MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Mannheimia haemolytica USDA-ARS-USMARC-183

Total Repeats: 1978

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020833	AAGGT	2	10	964	973	40 %	20 %	40 %	0 %	472332509
2	NC_020833	CCTTG	2	10	1675	1684	0 %	40 %	20 %	40 %	472332509
3	NC_020833	CTCCG	2	10	1745	1754	0 %	20 %	20 %	60 %	472332509
4	NC_020833	ACGGA	2	10	1932	1941	40 %	0 %	40 %	20 %	472332509
5	NC_020833	TAATT	2	10	3921	3930	40 %	60 %	0 %	0 %	472332511
6	NC_020833	CTTTT	2	10	5406	5415	0 %	80 %	0 %	20 %	472332514
7	NC_020833	TGGGC	2	10	7263	7272	0 %	20 %	60 %	20 %	472332516
8	NC_020833	CGTGC	2	10	7952	7961	0 %	20 %	40 %	40 %	472332517
9	NC_020833	TCAAC	2	10	9007	9016	40 %	20 %	0 %	40 %	472332519
10	NC_020833	GAGCC	2	10	9912	9921	20 %	0 %	40 %	40 %	472332522
11	NC_020833	CAAAT	2	10	13081	13090	60 %	20 %	0 %	20 %	472332524
12	NC_020833	AGCCG	2	10	13340	13349	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
13	NC_020833	AAAAG	2	10	13725	13734	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
14	NC_020833	CAAAA	2	10	16189	16198	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
15	NC_020833	TTTTA	2	10	16933	16942	20 %	80 %	0 %	0 %	472332530
16	NC_020833	AAAAC	2	10	18003	18012	80 %	0 %	0 %	20 %	472332531
17	NC_020833	TTTAG	2	10	18468	18477	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
18	NC_020833	TACCA	2	10	20275	20284	40 %	20 %	0 %	40 %	472332534
19	NC_020833	AGTTT	2	10	21159	21168	20 %	60 %	20 %	0 %	472332535
20	NC_020833	TAAAA	2	10	24124	24133	80 %	20 %	0 %	0 %	472332539
21	NC_020833	CTAAA	2	10	30091	30100	60 %	20 %	0 %	20 %	472332543
22	NC_020833	CAACC	2	10	31556	31565	40 %	0 %	0 %	60 %	472332544
23	NC_020833	CATTT	2	10	33609	33618	20 %	60 %	0 %	20 %	472332547
24	NC_020833	AAATT	2	10	34535	34544	60 %	40 %	0 %	0 %	472332548
25	NC_020833	TTTAA	2	10	35429	35438	40 %	60 %	0 %	0 %	472332549
26	NC_020833	GCAGG	2	10	37383	37392	20 %	0 %	60 %	20 %	472332550
27	NC_020833	ATCAA	2	10	38228	38237	60 %	20 %	0 %	20 %	472332551
28	NC_020833	TTGTG	2	10	38490	38499	0 %	60 %	40 %	0 %	472332551
29	NC_020833	ACTTA	2	10	40189	40198	40 %	40 %	0 %	20 %	472332552
30	NC_020833	GGACA	2	10	41848	41857	40 %	0 %	40 %	20 %	472332554
31	NC_020833	TTAAA	2	10	43017	43026	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_020833	CATTA	2	10	43556	43565	40 %	40 %	0 %	20 %	472332556
33	NC_020833	CTTGG	2	10	45140	45149	0 %	40 %	40 %	20 %	472332558
34	NC_020833	AAAAT	2	10	45939	45948	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_020833	GGCCT	2	10	46458	46467	0 %	20 %	40 %	40 %	472332559
36	NC_020833	CATTT	2	10	50479	50488	20 %	60 %	0 %	20 %	472332562
37	NC_020833	ATATT	2	10	53705	53714	40 %	60 %	0 %	0 %	472332565
38	NC_020833	GAAAG	2	10	54209	54218	60 %	0 %	40 %	0 %	472332565
39	NC_020833	ATCAT	2	10	55019	55028	40 %	40 %	0 %	20 %	472332566
40	NC_020833	ACGCA	2	10	55129	55138	40 %	0 %	20 %	40 %	472332566
