MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Sphingomonas sp. MM-1 plasmid pISP1

Total Repeats: 160

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020562	GCCGT	2	10	1573	1582	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
2	NC_020562	ATCAC	2	10	4730	4739	40 %	20 %	0 %	40 %	472433977
3	NC_020562	GAATG	2	10	5356	5365	40 %	20 %	40 %	0 %	472433978
4	NC_020562	AACGG	2	10	7440	7449	40 %	0 %	40 %	20 %	472433979
5	NC_020562	GTGAT	2	10	7676	7685	20 %	40 %	40 %	0 %	472433979
6	NC_020562	GCCAA	2	10	10503	10512	40 %	0 %	20 %	40 %	472433982
7	NC_020562	GGAAC	2	10	13442	13451	40 %	0 %	40 %	20 %	472433984
8	NC_020562	TCCTT	2	10	14326	14335	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
9	NC_020562	ATCAC	2	10	16346	16355	40 %	20 %	0 %	40 %	472433987
10	NC_020562	TCGAA	2	10	17163	17172	40 %	20 %	20 %	20 %	472433988
11	NC_020562	AATGC	2	10	18029	18038	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
12	NC_020562	ACGCG	2	10	18391	18400	20 %	0 %	40 %	40 %	472433989
13	NC_020562	CTATG	2	10	19810	19819	20 %	40 %	20 %	20 %	472433990
14	NC_020562	CGAAG	2	10	20161	20170	40 %	0 %	40 %	20 %	472433990
15	NC_020562	GGCGC	2	10	21872	21881	0 %	0 %	60 %	40 %	472433992
16	NC_020562	CCCCG	2	10	22210	22219	0 %	0 %	20 %	80 %	472433993
17	NC_020562	CCGCG	2	10	22674	22683	0 %	0 %	40 %	60 %	472433993
18	NC_020562	CTCCG	2	10	25403	25412	0 %	20 %	20 %	60 %	472433995
19	NC_020562	ATGCG	2	10	25664	25673	20 %	20 %	40 %	20 %	472433996
20	NC_020562	GCGCC	2	10	25921	25930	0 %	0 %	40 %	60 %	472433996
21	NC_020562	GGCGC	2	10	26320	26329	0 %	0 %	60 %	40 %	472433996
22	NC_020562	GACAT	2	10	27785	27794	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
23	NC_020562	GGGTT	2	10	28582	28591	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
24	NC_020562	CGTTC	2	10	30251	30260	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
25	NC_020562	GGCGT	2	10	30400	30409	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
26	NC_020562	CGATC	2	10	32318	32327	20 %	20 %	20 %	40 %	472434002
27	NC_020562	GATCG	2	10	33779	33788	20 %	20 %	40 %	20 %	472434003
28	NC_020562	CGGCG	2	10	35546	35555	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
29	NC_020562	GCCCC	2	10	36103	36112	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
30	NC_020562	ATCAC	2	10	37315	37324	40 %	20 %	0 %	40 %	472434005
31	NC_020562	GGCGG	2	10	39256	39265	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
32	NC_020562	TTCGG	2	10	40086	40095	0 %	40 %	40 %	20 %	472434008
33	NC_020562	CTCGT	2	10	40708	40717	0 %	40 %	20 %	40 %	472434008
34	NC_020562	TGATC	2	10	41761	41770	20 %	40 %	20 %	20 %	472434009
35	NC_020562	GCCAG	2	10	43133	43142	20 %	0 %	40 %	40 %	472434011
36	NC_020562	CGGCG	2	10	43702	43711	0 %	0 %	60 %	40 %	472434012
37	NC_020562	CACCG	2	10	47143	47152	20 %	0 %	20 %	60 %	472434016
38	NC_020562	GCGCC	2	10	50265	50274	0 %	0 %	40 %	60 %	472434019
39	NC_020562	CGGGC	2	10	50333	50342	0 %	0 %	60 %	40 %	472434019
