MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Sphingomonas sp. MM-1 plasmid pISP1

Total Repeats: 439

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020562	CGCC	2	8	1312	1319	0 %	0 %	25 %	75 %	472433975
2	NC_020562	CCCT	2	8	1403	1410	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
3	NC_020562	CTAA	2	8	1475	1482	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
4	NC_020562	AGGC	2	8	1895	1902	25 %	0 %	50 %	25 %	472433976
5	NC_020562	CCGG	2	8	2697	2704	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
6	NC_020562	GGAT	2	8	2716	2723	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
7	NC_020562	TCGC	2	8	2989	2996	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
8	NC_020562	AAGA	2	8	3025	3032	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
9	NC_020562	GCGA	2	8	3521	3528	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
10	NC_020562	GTTT	2	8	3756	3763	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
11	NC_020562	ACGG	2	8	3917	3924	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
12	NC_020562	ATCG	2	8	4465	4472	25 %	25 %	25 %	25 %	472433977
13	NC_020562	AGGT	2	8	4502	4509	25 %	25 %	50 %	0 %	472433977
14	NC_020562	TCCG	2	8	4774	4781	0 %	25 %	25 %	50 %	472433977
15	NC_020562	TCGC	2	8	6416	6423	0 %	25 %	25 %	50 %	472433978
16	NC_020562	GCTG	2	8	6514	6521	0 %	25 %	50 %	25 %	472433978
17	NC_020562	TCGG	2	8	6757	6764	0 %	25 %	50 %	25 %	472433979
18	NC_020562	CTGC	2	8	6918	6925	0 %	25 %	25 %	50 %	472433979
19	NC_020562	GCTG	2	8	7424	7431	0 %	25 %	50 %	25 %	472433979
20	NC_020562	TCCA	2	8	7565	7572	25 %	25 %	0 %	50 %	472433979
21	NC_020562	GGAC	2	8	7631	7638	25 %	0 %	50 %	25 %	472433979
22	NC_020562	ACCT	2	8	7906	7913	25 %	25 %	0 %	50 %	472433980
23	NC_020562	CGAT	2	8	7943	7950	25 %	25 %	25 %	25 %	472433980
24	NC_020562	TTGG	2	8	8608	8615	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
25	NC_020562	GGGC	2	8	8659	8666	0 %	0 %	75 %	25 %	472433981
26	NC_020562	GGGC	2	8	9148	9155	0 %	0 %	75 %	25 %	472433981
27	NC_020562	GGCG	2	8	9671	9678	0 %	0 %	75 %	25 %	472433981
28	NC_020562	GCGA	2	8	10133	10140	25 %	0 %	50 %	25 %	472433982
29	NC_020562	CCGA	2	8	10776	10783	25 %	0 %	25 %	50 %	472433982
30	NC_020562	GGCC	2	8	11137	11144	0 %	0 %	50 %	50 %	472433982
31	NC_020562	GAGC	2	8	11755	11762	25 %	0 %	50 %	25 %	472433983
32	NC_020562	TCAT	2	8	11992	11999	25 %	50 %	0 %	25 %	472433983
33	NC_020562	AGAC	2	8	13558	13565	50 %	0 %	25 %	25 %	472433985
34	NC_020562	CATT	2	8	13969	13976	25 %	50 %	0 %	25 %	472433985
35	NC_020562	CATT	2	8	13990	13997	25 %	50 %	0 %	25 %	472433985
36	NC_020562	ATGG	2	8	14084	14091	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
37	NC_020562	CGCC	2	8	14197	14204	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
38	NC_020562	CGGG	2	8	15248	15255	0 %	0 %	75 %	25 %	472433986
39	NC_020562	ATCG	2	8	16081	16088	25 %	25 %	25 %	25 %	472433987
40	NC_020562	AGGT	2	8	16118	16125	25 %	25 %	50 %	0 %	472433987
41	NC_020562	TCCG	2	8	16390	16397	0 %	25 %	25 %	50 %	472433987
