MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Sphingomonas sp. MM-1 plasmid pISP2

Total Repeats: 143

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020543	TCGC	2	8	193	200	0 %	25 %	25 %	50 %	472434165
2	NC_020543	TCCG	2	8	1361	1368	0 %	25 %	25 %	50 %	472434166
3	NC_020543	ATCT	2	8	3420	3427	25 %	50 %	0 %	25 %	472434170
4	NC_020543	AAAG	2	8	3491	3498	75 %	0 %	25 %	0 %	472434170
5	NC_020543	CGCT	2	8	3579	3586	0 %	25 %	25 %	50 %	472434171
6	NC_020543	GGAC	2	8	5299	5306	25 %	0 %	50 %	25 %	472434176
7	NC_020543	ACCT	2	8	5574	5581	25 %	25 %	0 %	50 %	472434176
8	NC_020543	CGAT	2	8	5611	5618	25 %	25 %	25 %	25 %	472434176
9	NC_020543	GCGG	2	8	5981	5988	0 %	0 %	75 %	25 %	472434177
10	NC_020543	GCTC	2	8	6078	6085	0 %	25 %	25 %	50 %	472434177
11	NC_020543	GCCA	2	8	6231	6238	25 %	0 %	25 %	50 %	472434177
12	NC_020543	CATC	2	8	6988	6995	25 %	25 %	0 %	50 %	472434177
13	NC_020543	CAGG	2	8	7071	7078	25 %	0 %	50 %	25 %	472434178
14	NC_020543	GGAC	2	8	7361	7368	25 %	0 %	50 %	25 %	472434179
15	NC_020543	ACCT	2	8	7636	7643	25 %	25 %	0 %	50 %	472434179
16	NC_020543	CGAT	2	8	7673	7680	25 %	25 %	25 %	25 %	472434179
17	NC_020543	TCAG	2	8	8600	8607	25 %	25 %	25 %	25 %	472434180
18	NC_020543	CGGG	2	8	9676	9683	0 %	0 %	75 %	25 %	472434181
19	NC_020543	TCGC	2	8	9999	10006	0 %	25 %	25 %	50 %	472434181
20	NC_020543	ACAT	2	8	10272	10279	50 %	25 %	0 %	25 %	472434181
21	NC_020543	GCTT	2	8	10382	10389	0 %	50 %	25 %	25 %	472434181
22	NC_020543	AGCG	2	8	10656	10663	25 %	0 %	50 %	25 %	472434181
23	NC_020543	GCGG	2	8	11351	11358	0 %	0 %	75 %	25 %	472434181
24	NC_020543	GCCT	2	8	11383	11390	0 %	25 %	25 %	50 %	472434181
25	NC_020543	ATCG	2	8	11871	11878	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
26	NC_020543	GACC	2	8	12339	12346	25 %	0 %	25 %	50 %	472434182
27	NC_020543	CATT	2	8	12468	12475	25 %	50 %	0 %	25 %	472434182
28	NC_020543	CGGC	2	8	12636	12643	0 %	0 %	50 %	50 %	472434182
29	NC_020543	GCCA	2	8	12760	12767	25 %	0 %	25 %	50 %	472434182
30	NC_020543	ACCA	2	8	12769	12776	50 %	0 %	0 %	50 %	472434182
31	NC_020543	GCGA	2	8	13064	13071	25 %	0 %	50 %	25 %	472434182
32	NC_020543	ACGG	2	8	13123	13130	25 %	0 %	50 %	25 %	472434182
33	NC_020543	GGCG	2	8	13883	13890	0 %	0 %	75 %	25 %	472434183
34	NC_020543	CCTG	2	8	14894	14901	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
35	NC_020543	TCCG	2	8	15058	15065	0 %	25 %	25 %	50 %	472434186
36	NC_020543	TCGG	2	8	15399	15406	0 %	25 %	50 %	25 %	472434186
37	NC_020543	CTGG	2	8	15593	15600	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
38	NC_020543	GACA	2	8	15706	15713	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
39	NC_020543	GTCC	2	8	15787	15794	0 %	25 %	25 %	50 %	472434187
40	NC_020543	CGGG	2	8	15837	15844	0 %	0 %	75 %	25 %	472434187
41	NC_020543	GCAC	2	8	18094	18101	25 %	0 %	25 %	50 %	472434189
42	NC_020543	AACG	2	8	18289	18296	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
43	NC_020543	AAGG	2	8	18323	18330	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
44	NC_020543	CTCG	2	8	18557	18564	0 %	25 %	25 %	50 %	472434190
45	NC_020543	TCGG	2	8	18588	18595	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
46	NC_020543	GCGG	2	8	18964	18971	0 %	0 %	75 %	25 %	472434191
47	NC_020543	CCGG	2	8	19268	19275	0 %	0 %	50 %	50 %	472434192
