MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Staphylococcus aureus subsp. aureus ST228 complete genome

Total Repeats: 332

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020568	ATAAAT	2	12	3292	3303	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_020568	TTTAAA	2	12	3469	3480	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_020568	TAAATC	2	12	17172	17183	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_020568	TAAAGG	2	12	20318	20329	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5	NC_020568	TTGAAG	2	12	20515	20526	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
6	NC_020568	AAAAAT	2	12	37192	37203	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_020568	AATGAA	2	12	38428	38439	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
8	NC_020568	GCTAAA	2	12	41732	41743	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_020568	ATTTGG	2	12	44977	44988	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
10	NC_020568	ATTTAT	2	12	65937	65948	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_020568	AACAAA	2	12	79517	79528	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_020568	AATATA	2	12	88818	88829	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_020568	TTAAAT	2	12	99810	99821	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_020568	TAACAA	2	12	101167	101178	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
15	NC_020568	AATGTA	2	12	124706	124717	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
16	NC_020568	CTGTAA	2	12	126527	126538	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_020568	GTTTTT	2	12	137733	137744	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
18	NC_020568	TGTAAT	2	12	160064	160075	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
19	NC_020568	TCCCAC	2	12	164276	164287	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
20	NC_020568	TTTATA	2	12	186130	186141	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_020568	ATTAAT	2	12	186153	186164	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_020568	TTTTTA	2	12	206981	206992	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_020568	GATTTT	2	12	217134	217145	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
24	NC_020568	ATATGA	2	12	237849	237860	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
25	NC_020568	GGAATA	2	12	252710	252721	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
26	NC_020568	TGGTAT	2	12	264290	264301	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
27	NC_020568	ATATAG	2	12	273937	273948	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
28	NC_020568	ATTTTC	2	12	279254	279265	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_020568	ATAATT	2	12	280203	280214	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_020568	AACGAT	2	12	287573	287584	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
31	NC_020568	TAACTT	2	12	295948	295959	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
32	NC_020568	TAATTA	2	12	306671	306682	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_020568	ATATGA	2	12	345240	345251	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
34	NC_020568	TTCATT	2	12	349695	349706	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_020568	TGCAAT	2	12	352827	352838	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
36	NC_020568	TTGTAA	2	12	354998	355009	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
37	NC_020568	AAGTAC	2	12	369289	369300	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_020568	GAAGAC	2	12	387379	387390	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
39	NC_020568	AATGTA	2	12	392999	393010	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
40	NC_020568	AATTTG	2	12	393106	393117	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
41	NC_020568	TAAAGA	2	12	395094	395105	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
42	NC_020568	ATGAAA	2	12	417293	417304	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
43	NC_020568	TGAAAT	2	12	418015	418026	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
44	NC_020568	TTTAAT	2	12	423019	423030	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_020568	TGTATA	2	12	432251	432262	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
46	NC_020568	TTTTTA	2	12	446891	446902	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_020568	TTAACA	2	12	462725	462736	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
48	NC_020568	ACGTTG	2	12	472688	472699	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_020568	AAAATA	2	12	473410	473421	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_020568	CAAGAA	2	12	480468	480479	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
51	NC_020568	AAAATG	2	12	490201	490212	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
52	NC_020568	CAAGAT	2	12	490228	490239	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
53	NC_020568	AGTTGA	2	12	490467	490478	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
54	NC_020568	TTATAA	2	12	492862	492873	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_020568	AAATTT	2	12	499621	499632	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_020568	TGAAAG	2	12	523002	523013	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
57	NC_020568	CATTTA	2	12	552425	552436	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_020568	CAGTAG	2	12	554478	554489	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
59	NC_020568	TTATAA	2	12	554840	554851	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_020568	GTTATA	2	12	555511	555522	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
61	NC_020568	TTGTAC	2	12	563782	563793	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
62	NC_020568	CTTAAA	2	12	563943	563954	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
63	NC_020568	ACATGT	2	12	573917	573928	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
64	NC_020568	ATTGCG	2	12	604747	604758	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
65	NC_020568	AATGAT	2	12	608665	608676	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
66	NC_020568	TAGATG	2	12	608738	608749	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
67	NC_020568	CATGAC	2	12	610688	610699	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_020568	TAAAAT	2	12	624058	624069	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_020568	TTATTT	2	12	630176	630187	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_020568	GAAAAA	2	12	634501	634512	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
71	NC_020568	CATTAT	2	12	646254	646265	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
72	NC_020568	TACTTG	2	12	650550	650561	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
73	NC_020568	CATCAA	2	12	658200	658211	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_020568	TAATTT	2	12	662440	662451	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_020568	ATAAAA	2	12	663347	663358	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_020568	TGAATA	2	12	678916	678927	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
