MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Clostridium stercorarium subsp. stercorarium DSM 8532

Total Repeats: 473

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020887	TTGGA	2	10	8290	8299	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
2	NC_020887	TAATT	2	10	8663	8672	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_020887	TTGAA	2	10	13819	13828	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
4	NC_020887	AAAAT	2	10	13838	13847	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_020887	AATAG	2	10	13944	13953	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
6	NC_020887	GTTTT	2	10	19575	19584	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
7	NC_020887	TATAT	2	10	25218	25227	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_020887	ATTAC	2	10	31556	31565	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
9	NC_020887	TATTT	2	10	34749	34758	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_020887	TTATT	2	10	47082	47091	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_020887	GTTTT	2	10	63255	63264	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
12	NC_020887	TTTTC	2	10	74766	74775	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
13	NC_020887	TAAGG	2	10	88551	88560	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
14	NC_020887	AATCA	2	10	90515	90524	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
15	NC_020887	AAATA	2	10	96695	96704	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_020887	TAATT	2	10	104028	104037	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_020887	TAAAA	2	10	106749	106758	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_020887	TAAAA	2	10	107047	107056	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_020887	AAAAT	2	10	107222	107231	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_020887	TATAA	2	10	112847	112856	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_020887	ATAAA	2	10	112933	112942	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_020887	TAAAT	2	10	118493	118502	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_020887	GTGAA	2	10	121154	121163	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
24	NC_020887	TTAAA	2	10	132076	132085	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_020887	TTTTA	2	10	132180	132189	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_020887	ATTTA	2	10	145310	145319	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_020887	GAATG	2	10	151350	151359	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
28	NC_020887	GCGAA	2	10	154405	154414	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
29	NC_020887	ATCTT	2	10	154564	154573	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
30	NC_020887	TATAA	2	10	154706	154715	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_020887	AAGGT	2	10	157672	157681	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
32	NC_020887	CCGTT	2	10	175237	175246	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
33	NC_020887	GTAAA	2	10	185174	185183	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
34	NC_020887	TTTCT	2	10	189244	189253	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
35	NC_020887	TAAAA	2	10	191217	191226	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_020887	TTTTG	2	10	191257	191266	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
37	NC_020887	ATTTA	2	10	192733	192742	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_020887	ATTTA	2	10	197340	197349	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_020887	AGGTA	2	10	201767	201776	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
40	NC_020887	ATTTT	2	10	204544	204553	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_020887	GTATA	2	10	204703	204712	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
42	NC_020887	AAAAT	2	10	205430	205439	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_020887	TTTCT	2	10	206506	206515	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
44	NC_020887	TCTTT	2	10	208604	208613	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
45	NC_020887	GGATT	2	10	208742	208751	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
46	NC_020887	TTGGA	2	10	210620	210629	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
47	NC_020887	AAAAT	2	10	210804	210813	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_020887	GTTAG	2	10	215821	215830	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
49	NC_020887	TTTAA	2	10	217336	217345	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_020887	AATTT	2	10	217729	217738	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_020887	ATTTA	2	10	233575	233584	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_020887	TTAAA	2	10	239051	239060	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_020887	GAAAT	2	10	239140	239149	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
54	NC_020887	TTTTA	2	10	248066	248075	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_020887	TATAA	2	10	249163	249172	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_020887	ACCGG	2	10	251780	251789	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
57	NC_020887	TTGTA	2	10	253598	253607	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
58	NC_020887	TTATT	2	10	260613	260622	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_020887	TTTCC	2	10	273067	273076	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
60	NC_020887	ATAAA	2	10	281542	281551	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_020887	ATAAA	2	10	283534	283543	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_020887	TATTT	2	10	283560	283569	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_020887	CCTTT	2	10	285986	285995	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
64	NC_020887	AGAGG	2	10	287161	287170	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
65	NC_020887	TAATT	2	10	293423	293432	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_020887	ATTAT	2	10	301564	301573	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_020887	TAAAA	2	10	308938	308947	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_020887	TTTAT	2	10	308967	308976	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_020887	CCTTC	2	10	311511	311520	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
70	NC_020887	ATATA	2	10	316549	316558	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_020887	ATGTG	2	10	321154	321163	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
72	NC_020887	ATAAC	2	10	334985	334994	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
73	NC_020887	AAATA	2	10	343285	343294	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_020887	TGTAA	2	10	358877	358886	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