41	NC_020833	CGAGG	2	10	57067	57076	20 %	0 %	60 %	20 %	472332568
42	NC_020833	CATCG	2	10	57485	57494	20 %	20 %	20 %	40 %	472332568
43	NC_020833	ATATA	2	10	57797	57806	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_020833	ACGCT	2	10	58172	58181	20 %	20 %	20 %	40 %	472332569
45	NC_020833	TTGAA	2	10	58606	58615	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
46	NC_020833	ACGAA	2	10	59759	59768	60 %	0 %	20 %	20 %	472332571
47	NC_020833	ATTTT	2	10	61302	61311	20 %	80 %	0 %	0 %	472332573
48	NC_020833	TCTTG	2	10	61398	61407	0 %	60 %	20 %	20 %	472332573
49	NC_020833	CTGAA	2	10	61697	61706	40 %	20 %	20 %	20 %	472332573
50	NC_020833	GTAAT	2	10	62445	62454	40 %	40 %	20 %	0 %	472332574
51	NC_020833	AAATA	2	10	66167	66176	80 %	20 %	0 %	0 %	472332577
52	NC_020833	TACAC	2	10	66828	66837	40 %	20 %	0 %	40 %	472332578
53	NC_020833	ATTGG	2	10	67357	67366	20 %	40 %	40 %	0 %	472332578
54	NC_020833	GTCAA	2	10	67786	67795	40 %	20 %	20 %	20 %	472332578
55	NC_020833	TTTGA	2	10	68610	68619	20 %	60 %	20 %	0 %	472332579
56	NC_020833	TCTGT	2	10	69191	69200	0 %	60 %	20 %	20 %	472332579
57	NC_020833	GAAAC	2	10	72926	72935	60 %	0 %	20 %	20 %	472332581
58	NC_020833	AAATT	2	10	77111	77120	60 %	40 %	0 %	0 %	472332584
59	NC_020833	TTGAT	2	10	77613	77622	20 %	60 %	20 %	0 %	472332585
60	NC_020833	GCCTT	2	10	79250	79259	0 %	40 %	20 %	40 %	472332587
61	NC_020833	GATTG	2	10	82990	82999	20 %	40 %	40 %	0 %	472332590
62	NC_020833	CCACA	2	10	83957	83966	40 %	0 %	0 %	60 %	472332592
63	NC_020833	TCAAA	2	10	84671	84680	60 %	20 %	0 %	20 %	472332592
64	NC_020833	CACAC	2	10	85356	85365	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
65	NC_020833	GAACA	2	10	86265	86274	60 %	0 %	20 %	20 %	472332593
66	NC_020833	TTAAT	2	10	86760	86769	40 %	60 %	0 %	0 %	472332594
67	NC_020833	GGTTA	2	10	87447	87456	20 %	40 %	40 %	0 %	472332595
68	NC_020833	AAACA	2	10	91051	91060	80 %	0 %	0 %	20 %	472332599
69	NC_020833	TTGAA	2	10	91396	91405	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
70	NC_020833	AGTCG	2	10	94645	94654	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
71	NC_020833	AGGTT	2	10	94972	94981	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
72	NC_020833	GCTTG	2	10	98437	98446	0 %	40 %	40 %	20 %	472332601
73	NC_020833	CTTGA	2	10	98554	98563	20 %	40 %	20 %	20 %	472332601
74	NC_020833	CCACC	2	10	99167	99176	20 %	0 %	0 %	80 %	472332601
75	NC_020833	TTTGG	2	10	99534	99543	0 %	60 %	40 %	0 %	472332602
76	NC_020833	CTTTT	2	10	101609	101618	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
77	NC_020833	TTGGG	2	10	101835	101844	0 %	40 %	60 %	0 %	472332604
78	NC_020833	TTTCG	2	10	102107	102116	0 %	60 %	20 %	20 %	472332604
79	NC_020833	CGGAG	2	10	103034	103043	20 %	0 %	60 %	20 %	472332606
80	NC_020833	ACGCA	2	10	106235	106244	40 %	0 %	20 %	40 %	472332610
81	NC_020833	ACCAA	2	10	107901	107910	60 %	0 %	0 %	40 %	472332610
82	NC_020833	TGTTT	2	10	109278	109287	0 %	80 %	20 %	0 %	472332611
