MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Coding Repeats of Staphylococcus aureus subsp. aureus ST228 plasmid pI3T3 complete sequence

Total Repeats: 269

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020565	TCA	2	6	908	913	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	469823628
2	NC_020565	TAG	2	6	941	946	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	469823628
3	NC_020565	ATT	2	6	1012	1017	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	469823628
4	NC_020565	ATC	2	6	1104	1109	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	469823628
5	NC_020565	GCA	2	6	1186	1191	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	469823628
6	NC_020565	CAT	2	6	1202	1207	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	469823628
7	NC_020565	TGA	2	6	1387	1392	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	469823628
8	NC_020565	AAT	2	6	1473	1478	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	469823628
9	NC_020565	TTC	2	6	1638	1643	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	469823628
10	NC_020565	ATT	2	6	1690	1695	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	469823628
11	NC_020565	TGT	2	6	1711	1716	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	469823628
12	NC_020565	TTC	2	6	1758	1763	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	469823628
13	NC_020565	TTC	2	6	1860	1865	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	469823628
14	NC_020565	CCA	2	6	2014	2019	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	469823628
15	NC_020565	AAT	2	6	2148	2153	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	469823628
16	NC_020565	AGT	2	6	2200	2205	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	469823628
17	NC_020565	TCA	2	6	2236	2241	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	469823628
18	NC_020565	AGC	2	6	2280	2285	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	469823628
19	NC_020565	ATA	2	6	2356	2361	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	469823628
20	NC_020565	ATT	2	6	2392	2397	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	469823628
21	NC_020565	CTT	2	6	2423	2428	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	469823628
22	NC_020565	ACA	2	6	2518	2523	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	469823628
23	NC_020565	ATG	2	6	2548	2553	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	469823628
24	NC_020565	TCA	2	6	2576	2581	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	469823628
25	NC_020565	TCT	2	6	2692	2697	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	469823628
26	NC_020565	TAG	2	6	2733	2738	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	469823628
27	NC_020565	TCT	2	6	2785	2790	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	469823628
28	NC_020565	TTC	2	6	2889	2894	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	469823628
29	NC_020565	TCT	2	6	3040	3045	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	469823628
30	NC_020565	CAT	2	6	4132	4137	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	469823629
31	NC_020565	TAT	2	6	4228	4233	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	469823629
32	NC_020565	AGC	2	6	4316	4321	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	469823629
33	NC_020565	GTT	2	6	4420	4425	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	469823629
34	NC_020565	TAT	2	6	4474	4479	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	469823629
35	NC_020565	ATC	2	6	4568	4573	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	469823629
36	NC_020565	TTA	2	6	4602	4607	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	469823629
37	NC_020565	AAT	2	6	4884	4889	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	469823629
38	NC_020565	TAT	2	6	4920	4925	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	469823630
39	NC_020565	AAG	2	6	4936	4941	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	469823630
40	NC_020565	TTA	2	6	4959	4964	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	469823630
41	NC_020565	TTA	2	6	5004	5009	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	469823630
42	NC_020565	CTT	2	6	5076	5081	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	469823630
43	NC_020565	TAA	2	6	5129	5134	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	469823630
44	NC_020565	AAT	2	6	5139	5144	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	469823630
45	NC_020565	ACC	2	6	5196	5201	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	469823630
46	NC_020565	ATA	2	6	5257	5262	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	469823630
47	NC_020565	TTA	2	6	5290	5295	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	469823630
48	NC_020565	TTA	2	6	5322	5327	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	469823630
49	NC_020565	TCT	2	6	5605	5610	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	469823630
50	NC_020565	TAT	3	9	5612	5620	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	469823630
51	NC_020565	TAA	2	6	5699	5704	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	469823630
52	NC_020565	TAT	2	6	5741	5746	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	469823630
53	NC_020565	AGA	2	6	5826	5831	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	469823630
54	NC_020565	AAG	2	6	5845	5850	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	469823630
55	NC_020565	GAA	2	6	6053	6058	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	469823630
56	NC_020565	ATG	2	6	6166	6171	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	469823630
57	NC_020565	TAA	2	6	6341	6346	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	469823630
58	NC_020565	ATG	2	6	6429	6434	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	469823630
59	NC_020565	TCT	2	6	6477	6482	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	469823630
60	NC_020565	ATT	2	6	6485	6490	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	469823630
61	NC_020565	TAA	2	6	6557	6562	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	469823630
62	NC_020565	GGT	2	6	6565	6570	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	469823630
63	NC_020565	TAT	2	6	6603	6608	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	469823630
64	NC_020565	TTG	2	6	7513	7518	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	469823631
65	NC_020565	TAA	2	6	7580	7585	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	469823631
66	NC_020565	AGA	2	6	7610	7615	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	469823631
67	NC_020565	GCA	2	6	7671	7676	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	469823631
68	NC_020565	TTC	2	6	7712	7717	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	469823631
69	NC_020565	GTC	2	6	7759	7764	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	469823631
70	NC_020565	AAT	2	6	7893	7898	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	469823631
71	NC_020565	ATC	2	6	8068	8073	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	469823632
72	NC_020565	AAG	2	6	8184	8189	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	469823632
73	NC_020565	ATG	2	6	8256	8261	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	469823632