42	NC_020562	AGCC	2	8	16614	16621	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
43	NC_020562	CAGG	2	8	16907	16914	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
44	NC_020562	TCAT	2	8	16998	17005	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
45	NC_020562	TGAT	2	8	17463	17470	25 %	50 %	25 %	0 %	472433988
46	NC_020562	GGGT	2	8	17637	17644	0 %	25 %	75 %	0 %	472433988
47	NC_020562	CGCC	2	8	17677	17684	0 %	0 %	25 %	75 %	472433988
48	NC_020562	CGGC	2	8	17949	17956	0 %	0 %	50 %	50 %	472433988
49	NC_020562	CGAT	2	8	18505	18512	25 %	25 %	25 %	25 %	472433989
50	NC_020562	TCGC	2	8	18823	18830	0 %	25 %	25 %	50 %	472433989
51	NC_020562	GGGC	2	8	19169	19176	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
52	NC_020562	GCCG	2	8	19567	19574	0 %	0 %	50 %	50 %	472433990
53	NC_020562	GGGC	2	8	19653	19660	0 %	0 %	75 %	25 %	472433990
54	NC_020562	TGGG	2	8	20780	20787	0 %	25 %	75 %	0 %	472433991
55	NC_020562	GCTG	2	8	20999	21006	0 %	25 %	50 %	25 %	472433991
56	NC_020562	CTGG	2	8	21393	21400	0 %	25 %	50 %	25 %	472433991
57	NC_020562	CGGA	2	8	21532	21539	25 %	0 %	50 %	25 %	472433992
58	NC_020562	TCGC	2	8	21630	21637	0 %	25 %	25 %	50 %	472433992
59	NC_020562	CCGA	2	8	21735	21742	25 %	0 %	25 %	50 %	472433992
60	NC_020562	GACG	2	8	21810	21817	25 %	0 %	50 %	25 %	472433992
61	NC_020562	GATC	2	8	22063	22070	25 %	25 %	25 %	25 %	472433993
62	NC_020562	GCCG	3	12	22337	22348	0 %	0 %	50 %	50 %	472433993
63	NC_020562	CATT	2	8	22832	22839	25 %	50 %	0 %	25 %	472433993
64	NC_020562	CCGA	2	8	23406	23413	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
65	NC_020562	ATGA	2	8	23439	23446	50 %	25 %	25 %	0 %	472433994
66	NC_020562	GCAT	2	8	23722	23729	25 %	25 %	25 %	25 %	472433994
67	NC_020562	CGAC	2	8	24119	24126	25 %	0 %	25 %	50 %	472433994
68	NC_020562	AACC	2	8	24330	24337	50 %	0 %	0 %	50 %	472433994
69	NC_020562	GATC	2	8	25051	25058	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
70	NC_020562	TGGA	2	8	25155	25162	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
71	NC_020562	CACG	2	8	25372	25379	25 %	0 %	25 %	50 %	472433995
72	NC_020562	TCGC	2	8	25751	25758	0 %	25 %	25 %	50 %	472433996
73	NC_020562	CGAC	2	8	25938	25945	25 %	0 %	25 %	50 %	472433996
74	NC_020562	TGGC	2	8	26386	26393	0 %	25 %	50 %	25 %	472433996
75	NC_020562	GCGG	2	8	27006	27013	0 %	0 %	75 %	25 %	472433996
76	NC_020562	GGCC	2	8	27453	27460	0 %	0 %	50 %	50 %	472433996
77	NC_020562	GCCG	2	8	27525	27532	0 %	0 %	50 %	50 %	472433996
78	NC_020562	CGCT	2	8	27552	27559	0 %	25 %	25 %	50 %	472433996
79	NC_020562	ATTA	2	8	28444	28451	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_020562	GCCT	3	12	29017	29028	0 %	25 %	25 %	50 %	472433997
81	NC_020562	TCCG	2	8	29047	29054	0 %	25 %	25 %	50 %	472433997
82	NC_020562	CTGG	2	8	29406	29413	0 %	25 %	50 %	25 %	472433997
83	NC_020562	TCGC	2	8	29839	29846	0 %	25 %	25 %	50 %	472433998
84	NC_020562	GATC	2	8	29865	29872	25 %	25 %	25 %	25 %	472433998
85	NC_020562	CGAG	2	8	30060	30067	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
86	NC_020562	ACCT	2	8	30113	30120	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
