MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Coding Repeats of Sphingomonas sp. MM-1 plasmid pISP1

Total Repeats: 349

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020562	CGCC	2	8	1312	1319	0 %	0 %	25 %	75 %	472433975
2	NC_020562	AGGC	2	8	1895	1902	25 %	0 %	50 %	25 %	472433976
3	NC_020562	ATCG	2	8	4465	4472	25 %	25 %	25 %	25 %	472433977
4	NC_020562	AGGT	2	8	4502	4509	25 %	25 %	50 %	0 %	472433977
5	NC_020562	TCCG	2	8	4774	4781	0 %	25 %	25 %	50 %	472433977
6	NC_020562	TCGC	2	8	6416	6423	0 %	25 %	25 %	50 %	472433978
7	NC_020562	GCTG	2	8	6514	6521	0 %	25 %	50 %	25 %	472433978
8	NC_020562	TCGG	2	8	6757	6764	0 %	25 %	50 %	25 %	472433979
9	NC_020562	CTGC	2	8	6918	6925	0 %	25 %	25 %	50 %	472433979
10	NC_020562	GCTG	2	8	7424	7431	0 %	25 %	50 %	25 %	472433979
11	NC_020562	TCCA	2	8	7565	7572	25 %	25 %	0 %	50 %	472433979
12	NC_020562	GGAC	2	8	7631	7638	25 %	0 %	50 %	25 %	472433979
13	NC_020562	ACCT	2	8	7906	7913	25 %	25 %	0 %	50 %	472433980
14	NC_020562	CGAT	2	8	7943	7950	25 %	25 %	25 %	25 %	472433980
15	NC_020562	GGGC	2	8	8659	8666	0 %	0 %	75 %	25 %	472433981
16	NC_020562	GGGC	2	8	9148	9155	0 %	0 %	75 %	25 %	472433981
17	NC_020562	GGCG	2	8	9671	9678	0 %	0 %	75 %	25 %	472433981
18	NC_020562	GCGA	2	8	10133	10140	25 %	0 %	50 %	25 %	472433982
19	NC_020562	CCGA	2	8	10776	10783	25 %	0 %	25 %	50 %	472433982
20	NC_020562	GGCC	2	8	11137	11144	0 %	0 %	50 %	50 %	472433982
21	NC_020562	GAGC	2	8	11755	11762	25 %	0 %	50 %	25 %	472433983
22	NC_020562	TCAT	2	8	11992	11999	25 %	50 %	0 %	25 %	472433983
23	NC_020562	AGAC	2	8	13558	13565	50 %	0 %	25 %	25 %	472433985
24	NC_020562	CATT	2	8	13969	13976	25 %	50 %	0 %	25 %	472433985
25	NC_020562	CATT	2	8	13990	13997	25 %	50 %	0 %	25 %	472433985
26	NC_020562	CGGG	2	8	15248	15255	0 %	0 %	75 %	25 %	472433986
27	NC_020562	ATCG	2	8	16081	16088	25 %	25 %	25 %	25 %	472433987
28	NC_020562	AGGT	2	8	16118	16125	25 %	25 %	50 %	0 %	472433987
29	NC_020562	TCCG	2	8	16390	16397	0 %	25 %	25 %	50 %	472433987
30	NC_020562	TGAT	2	8	17463	17470	25 %	50 %	25 %	0 %	472433988
31	NC_020562	GGGT	2	8	17637	17644	0 %	25 %	75 %	0 %	472433988
32	NC_020562	CGCC	2	8	17677	17684	0 %	0 %	25 %	75 %	472433988
33	NC_020562	CGGC	2	8	17949	17956	0 %	0 %	50 %	50 %	472433988
34	NC_020562	CGAT	2	8	18505	18512	25 %	25 %	25 %	25 %	472433989
35	NC_020562	TCGC	2	8	18823	18830	0 %	25 %	25 %	50 %	472433989
36	NC_020562	GCCG	2	8	19567	19574	0 %	0 %	50 %	50 %	472433990
37	NC_020562	GGGC	2	8	19653	19660	0 %	0 %	75 %	25 %	472433990
38	NC_020562	TGGG	2	8	20780	20787	0 %	25 %	75 %	0 %	472433991
39	NC_020562	GCTG	2	8	20999	21006	0 %	25 %	50 %	25 %	472433991
40	NC_020562	CTGG	2	8	21393	21400	0 %	25 %	50 %	25 %	472433991
41	NC_020562	CGGA	2	8	21532	21539	25 %	0 %	50 %	25 %	472433992
42	NC_020562	TCGC	2	8	21630	21637	0 %	25 %	25 %	50 %	472433992
43	NC_020562	CCGA	2	8	21735	21742	25 %	0 %	25 %	50 %	472433992
44	NC_020562	GACG	2	8	21810	21817	25 %	0 %	50 %	25 %	472433992
45	NC_020562	GATC	2	8	22063	22070	25 %	25 %	25 %	25 %	472433993
46	NC_020562	GCCG	3	12	22337	22348	0 %	0 %	50 %	50 %	472433993
