MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Listeria monocytogenes La111 complete genome

Total Repeats: 915

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020557	GAAATT	2	12	6231	6242	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	470205647
2	NC_020557	TCGTAC	2	12	6620	6631	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	470205647
3	NC_020557	TGAAGA	2	12	9549	9560	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	470205648
4	NC_020557	TTATTT	2	12	10918	10929	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	470205649
5	NC_020557	CACATT	2	12	11199	11210	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	470205649
6	NC_020557	GCAAAA	2	12	13921	13932	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	470205652
7	NC_020557	ATTTTC	2	12	19688	19699	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	470205657
8	NC_020557	CTTCAT	2	12	20700	20711	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	470205660
9	NC_020557	TTTTGG	2	12	21064	21075	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	470205660
10	NC_020557	AGTTGC	2	12	23453	23464	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	470205662
11	NC_020557	TTAAAG	2	12	23505	23516	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	470205662
12	NC_020557	ATTGAA	2	12	24713	24724	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	470205663
13	NC_020557	TCGATT	2	12	32232	32243	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	470205672
14	NC_020557	CGATTA	2	12	37944	37955	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	470205676
15	NC_020557	TTATGT	2	12	42430	42441	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	470205679
16	NC_020557	AAAGAT	2	12	46083	46094	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	470205682
17	NC_020557	TGAAAT	2	12	46920	46931	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	470205683
18	NC_020557	TGGCGG	2	12	50053	50064	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	470205687
19	NC_020557	TCAAAA	2	12	50173	50184	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	470205687
20	NC_020557	ACAGTG	2	12	51757	51768	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	470205690
21	NC_020557	TTTATA	2	12	55089	55100	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	470205694
22	NC_020557	GCAGAA	2	12	56536	56547	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	470205694
23	NC_020557	AGGTAA	2	12	56627	56638	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	470205695
24	NC_020557	TGATTT	2	12	63340	63351	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	470205702
25	NC_020557	TTTTGC	2	12	63945	63956	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	470205703
26	NC_020557	ATCACT	2	12	82251	82262	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	470205723
27	NC_020557	AAACAC	2	12	82684	82695	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	470205723
28	NC_020557	AAGATA	2	12	85682	85693	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	470205724
29	NC_020557	TATAAA	2	12	87900	87911	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	470205725
30	NC_020557	TATTAG	2	12	98131	98142	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	470205735
31	NC_020557	TAAAAT	2	12	107954	107965	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	470205746
32	NC_020557	CAAAAT	2	12	108095	108106	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	470205746
33	NC_020557	GTCCGC	2	12	108227	108238	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	470205746
34	NC_020557	GTTTTA	2	12	114859	114870	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	470205754
35	NC_020557	AAGTAA	2	12	120743	120754	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	470205763
36	NC_020557	TTTATG	2	12	121400	121411	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	470205765
37	NC_020557	TCTATT	2	12	126346	126357	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	470205770
38	NC_020557	GTTGCA	2	12	139324	139335	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	470205791
39	NC_020557	GATTGC	2	12	139386	139397	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	470205791
40	NC_020557	TTAAAA	2	12	140059	140070	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	470205792
41	NC_020557	GGCGGT	2	12	145036	145047	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	470205795
42	NC_020557	CGAATT	2	12	147966	147977	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	470205796
43	NC_020557	GTAAAA	2	12	151118	151129	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	470205799
44	NC_020557	TTTTAC	2	12	153165	153176	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	470205803
45	NC_020557	TTTTTA	2	12	154203	154214	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	470205805
46	NC_020557	AAAGTG	2	12	155415	155426	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	470205806
47	NC_020557	TACTAG	2	12	160409	160420	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	470205812
48	NC_020557	AAGCGA	2	12	162913	162924	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	470205814
49	NC_020557	CAATCC	2	12	166207	166218	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	470205817
50	NC_020557	AAAGAT	2	12	168218	168229	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	470205819
51	NC_020557	AAAAGA	2	12	170087	170098	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	470205820
52	NC_020557	TGAAGT	2	12	172451	172462	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	470205822
53	NC_020557	CATTGA	2	12	180584	180595	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	470205829
54	NC_020557	TGCAGC	2	12	181239	181250	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	470205830