75	NC_020887	AATGT	2	10	373137	373146	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
76	NC_020887	ATTTC	2	10	375522	375531	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
77	NC_020887	TATAA	2	10	375664	375673	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_020887	TTTTC	2	10	388086	388095	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
79	NC_020887	AATTA	2	10	413879	413888	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_020887	TGGTG	2	10	418882	418891	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
81	NC_020887	TAAAA	2	10	420633	420642	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_020887	ATTTT	2	10	422161	422170	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_020887	TCGCC	2	10	424392	424401	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
84	NC_020887	ATGAA	2	10	427735	427744	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
85	NC_020887	AAATA	2	10	431034	431043	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_020887	GAAAA	2	10	431131	431140	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
87	NC_020887	TCCTC	2	10	432126	432135	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
88	NC_020887	AGGTG	2	10	432212	432221	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
89	NC_020887	ATTTT	2	10	433741	433750	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_020887	AGGAA	2	10	439203	439212	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
91	NC_020887	CATAA	2	10	454742	454751	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
92	NC_020887	TTTCT	2	10	457913	457922	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
93	NC_020887	CTTTT	2	10	458326	458335	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
94	NC_020887	ATTTT	2	10	458500	458509	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_020887	AATTA	2	10	458609	458618	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_020887	AAAAG	2	10	458833	458842	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
97	NC_020887	GATTT	2	10	459118	459127	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
98	NC_020887	TAATT	2	10	462115	462124	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_020887	AATCT	2	10	464496	464505	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
100	NC_020887	AAAAG	2	10	476014	476023	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
101	NC_020887	ATTTT	2	10	484996	485005	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_020887	AATTT	2	10	513396	513405	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_020887	AAAAC	2	10	517905	517914	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
104	NC_020887	ACGGA	2	10	517925	517934	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
105	NC_020887	ATTAA	2	10	522149	522158	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_020887	ATTGT	2	10	527364	527373	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
107	NC_020887	TTATA	2	10	529462	529471	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_020887	ATTAA	2	10	538068	538077	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_020887	GGTTT	2	10	546571	546580	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
110	NC_020887	ACAAT	2	10	548711	548720	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
111	NC_020887	TAAAA	2	10	554980	554989	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_020887	ATATT	2	10	575459	575468	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_020887	GATAC	2	10	575489	575498	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
114	NC_020887	CTTTT	2	10	579102	579111	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
115	NC_020887	AAATA	2	10	605960	605969	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_020887	TATAA	2	10	611885	611894	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_020887	TGCAA	2	10	623383	623392	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
118	NC_020887	ATTAT	2	10	626390	626399	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_020887	AGGGG	2	10	628997	629006	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
120	NC_020887	TAAAA	2	10	631171	631180	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_020887	ATGAA	2	10	633869	633878	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
122	NC_020887	TTAAA	2	10	634984	634993	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_020887	ATAAA	2	10	634995	635004	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_020887	TGTTT	2	10	644307	644316	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
125	NC_020887	ATTAT	2	10	664237	664246	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_020887	TTTGT	2	10	664304	664313	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
127	NC_020887	TATGA	2	10	664739	664748	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
128	NC_020887	GTTTT	2	10	669764	669773	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
129	NC_020887	ATTTA	2	10	676371	676380	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_020887	GTTTT	2	10	678424	678433	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
131	NC_020887	TTTGT	2	10	678446	678455	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
132	NC_020887	AAAGA	2	10	681279	681288	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
133	NC_020887	TCAGC	2	10	689482	689491	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
134	NC_020887	TATAA	2	10	716820	716829	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_020887	TACTT	2	10	720578	720587	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
136	NC_020887	TTTAT	2	10	720590	720599	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_020887	TATAT	2	10	721036	721045	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_020887	TGATT	2	10	721073	721082	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
139	NC_020887	TTTTG	2	10	721205	721214	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
140	NC_020887	GGTAT	2	10	721297	721306	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
141	NC_020887	TAAAG	2	10	726016	726025	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
142	NC_020887	GATGG	2	10	727096	727105	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
143	NC_020887	CAATA	2	10	729997	730006	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
144	NC_020887	TATAA	2	10	730125	730134	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_020887	ATCAA	2	10	732846	732855	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
146	NC_020887	AATGA	2	10	732997	733006	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
147	NC_020887	TAAAA	2	10	734943	734952	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_020887	TTTTA	2	10	739185	739194	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.