77	NC_020568	ATTTAT	2	12	698265	698276	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_020568	AATTGA	2	12	698344	698355	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
79	NC_020568	TTAAAA	2	12	704925	704936	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_020568	GAAAAA	2	12	705115	705126	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
81	NC_020568	AAAGAT	2	12	705229	705240	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
82	NC_020568	TAGTTA	2	12	709360	709371	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
83	NC_020568	TTTTTA	2	12	727567	727578	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_020568	ATATCA	2	12	734318	734329	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
85	NC_020568	GAATTA	2	12	735612	735623	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
86	NC_020568	TGAAAA	2	12	735810	735821	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
87	NC_020568	TTAATT	2	12	789968	789979	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_020568	AAACAA	2	12	817135	817146	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
89	NC_020568	TTTATT	2	12	822302	822313	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_020568	TAAAAA	2	12	823994	824005	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_020568	TATCAA	2	12	831972	831983	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
92	NC_020568	TTTTGA	2	12	835792	835803	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
93	NC_020568	CTGTTT	2	12	836570	836581	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
94	NC_020568	TCATTT	2	12	841784	841795	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
95	NC_020568	TAAAAA	2	12	844872	844883	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_020568	AGAAAA	2	12	848910	848921	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
97	NC_020568	AGTGAA	2	12	853350	853361	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
98	NC_020568	ATAAAG	2	12	853733	853744	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
99	NC_020568	AAATTA	2	12	858507	858518	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_020568	AAGCAC	2	12	867240	867251	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_020568	TAAAAT	2	12	876608	876619	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_020568	TGTAAT	2	12	881369	881380	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
103	NC_020568	TTACAT	2	12	919362	919373	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
104	NC_020568	ATTTAG	2	12	932650	932661	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
105	NC_020568	ATTCAA	2	12	932815	932826	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
106	NC_020568	TTTAAT	2	12	949135	949146	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_020568	TTGTTT	2	12	955224	955235	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
108	NC_020568	AAATTA	2	12	956269	956280	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_020568	ACAATA	2	12	966536	966547	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
110	NC_020568	AACGGA	2	12	981059	981070	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
111	NC_020568	AAAAGC	2	12	985657	985668	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
112	NC_020568	CACTTG	2	12	995041	995052	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
113	NC_020568	CTAAAT	2	12	1000054	1000065	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
114	NC_020568	CATTTA	2	12	1009207	1009218	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
115	NC_020568	ATCATA	2	12	1011102	1011113	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
116	NC_020568	TCAAAA	2	12	1017610	1017621	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
117	NC_020568	ATTGCA	2	12	1018739	1018750	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
118	NC_020568	TTTTCT	2	12	1031469	1031480	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
119	NC_020568	TAGTAT	2	12	1060477	1060488	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
120	NC_020568	TTTATA	2	12	1067627	1067638	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_020568	ATTTTA	2	12	1074523	1074534	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_020568	TGGATA	2	12	1079468	1079479	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
123	NC_020568	ATTTTT	2	12	1091577	1091588	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_020568	ATAATT	2	12	1092374	1092385	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_020568	TCATTA	2	12	1097587	1097598	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
126	NC_020568	TAATGA	2	12	1105673	1105684	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
127	NC_020568	GATTGC	2	12	1116872	1116883	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
128	NC_020568	ATTTAT	2	12	1126240	1126251	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_020568	AAATTT	2	12	1130959	1130970	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_020568	GATTTT	2	12	1135048	1135059	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
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250	NC_020568	AATTAA	2	12	2151978	2151989	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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252	NC_020568	TTTAAT	2	12	2159785	2159796	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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254	NC_020568	TAAATG	2	12	2166059	2166070	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
255	NC_020568	AATTAA	2	12	2175436	2175447	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
256	NC_020568	ATCATT	2	12	2203194	2203205	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
257	NC_020568	AGTTAA	2	12	2206778	2206789	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
258	NC_020568	TAAACA	2	12	2218944	2218955	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
259	NC_020568	ATTCAC	2	12	2219136	2219147	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
260	NC_020568	TTTATT	2	12	2221224	2221235	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
261	NC_020568	AAATTT	2	12	2223081	2223092	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
262	NC_020568	AATATT	2	12	2226905	2226916	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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264	NC_020568	TTTATA	2	12	2235907	2235918	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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281	NC_020568	TTTACG	2	12	2331456	2331467	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
282	NC_020568	AATATA	2	12	2345391	2345402	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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286	NC_020568	TATATT	2	12	2371652	2371663	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.