74	NC_020565	ATT	2	6	8264	8269	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	469823632
75	NC_020565	ATT	2	6	8280	8285	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	469823632
76	NC_020565	ATG	2	6	8327	8332	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	469823632
77	NC_020565	GTG	2	6	8546	8551	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	469823632
78	NC_020565	AGA	2	6	8560	8565	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	469823632
79	NC_020565	AAG	2	6	8592	8597	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	469823632
80	NC_020565	ATT	2	6	9559	9564	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	469823633
81	NC_020565	TGC	2	6	9668	9673	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	469823633
82	NC_020565	CAT	2	6	9694	9699	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	469823633
83	NC_020565	CCT	2	6	9727	9732	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	469823633
84	NC_020565	ATT	2	6	9828	9833	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	469823633
85	NC_020565	ATA	2	6	9848	9853	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	469823633
86	NC_020565	GTT	2	6	9861	9866	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	469823633
87	NC_020565	TTC	2	6	9953	9958	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	469823633
88	NC_020565	ATA	2	6	10004	10009	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	469823633
89	NC_020565	TAC	2	6	10021	10026	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	469823633
90	NC_020565	AGT	3	9	10052	10060	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	469823633
91	NC_020565	TCA	2	6	10123	10128	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	469823633
92	NC_020565	ATG	2	6	10334	10339	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	469823634
93	NC_020565	TAG	2	6	10365	10370	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	469823634
94	NC_020565	GTT	2	6	10391	10396	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	469823634
95	NC_020565	GAA	2	6	10548	10553	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	469823634
96	NC_020565	ATT	2	6	10561	10566	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	469823634
97	NC_020565	TAA	2	6	10671	10676	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	469823634
98	NC_020565	ACT	2	6	10682	10687	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	469823634
99	NC_020565	GGA	2	6	10793	10798	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	469823634
100	NC_020565	ATA	2	6	10856	10861	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	469823634
101	NC_020565	AAG	2	6	10998	11003	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	469823634
102	NC_020565	ATT	2	6	11015	11020	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	469823634
103	NC_020565	TGC	2	6	11146	11151	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	469823634
104	NC_020565	TTA	2	6	11186	11191	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	469823634
105	NC_020565	GAA	2	6	11216	11221	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	469823634
106	NC_020565	GCG	2	6	11303	11308	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	469823634
107	NC_020565	TAT	2	6	11368	11373	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	469823634
108	NC_020565	TAA	2	6	11469	11474	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	469823634
109	NC_020565	GCT	2	6	11510	11515	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	469823634
110	NC_020565	TCT	2	6	11576	11581	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	469823634
111	NC_020565	TCA	2	6	11618	11623	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	469823634
112	NC_020565	GAA	2	6	11657	11662	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	469823634
113	NC_020565	CAT	2	6	11730	11735	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	469823634
114	NC_020565	ATG	2	6	11739	11744	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	469823634
115	NC_020565	TAG	2	6	11763	11768	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	469823634
116	NC_020565	ATT	2	6	12127	12132	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	469823635
117	NC_020565	AAC	2	6	12171	12176	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	469823635
118	NC_020565	TAT	2	6	12271	12276	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	469823635
119	NC_020565	GAA	2	6	12454	12459	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	469823635
120	NC_020565	TAT	2	6	12545	12550	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	469823635
121	NC_020565	GAA	2	6	12604	12609	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	469823635
122	NC_020565	ACA	2	6	12718	12723	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	469823635
123	NC_020565	ACC	2	6	12871	12876	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	469823635
124	NC_020565	CAT	2	6	13016	13021	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	469823635
125	NC_020565	GAT	2	6	13024	13029	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	469823635
126	NC_020565	AAG	2	6	13115	13120	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	469823635
127	NC_020565	AGA	2	6	13126	13131	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	469823635
128	NC_020565	ATT	2	6	13138	13143	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	469823635
129	NC_020565	ATG	2	6	13205	13210	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	469823635
130	NC_020565	TTC	2	6	13221	13226	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	469823635
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255	NC_020565	GAT	2	6	29674	29679	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	469823647
256	NC_020565	TGA	2	6	29685	29690	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	469823647
257	NC_020565	ACC	2	6	29729	29734	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	469823647
258	NC_020565	TCC	2	6	29944	29949	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	469823647
259	NC_020565	CCA	2	6	30002	30007	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	469823647
260	NC_020565	AAG	2	6	30081	30086	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	469823647
261	NC_020565	CTT	2	6	30188	30193	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	469823648
262	NC_020565	ATC	2	6	30198	30203	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	469823648
263	NC_020565	AAC	2	6	30601	30606	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	469823648
264	NC_020565	ACA	2	6	31370	31375	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	469823649
265	NC_020565	CAA	2	6	31511	31516	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	469823649
266	NC_020565	GCA	2	6	31552	31557	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	469823649
267	NC_020565	TCC	2	6	31642	31647	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	469823649
268	NC_020565	CAG	2	6	31688	31693	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	469823649
269	NC_020565	TGC	2	6	31800	31805	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	469823649

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.