47	NC_020562	CATT	2	8	22832	22839	25 %	50 %	0 %	25 %	472433993
48	NC_020562	ATGA	2	8	23439	23446	50 %	25 %	25 %	0 %	472433994
49	NC_020562	GCAT	2	8	23722	23729	25 %	25 %	25 %	25 %	472433994
50	NC_020562	CGAC	2	8	24119	24126	25 %	0 %	25 %	50 %	472433994
51	NC_020562	AACC	2	8	24330	24337	50 %	0 %	0 %	50 %	472433994
52	NC_020562	CACG	2	8	25372	25379	25 %	0 %	25 %	50 %	472433995
53	NC_020562	TCGC	2	8	25751	25758	0 %	25 %	25 %	50 %	472433996
54	NC_020562	CGAC	2	8	25938	25945	25 %	0 %	25 %	50 %	472433996
55	NC_020562	TGGC	2	8	26386	26393	0 %	25 %	50 %	25 %	472433996
56	NC_020562	GCGG	2	8	27006	27013	0 %	0 %	75 %	25 %	472433996
57	NC_020562	GGCC	2	8	27453	27460	0 %	0 %	50 %	50 %	472433996
58	NC_020562	GCCG	2	8	27525	27532	0 %	0 %	50 %	50 %	472433996
59	NC_020562	CGCT	2	8	27552	27559	0 %	25 %	25 %	50 %	472433996
60	NC_020562	GCCT	3	12	29017	29028	0 %	25 %	25 %	50 %	472433997
61	NC_020562	TCCG	2	8	29047	29054	0 %	25 %	25 %	50 %	472433997
62	NC_020562	CTGG	2	8	29406	29413	0 %	25 %	50 %	25 %	472433997
63	NC_020562	TCGC	2	8	29839	29846	0 %	25 %	25 %	50 %	472433998
64	NC_020562	GATC	2	8	29865	29872	25 %	25 %	25 %	25 %	472433998
65	NC_020562	CCAG	2	8	31978	31985	25 %	0 %	25 %	50 %	472434002
66	NC_020562	GAAC	2	8	32048	32055	50 %	0 %	25 %	25 %	472434002
67	NC_020562	CCTT	2	8	32587	32594	0 %	50 %	0 %	50 %	472434002
68	NC_020562	GCCG	3	12	33291	33302	0 %	0 %	50 %	50 %	472434003
69	NC_020562	CGGG	2	8	34144	34151	0 %	0 %	75 %	25 %	472434003
70	NC_020562	CCGG	2	8	34898	34905	0 %	0 %	50 %	50 %	472434003
71	NC_020562	GGCG	2	8	34987	34994	0 %	0 %	75 %	25 %	472434003
72	NC_020562	TCGG	2	8	35088	35095	0 %	25 %	50 %	25 %	472434003
73	NC_020562	CTCG	2	8	36328	36335	0 %	25 %	25 %	50 %	472434004
74	NC_020562	GGGA	2	8	36379	36386	25 %	0 %	75 %	0 %	472434004
75	NC_020562	ATCG	2	8	37050	37057	25 %	25 %	25 %	25 %	472434005
76	NC_020562	AGGT	2	8	37087	37094	25 %	25 %	50 %	0 %	472434005
77	NC_020562	TCCG	2	8	37359	37366	0 %	25 %	25 %	50 %	472434005
78	NC_020562	ATCG	2	8	37914	37921	25 %	25 %	25 %	25 %	472434006
79	NC_020562	CTCG	2	8	37980	37987	0 %	25 %	25 %	50 %	472434006
80	NC_020562	CCAT	2	8	38532	38539	25 %	25 %	0 %	50 %	472434007
81	NC_020562	CTGA	2	8	38651	38658	25 %	25 %	25 %	25 %	472434007
82	NC_020562	TCGG	2	8	38853	38860	0 %	25 %	50 %	25 %	472434007
83	NC_020562	GGCT	2	8	38963	38970	0 %	25 %	50 %	25 %	472434007
84	NC_020562	GCGA	2	8	39102	39109	25 %	0 %	50 %	25 %	472434007
85	NC_020562	GCCC	2	8	39876	39883	0 %	0 %	25 %	75 %	472434008
86	NC_020562	GATC	2	8	39884	39891	25 %	25 %	25 %	25 %	472434008
87	NC_020562	GTCG	2	8	40677	40684	0 %	25 %	50 %	25 %	472434008
88	NC_020562	GCAA	2	8	41137	41144	50 %	0 %	25 %	25 %	472434008
89	NC_020562	ATCG	2	8	41645	41652	25 %	25 %	25 %	25 %	472434009
90	NC_020562	GGTC	2	8	41797	41804	0 %	25 %	50 %	25 %	472434009
91	NC_020562	TCCA	2	8	42488	42495	25 %	25 %	0 %	50 %	472434010
92	NC_020562	CTGC	2	8	42867	42874	0 %	25 %	25 %	50 %	472434010
93	NC_020562	GATC	2	8	42925	42932	25 %	25 %	25 %	25 %	472434010
94	NC_020562	CCGC	2	8	42983	42990	0 %	0 %	25 %	75 %	472434011
