MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Listeria monocytogenes La111 complete genome

Total Repeats: 189

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020557	CTATTA	2	12	1786	1797	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_020557	TCACCA	2	12	32514	32525	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
3	NC_020557	AAAAAT	2	12	52621	52632	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_020557	ATAGTG	2	12	53011	53022	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5	NC_020557	GTGGCT	2	12	77457	77468	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
6	NC_020557	TTGAGT	2	12	116808	116819	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
7	NC_020557	ATCTGT	2	12	124408	124419	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_020557	CAGGTT	2	12	130754	130765	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_020557	AATAAA	2	12	186476	186487	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_020557	GAAAAC	2	12	213400	213411	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_020557	ATTCAA	2	12	224254	224265	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_020557	AAGGAA	2	12	225824	225835	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
13	NC_020557	TAGGCG	2	12	227477	227488	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
14	NC_020557	ATTCAA	2	12	230270	230281	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
15	NC_020557	AAGGAA	2	12	231841	231852	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
16	NC_020557	TAGGCG	2	12	233493	233504	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_020557	AGTCAA	2	12	235307	235318	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
18	NC_020557	AAAGGA	2	12	246222	246233	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
19	NC_020557	TTATAT	2	12	249751	249762	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_020557	AAAACA	2	12	250445	250456	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_020557	AAGAAA	2	12	259623	259634	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
22	NC_020557	AACTTT	2	12	272187	272198	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_020557	CATTAT	2	12	276296	276307	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_020557	TCTTTT	2	12	276514	276525	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_020557	AATACA	2	12	280254	280265	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
26	NC_020557	AGAACC	2	12	299519	299530	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_020557	GATTCA	2	12	300126	300137	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_020557	GCAATT	2	12	300156	300167	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_020557	TGCGGG	2	12	312018	312029	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_020557	GCATAG	2	12	320828	320839	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
31	NC_020557	TGCAGA	2	12	333507	333518	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
32	NC_020557	AAATGA	2	12	359271	359282	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
33	NC_020557	ATCATT	2	12	359285	359296	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_020557	ATGATA	2	12	361091	361102	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
35	NC_020557	AAAAGC	2	12	362995	363006	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
36	NC_020557	AGTGCT	2	12	372080	372091	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_020557	GCGATA	2	12	421618	421629	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_020557	GAACTA	2	12	424787	424798	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
39	NC_020557	ACTGGA	2	12	428325	428336	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_020557	TCAAGT	2	12	428915	428926	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_020557	TTACAG	2	12	429925	429936	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_020557	AATCAA	2	12	437336	437347	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
43	NC_020557	CTGTTT	2	12	440373	440384	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
44	NC_020557	ATTTGC	2	12	441242	441253	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_020557	CTATAA	2	12	456768	456779	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_020557	AGATTT	2	12	510905	510916	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
47	NC_020557	AGAATT	2	12	530106	530117	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
48	NC_020557	AAATAA	2	12	550144	550155	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_020557	AAAAAG	2	12	564592	564603	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
50	NC_020557	ATCATT	2	12	577607	577618	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
51	NC_020557	CAAGCC	2	12	582089	582100	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
52	NC_020557	ATCATT	2	12	617323	617334	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
53	NC_020557	TGATTG	2	12	617410	617421	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
54	NC_020557	GAATAA	2	12	638704	638715	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
55	NC_020557	GTTTTA	2	12	644396	644407	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
56	NC_020557	TATAGG	2	12	661576	661587	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
57	NC_020557	ATGTTT	2	12	681498	681509	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
58	NC_020557	TAGAAG	2	12	698198	698209	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
59	NC_020557	AAAAGC	2	12	698579	698590	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_020557	ATGCAG	2	12	753924	753935	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_020557	TTTTTG	2	12	784180	784191	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
62	NC_020557	TTACTT	2	12	785970	785981	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
63	NC_020557	TGAAAT	2	12	796949	796960	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
64	NC_020557	GTAAAT	2	12	814085	814096	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