55	NC_020557	TAAAAA	2	12	183477	183488	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	470205832
56	NC_020557	AAAGCA	2	12	196671	196682	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	470205845
57	NC_020557	TTCTTT	2	12	201435	201446	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	470205852
58	NC_020557	GAAAAA	2	12	203524	203535	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	470205854
59	NC_020557	AGGAAA	2	12	203843	203854	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	470205854
60	NC_020557	GAAAAA	2	12	204749	204760	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	470205856
61	NC_020557	AAGGAG	2	12	208640	208651	50 %	0 %	50 %	0 %	470205858
62	NC_020557	GCAAGT	2	12	210530	210541	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	470205860
63	NC_020557	TTAAAG	2	12	212473	212484	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	470205862
64	NC_020557	TGTCGG	2	12	214449	214460	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	470205863
65	NC_020557	GCAGAA	2	12	217478	217489	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	470205865
66	NC_020557	TCTCCA	2	12	218316	218327	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	470205866
67	NC_020557	GGTTTT	2	12	220027	220038	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	470205867
68	NC_020557	ATTGAT	2	12	220941	220952	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	470205869
69	NC_020557	CAGAAC	2	12	221966	221977	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	470205870
70	NC_020557	TTTACC	2	12	235736	235747	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	470205872
71	NC_020557	AGTAAA	2	12	242993	243004	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	470205878
72	NC_020557	ACAGTA	2	12	250080	250091	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	470205888
73	NC_020557	GCATGG	2	12	250626	250637	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	470205889
74	NC_020557	CTGTAG	2	12	253570	253581	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	470205893
75	NC_020557	TTTTAG	2	12	256037	256048	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	470205898
76	NC_020557	GACAAT	2	12	257679	257690	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	470205900
77	NC_020557	TACACT	2	12	263860	263871	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	470205903
78	NC_020557	TTCGTG	2	12	265356	265367	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	470205904
79	NC_020557	GAATTA	2	12	270112	270123	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	470205909
80	NC_020557	CGATGC	2	12	272018	272029	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	470205910
81	NC_020557	TACAAG	2	12	273921	273932	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	470205913
82	NC_020557	CGAAAT	2	12	273975	273986	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	470205913
83	NC_020557	ATCAAT	2	12	278883	278894	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	470205918
84	NC_020557	ATGAAA	2	12	279211	279222	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	470205919
85	NC_020557	CTTTTA	2	12	281083	281094	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	470205921
86	NC_020557	TAGAAA	2	12	282029	282040	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	470205922
87	NC_020557	ACGTTG	2	12	283826	283837	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	470205925
88	NC_020557	GAAAAC	2	12	285716	285727	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	470205927
89	NC_020557	TAGAAA	2	12	287906	287917	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	470205930
90	NC_020557	GCTGCG	2	12	291005	291016	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	470205934
91	NC_020557	TTTTGA	2	12	291405	291416	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	470205934
92	NC_020557	AAATAA	2	12	294695	294706	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	470205938
93	NC_020557	GAAGGG	2	12	296487	296498	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	470205940
94	NC_020557	TCCATT	2	12	309531	309542	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	470205953
95	NC_020557	TTGGTT	2	12	309941	309952	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	470205954
96	NC_020557	TGGGAT	2	12	310816	310827	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	470205955
97	NC_020557	AGAAAA	2	12	321764	321775	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	470205968
98	NC_020557	GTAAAA	2	12	327771	327782	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	470205976
99	NC_020557	TAGATT	2	12	329786	329797	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	470205979
100	NC_020557	ACAGTT	2	12	329934	329945	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	470205979
101	NC_020557	GAGAAA	2	12	334190	334201	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	470205981
102	NC_020557	AAGCAA	2	12	335929	335940	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	470205982
103	NC_020557	CATTAA	2	12	343588	343599	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	470205992
104	NC_020557	ACCAAA	2	12	345200	345211	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	470205994
105	NC_020557	AAAAGA	2	12	351663	351674	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	470206003
106	NC_020557	AAGCGA	2	12	351794	351805	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	470206003
107	NC_020557	AATACA	2	12	352900	352911	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	470206003
108	NC_020557	CTGACT	2	12	355395	355406	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	470206006
109	NC_020557	CAGACC	2	12	356777	356788	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	470206007
110	NC_020557	AATGAA	2	12	357452	357463	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	470206008
