MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Sphingomonas sp. MM-1 plasmid pISP0

Total Repeats: 130

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020542	TCGTCA	2	12	3374	3385	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	472433667
2	NC_020542	CGACCT	2	12	5921	5932	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	472433669
3	NC_020542	GTGCCG	2	12	6228	6239	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	472433669
4	NC_020542	CGCTCT	2	12	7486	7497	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	472433670
5	NC_020542	CGATAT	2	12	8060	8071	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	472433671
6	NC_020542	CGAGCG	2	12	10419	10430	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	472433674
7	NC_020542	CGCCTG	2	12	10438	10449	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	472433674
8	NC_020542	GGCACC	2	12	18027	18038	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	472433681
9	NC_020542	AACATC	2	12	18800	18811	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	472433682
10	NC_020542	TCGCCG	2	12	20267	20278	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	472433684
11	NC_020542	TCGGAC	2	12	22510	22521	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	472433686
12	NC_020542	GGCGCA	2	12	22803	22814	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	472433687
13	NC_020542	CGATCC	2	12	23651	23662	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	472433687
14	NC_020542	CGCAGG	2	12	23774	23785	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	472433687
15	NC_020542	TCGCCT	2	12	26740	26751	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	472433689
16	NC_020542	CAGGTG	2	12	27639	27650	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	472433689
17	NC_020542	GTGCTG	2	12	30989	31000	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	472433694
18	NC_020542	GCTGCC	2	12	31308	31319	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	472433695
19	NC_020542	GATCGA	2	12	32313	32324	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	472433695
20	NC_020542	GTCCTG	2	12	32449	32460	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	472433695
21	NC_020542	GCTGGC	2	12	32760	32771	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	472433695
22	NC_020542	CCTCGG	2	12	33513	33524	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	472433695
23	NC_020542	GGCGCT	2	12	36601	36612	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	472433701
24	NC_020542	GCACGC	2	12	38112	38123	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	472433702
25	NC_020542	GCCGCA	2	12	38130	38141	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	472433702
26	NC_020542	CCTTCA	2	12	38797	38808	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	472433702
27	NC_020542	GCGCGG	2	12	43009	43020	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	472433704
28	NC_020542	CTTCCG	2	12	44552	44563	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	472433707
29	NC_020542	GTCGAG	2	12	44965	44976	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	472433708
30	NC_020542	CCGGCA	2	12	46381	46392	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	472433709
31	NC_020542	GACCGC	2	12	48186	48197	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	472433709
32	NC_020542	GACAAG	2	12	52654	52665	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	472433713
33	NC_020542	CGATGC	2	12	58045	58056	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	472433716
34	NC_020542	ACATGC	2	12	59137	59148	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	472433717
35	NC_020542	GGGCAA	2	12	59776	59787	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	472433718
36	NC_020542	CGCCGG	2	12	59945	59956	0 %	0 %	50 %	50 %	472433718
37	NC_020542	AGTCGA	2	12	60777	60788	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	472433719
38	NC_020542	CCGCGA	2	12	61191	61202	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	472433719
39	NC_020542	GCTCCT	2	12	64532	64543	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	472433723
40	NC_020542	GCCCTA	2	12	65249	65260	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	472433724
41	NC_020542	GCAGGA	2	12	66035	66046	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	472433725
42	NC_020542	ATCCAC	2	12	67323	67334	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	472433725
43	NC_020542	AGGTGC	2	12	68256	68267	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	472433726
44	NC_020542	GGGAAC	2	12	75980	75991	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	472433733
45	NC_020542	CGGTGC	2	12	76764	76775	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	472433733
46	NC_020542	ATCAAG	2	12	77216	77227	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	472433733
47	NC_020542	CCGCGC	2	12	83336	83347	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	472433740
48	NC_020542	CGCAGG	2	12	84386	84397	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	472433740
49	NC_020542	CGATAT	2	12	86151	86162	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	472433742
50	NC_020542	GCGCGG	2	12	88257	88268	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	472433744
51	NC_020542	GTCCTG	2	12	88717	88728	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	472433745
52	NC_020542	GCCGGC	2	12	91149	91160	0 %	0 %	50 %	50 %	472433748
53	NC_020542	GCACCA	2	12	91357	91368	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	472433749
54	NC_020542	GTGAAG	2	12	93836	93847	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	472433752
55	NC_020542	GCCCCT	2	12	95455	95466	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	472433754
56	NC_020542	GCGGCC	2	12	96056	96067	0 %	0 %	50 %	50 %	472433755
57	NC_020542	CATGAT	2	12	97594	97605	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	472433759
58	NC_020542	CGACCC	2	12	98254	98265	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	472433759
59	NC_020542	CGACCT	2	12	101702	101713	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	472433761
60	NC_020542	GCTTCG	2	12	109495	109506	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	472433769
61	NC_020542	CGACAC	2	12	114862	114873	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	472433773
62	NC_020542	ATCAGC	2	12	116469	116480	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	472433774
63	NC_020542	CAGCGG	2	12	120598	120609	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	472433779
64	NC_020542	CTCAAG	2	12	120889	120900	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	472433779
65	NC_020542	CGACCG	2	12	129497	129508	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	472433787
66	NC_020542	GCAGGT	2	12	130104	130115	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	472433787