65	NC_020557	TGAAAT	2	12	815205	815216	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
66	NC_020557	AAATAG	2	12	822937	822948	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
67	NC_020557	GTAATC	2	12	829576	829587	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
68	NC_020557	TTACAA	2	12	829594	829605	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
69	NC_020557	AAAGAA	2	12	830611	830622	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
70	NC_020557	ATGAAA	2	12	837670	837681	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
71	NC_020557	CAACTA	2	12	855938	855949	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_020557	GTTCTT	2	12	905389	905400	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
73	NC_020557	AAATAA	2	12	915820	915831	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_020557	TTGACT	2	12	956268	956279	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
75	NC_020557	AGGAAG	2	12	966450	966461	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
76	NC_020557	CTTTTT	2	12	1025590	1025601	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
77	NC_020557	TTATGG	2	12	1059882	1059893	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
78	NC_020557	GAGGCA	2	12	1060363	1060374	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
79	NC_020557	TTTAGT	2	12	1063761	1063772	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
80	NC_020557	CTTTTT	2	12	1135034	1135045	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
81	NC_020557	GAAAAA	2	12	1164642	1164653	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
82	NC_020557	TATTAA	2	12	1190399	1190410	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_020557	CAACTT	2	12	1274645	1274656	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_020557	GGACAA	2	12	1293032	1293043	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
85	NC_020557	TATTAA	2	12	1340245	1340256	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_020557	ATAAAA	2	12	1374292	1374303	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_020557	TTTCAT	2	12	1382482	1382493	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
88	NC_020557	CTCTTC	2	12	1484146	1484157	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
89	NC_020557	TGTTTT	2	12	1497393	1497404	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
90	NC_020557	TAATTA	2	12	1519155	1519166	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_020557	TTGATA	2	12	1532525	1532536	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
92	NC_020557	GGTTGT	2	12	1533460	1533471	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
93	NC_020557	GAATAA	2	12	1534847	1534858	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
94	NC_020557	GTAAAC	2	12	1535820	1535831	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
95	NC_020557	TGTTTT	2	12	1543831	1543842	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
96	NC_020557	ACAAAA	2	12	1544083	1544094	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
97	NC_020557	AAAATA	2	12	1548208	1548219	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_020557	TAAAAA	2	12	1549118	1549129	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_020557	TAAAAA	2	12	1575503	1575514	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_020557	TTCGAT	2	12	1579356	1579367	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
101	NC_020557	TTTTCT	2	12	1579369	1579380	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
102	NC_020557	TTTCTG	2	12	1587845	1587856	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
103	NC_020557	AAATAA	2	12	1591160	1591171	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_020557	TTTACA	2	12	1607543	1607554	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
105	NC_020557	TTCATC	2	12	1613509	1613520	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
106	NC_020557	CGCCTA	2	12	1632174	1632185	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
107	NC_020557	TTTCCT	2	12	1633826	1633837	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_020557	TTGAAT	2	12	1635398	1635409	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
109	NC_020557	TTGCAA	2	12	1665700	1665711	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
110	NC_020557	TAAATT	2	12	1681396	1681407	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_020557	AAAAAC	2	12	1702506	1702517	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
112	NC_020557	CGCCTA	2	12	1732571	1732582	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
113	NC_020557	TTTCCT	2	12	1734223	1734234	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
114	NC_020557	TTGAAT	2	12	1735793	1735804	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
115	NC_020557	GTTTTA	2	12	1743705	1743716	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
116	NC_020557	GCATCC	2	12	1753451	1753462	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
117	NC_020557	TCAGCG	2	12	1753466	1753477	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
118	NC_020557	GCATCC	2	12	1753553	1753564	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
119	NC_020557	GCACTA	2	12	1753973	1753984	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
120	NC_020557	ATTTTT	2	12	1818520	1818531	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_020557	AAAAAG	2	12	1825055	1825066	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
122	NC_020557	CTCTAT	2	12	1842759	1842770	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
123	NC_020557	TCATTT	2	12	1843957	1843968	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
124	NC_020557	AAACGA	2	12	1867058	1867069	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
125	NC_020557	GTTTTC	2	12	1870819	1870830	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
126	NC_020557	AGAAAC	2	12	1878041	1878052	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
127	NC_020557	CAAAAA	2	12	1888028	1888039	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.