MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Sphingomonas sp. MM-1

Total Repeats: 144

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020561	TCGGTT	2	12	9556	9567	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_020561	CGGCGC	2	12	56373	56384	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
3	NC_020561	GCACCG	2	12	57635	57646	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
4	NC_020561	CCTTGT	2	12	206499	206510	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_020561	AGGGAG	2	12	229725	229736	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
6	NC_020561	GCTGGC	2	12	348998	349009	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_020561	TCCCGA	2	12	376298	376309	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
8	NC_020561	CCGCGC	2	12	401784	401795	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
9	NC_020561	CCGGCC	2	12	402532	402543	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
10	NC_020561	GGCGAT	2	12	408855	408866	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_020561	GGCGAT	2	12	445464	445475	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_020561	GGGGAA	2	12	514361	514372	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
13	NC_020561	AACAGC	2	12	537494	537505	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_020561	TCCGCC	2	12	579925	579936	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
15	NC_020561	GCCCCC	2	12	634060	634071	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	Non-Coding
16	NC_020561	CGGATG	2	12	702082	702093	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_020561	GAAAGC	2	12	736158	736169	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
18	NC_020561	CGCCAA	2	12	763847	763858	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
19	NC_020561	GAAACG	2	12	765150	765161	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_020561	CCGCCC	2	12	784142	784153	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	Non-Coding
21	NC_020561	CGAAAC	2	12	786015	786026	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_020561	CGCCCG	2	12	795919	795930	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
23	NC_020561	CGGGGC	2	12	796273	796284	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_020561	GCGTCG	2	12	805427	805438	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_020561	GCCAGC	2	12	819832	819843	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
26	NC_020561	TTTCCC	2	12	863022	863033	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
27	NC_020561	GGCGAA	2	12	914109	914120	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_020561	CGCAAG	2	12	968450	968461	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_020561	TCGGGC	2	12	1012938	1012949	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_020561	TGGCAC	2	12	1042402	1042413	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_020561	GCAGCT	2	12	1061199	1061210	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_020561	GCCGAT	4	24	1061612	1061635	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_020561	CCATGT	2	12	1064344	1064355	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_020561	CGCCTC	2	12	1064723	1064734	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
35	NC_020561	GGAGGG	2	12	1065078	1065089	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
36	NC_020561	GCGGAC	2	12	1111895	1111906	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_020561	CCGCGC	2	12	1153243	1153254	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
38	NC_020561	CGAATC	2	12	1153869	1153880	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_020561	AAGGGA	2	12	1161943	1161954	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
40	NC_020561	CAAGGA	2	12	1165138	1165149	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_020561	TCGCCC	2	12	1175086	1175097	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
42	NC_020561	TCGCGA	2	12	1175104	1175115	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_020561	TCCCCC	2	12	1204847	1204858	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
44	NC_020561	GCCGAT	2	12	1244540	1244551	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_020561	CTATGC	2	12	1315965	1315976	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_020561	CCGCGC	2	12	1320721	1320732	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
47	NC_020561	TGGCTT	2	12	1354361	1354372	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
48	NC_020561	GATCGG	2	12	1354953	1354964	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_020561	TCCGAA	2	12	1356782	1356793	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_020561	GATGGC	2	12	1393225	1393236	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
51	NC_020561	CCTTTC	2	12	1426554	1426565	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
52	NC_020561	TCATCC	2	12	1484798	1484809	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
53	NC_020561	GGGCGC	2	12	1549149	1549160	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
54	NC_020561	GATTGC	2	12	1562676	1562687	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
55	NC_020561	CAACGA	2	12	1578403	1578414	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_020561	CGATCC	2	12	1592496	1592507	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
57	NC_020561	ACCTAT	2	12	1606207	1606218	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
58	NC_020561	ATTTTT	2	12	1609457	1609468	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_020561	CAAAAA	2	12	1609772	1609783	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_020561	CTCCCG	2	12	1628035	1628046	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
61	NC_020561	TCGCGC	2	12	1630144	1630155	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
62	NC_020561	ATCGTG	2	12	1654146	1654157	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
63	NC_020561	TCGCTT	2	12	1672741	1672752	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_020561	GCCCCC	2	12	1690012	1690023	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	Non-Coding
65	NC_020561	AGCGCG	2	12	1730151	1730162	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_020561	GCCCTT	2	12	1748963	1748974	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
67	NC_020561	GGAAAA	4	24	1758244	1758267	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
68	NC_020561	GCTGGC	2	12	1788083	1788094	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_020561	CGCGGA	2	12	1791654	1791665	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
70	NC_020561	ACGGGA	2	12	1806938	1806949	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
71	NC_020561	CTGAAC	2	12	1847650	1847661	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_020561	GCCCTT	2	12	1874391	1874402	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