83	NC_020833	TAATT	2	10	110288	110297	40 %	60 %	0 %	0 %	472332612
84	NC_020833	TAAAT	2	10	111957	111966	60 %	40 %	0 %	0 %	472332614
85	NC_020833	CCTTT	2	10	113929	113938	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
86	NC_020833	CATAC	2	10	114742	114751	40 %	20 %	0 %	40 %	472332617
87	NC_020833	GGCAA	2	10	120034	120043	40 %	0 %	40 %	20 %	472332623
88	NC_020833	GGTGT	2	10	122830	122839	0 %	40 %	60 %	0 %	472332625
89	NC_020833	ATTTT	2	10	123056	123065	20 %	80 %	0 %	0 %	472332625
90	NC_020833	AATGA	2	10	124608	124617	60 %	20 %	20 %	0 %	472332627
91	NC_020833	GATTG	2	10	125307	125316	20 %	40 %	40 %	0 %	472332627
92	NC_020833	TTGCG	2	10	126441	126450	0 %	40 %	40 %	20 %	472332629
93	NC_020833	AAGTA	2	10	129597	129606	60 %	20 %	20 %	0 %	472332633
94	NC_020833	AAGTT	2	10	131203	131212	40 %	40 %	20 %	0 %	472332635
95	NC_020833	AATGT	2	10	131957	131966	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
96	NC_020833	ACACC	2	10	132485	132494	40 %	0 %	0 %	60 %	472332636
97	NC_020833	CCATT	2	10	132966	132975	20 %	40 %	0 %	40 %	472332637
98	NC_020833	CCAAT	2	10	134430	134439	40 %	20 %	0 %	40 %	472332638
99	NC_020833	TTCAG	2	10	134845	134854	20 %	40 %	20 %	20 %	472332638
100	NC_020833	TCTCA	2	10	135642	135651	20 %	40 %	0 %	40 %	472332639
101	NC_020833	TGCAT	2	10	136565	136574	20 %	40 %	20 %	20 %	472332640
102	NC_020833	TGGAA	2	10	137093	137102	40 %	20 %	40 %	0 %	472332640
103	NC_020833	CGGTG	2	10	139453	139462	0 %	20 %	60 %	20 %	472332644
104	NC_020833	TTGGC	2	10	140220	140229	0 %	40 %	40 %	20 %	472332644
105	NC_020833	AAGCC	2	10	141693	141702	40 %	0 %	20 %	40 %	472332646
106	NC_020833	CCCCA	2	10	144522	144531	20 %	0 %	0 %	80 %	472332651
107	NC_020833	GTGAA	2	10	147096	147105	40 %	20 %	40 %	0 %	472332653
108	NC_020833	GCTAC	2	10	148618	148627	20 %	20 %	20 %	40 %	472332654
109	NC_020833	TTATG	2	10	149042	149051	20 %	60 %	20 %	0 %	472332654
110	NC_020833	TTGAA	2	10	150537	150546	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
111	NC_020833	AGTCG	2	10	153670	153679	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
112	NC_020833	AGGTT	2	10	153997	154006	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
113	NC_020833	TAACA	2	10	156819	156828	60 %	20 %	0 %	20 %	472332657
114	NC_020833	ACCGT	2	10	157816	157825	20 %	20 %	20 %	40 %	472332658
115	NC_020833	GCAAA	2	10	160512	160521	60 %	0 %	20 %	20 %	472332660
116	NC_020833	TTGGG	2	10	161434	161443	0 %	40 %	60 %	0 %	472332661
117	NC_020833	TTTAC	2	10	161444	161453	20 %	60 %	0 %	20 %	472332661
118	NC_020833	GAATG	2	10	162779	162788	40 %	20 %	40 %	0 %	472332662
119	NC_020833	ATAAA	2	10	165548	165557	80 %	20 %	0 %	0 %	472332667
120	NC_020833	TAATT	2	10	166376	166385	40 %	60 %	0 %	0 %	472332667
121	NC_020833	TCCTT	2	10	166432	166441	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
122	NC_020833	ACGCA	2	10	167307	167316	40 %	0 %	20 %	40 %	472332670
