MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Listeria monocytogenes N53-1 complete genome

Total Repeats: 183

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020558	CTATTA	2	12	1786	1797	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_020558	TCACCA	2	12	32538	32549	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
3	NC_020558	AAAAAT	2	12	52645	52656	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_020558	ATAGTG	2	12	53035	53046	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5	NC_020558	GTGGCT	2	12	77445	77456	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
6	NC_020558	TTGAGT	2	12	116781	116792	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
7	NC_020558	ATCTGT	2	12	124394	124405	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_020558	CAGGTT	2	12	130772	130783	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_020558	TACTAG	2	12	160441	160452	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
10	NC_020558	AATAAA	2	12	186496	186507	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_020558	GAAAAC	2	12	213379	213390	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_020558	ATTCAA	2	12	224233	224244	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
13	NC_020558	AAGGAA	2	12	225785	225796	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
14	NC_020558	TAGGCG	2	12	227438	227449	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
15	NC_020558	ATTCAA	2	12	230234	230245	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
16	NC_020558	AAGGAA	2	12	231805	231816	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
17	NC_020558	TAGGCG	2	12	233458	233469	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
18	NC_020558	AGTCAA	2	12	235272	235283	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_020558	AAAGGA	2	12	246196	246207	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
20	NC_020558	TTATAT	2	12	249739	249750	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_020558	AAAACA	2	12	250436	250447	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_020558	AAGAAA	2	12	259585	259596	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
23	NC_020558	AACTTT	2	12	272116	272127	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_020558	CATTAT	2	12	276212	276223	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_020558	AATACA	2	12	280160	280171	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
26	NC_020558	AGAACC	2	12	299381	299392	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_020558	GATTCA	2	12	299988	299999	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_020558	GCAATT	2	12	300018	300029	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_020558	TTGGTT	2	12	309782	309793	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
30	NC_020558	GCATAG	2	12	320660	320671	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
31	NC_020558	TGCAGA	2	12	333403	333414	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
32	NC_020558	AAATGA	2	12	359152	359163	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
33	NC_020558	ATCATT	2	12	359166	359177	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_020558	ATGATA	2	12	360972	360983	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
35	NC_020558	AGTGCT	2	12	372019	372030	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
36	NC_020558	GAACTA	2	12	424658	424669	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_020558	ACTGGA	2	12	428195	428206	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_020558	TCAAGT	2	12	428785	428796	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
39	NC_020558	TTACAG	2	12	429795	429806	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_020558	AATCAA	2	12	437156	437167	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_020558	CTGTTT	2	12	440164	440175	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_020558	ATTTGC	2	12	441030	441041	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
43	NC_020558	CTATAA	2	12	456546	456557	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
44	NC_020558	AGATTT	2	12	510685	510696	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
45	NC_020558	AGAATT	2	12	529887	529898	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
46	NC_020558	GGAGGT	2	12	542528	542539	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
47	NC_020558	AAATAA	2	12	549930	549941	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_020558	ATTTTG	2	12	564651	564662	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
49	NC_020558	ATCATT	2	12	577327	577338	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
50	NC_020558	CAAGCC	2	12	581809	581820	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
51	NC_020558	ATCATT	2	12	617041	617052	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
52	NC_020558	TGATTG	2	12	617128	617139	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
53	NC_020558	GAATAA	2	12	638425	638436	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
54	NC_020558	GTTTTA	2	12	644118	644129	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
55	NC_020558	TATAGG	2	12	661306	661317	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
56	NC_020558	ATGTTT	2	12	681228	681239	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
57	NC_020558	TGCTCG	2	12	686868	686879	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
58	NC_020558	TAGAAG	2	12	697977	697988	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
59	NC_020558	AAAAGC	2	12	698358	698369	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_020558	TTTTTG	2	12	783941	783952	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
61	NC_020558	TTACTT	2	12	785731	785742	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
62	NC_020558	TGAAAT	2	12	796722	796733	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
63	NC_020558	ATAAAG	2	12	813444	813455	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
64	NC_020558	GTAAAT	2	12	813864	813875	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
65	NC_020558	TGAAAT	2	12	814981	814992	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
66	NC_020558	AAATAG	2	12	822715	822726	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