87	NC_020562	GCTC	2	8	30238	30245	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
88	NC_020562	CCCA	2	8	30313	30320	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
89	NC_020562	CGTC	2	8	30321	30328	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
90	NC_020562	GAAG	2	8	30332	30339	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
91	NC_020562	CACC	2	8	30572	30579	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
92	NC_020562	ATCG	2	8	30839	30846	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
93	NC_020562	CCAG	2	8	31978	31985	25 %	0 %	25 %	50 %	472434002
94	NC_020562	GAAC	2	8	32048	32055	50 %	0 %	25 %	25 %	472434002
95	NC_020562	CCTT	2	8	32587	32594	0 %	50 %	0 %	50 %	472434002
96	NC_020562	GCCG	3	12	33291	33302	0 %	0 %	50 %	50 %	472434003
97	NC_020562	CGGG	2	8	34144	34151	0 %	0 %	75 %	25 %	472434003
98	NC_020562	CCGG	2	8	34898	34905	0 %	0 %	50 %	50 %	472434003
99	NC_020562	GGCG	2	8	34987	34994	0 %	0 %	75 %	25 %	472434003
100	NC_020562	TCGG	2	8	35088	35095	0 %	25 %	50 %	25 %	472434003
101	NC_020562	CTCG	2	8	36328	36335	0 %	25 %	25 %	50 %	472434004
102	NC_020562	GGGA	2	8	36379	36386	25 %	0 %	75 %	0 %	472434004
103	NC_020562	ATCG	2	8	37050	37057	25 %	25 %	25 %	25 %	472434005
104	NC_020562	AGGT	2	8	37087	37094	25 %	25 %	50 %	0 %	472434005
105	NC_020562	TCCG	2	8	37359	37366	0 %	25 %	25 %	50 %	472434005
106	NC_020562	ATCG	2	8	37914	37921	25 %	25 %	25 %	25 %	472434006
107	NC_020562	CTCG	2	8	37980	37987	0 %	25 %	25 %	50 %	472434006
108	NC_020562	CCAT	2	8	38532	38539	25 %	25 %	0 %	50 %	472434007
109	NC_020562	CTGA	2	8	38651	38658	25 %	25 %	25 %	25 %	472434007
110	NC_020562	TCGG	2	8	38853	38860	0 %	25 %	50 %	25 %	472434007
111	NC_020562	GGCT	2	8	38963	38970	0 %	25 %	50 %	25 %	472434007
112	NC_020562	GCGA	2	8	39102	39109	25 %	0 %	50 %	25 %	472434007
113	NC_020562	GCCC	2	8	39876	39883	0 %	0 %	25 %	75 %	472434008
114	NC_020562	GATC	2	8	39884	39891	25 %	25 %	25 %	25 %	472434008
115	NC_020562	GTCG	2	8	40677	40684	0 %	25 %	50 %	25 %	472434008
116	NC_020562	GCAA	2	8	41137	41144	50 %	0 %	25 %	25 %	472434008
117	NC_020562	ATCG	2	8	41645	41652	25 %	25 %	25 %	25 %	472434009
118	NC_020562	GGTC	2	8	41797	41804	0 %	25 %	50 %	25 %	472434009
119	NC_020562	TCCA	2	8	42488	42495	25 %	25 %	0 %	50 %	472434010
120	NC_020562	CTGC	2	8	42867	42874	0 %	25 %	25 %	50 %	472434010
121	NC_020562	GATC	2	8	42925	42932	25 %	25 %	25 %	25 %	472434010
122	NC_020562	CCGC	2	8	42983	42990	0 %	0 %	25 %	75 %	472434011
123	NC_020562	GCGA	2	8	43111	43118	25 %	0 %	50 %	25 %	472434011
124	NC_020562	CGCC	2	8	44013	44020	0 %	0 %	25 %	75 %	472434013
125	NC_020562	CGAT	2	8	44216	44223	25 %	25 %	25 %	25 %	472434013
126	NC_020562	GACG	2	8	44420	44427	25 %	0 %	50 %	25 %	472434014
127	NC_020562	ACGG	2	8	44466	44473	25 %	0 %	50 %	25 %	472434014
128	NC_020562	CGAG	2	8	45212	45219	25 %	0 %	50 %	25 %	472434015
129	NC_020562	CCGG	2	8	45329	45336	0 %	0 %	50 %	50 %	472434015
130	NC_020562	GTGC	2	8	45838	45845	0 %	25 %	50 %	25 %	472434016