123	NC_020833	GTACA	2	10	168385	168394	40 %	20 %	20 %	20 %	472332673
124	NC_020833	TTGCT	2	10	168815	168824	0 %	60 %	20 %	20 %	472332674
125	NC_020833	TAAAT	2	10	169624	169633	60 %	40 %	0 %	0 %	472332674
126	NC_020833	TGGAG	2	10	172254	172263	20 %	20 %	60 %	0 %	472332677
127	NC_020833	ACCGA	2	10	173315	173324	40 %	0 %	20 %	40 %	472332678
128	NC_020833	GCGGT	2	10	179458	179467	0 %	20 %	60 %	20 %	472332686
129	NC_020833	ATCGC	2	10	180020	180029	20 %	20 %	20 %	40 %	472332686
130	NC_020833	ATTTT	2	10	182252	182261	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_020833	CGATG	2	10	185514	185523	20 %	20 %	40 %	20 %	472332691
132	NC_020833	GTTAA	2	10	186983	186992	40 %	40 %	20 %	0 %	472332692
133	NC_020833	GCCGA	2	10	190277	190286	20 %	0 %	40 %	40 %	472332694
134	NC_020833	CTTTT	2	10	191642	191651	0 %	80 %	0 %	20 %	472332695
135	NC_020833	AACCG	2	10	193102	193111	40 %	0 %	20 %	40 %	472332696
136	NC_020833	AAACC	2	10	193674	193683	60 %	0 %	0 %	40 %	472332697
137	NC_020833	ACCAA	2	10	193861	193870	60 %	0 %	0 %	40 %	472332697
138	NC_020833	ATTCA	2	10	194688	194697	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
139	NC_020833	CAATC	2	10	196810	196819	40 %	20 %	0 %	40 %	472332700
140	NC_020833	GTTGC	2	10	197088	197097	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
141	NC_020833	AATTT	2	10	197368	197377	40 %	60 %	0 %	0 %	472332701
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151	NC_020833	CGAAC	2	10	210971	210980	40 %	0 %	20 %	40 %	472332714
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192	NC_020833	TTTAA	2	10	266429	266438	40 %	60 %	0 %	0 %	472332765
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261	NC_020833	ACAAT	2	10	373167	373176	60 %	20 %	0 %	20 %	472332877
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263	NC_020833	ATTAT	2	10	373749	373758	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
264	NC_020833	ATTTA	2	10	374323	374332	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
265	NC_020833	GTTTG	2	10	376596	376605	0 %	60 %	40 %	0 %	472332879
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390	NC_020833	TGTGC	2	10	539864	539873	0 %	40 %	40 %	20 %	472333055
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394	NC_020833	AATAT	2	10	544608	544617	60 %	40 %	0 %	0 %	472333061
395	NC_020833	CGGTT	2	10	545484	545493	0 %	40 %	40 %	20 %	472333062
396	NC_020833	CAATA	2	10	545700	545709	60 %	20 %	0 %	20 %	472333062
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398	NC_020833	AAAAG	2	10	549322	549331	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
399	NC_020833	AAAAC	2	10	549698	549707	80 %	0 %	0 %	20 %	472333065
400	NC_020833	ATTTT	2	10	553952	553961	20 %	80 %	0 %	0 %	472333070
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402	NC_020833	ATTTA	2	10	555224	555233	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
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