40	NC_020562	CGCAG	2	10	54238	54247	20 %	0 %	40 %	40 %	472434024
41	NC_020562	GGCAC	2	10	54860	54869	20 %	0 %	40 %	40 %	472434025
42	NC_020562	CGATG	2	10	57726	57735	20 %	20 %	40 %	20 %	472434027
43	NC_020562	TGATC	2	10	58022	58031	20 %	40 %	20 %	20 %	472434027
44	NC_020562	GGCGC	2	10	58043	58052	0 %	0 %	60 %	40 %	472434027
45	NC_020562	CATGA	2	10	58165	58174	40 %	20 %	20 %	20 %	472434027
46	NC_020562	TGCGC	2	10	58914	58923	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
47	NC_020562	GCGCA	2	10	58959	58968	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
48	NC_020562	CCCCG	2	10	60738	60747	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
49	NC_020562	ATCCC	2	10	61442	61451	20 %	20 %	0 %	60 %	472434034
50	NC_020562	CGCTG	2	10	61585	61594	0 %	20 %	40 %	40 %	472434034
51	NC_020562	CGCAG	2	10	64553	64562	20 %	0 %	40 %	40 %	472434037
52	NC_020562	AGGCA	2	10	66984	66993	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
53	NC_020562	CCCAG	2	10	67588	67597	20 %	0 %	20 %	60 %	472434040
54	NC_020562	CGGCT	2	10	72622	72631	0 %	20 %	40 %	40 %	472434043
55	NC_020562	AGCGA	2	10	73545	73554	40 %	0 %	40 %	20 %	472434044
56	NC_020562	CCGGT	2	10	74357	74366	0 %	20 %	40 %	40 %	472434045
57	NC_020562	CGATG	2	10	76519	76528	20 %	20 %	40 %	20 %	472434047
58	NC_020562	GCGCC	2	10	80462	80471	0 %	0 %	40 %	60 %	472434052
59	NC_020562	GGCGC	2	10	81885	81894	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
60	NC_020562	GGCCA	2	10	84037	84046	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
61	NC_020562	AGCCG	2	10	84073	84082	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
62	NC_020562	CGGCC	2	10	84489	84498	0 %	0 %	40 %	60 %	472434053
63	NC_020562	TTCCC	2	10	86631	86640	0 %	40 %	0 %	60 %	472434056
64	NC_020562	GAGGC	2	10	87642	87651	20 %	0 %	60 %	20 %	472434057
65	NC_020562	GCGTC	2	10	87901	87910	0 %	20 %	40 %	40 %	472434058
66	NC_020562	GCAAG	2	10	92379	92388	40 %	0 %	40 %	20 %	472434063
67	NC_020562	CACCG	2	10	92431	92440	20 %	0 %	20 %	60 %	472434063
68	NC_020562	GCCGC	2	10	94402	94411	0 %	0 %	40 %	60 %	472434064
69	NC_020562	GCGCC	2	10	94430	94439	0 %	0 %	40 %	60 %	472434064
70	NC_020562	GCCGG	2	10	94527	94536	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
71	NC_020562	CTCGC	2	10	95314	95323	0 %	20 %	20 %	60 %	472434065
72	NC_020562	CGGCG	2	10	95769	95778	0 %	0 %	60 %	40 %	472434065
73	NC_020562	CGCGG	2	10	96742	96751	0 %	0 %	60 %	40 %	472434066
74	NC_020562	CGCGC	2	10	99051	99060	0 %	0 %	40 %	60 %	472434070
75	NC_020562	AGGCA	2	10	99616	99625	40 %	0 %	40 %	20 %	472434071
76	NC_020562	GATCG	2	10	100520	100529	20 %	20 %	40 %	20 %	472434073
77	NC_020562	GACCG	2	10	102852	102861	20 %	0 %	40 %	40 %	472434073
78	NC_020562	GCGTC	2	10	103902	103911	0 %	20 %	40 %	40 %	472434074
79	NC_020562	CCTGC	2	10	104022	104031	0 %	20 %	20 %	60 %	472434074
80	NC_020562	CAGCG	2	10	104632	104641	20 %	0 %	40 %	40 %	472434074
