NC_020887	AGCCTC	2	12	2179125	2179136	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
108	NC_020887	CATAAT	2	12	2201374	2201385	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
109	NC_020887	TACAAG	2	12	2213580	2213591	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
110	NC_020887	GACTTT	2	12	2223068	2223079	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
111	NC_020887	TGTTTT	2	12	2223145	2223156	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
112	NC_020887	TTTATA	2	12	2269011	2269022	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_020887	GAATAC	2	12	2271370	2271381	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
114	NC_020887	GTTTTT	2	12	2308837	2308848	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
115	NC_020887	AATTAT	2	12	2319555	2319566	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_020887	TAATTG	2	12	2327256	2327267	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
117	NC_020887	TAAAAA	2	12	2331987	2331998	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_020887	TGTTAC	2	12	2339650	2339661	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
119	NC_020887	ATTTTT	2	12	2355986	2355997	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_020887	ATTTTA	2	12	2417014	2417025	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_020887	TTTCCG	2	12	2486097	2486108	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
122	NC_020887	TCAACT	2	12	2486444	2486455	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
123	NC_020887	TTAAAA	2	12	2530476	2530487	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_020887	ACCGCG	2	12	2586058	2586069	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
125	NC_020887	ACATGC	2	12	2591560	2591571	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
126	NC_020887	TTTCGT	2	12	2657740	2657751	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
127	NC_020887	TAAAAA	2	12	2665530	2665541	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_020887	AACAAA	2	12	2674916	2674927	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
129	NC_020887	TCAGAA	2	12	2681411	2681422	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
130	NC_020887	ATATTT	2	12	2722304	2722315	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_020887	ATAAAT	2	12	2761198	2761209	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_020887	AAATGC	2	12	2796129	2796140	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
133	NC_020887	TTTGCA	2	12	2796141	2796152	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
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137	NC_020887	AACATT	2	12	2928365	2928376	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.