67	NC_020558	GTAATC	2	12	829394	829405	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
68	NC_020558	TTACAA	2	12	829412	829423	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
69	NC_020558	AAAGAA	2	12	830429	830440	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
70	NC_020558	GAATTA	2	12	834771	834782	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
71	NC_020558	ATGAAA	2	12	837489	837500	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
72	NC_020558	GTTCTT	2	12	905147	905158	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
73	NC_020558	AAATAA	2	12	915580	915591	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_020558	TTGACT	2	12	956011	956022	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
75	NC_020558	AGGAAG	2	12	966187	966198	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
76	NC_020558	CTTTTT	2	12	1025298	1025309	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
77	NC_020558	TTATGG	2	12	1059677	1059688	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
78	NC_020558	TTTAGT	2	12	1063557	1063568	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
79	NC_020558	CTTTTT	2	12	1134775	1134786	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
80	NC_020558	GAAAAA	2	12	1164357	1164368	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
81	NC_020558	TATTAA	2	12	1190105	1190116	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_020558	CAACTT	2	12	1274451	1274462	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
83	NC_020558	GGACAA	2	12	1292841	1292852	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
84	NC_020558	TATTAA	2	12	1340052	1340063	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_020558	ATAAAA	2	12	1374115	1374126	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_020558	TTTCAT	2	12	1382305	1382316	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
87	NC_020558	CTCTTC	2	12	1483915	1483926	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
88	NC_020558	TAATTA	2	12	1518927	1518938	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_020558	TTGATA	2	12	1532295	1532306	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
90	NC_020558	GGTTGT	2	12	1533230	1533241	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
91	NC_020558	GAATAA	2	12	1534599	1534610	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
92	NC_020558	GTAAAC	2	12	1535615	1535626	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
93	NC_020558	ACAAAA	2	12	1543908	1543919	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
94	NC_020558	AAAATA	2	12	1548027	1548038	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_020558	TAAAAA	2	12	1548937	1548948	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_020558	TAAAAA	2	12	1575328	1575339	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_020558	TTCGAT	2	12	1579178	1579189	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
98	NC_020558	TTTTCT	2	12	1579191	1579202	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
99	NC_020558	TTTCTG	2	12	1587732	1587743	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
100	NC_020558	AAATAA	2	12	1591047	1591058	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_020558	TTTACA	2	12	1607395	1607406	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
102	NC_020558	TTCATC	2	12	1613372	1613383	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
103	NC_020558	CGCCTA	2	12	1632016	1632027	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
104	NC_020558	TTTCCT	2	12	1633668	1633679	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
105	NC_020558	TTGAAT	2	12	1635240	1635251	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
106	NC_020558	TTGCAA	2	12	1665523	1665534	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
107	NC_020558	TAAATT	2	12	1681216	1681227	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_020558	AAAAAC	2	12	1702377	1702388	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
109	NC_020558	CGCCTA	2	12	1732392	1732403	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
110	NC_020558	TTTCCT	2	12	1734044	1734055	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
111	NC_020558	TTGAAT	2	12	1735596	1735607	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
112	NC_020558	GTTTTA	2	12	1743516	1743527	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
113	NC_020558	AAAAAG	2	12	1824935	1824946	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
114	NC_020558	CTCTAT	2	12	1842633	1842644	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
115	NC_020558	TCATTT	2	12	1843831	1843842	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
116	NC_020558	AAACGA	2	12	1866924	1866935	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
117	NC_020558	GTTTTC	2	12	1870686	1870697	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
118	NC_020558	CAAAAA	2	12	1887909	1887920	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
119	NC_020558	CTTACG	2	12	1890372	1890383	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
120	NC_020558	GAAAAA	2	12	1891709	1891720	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
121	NC_020558	AGAAAA	2	12	1898545	1898556	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
122	NC_020558	AAATAA	2	12	1962080	1962091	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_020558	AATGAG	2	12	1969777	1969788	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
124	NC_020558	TGTATA	2	12	2004194	2004205	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
125	NC_020558	CTAATT	2	12	2010521	2010532	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
126	NC_020558	ATTCAA	2	12	2039918	2039929	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
127	NC_020558	AAATCA	2	12	2059962	2059973	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
128	NC_020558	TTAATG	2	12	2087377	2087388	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
129	NC_020558	TTATAT	2	12	2100456	2100467	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_020558	ATATTA	2	12	2116675	2116686	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_020558	GCTTTT	2	12	2119245	2119256	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.