111	NC_020557	TAAAAG	2	12	366261	366272	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	470206023
112	NC_020557	GATTTC	2	12	367488	367499	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	470206025
113	NC_020557	TATAAA	2	12	370601	370612	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	470206029
114	NC_020557	GAAATG	2	12	373506	373517	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	470206034
115	NC_020557	CAAGCA	2	12	378445	378456	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	470206039
116	NC_020557	TATCAA	2	12	379603	379614	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	470206041
117	NC_020557	TAACAA	2	12	381437	381448	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	470206044
118	NC_020557	GCAACA	2	12	381547	381558	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	470206044
119	NC_020557	GCAAAT	2	12	381586	381597	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	470206044
120	NC_020557	TTTTTG	2	12	386877	386888	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	470206051
121	NC_020557	TGGTAT	2	12	395177	395188	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	470206063
122	NC_020557	TTTTAT	2	12	395222	395233	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	470206063
123	NC_020557	TATGAT	2	12	395289	395300	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	470206063
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130	NC_020557	TATTAA	2	12	409211	409222	50 %	50 %	0 %	0 %	470206085
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156	NC_020557	TACGCG	2	12	505054	505065	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	470206194
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217	NC_020557	TAGAAG	2	12	675538	675549	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	470206395
218	NC_020557	GCCAAT	2	12	677947	677958	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	470206398
219	NC_020557	AGCCGC	2	12	680269	680280	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	470206401
220	NC_020557	GAAAAA	2	12	682084	682095	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	470206403
221	NC_020557	CGAATG	2	12	686070	686081	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	470206409
222	NC_020557	TGCTCG	2	12	687118	687129	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	470206410
223	NC_020557	GCATCC	2	12	689096	689107	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	470206411
224	NC_020557	AAATGA	2	12	689619	689630	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	470206411
225	NC_020557	TCCGAA	2	12	690047	690058	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	470206411
226	NC_020557	AATTCT	2	12	705830	705841	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	470206424
227	NC_020557	TCTTCA	2	12	706325	706336	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	470206425
228	NC_020557	ACAATT	2	12	710754	710765	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	470206429
229	NC_020557	AGAAAA	2	12	712595	712606	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	470206432
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342	NC_020557	TTCGAT	2	12	1128443	1128454	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	470206953
343	NC_020557	GTAAAA	2	12	1131562	1131573	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	470206960
344	NC_020557	AATTAC	2	12	1135284	1135295	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	470206965
345	NC_020557	TTCGTC	2	12	1140122	1140133	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	470206973
346	NC_020557	GTAGAA	2	12	1141076	1141087	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	470206974
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364	NC_020557	GTCATC	2	12	1219655	1219666	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	470207060
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443	NC_020557	TTAAGT	2	12	1446472	1446483	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	470207306
444	NC_020557	ACACCC	2	12	1455931	1455942	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	470207312
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447	NC_020557	TGCTTT	2	12	1465798	1465809	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	470207323
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450	NC_020557	TTTATA	2	12	1471914	1471925	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	470207330
451	NC_020557	TCTTTT	2	12	1481300	1481311	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	470207340
452	NC_020557	CATCTT	2	12	1482546	1482557	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	470207340
453	NC_020557	GTGTTT	2	12	1489977	1489988	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	470207346
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456	NC_020557	TTTTTC	2	12	1498519	1498530	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	470207358
457	NC_020557	CTAATT	2	12	1505221	1505232	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	470207364
458	NC_020557	GACCTG	2	12	1509803	1509814	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	470207369
459	NC_020557	CTTTTA	2	12	1515911	1515922	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	470207379
460	NC_020557	TTTTGT	2	12	1518057	1518068	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	470207382
461	NC_020557	CCATCC	2	12	1520123	1520134	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	470207386
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481	NC_020557	CGTAAA	2	12	1590841	1590852	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	470207476
482	NC_020557	CATATA	2	12	1593884	1593895	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	470207479
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