73	NC_020561	TCCGAA	2	12	1941068	1941079	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_020561	CTGCCA	2	12	1982301	1982312	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
75	NC_020561	ATTGAA	2	12	2006500	2006511	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
76	NC_020561	CGCCGG	2	12	2077622	2077633	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
77	NC_020561	GCTGGC	2	12	2080425	2080436	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
78	NC_020561	CGCGGA	2	12	2083996	2084007	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_020561	CGCCGG	2	12	2090383	2090394	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
80	NC_020561	CGGCGC	2	12	2103868	2103879	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
81	NC_020561	GCACCG	2	12	2105130	2105141	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
82	NC_020561	CTTCCG	2	12	2121768	2121779	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
83	NC_020561	AGCCGG	2	12	2132186	2132197	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_020561	CGCCCG	2	12	2140206	2140217	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
85	NC_020561	GCTTCG	2	12	2237048	2237059	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_020561	GGGAGA	2	12	2340552	2340563	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
87	NC_020561	GCCGGG	2	12	2404362	2404373	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_020561	CGTGGC	2	12	2428730	2428741	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_020561	GGAAAG	2	12	2455957	2455968	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
90	NC_020561	GGGTCT	2	12	2457564	2457575	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
91	NC_020561	CGAGGG	2	12	2493790	2493801	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
92	NC_020561	CCGGCG	2	12	2509489	2509500	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
93	NC_020561	CGCAAG	2	12	2529399	2529410	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
94	NC_020561	TGTCGC	2	12	2551197	2551208	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
95	NC_020561	AATGAC	2	12	2590758	2590769	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
96	NC_020561	CCAAGC	2	12	2598774	2598785	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
97	NC_020561	GCGCCA	2	12	2600300	2600311	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
98	NC_020561	GGCACA	2	12	2618174	2618185	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_020561	ATCGGT	2	12	2724275	2724286	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
100	NC_020561	CGATCC	2	12	2770686	2770697	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
101	NC_020561	AGGGAG	2	12	2814033	2814044	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
102	NC_020561	CTTGGG	2	12	2892484	2892495	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
103	NC_020561	GGTCCC	2	12	2893706	2893717	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
104	NC_020561	GGGAGC	2	12	2920245	2920256	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
105	NC_020561	CGGAGC	2	12	2929110	2929121	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
106	NC_020561	GGGACG	2	12	2959099	2959110	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
107	NC_020561	TGCCGG	2	12	3075793	3075804	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_020561	ACCGCG	2	12	3137958	3137969	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
109	NC_020561	AATCGG	2	12	3204631	3204642	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
110	NC_020561	TGCCCG	2	12	3220583	3220594	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
111	NC_020561	TCCGCC	2	12	3236034	3236045	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
112	NC_020561	GCCTGC	2	12	3252031	3252042	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
113	NC_020561	GCCGGC	2	12	3255823	3255834	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
114	NC_020561	GGCGCC	2	12	3320323	3320334	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
115	NC_020561	ACGGGA	2	12	3352521	3352532	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
116	NC_020561	GAACGG	2	12	3378410	3378421	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
117	NC_020561	GGCGAC	2	12	3430390	3430401	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
118	NC_020561	CCGGAC	2	12	3463471	3463482	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
119	NC_020561	TTGCCG	2	12	3514094	3514105	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
120	NC_020561	TCCCTT	2	12	3543950	3543961	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
121	NC_020561	GCCGGG	2	12	3594721	3594732	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
122	NC_020561	TCCCCT	2	12	3624533	3624544	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
123	NC_020561	GCCCTG	2	12	3624975	3624986	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
124	NC_020561	CATCCT	2	12	3647507	3647518	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
125	NC_020561	CTTTCG	2	12	3709971	3709982	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
126	NC_020561	TGAGGG	2	12	3712239	3712250	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
127	NC_020561	TTCGGG	2	12	3712323	3712334	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
128	NC_020561	GATGCT	2	12	3716774	3716785	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
129	NC_020561	CGGTGG	2	12	3716963	3716974	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
130	NC_020561	GGCGGG	2	12	3719155	3719166	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	Non-Coding
131	NC_020561	CGCGGC	2	12	3737485	3737496	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
132	NC_020561	CGGCAA	2	12	3742449	3742460	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
133	NC_020561	GGCGCG	2	12	3756555	3756566	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
134	NC_020561	CGGGGG	2	12	3786354	3786365	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	Non-Coding
135	NC_020561	AGGGCC	2	12	3800482	3800493	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
136	NC_020561	GGCCGG	2	12	3825001	3825012	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
137	NC_020561	GCCCGC	2	12	3825036	3825047	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
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139	NC_020561	CCGCGC	2	12	3886535	3886546	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
140	NC_020561	GGATGG	2	12	3897138	3897149	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
141	NC_020561	CCGTTG	2	12	3905627	3905638	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
142	NC_020561	CGCCAG	2	12	3956034	3956045	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
143	NC_020561	TCATGG	2	12	3961270	3961281	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
144	NC_020561	GAAGGT	2	12	3979696	3979707	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.