67	NC_020542	TTCTAT	2	12	131358	131369	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	472433789
68	NC_020542	GAACCG	2	12	131559	131570	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	472433789
69	NC_020542	CTCGTC	2	12	132311	132322	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	472433790
70	NC_020542	TTCGAT	2	12	134388	134399	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	472433791
71	NC_020542	GAAGCT	2	12	140000	140011	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	472433795
72	NC_020542	GCCGGG	2	12	141696	141707	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	472433796
73	NC_020542	TTGGTC	2	12	142974	142985	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	472433798
74	NC_020542	GGCGCT	2	12	146071	146082	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	472433799
75	NC_020542	CGATGG	2	12	148973	148984	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	472433803
76	NC_020542	CGTTGA	2	12	150192	150203	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	472433804
77	NC_020542	TCGCGG	2	12	151426	151437	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	472433805
78	NC_020542	ACCGGC	2	12	155606	155617	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	472433809
79	NC_020542	CTGCGC	2	12	155686	155697	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	472433809
80	NC_020542	CGGTGT	2	12	157455	157466	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	472433811
81	NC_020542	GATGCG	2	12	157984	157995	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	472433811
82	NC_020542	ATCAGC	2	12	158720	158731	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	472433811
83	NC_020542	CGCTCG	2	12	161576	161587	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	472433813
84	NC_020542	TCAAGA	2	12	164306	164317	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	472433816
85	NC_020542	GCCATG	2	12	168229	168240	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	472433820
86	NC_020542	TGCCGA	2	12	170008	170019	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	472433823
87	NC_020542	TGCCGC	2	12	174198	174209	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	472433825
88	NC_020542	ATGAGG	2	12	182252	182263	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	472433835
89	NC_020542	TCATGC	2	12	183015	183026	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	472433836
90	NC_020542	GGCACC	2	12	189307	189318	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	472433841
91	NC_020542	GACCGA	2	12	194170	194181	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	472433850
92	NC_020542	CGATCC	2	12	197619	197630	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	472433854
93	NC_020542	GGGCGA	2	12	199502	199513	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	472433856
94	NC_020542	TGCCGG	2	12	199546	199557	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	472433856
95	NC_020542	CTGGTC	2	12	201886	201897	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	472433858
96	NC_020542	CCTTCA	2	12	210724	210735	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	472433870
97	NC_020542	ATCGAC	2	12	211800	211811	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	472433870
98	NC_020542	TTGCAG	2	12	212898	212909	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	472433871
99	NC_020542	GGTGGC	2	12	215443	215454	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	472433875
100	NC_020542	CTGCGC	2	12	215945	215956	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	472433875
101	NC_020542	GGCAAT	2	12	217124	217135	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	472433876
102	NC_020542	CAATAT	2	12	217189	217200	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	472433876
103	NC_020542	TCGGCG	2	12	219004	219015	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	472433878
104	NC_020542	GCCGAG	2	12	221284	221295	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	472433880
105	NC_020542	AAGCGC	2	12	224851	224862	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	472433883
106	NC_020542	GCGAGG	2	12	225115	225126	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	472433883
107	NC_020542	CGAGGA	2	12	225323	225334	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	472433883
108	NC_020542	GTCGCC	2	12	226032	226043	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	472433883
109	NC_020542	CGCAGG	2	12	228648	228659	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	472433885
110	NC_020542	CGGCAA	2	12	229632	229643	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	472433885
111	NC_020542	GACCGA	2	12	234340	234351	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	472433886
112	NC_020542	TCGACA	2	12	235302	235313	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	472433886
113	NC_020542	CCTGCT	2	12	236916	236927	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	472433887
114	NC_020542	CCGACA	2	12	237392	237403	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	472433887
115	NC_020542	GTGCCG	2	12	237967	237978	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	472433887
116	NC_020542	CGGGGA	2	12	239351	239362	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	472433888
117	NC_020542	GCCTTC	2	12	243281	243292	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	472433889
118	NC_020542	CCGAAG	2	12	245478	245489	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	472433891
119	NC_020542	GGTGCG	2	12	252622	252633	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	472433896
120	NC_020542	GGGCCA	2	12	253222	253233	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	472433897
121	NC_020542	CAGCGA	2	12	253811	253822	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	472433897
122	NC_020542	GATTGA	2	12	254387	254398	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	472433898
123	NC_020542	CCCTCG	2	12	255627	255638	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	472433899
124	NC_020542	CCGGCA	2	12	258317	258328	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	472433903
125	NC_020542	GCAACA	2	12	259258	259269	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	472433904
126	NC_020542	GCCCGC	2	12	262691	262702	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	472433907
127	NC_020542	CCCTTG	2	12	263791	263802	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	472433908
128	NC_020542	TGGAGA	2	12	264145	264156	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	472433908
129	NC_020542	CGCGCA	2	12	265870	265881	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	472433909
130	NC_020542	GATCGT	2	12	273599	273610	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	472433914

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.