48	NC_020543	ATCG	2	8	19279	19286	25 %	25 %	25 %	25 %	472434192
49	NC_020543	CAGC	2	8	19349	19356	25 %	0 %	25 %	50 %	472434192
50	NC_020543	GGTC	2	8	19585	19592	0 %	25 %	50 %	25 %	472434192
51	NC_020543	CGCC	2	8	19887	19894	0 %	0 %	25 %	75 %	472434192
52	NC_020543	GGCG	2	8	20185	20192	0 %	0 %	75 %	25 %	472434192
53	NC_020543	CATC	2	8	20379	20386	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
54	NC_020543	CGCC	2	8	20668	20675	0 %	0 %	25 %	75 %	472434193
55	NC_020543	GGCG	2	8	22220	22227	0 %	0 %	75 %	25 %	472434194
56	NC_020543	TGCG	2	8	22464	22471	0 %	25 %	50 %	25 %	472434194
57	NC_020543	CTGG	2	8	22823	22830	0 %	25 %	50 %	25 %	472434194
58	NC_020543	AACG	2	8	24296	24303	50 %	0 %	25 %	25 %	472434196
59	NC_020543	TTGC	2	8	24361	24368	0 %	50 %	25 %	25 %	472434197
60	NC_020543	CGCC	2	8	24977	24984	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
61	NC_020543	GAAG	2	8	25634	25641	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
62	NC_020543	CGCC	3	12	25914	25925	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
63	NC_020543	TGGA	2	8	25992	25999	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
64	NC_020543	GCAT	2	8	26598	26605	25 %	25 %	25 %	25 %	472434199
65	NC_020543	TGCT	2	8	26790	26797	0 %	50 %	25 %	25 %	472434199
66	NC_020543	TGAT	2	8	26887	26894	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
67	NC_020543	ATTC	2	8	27430	27437	25 %	50 %	0 %	25 %	472434200
68	NC_020543	TCGA	2	8	27773	27780	25 %	25 %	25 %	25 %	472434200
69	NC_020543	CGTC	2	8	27853	27860	0 %	25 %	25 %	50 %	472434200
70	NC_020543	TGCC	2	8	29325	29332	0 %	25 %	25 %	50 %	472434200
71	NC_020543	ATGA	2	8	29679	29686	50 %	25 %	25 %	0 %	472434200
72	NC_020543	CGTG	2	8	29923	29930	0 %	25 %	50 %	25 %	472434200
73	NC_020543	AGGA	2	8	30129	30136	50 %	0 %	50 %	0 %	472434200
74	NC_020543	TCCA	2	8	30404	30411	25 %	25 %	0 %	50 %	472434200
75	NC_020543	CCGG	2	8	30414	30421	0 %	0 %	50 %	50 %	472434200
76	NC_020543	CCGT	2	8	30978	30985	0 %	25 %	25 %	50 %	472434200
77	NC_020543	CAGG	2	8	31026	31033	25 %	0 %	50 %	25 %	472434200
78	NC_020543	CCTG	2	8	31717	31724	0 %	25 %	25 %	50 %	472434200
79	NC_020543	GCAA	2	8	32301	32308	50 %	0 %	25 %	25 %	472434200
80	NC_020543	TCGA	2	8	32337	32344	25 %	25 %	25 %	25 %	472434200
81	NC_020543	CGAT	2	8	32682	32689	25 %	25 %	25 %	25 %	472434200
82	NC_020543	GTTG	2	8	32786	32793	0 %	50 %	50 %	0 %	472434200
83	NC_020543	TTCG	2	8	32816	32823	0 %	50 %	25 %	25 %	472434200
84	NC_020543	GGGA	2	8	32843	32850	25 %	0 %	75 %	0 %	472434200
85	NC_020543	AGGA	2	8	32957	32964	50 %	0 %	50 %	0 %	472434200
86	NC_020543	GCCT	2	8	33288	33295	0 %	25 %	25 %	50 %	472434200
87	NC_020543	CAGC	2	8	33527	33534	25 %	0 %	25 %	50 %	472434200
88	NC_020543	TCGC	2	8	33660	33667	0 %	25 %	25 %	50 %	472434200
89	NC_020543	CGGG	2	8	34021	34028	0 %	0 %	75 %	25 %	472434200
90	NC_020543	CCGG	2	8	34085	34092	0 %	0 %	50 %	50 %	472434200
91	NC_020543	CGGC	2	8	34309	34316	0 %	0 %	50 %	50 %	472434200
92	NC_020543	CGCC	2	8	34775	34782	0 %	0 %	25 %	75 %	472434200
93	NC_020543	CCGG	2	8	34956	34963	0 %	0 %	50 %	50 %	472434200
94	NC_020543	TCGA	2	8	34997	35004	25 %	25 %	25 %	25 %	472434200
95	NC_020543	GATG	2	8	35317	35324	25 %	25 %	50 %	0 %	472434200
96	NC_020543	CTTC	2	8	35340	35347	0 %	50 %	0 %	50 %	472434200
