MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Sphingomonas sp. MM-1 plasmid pISP0

Total Repeats: 207

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020542	CATGG	2	10	4075	4084	20 %	20 %	40 %	20 %	472433668
2	NC_020542	AGGCG	2	10	4934	4943	20 %	0 %	60 %	20 %	472433668
3	NC_020542	GGCGC	2	10	5223	5232	0 %	0 %	60 %	40 %	472433668
4	NC_020542	AGGGC	2	10	8385	8394	20 %	0 %	60 %	20 %	472433672
5	NC_020542	GCCAG	2	10	9772	9781	20 %	0 %	40 %	40 %	472433674
6	NC_020542	CGCGC	2	10	13128	13137	0 %	0 %	40 %	60 %	472433677
7	NC_020542	TGATC	2	10	14815	14824	20 %	40 %	20 %	20 %	472433678
8	NC_020542	TGCGG	2	10	16504	16513	0 %	20 %	60 %	20 %	472433680
9	NC_020542	GCTTT	2	10	16764	16773	0 %	60 %	20 %	20 %	472433680
10	NC_020542	GACCG	2	10	17808	17817	20 %	0 %	40 %	40 %	472433681
11	NC_020542	AAGCC	2	10	19469	19478	40 %	0 %	20 %	40 %	472433683
12	NC_020542	CAGCG	2	10	20895	20904	20 %	0 %	40 %	40 %	472433685
13	NC_020542	CCGAC	2	10	21064	21073	20 %	0 %	20 %	60 %	472433685
14	NC_020542	CGGCG	2	10	21131	21140	0 %	0 %	60 %	40 %	472433685
15	NC_020542	GCGCG	2	10	21264	21273	0 %	0 %	60 %	40 %	472433685
16	NC_020542	TCGGA	2	10	23397	23406	20 %	20 %	40 %	20 %	472433687
17	NC_020542	CCTGA	2	10	23578	23587	20 %	20 %	20 %	40 %	472433687
18	NC_020542	ATCGC	2	10	24721	24730	20 %	20 %	20 %	40 %	472433688
19	NC_020542	GCTCG	2	10	26948	26957	0 %	20 %	40 %	40 %	472433689
20	NC_020542	CGCGA	2	10	27474	27483	20 %	0 %	40 %	40 %	472433689
21	NC_020542	TCGAT	2	10	28705	28714	20 %	40 %	20 %	20 %	472433690
22	NC_020542	ACGCG	2	10	29784	29793	20 %	0 %	40 %	40 %	472433692
23	NC_020542	TGCCG	2	10	30332	30341	0 %	20 %	40 %	40 %	472433693
24	NC_020542	CGCTG	2	10	31911	31920	0 %	20 %	40 %	40 %	472433695
25	NC_020542	CGTGC	2	10	32848	32857	0 %	20 %	40 %	40 %	472433695
26	NC_020542	ACGGG	2	10	37034	37043	20 %	0 %	60 %	20 %	472433701
27	NC_020542	AGGCG	2	10	40232	40241	20 %	0 %	60 %	20 %	472433702
28	NC_020542	TGGGC	2	10	40453	40462	0 %	20 %	60 %	20 %	472433702
29	NC_020542	CAGGC	2	10	40497	40506	20 %	0 %	40 %	40 %	472433702
30	NC_020542	GTAGC	2	10	40563	40572	20 %	20 %	40 %	20 %	472433702
31	NC_020542	GGCCA	2	10	40752	40761	20 %	0 %	40 %	40 %	472433703
32	NC_020542	GCGCG	2	10	41087	41096	0 %	0 %	60 %	40 %	472433703
33	NC_020542	CGATC	2	10	41097	41106	20 %	20 %	20 %	40 %	472433703
34	NC_020542	CTGGC	2	10	42395	42404	0 %	20 %	40 %	40 %	472433704
35	NC_020542	CGAGC	2	10	43257	43266	20 %	0 %	40 %	40 %	472433704
36	NC_020542	CCCAG	2	10	44341	44350	20 %	0 %	20 %	60 %	472433706
37	NC_020542	GGCGA	2	10	46821	46830	20 %	0 %	60 %	20 %	472433709
38	NC_020542	GCGCC	2	10	46919	46928	0 %	0 %	40 %	60 %	472433709