81	NC_020562	AAGGC	2	10	106135	106144	40 %	0 %	40 %	20 %	472434076
82	NC_020562	GTCCG	2	10	109781	109790	0 %	20 %	40 %	40 %	472434081
83	NC_020562	GCCCA	2	10	110079	110088	20 %	0 %	20 %	60 %	472434081
84	NC_020562	AGCCG	2	10	110490	110499	20 %	0 %	40 %	40 %	472434082
85	NC_020562	CCCCT	2	10	112693	112702	0 %	20 %	0 %	80 %	472434085
86	NC_020562	TCCCC	2	10	113533	113542	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
87	NC_020562	TTCCC	2	10	114292	114301	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
88	NC_020562	CTTGT	2	10	114972	114981	0 %	60 %	20 %	20 %	472434086
89	NC_020562	CAGGG	2	10	115023	115032	20 %	0 %	60 %	20 %	472434086
90	NC_020562	ATGAA	2	10	117401	117410	60 %	20 %	20 %	0 %	472434088
91	NC_020562	ATGCC	2	10	118781	118790	20 %	20 %	20 %	40 %	472434089
92	NC_020562	CAGGG	2	10	119309	119318	20 %	0 %	60 %	20 %	472434089
93	NC_020562	TGCGG	2	10	119879	119888	0 %	20 %	60 %	20 %	472434090
94	NC_020562	GCTTT	2	10	120139	120148	0 %	60 %	20 %	20 %	472434090
95	NC_020562	GACCG	2	10	121183	121192	20 %	0 %	40 %	40 %	472434091
96	NC_020562	CGACG	2	10	123314	123323	20 %	0 %	40 %	40 %	472434095
97	NC_020562	GGGGT	2	10	126623	126632	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
98	NC_020562	TGCGC	2	10	126903	126912	0 %	20 %	40 %	40 %	472434100
99	NC_020562	TGGTC	2	10	127118	127127	0 %	40 %	40 %	20 %	472434100
100	NC_020562	CCTCG	2	10	127149	127158	0 %	20 %	20 %	60 %	472434100
101	NC_020562	AGGAC	2	10	127809	127818	40 %	0 %	40 %	20 %	472434101
102	NC_020562	GCACG	2	10	128047	128056	20 %	0 %	40 %	40 %	472434102
103	NC_020562	CGCCT	2	10	129436	129445	0 %	20 %	20 %	60 %	472434105
104	NC_020562	GCGCT	2	10	130128	130137	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
105	NC_020562	CGATG	2	10	131071	131080	20 %	20 %	40 %	20 %	472434106
106	NC_020562	AGTCC	2	10	131617	131626	20 %	20 %	20 %	40 %	472434106
107	NC_020562	AAGGG	2	10	131864	131873	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
108	NC_020562	CGCCT	2	10	132461	132470	0 %	20 %	20 %	60 %	472434107
109	NC_020562	ATCGA	2	10	132572	132581	40 %	20 %	20 %	20 %	472434108
110	NC_020562	GCTCC	2	10	133190	133199	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
111	NC_020562	TGCGG	2	10	135136	135145	0 %	20 %	60 %	20 %	472434112
112	NC_020562	GCTTT	2	10	135396	135405	0 %	60 %	20 %	20 %	472434112
113	NC_020562	GCGCG	2	10	136077	136086	0 %	0 %	60 %	40 %	472434113
114	NC_020562	ATCGA	2	10	138734	138743	40 %	20 %	20 %	20 %	472434115
115	NC_020562	AGCAA	2	10	139560	139569	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
116	NC_020562	CGGAA	2	10	139591	139600	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
117	NC_020562	GGACG	2	10	140300	140309	20 %	0 %	60 %	20 %	472434116
118	NC_020562	CGATG	2	10	140417	140426	20 %	20 %	40 %	20 %	472434116
119	NC_020562	TCGCA	2	10	142062	142071	20 %	20 %	20 %	40 %	472434117
120	NC_020562	CGGTC	2	10	142818	142827	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