95	NC_020562	GCGA	2	8	43111	43118	25 %	0 %	50 %	25 %	472434011
96	NC_020562	CGCC	2	8	44013	44020	0 %	0 %	25 %	75 %	472434013
97	NC_020562	CGAT	2	8	44216	44223	25 %	25 %	25 %	25 %	472434013
98	NC_020562	GACG	2	8	44420	44427	25 %	0 %	50 %	25 %	472434014
99	NC_020562	ACGG	2	8	44466	44473	25 %	0 %	50 %	25 %	472434014
100	NC_020562	CGAG	2	8	45212	45219	25 %	0 %	50 %	25 %	472434015
101	NC_020562	CCGG	2	8	45329	45336	0 %	0 %	50 %	50 %	472434015
102	NC_020562	GTGC	2	8	45838	45845	0 %	25 %	50 %	25 %	472434016
103	NC_020562	ATCG	2	8	46170	46177	25 %	25 %	25 %	25 %	472434016
104	NC_020562	CTCG	2	8	46232	46239	0 %	25 %	25 %	50 %	472434016
105	NC_020562	CGAT	2	8	46252	46259	25 %	25 %	25 %	25 %	472434016
106	NC_020562	CGTC	2	8	46438	46445	0 %	25 %	25 %	50 %	472434016
107	NC_020562	TCCG	2	8	46598	46605	0 %	25 %	25 %	50 %	472434016
108	NC_020562	CGCC	2	8	47357	47364	0 %	0 %	25 %	75 %	472434016
109	NC_020562	CCAT	2	8	47464	47471	25 %	25 %	0 %	50 %	472434016
110	NC_020562	CAGC	2	8	47876	47883	25 %	0 %	25 %	50 %	472434016
111	NC_020562	GCCG	2	8	48001	48008	0 %	0 %	50 %	50 %	472434017
112	NC_020562	CGGC	2	8	48051	48058	0 %	0 %	50 %	50 %	472434017
113	NC_020562	GATG	2	8	48272	48279	25 %	25 %	50 %	0 %	472434017
114	NC_020562	CGGG	2	8	48656	48663	0 %	0 %	75 %	25 %	472434017
115	NC_020562	TTCG	2	8	49083	49090	0 %	50 %	25 %	25 %	472434018
116	NC_020562	GCAG	2	8	49110	49117	25 %	0 %	50 %	25 %	472434018
117	NC_020562	CCTG	2	8	49541	49548	0 %	25 %	25 %	50 %	472434018
118	NC_020562	ATCG	2	8	49656	49663	25 %	25 %	25 %	25 %	472434018
119	NC_020562	AGCG	2	8	49737	49744	25 %	0 %	50 %	25 %	472434018
120	NC_020562	CCAG	2	8	49750	49757	25 %	0 %	25 %	50 %	472434018
121	NC_020562	AGCG	2	8	49804	49811	25 %	0 %	50 %	25 %	472434018
122	NC_020562	CGAG	2	8	50106	50113	25 %	0 %	50 %	25 %	472434019
123	NC_020562	GCCC	2	8	50547	50554	0 %	0 %	25 %	75 %	472434019
124	NC_020562	TCGA	2	8	50810	50817	25 %	25 %	25 %	25 %	472434019
125	NC_020562	GGGC	2	8	51106	51113	0 %	0 %	75 %	25 %	472434019
126	NC_020562	GAGC	2	8	51205	51212	25 %	0 %	50 %	25 %	472434020
127	NC_020562	CGTT	2	8	51501	51508	0 %	50 %	25 %	25 %	472434020
128	NC_020562	CATC	2	8	51688	51695	25 %	25 %	0 %	50 %	472434020
129	NC_020562	AAGG	2	8	51908	51915	50 %	0 %	50 %	0 %	472434020
130	NC_020562	TTCC	2	8	51961	51968	0 %	50 %	0 %	50 %	472434021
131	NC_020562	CGCC	2	8	52338	52345	0 %	0 %	25 %	75 %	472434021
132	NC_020562	GCCG	2	8	52577	52584	0 %	0 %	50 %	50 %	472434022
133	NC_020562	GCCT	2	8	52628	52635	0 %	25 %	25 %	50 %	472434022
134	NC_020562	ACTG	2	8	53182	53189	25 %	25 %	25 %	25 %	472434023
135	NC_020562	CGGT	2	8	54315	54322	0 %	25 %	50 %	25 %	472434024
136	NC_020562	CAGG	2	8	55816	55823	25 %	0 %	50 %	25 %	472434026
137	NC_020562	CGGC	2	8	55897	55904	0 %	0 %	50 %	50 %	472434026
138	NC_020562	CGCC	2	8	56468	56475	0 %	0 %	25 %	75 %	472434026
139	NC_020562	TGGC	2	8	57464	57471	0 %	25 %	50 %	25 %	472434027
140	NC_020562	GAGC	2	8	57605	57612	25 %	0 %	50 %	25 %	472434027
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.