MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Non-Coding Repeats of Sphingomonas sp. MM-1 plasmid pISP1

Total Repeats: 485

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020562	GCG	2	6	15	20	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_020562	CGC	2	6	114	119	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
3	NC_020562	TTG	2	6	130	135	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4	NC_020562	GCC	2	6	234	239	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
5	NC_020562	TGC	2	6	281	286	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_020562	CGC	2	6	315	320	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
7	NC_020562	AGC	2	6	322	327	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_020562	GGC	2	6	457	462	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_020562	CGG	2	6	2467	2472	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_020562	CGC	3	9	2488	2496	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
11	NC_020562	GTT	2	6	2520	2525	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
12	NC_020562	GCA	2	6	2538	2543	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_020562	CGG	2	6	2551	2556	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_020562	CTT	2	6	2586	2591	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_020562	TGC	2	6	2728	2733	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
16	NC_020562	ACG	2	6	2871	2876	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_020562	GAT	2	6	2878	2883	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
18	NC_020562	TGC	2	6	3034	3039	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_020562	TTG	2	6	3127	3132	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
20	NC_020562	CGG	2	6	3136	3141	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_020562	CAT	2	6	3157	3162	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_020562	CGA	2	6	3231	3236	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_020562	CCA	2	6	3300	3305	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
24	NC_020562	GAG	2	6	3347	3352	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
25	NC_020562	GCT	3	9	3412	3420	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_020562	GCG	2	6	3768	3773	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_020562	GCG	2	6	3806	3811	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_020562	AGC	2	6	3851	3856	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_020562	CAA	2	6	3934	3939	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_020562	GGC	2	6	3970	3975	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_020562	CTT	2	6	4846	4851	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_020562	CAA	2	6	5041	5046	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_020562	GGC	2	6	5078	5083	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_020562	TCC	2	6	5181	5186	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
35	NC_020562	AGG	2	6	5190	5195	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
36	NC_020562	TCA	2	6	5208	5213	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_020562	TGT	2	6	5215	5220	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
38	NC_020562	GAA	2	6	5255	5260	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
39	NC_020562	CTT	2	6	5335	5340	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_020562	GCC	2	6	8440	8445	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
41	NC_020562	CGG	2	6	8535	8540	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_020562	GAC	2	6	8561	8566	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_020562	ACA	2	6	8597	8602	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_020562	ATT	2	6	8617	8622	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_020562	ATG	2	6	11372	11377	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
46	NC_020562	AGG	2	6	11429	11434	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
47	NC_020562	GGA	2	6	11700	11705	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
48	NC_020562	ATT	2	6	12475	12480	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_020562	GCA	2	6	12538	12543	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_020562	GTT	2	6	12658	12663	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
51	NC_020562	AGG	2	6	12723	12728	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
52	NC_020562	GCG	2	6	12777	12782	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_020562	AGG	2	6	12820	12825	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
54	NC_020562	GTC	3	9	12834	12842	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_020562	CAA	2	6	12866	12871	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_020562	TGG	2	6	14155	14160	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
57	NC_020562	GCC	2	6	14226	14231	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
58	NC_020562	AAG	2	6	14369	14374	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
59	NC_020562	CGG	2	6	14409	14414	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_020562	CGC	2	6	14479	14484	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
61	NC_020562	CGG	2	6	14499	14504	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_020562	TGC	2	6	14532	14537	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
63	NC_020562	CCA	2	6	16455	16460	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
64	NC_020562	CCG	2	6	16468	16473	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
65	NC_020562	CCG	2	6	16535	16540	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
66	NC_020562	TCG	2	6	16813	16818	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_020562	CAG	2	6	16864	16869	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_020562	AGC	2	6	16922	16927	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_020562	ACC	2	6	17026	17031	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
70	NC_020562	ATC	2	6	17044	17049	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_020562	CTC	2	6	18010	18015	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
72	NC_020562	CAT	2	6	18096	18101	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_020562	CGT	2	6	18161	18166	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_020562	CAA	2	6	18181	18186	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_020562	GTT	2	6	18248	18253	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
76	NC_020562	GAC	2	6	18339	18344	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_020562	GCG	2	6	19235	19240	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
78	NC_020562	CGC	2	6	24574	24579	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
79	NC_020562	CGG	2	6	24721	24726	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
80	NC_020562	GCG	2	6	24801	24806	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
81	NC_020562	GCA	2	6	24832	24837	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
82	NC_020562	AGC	2	6	24858	24863	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
83	NC_020562	GCC	2	6	24919	24924	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
84	NC_020562	CGG	2	6	24977	24982	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_020562	GCC	2	6	24990	24995	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