121	NC_020562	CAGGC	2	10	143804	143813	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
122	NC_020562	GTGAT	2	10	145182	145191	20 %	40 %	40 %	0 %	472434121
123	NC_020562	CGATC	2	10	146946	146955	20 %	20 %	20 %	40 %	472434122
124	NC_020562	ATCAC	2	10	150011	150020	40 %	20 %	0 %	40 %	472434126
125	NC_020562	GGACG	2	10	150740	150749	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
126	NC_020562	AGGGC	2	10	151152	151161	20 %	0 %	60 %	20 %	472434128
127	NC_020562	GTCCG	2	10	151411	151420	0 %	20 %	40 %	40 %	472434128
128	NC_020562	GCGCG	2	10	151768	151777	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
129	NC_020562	CGGAT	2	10	152125	152134	20 %	20 %	40 %	20 %	472434129
130	NC_020562	ATCAC	2	10	153410	153419	40 %	20 %	0 %	40 %	472434131
131	NC_020562	CGAGC	2	10	153523	153532	20 %	0 %	40 %	40 %	472434132
132	NC_020562	TGGCG	2	10	153555	153564	0 %	20 %	60 %	20 %	472434132
133	NC_020562	GTCGC	2	10	153932	153941	0 %	20 %	40 %	40 %	472434132
134	NC_020562	AGCGC	2	10	154398	154407	20 %	0 %	40 %	40 %	472434132
135	NC_020562	TGTCG	2	10	155357	155366	0 %	40 %	40 %	20 %	472434133
136	NC_020562	CGGCG	2	10	157672	157681	0 %	0 %	60 %	40 %	472434136
137	NC_020562	AGGGC	2	10	158028	158037	20 %	0 %	60 %	20 %	472434136
138	NC_020562	GCCGA	2	10	158232	158241	20 %	0 %	40 %	40 %	472434137
139	NC_020562	GGGGA	2	10	159448	159457	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
140	NC_020562	GCCGC	2	10	161190	161199	0 %	0 %	40 %	60 %	472434140
141	NC_020562	CGGGA	2	10	162950	162959	20 %	0 %	60 %	20 %	472434143
142	NC_020562	GCGCG	2	10	163252	163261	0 %	0 %	60 %	40 %	472434143
143	NC_020562	TCGCG	2	10	163308	163317	0 %	20 %	40 %	40 %	472434143
144	NC_020562	GCGAC	2	10	163590	163599	20 %	0 %	40 %	40 %	472434143
145	NC_020562	CGGGC	2	10	163614	163623	0 %	0 %	60 %	40 %	472434143
146	NC_020562	AGGCG	2	10	163624	163633	20 %	0 %	60 %	20 %	472434143
147	NC_020562	GCATG	2	10	163651	163660	20 %	20 %	40 %	20 %	472434143
148	NC_020562	GCGCG	2	10	163858	163867	0 %	0 %	60 %	40 %	472434143
149	NC_020562	GCCGC	2	10	164594	164603	0 %	0 %	40 %	60 %	472434143
150	NC_020562	CCGAT	2	10	168002	168011	20 %	20 %	20 %	40 %	472434146
151	NC_020562	CGCTT	2	10	169825	169834	0 %	40 %	20 %	40 %	472434148
152	NC_020562	GCCCG	2	10	169974	169983	0 %	0 %	40 %	60 %	472434148
153	NC_020562	CACCG	2	10	170280	170289	20 %	0 %	20 %	60 %	472434148
154	NC_020562	GGGCC	2	10	170374	170383	0 %	0 %	60 %	40 %	472434148
155	NC_020562	GCGAT	2	10	170400	170409	20 %	20 %	40 %	20 %	472434148
156	NC_020562	TCGCG	2	10	171047	171056	0 %	20 %	40 %	40 %	472434148
157	NC_020562	CGCGC	2	10	171101	171110	0 %	0 %	40 %	60 %	472434148
158	NC_020562	TGGTT	2	10	171155	171164	0 %	60 %	40 %	0 %	472434148
159	NC_020562	CGCTG	2	10	171732	171741	0 %	20 %	40 %	40 %	472434148
160	NC_020562	TGGGA	2	10	172011	172020	20 %	20 %	60 %	0 %	472434148

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.