131	NC_020562	ATCG	2	8	46170	46177	25 %	25 %	25 %	25 %	472434016
132	NC_020562	CTCG	2	8	46232	46239	0 %	25 %	25 %	50 %	472434016
133	NC_020562	CGAT	2	8	46252	46259	25 %	25 %	25 %	25 %	472434016
134	NC_020562	CGTC	2	8	46438	46445	0 %	25 %	25 %	50 %	472434016
135	NC_020562	TCCG	2	8	46598	46605	0 %	25 %	25 %	50 %	472434016
136	NC_020562	CGCC	2	8	47357	47364	0 %	0 %	25 %	75 %	472434016
137	NC_020562	CCAT	2	8	47464	47471	25 %	25 %	0 %	50 %	472434016
138	NC_020562	CAGC	2	8	47876	47883	25 %	0 %	25 %	50 %	472434016
139	NC_020562	GCCG	2	8	48001	48008	0 %	0 %	50 %	50 %	472434017
140	NC_020562	CGGC	2	8	48051	48058	0 %	0 %	50 %	50 %	472434017
141	NC_020562	GATG	2	8	48272	48279	25 %	25 %	50 %	0 %	472434017
142	NC_020562	CGGG	2	8	48656	48663	0 %	0 %	75 %	25 %	472434017
143	NC_020562	TTCG	2	8	49083	49090	0 %	50 %	25 %	25 %	472434018
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262	NC_020562	TCGA	2	8	97117	97124	25 %	25 %	25 %	25 %	472434066
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278	NC_020562	GCCA	2	8	107693	107700	25 %	0 %	25 %	50 %	472434078
279	NC_020562	CAGG	2	8	108017	108024	25 %	0 %	50 %	25 %	472434079
280	NC_020562	ATCG	2	8	108444	108451	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
281	NC_020562	CGAG	2	8	108925	108932	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
282	NC_020562	GAGG	2	8	109027	109034	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
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418	NC_020562	GTCG	2	8	163168	163175	0 %	25 %	50 %	25 %	472434143
419	NC_020562	GTGC	2	8	163426	163433	0 %	25 %	50 %	25 %	472434143
420	NC_020562	GGCG	2	8	163450	163457	0 %	0 %	75 %	25 %	472434143
421	NC_020562	CCAT	2	8	164055	164062	25 %	25 %	0 %	50 %	472434143
422	NC_020562	CACG	2	8	164403	164410	25 %	0 %	25 %	50 %	472434143
423	NC_020562	CGGC	2	8	166927	166934	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
424	NC_020562	TCCT	2	8	167377	167384	0 %	50 %	0 %	50 %	472434146
425	NC_020562	GGGC	2	8	167658	167665	0 %	0 %	75 %	25 %	472434146
426	NC_020562	GGCC	2	8	168174	168181	0 %	0 %	50 %	50 %	472434146
427	NC_020562	AGCG	2	8	168751	168758	25 %	0 %	50 %	25 %	472434147
428	NC_020562	CGGA	2	8	169171	169178	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
429	NC_020562	CGCC	2	8	169296	169303	0 %	0 %	25 %	75 %	472434148
430	NC_020562	ACGC	2	8	169450	169457	25 %	0 %	25 %	50 %	472434148
431	NC_020562	GACG	2	8	169574	169581	25 %	0 %	50 %	25 %	472434148
432	NC_020562	CGGC	2	8	169591	169598	0 %	0 %	50 %	50 %	472434148
433	NC_020562	CGAT	2	8	169704	169711	25 %	25 %	25 %	25 %	472434148
434	NC_020562	GGGC	2	8	170069	170076	0 %	0 %	75 %	25 %	472434148
435	NC_020562	GATC	2	8	170518	170525	25 %	25 %	25 %	25 %	472434148
436	NC_020562	TGCC	2	8	170865	170872	0 %	25 %	25 %	50 %	472434148
437	NC_020562	CGAT	2	8	171286	171293	25 %	25 %	25 %	25 %	472434148
438	NC_020562	TCGG	2	8	171558	171565	0 %	25 %	50 %	25 %	472434148
439	NC_020562	CGGA	2	8	171706	171713	25 %	0 %	50 %	25 %	472434148

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.