86	NC_020562	GCT	2	6	24999	25004	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_020562	TAC	2	6	25024	25029	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_020562	ACA	2	6	25033	25038	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_020562	GCA	2	6	25328	25333	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
90	NC_020562	GGT	2	6	27658	27663	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
91	NC_020562	TTG	2	6	27695	27700	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
92	NC_020562	CTG	3	9	27702	27710	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
93	NC_020562	ACG	2	6	27722	27727	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
94	NC_020562	CTT	2	6	27733	27738	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
95	NC_020562	GTC	2	6	27770	27775	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
96	NC_020562	GCC	2	6	27854	27859	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
97	NC_020562	TTA	2	6	28010	28015	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_020562	ATC	2	6	28028	28033	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_020562	CAT	2	6	28110	28115	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
100	NC_020562	ATA	2	6	28201	28206	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_020562	ACA	2	6	28256	28261	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_020562	GAA	2	6	28303	28308	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
103	NC_020562	ATT	2	6	28486	28491	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_020562	CCA	2	6	28507	28512	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
105	NC_020562	CCA	2	6	28675	28680	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
106	NC_020562	GTC	2	6	28693	28698	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
107	NC_020562	GTT	2	6	28876	28881	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
108	NC_020562	ATG	2	6	28923	28928	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
109	NC_020562	GGC	2	6	29542	29547	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
110	NC_020562	TCA	2	6	29562	29567	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
111	NC_020562	AGG	2	6	29694	29699	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
112	NC_020562	GAG	2	6	29706	29711	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
113	NC_020562	CTC	2	6	30007	30012	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
114	NC_020562	TGG	2	6	30100	30105	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
115	NC_020562	GTT	2	6	30128	30133	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
116	NC_020562	CAA	2	6	30265	30270	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
117	NC_020562	TCA	2	6	30298	30303	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
118	NC_020562	GCA	2	6	30348	30353	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
119	NC_020562	AAC	2	6	30394	30399	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
120	NC_020562	TGC	2	6	30488	30493	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
121	NC_020562	CCG	2	6	30518	30523	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
122	NC_020562	CGC	2	6	30599	30604	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
123	NC_020562	GCC	2	6	30679	30684	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
124	NC_020562	GAT	2	6	30764	30769	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
125	NC_020562	ACA	2	6	30772	30777	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
126	NC_020562	CGG	2	6	31041	31046	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
127	NC_020562	GAT	2	6	31636	31641	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
128	NC_020562	GCT	2	6	31658	31663	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
129	NC_020562	CGG	2	6	31745	31750	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
130	NC_020562	CGA	2	6	31768	31773	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
131	NC_020562	CCT	2	6	32869	32874	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
132	NC_020562	CGC	2	6	32910	32915	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
133	NC_020562	ACT	2	6	32957	32962	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
134	NC_020562	CGG	2	6	33094	33099	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
135	NC_020562	GCG	2	6	33132	33137	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
136	NC_020562	GCG	2	6	33169	33174	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
137	NC_020562	CGA	2	6	33208	33213	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
138	NC_020562	CCG	2	6	33242	33247	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
139	NC_020562	CAG	2	6	35615	35620	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
140	NC_020562	CAG	2	6	35639	35644	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
141	NC_020562	CGT	2	6	35781	35786	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
142	NC_020562	CGC	2	6	35925	35930	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
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145	NC_020562	GCG	2	6	38289	38294	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
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278	NC_020562	TCC	2	6	86968	86973	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
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281	NC_020562	CAT	2	6	89604	89609	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
282	NC_020562	GCA	2	6	90010	90015	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
283	NC_020562	ACC	2	6	90064	90069	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
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411	NC_020562	ATT	2	6	137762	137767	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
412	NC_020562	ATC	2	6	137840	137845	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
413	NC_020562	GGA	2	6	137881	137886	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
414	NC_020562	TGG	2	6	139204	139209	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
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421	NC_020562	TCA	2	6	142958	142963	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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424	NC_020562	GCG	2	6	143025	143030	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
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431	NC_020562	TCG	2	6	144132	144137	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
432	NC_020562	GCC	2	6	145946	145951	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
433	NC_020562	AGC	2	6	148131	148136	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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435	NC_020562	GGC	2	6	149251	149256	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
436	NC_020562	ATC	2	6	150708	150713	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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440	NC_020562	ATA	2	6	151679	151684	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
441	NC_020562	CGC	2	6	151866	151871	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
442	NC_020562	CGG	2	6	151885	151890	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
443	NC_020562	GAT	2	6	152248	152253	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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445	NC_020562	GAG	2	6	155802	155807	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
446	NC_020562	GAT	2	6	157050	157055	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.