97	NC_020543	CGCT	2	8	35916	35923	0 %	25 %	25 %	50 %	472434201
98	NC_020543	GCGG	2	8	36605	36612	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
99	NC_020543	CCGT	2	8	36953	36960	0 %	25 %	25 %	50 %	472434202
100	NC_020543	CGAG	2	8	37621	37628	25 %	0 %	50 %	25 %	472434202
101	NC_020543	GCTC	3	12	37701	37712	0 %	25 %	25 %	50 %	472434202
102	NC_020543	GGTC	2	8	38060	38067	0 %	25 %	50 %	25 %	472434202
103	NC_020543	GATC	2	8	38130	38137	25 %	25 %	25 %	25 %	472434202
104	NC_020543	ACGA	2	8	38431	38438	50 %	0 %	25 %	25 %	472434202
105	NC_020543	TCGA	2	8	38677	38684	25 %	25 %	25 %	25 %	472434202
106	NC_020543	CGGC	2	8	39239	39246	0 %	0 %	50 %	50 %	472434202
107	NC_020543	GCGA	2	8	39637	39644	25 %	0 %	50 %	25 %	472434203
108	NC_020543	GCCA	3	12	39699	39710	25 %	0 %	25 %	50 %	472434203
109	NC_020543	CTCG	2	8	40259	40266	0 %	25 %	25 %	50 %	472434203
110	NC_020543	CGAT	2	8	41010	41017	25 %	25 %	25 %	25 %	472434204
111	NC_020543	CCGG	2	8	41132	41139	0 %	0 %	50 %	50 %	472434204
112	NC_020543	CGAG	2	8	41554	41561	25 %	0 %	50 %	25 %	472434205
113	NC_020543	GGCC	2	8	41657	41664	0 %	0 %	50 %	50 %	472434205
114	NC_020543	CGGC	2	8	41924	41931	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
115	NC_020543	CATG	2	8	41949	41956	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
116	NC_020543	TCGA	2	8	42108	42115	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
117	NC_020543	TCGA	2	8	42773	42780	25 %	25 %	25 %	25 %	472434206
118	NC_020543	CGGT	2	8	42782	42789	0 %	25 %	50 %	25 %	472434206
119	NC_020543	TCCG	2	8	43993	44000	0 %	25 %	25 %	50 %	472434207
120	NC_020543	ATCG	2	8	44413	44420	25 %	25 %	25 %	25 %	472434207
121	NC_020543	GGCA	2	8	44834	44841	25 %	0 %	50 %	25 %	472434207
122	NC_020543	CGAG	2	8	45031	45038	25 %	0 %	50 %	25 %	472434207
123	NC_020543	CGAT	2	8	45180	45187	25 %	25 %	25 %	25 %	472434207
124	NC_020543	ACGA	2	8	45351	45358	50 %	0 %	25 %	25 %	472434207
125	NC_020543	GCCC	2	8	45630	45637	0 %	0 %	25 %	75 %	472434207
126	NC_020543	ATCG	2	8	45656	45663	25 %	25 %	25 %	25 %	472434207
127	NC_020543	ATCG	2	8	45995	46002	25 %	25 %	25 %	25 %	472434207
128	NC_020543	GCCG	2	8	46108	46115	0 %	0 %	50 %	50 %	472434207
129	NC_020543	GCGG	2	8	46183	46190	0 %	0 %	75 %	25 %	472434207
130	NC_020543	GCGT	2	8	46249	46256	0 %	25 %	50 %	25 %	472434207
131	NC_020543	GCAG	2	8	46323	46330	25 %	0 %	50 %	25 %	472434207
132	NC_020543	GGCG	2	8	46403	46410	0 %	0 %	75 %	25 %	472434207
133	NC_020543	TCCG	2	8	46528	46535	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
134	NC_020543	GGCG	2	8	46795	46802	0 %	0 %	75 %	25 %	472434208
135	NC_020543	CGCT	2	8	46948	46955	0 %	25 %	25 %	50 %	472434208
136	NC_020543	GGCC	2	8	47525	47532	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
137	NC_020543	ATCG	2	8	48179	48186	25 %	25 %	25 %	25 %	472434209
138	NC_020543	AGGT	2	8	48216	48223	25 %	25 %	50 %	0 %	472434209
139	NC_020543	TCCG	2	8	48488	48495	0 %	25 %	25 %	50 %	472434209
140	NC_020543	GCTC	2	8	49652	49659	0 %	25 %	25 %	50 %	472434212
141	NC_020543	CGCC	2	8	50666	50673	0 %	0 %	25 %	75 %	472434214
142	NC_020543	CCGC	2	8	51547	51554	0 %	0 %	25 %	75 %	472434214
143	NC_020543	CGAT	2	8	52353	52360	25 %	25 %	25 %	25 %	472434215

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.