MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Sphingomonas sp. MM-1 plasmid pISP1

Total Repeats: 76

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020562	AGCTTG	2	12	3897	3908	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_020562	GGCCAA	2	12	5342	5353	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_020562	CTGCGC	2	12	6389	6400	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	472433978
4	NC_020562	CCGGTG	2	12	6459	6470	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	472433978
5	NC_020562	CCGAGG	2	12	9688	9699	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	472433981
6	NC_020562	CCATGA	2	12	10635	10646	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	472433982
7	NC_020562	ATCGGC	2	12	24001	24012	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	472433994
8	NC_020562	ACGTCA	2	12	24305	24316	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	472433994
9	NC_020562	CGCTTA	2	12	26298	26309	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	472433996
10	NC_020562	GGCAAC	2	12	27289	27300	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	472433996
11	NC_020562	CTCGGC	2	12	30852	30863	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
12	NC_020562	GATCTC	2	12	33713	33724	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	472434003
13	NC_020562	TCTGCT	2	12	35380	35391	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	472434003
14	NC_020562	TAGAAA	2	12	38628	38639	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	472434007
15	NC_020562	GGGAAT	2	12	39199	39210	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
16	NC_020562	GCCCAG	2	12	40177	40188	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	472434008
17	NC_020562	GCGCAG	2	12	42719	42730	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	472434010
18	NC_020562	AGCGTC	2	12	43018	43029	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	472434011
19	NC_020562	GCCTGG	2	12	44802	44813	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	472434014
20	NC_020562	ACATGA	2	12	45956	45967	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	472434016
21	NC_020562	CATCGC	2	12	48753	48764	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	472434017
22	NC_020562	GAAAGC	2	12	49366	49377	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	472434018
23	NC_020562	GTTCGC	2	12	50041	50052	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	472434019
24	NC_020562	CACCGA	3	18	52922	52939	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	472434023
25	NC_020562	GCCATC	2	12	58498	58509	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	472434028
26	NC_020562	AGGCGT	2	12	60049	60060	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
27	NC_020562	GTCGAT	2	12	62513	62524	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	472434035
28	NC_020562	AGCCGC	2	12	65689	65700	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	472434037
29	NC_020562	TGATCA	2	12	68500	68511	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	472434040
30	NC_020562	TGCCCG	2	12	72756	72767	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	472434043
31	NC_020562	GATCAG	2	12	72910	72921	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	472434043
32	NC_020562	TCGGCG	2	12	75563	75574	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	472434046
33	NC_020562	TGGGGC	2	12	76962	76973	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	472434047
34	NC_020562	TTTCGC	2	12	80185	80196	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	472434052
35	NC_020562	CGCTGA	2	12	80677	80688	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	472434052
36	NC_020562	CGGTGC	2	12	81729	81740	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_020562	CTCCGG	2	12	87830	87841	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	472434058
38	NC_020562	ATCGAC	2	12	89952	89963	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	472434060
39	NC_020562	CACCGA	2	12	90869	90880	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	472434062
40	NC_020562	CGCGAT	2	12	93523	93534	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	472434064
41	NC_020562	CGGCCG	2	12	99383	99394	0 %	0 %	50 %	50 %	472434070
42	NC_020562	CGGTCG	2	12	101637	101648	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	472434073
43	NC_020562	GTTGAA	2	12	101723	101734	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	472434073
44	NC_020562	ATCTGA	2	12	103775	103786	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	472434074
45	NC_020562	CCGATG	2	12	106755	106766	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	472434078
46	NC_020562	CCACCC	2	12	109441	109452	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	472434081
47	NC_020562	AGGCCC	2	12	109711	109722	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	472434081
48	NC_020562	TTCGCG	2	12	110473	110484	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	472434082
49	NC_020562	CTGCAA	2	12	111948	111959	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	472434085
50	NC_020562	GCGCTT	2	12	115755	115766	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	472434086
51	NC_020562	AGAGGG	2	12	118746	118757	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
52	NC_020562	TGTGCC	2	12	118871	118882	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	472434089
53	NC_020562	GGCACC	2	12	121402	121413	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	472434091
54	NC_020562	GCATTC	2	12	123596	123607	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	472434096
55	NC_020562	GACCGA	2	12	125295	125306	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_020562	CCGAGG	2	12	125484	125495	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	472434098
57	NC_020562	CCGAGG	2	12	126054	126065	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	472434098
58	NC_020562	ATGGGG	2	12	130160	130171	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
59	NC_020562	TCGGCG	2	12	134074	134085	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_020562	GACCAC	2	12	138622	138633	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	472434115
61	NC_020562	GTCACG	2	12	139956	139967	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	472434116
62	NC_020562	ATCGAT	2	12	141105	141116	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	472434116
63	NC_020562	AGATCC	2	12	141145	141156	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	472434116
64	NC_020562	TGCCGA	2	12	141849	141860	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	472434117
65	NC_020562	CGACGC	2	12	146531	146542	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	472434122
66	NC_020562	GAACTG	2	12	146821	146832	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	472434122
67	NC_020562	CAGGCC	2	12	148027	148038	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	472434123
68	NC_020562	GCTGGC	2	12	149075	149086	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	472434125
69	NC_020562	CGAAGC	2	12	151396	151407	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	472434128
70	NC_020562	CTGCGC	2	12	155897	155908	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	472434134
71	NC_020562	GTCGCG	2	12	156191	156202	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	472434134
72	NC_020562	CTTCCG	2	12	161351	161362	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	472434141
73	NC_020562	GCCTTG	2	12	161843	161854	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	472434142
74	NC_020562	GCCCGC	2	12	168762	168773	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	472434147
75	NC_020562	CGACGC	2	12	170245	170256	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	472434148
76	NC_020562	CCTCGA	2	12	172060	172071	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	472434148

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.