MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Xanthomonas citri subsp. citri Aw12879 plasmid pXcaw58

Total Repeats: 44

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020817	TGCGG	2	10	983	992	0 %	20 %	60 %	20 %	471265494
2	NC_020817	AAGCA	2	10	1816	1825	60 %	0 %	20 %	20 %	471265496
3	NC_020817	CGCCT	2	10	2415	2424	0 %	20 %	20 %	60 %	471265496
4	NC_020817	GCTTC	3	15	2650	2664	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
5	NC_020817	GCCAC	2	10	4279	4288	20 %	0 %	20 %	60 %	471265497
6	NC_020817	AGGTC	2	10	4305	4314	20 %	20 %	40 %	20 %	471265497
7	NC_020817	GCGGT	2	10	4850	4859	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
8	NC_020817	CTGGA	2	10	4943	4952	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
9	NC_020817	GGCTG	2	10	5924	5933	0 %	20 %	60 %	20 %	471265501
10	NC_020817	TTGGC	2	10	10481	10490	0 %	40 %	40 %	20 %	471265505
11	NC_020817	GCCCA	2	10	15984	15993	20 %	0 %	20 %	60 %	471265510
12	NC_020817	GATCG	2	10	16040	16049	20 %	20 %	40 %	20 %	471265510
13	NC_020817	CCGCA	2	10	16507	16516	20 %	0 %	20 %	60 %	471265511
14	NC_020817	GCGAC	2	10	18374	18383	20 %	0 %	40 %	40 %	471265514
15	NC_020817	CTTGG	2	10	21459	21468	0 %	40 %	40 %	20 %	471265515
16	NC_020817	CGATC	2	10	22782	22791	20 %	20 %	20 %	40 %	471265518
17	NC_020817	TGGGC	2	10	22838	22847	0 %	20 %	60 %	20 %	471265518
18	NC_020817	GCGCA	2	10	28674	28683	20 %	0 %	40 %	40 %	471265522
19	NC_020817	GCCGA	2	10	29733	29742	20 %	0 %	40 %	40 %	471265524
20	NC_020817	GCGCC	2	10	29795	29804	0 %	0 %	40 %	60 %	471265524
21	NC_020817	GCCGA	2	10	30673	30682	20 %	0 %	40 %	40 %	471265525
22	NC_020817	CTACC	2	10	31505	31514	20 %	20 %	0 %	60 %	471265527
23	NC_020817	GCATC	2	10	32360	32369	20 %	20 %	20 %	40 %	471265527
24	NC_020817	TCGAT	2	10	32639	32648	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
25	NC_020817	TGCGC	2	10	34493	34502	0 %	20 %	40 %	40 %	471265530
26	NC_020817	GGCGT	2	10	35290	35299	0 %	20 %	60 %	20 %	471265531
27	NC_020817	TAGCG	2	10	35769	35778	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
28	NC_020817	GGCAT	2	10	36714	36723	20 %	20 %	40 %	20 %	471265534
29	NC_020817	GCCTA	2	10	37412	37421	20 %	20 %	20 %	40 %	471265535
30	NC_020817	TGCGG	2	10	40209	40218	0 %	20 %	60 %	20 %	471265539
31	NC_020817	CAGGC	2	10	40524	40533	20 %	0 %	40 %	40 %	471265540
32	NC_020817	ACCAC	2	10	42194	42203	40 %	0 %	0 %	60 %	471265542
33	NC_020817	CCCGA	2	10	43261	43270	20 %	0 %	20 %	60 %	471265543
34	NC_020817	CCCTT	2	10	43740	43749	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
35	NC_020817	TGGCG	2	10	44019	44028	0 %	20 %	60 %	20 %	471265545
36	NC_020817	GCACC	2	10	46773	46782	20 %	0 %	20 %	60 %	471265549
37	NC_020817	CACCC	2	10	47337	47346	20 %	0 %	0 %	80 %	471265550
38	NC_020817	GCCAC	2	10	48136	48145	20 %	0 %	20 %	60 %	471265550
39	NC_020817	TGCGT	2	10	48184	48193	0 %	40 %	40 %	20 %	471265550
40	NC_020817	CGCGC	2	10	52015	52024	0 %	0 %	40 %	60 %	471265555
41	NC_020817	AGGCG	2	10	52397	52406	20 %	0 %	60 %	20 %	471265555
42	NC_020817	ACGCC	2	10	52488	52497	20 %	0 %	20 %	60 %	471265555
43	NC_020817	AGGGC	3	15	53144	53158	20 %	0 %	60 %	20 %	471265556
44	NC_020817	CCAAG	2	10	54348	54357	40 %	0 %	20 %	40 %	471265558

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.