39	NC_020542	CCAGG	2	10	47999	48008	20 %	0 %	40 %	40 %	472433709
40	NC_020542	CGACA	2	10	48212	48221	40 %	0 %	20 %	40 %	472433709
41	NC_020542	GGGGC	2	10	48338	48347	0 %	0 %	80 %	20 %	472433709
42	NC_020542	CGGCA	2	10	48817	48826	20 %	0 %	40 %	40 %	472433710
43	NC_020542	GGCAG	2	10	51197	51206	20 %	0 %	60 %	20 %	472433712
44	NC_020542	TCCGC	2	10	52120	52129	0 %	20 %	20 %	60 %	472433712
45	NC_020542	GCCTG	2	10	52246	52255	0 %	20 %	40 %	40 %	472433712
46	NC_020542	GCTCT	2	10	52819	52828	0 %	40 %	20 %	40 %	472433713
47	NC_020542	GGCCG	2	10	54196	54205	0 %	0 %	60 %	40 %	472433715
48	NC_020542	CCGTC	2	10	57508	57517	0 %	20 %	20 %	60 %	472433716
49	NC_020542	ATCCG	2	10	58079	58088	20 %	20 %	20 %	40 %	472433716
50	NC_020542	CGTCA	2	10	58094	58103	20 %	20 %	20 %	40 %	472433716
51	NC_020542	GACGC	2	10	59183	59192	20 %	0 %	40 %	40 %	472433717
52	NC_020542	CGCCT	2	10	63287	63296	0 %	20 %	20 %	60 %	472433720
53	NC_020542	GCTCG	2	10	64471	64480	0 %	20 %	40 %	40 %	472433722
54	NC_020542	CGCGG	2	10	65619	65628	0 %	0 %	60 %	40 %	472433725
55	NC_020542	CCCCG	2	10	65810	65819	0 %	0 %	20 %	80 %	472433725
56	NC_020542	CGCGC	2	10	66617	66626	0 %	0 %	40 %	60 %	472433725
57	NC_020542	CGGCG	2	10	66800	66809	0 %	0 %	60 %	40 %	472433725
58	NC_020542	GGGCG	2	10	67642	67651	0 %	0 %	80 %	20 %	472433726
59	NC_020542	GCGCC	2	10	67688	67697	0 %	0 %	40 %	60 %	472433726
60	NC_020542	CGGAG	2	10	69644	69653	20 %	0 %	60 %	20 %	472433728
61	NC_020542	CGATG	2	10	69806	69815	20 %	20 %	40 %	20 %	472433728
62	NC_020542	GCCCA	2	10	77354	77363	20 %	0 %	20 %	60 %	472433733
63	NC_020542	CGACG	2	10	78874	78883	20 %	0 %	40 %	40 %	472433735
64	NC_020542	CCGAA	2	10	78975	78984	40 %	0 %	20 %	40 %	472433735
65	NC_020542	GCCCC	2	10	79829	79838	0 %	0 %	20 %	80 %	472433736
66	NC_020542	ACGGG	2	10	80330	80339	20 %	0 %	60 %	20 %	472433737
67	NC_020542	GCGCC	2	10	81462	81471	0 %	0 %	40 %	60 %	472433738
68	NC_020542	GCCGT	2	10	82011	82020	0 %	20 %	40 %	40 %	472433739
69	NC_020542	CGTGC	2	10	83427	83436	0 %	20 %	40 %	40 %	472433740
70	NC_020542	CTGCT	2	10	84035	84044	0 %	40 %	20 %	40 %	472433740
71	NC_020542	GCTCA	2	10	84496	84505	20 %	20 %	20 %	40 %	472433740
72	NC_020542	CGTCC	2	10	87523	87532	0 %	20 %	20 %	60 %	472433743
73	NC_020542	GGCCT	2	10	88835	88844	0 %	20 %	40 %	40 %	472433745
74	NC_020542	TGCGC	2	10	90360	90369	0 %	20 %	40 %	40 %	472433746
75	NC_020542	TCGGT	2	10	91500	91509	0 %	40 %	40 %	20 %	472433749
76	NC_020542	CGGGC	2	10	92223	92232	0 %	0 %	60 %	40 %	472433750
77	NC_020542	GCGCC	2	10	94570	94579	0 %	0 %	40 %	60 %	472433752
78	NC_020542	CGCGC	2	10	97940	97949	0 %	0 %	40 %	60 %	472433759
79	NC_020542	CGATC	2	10	98299	98308	20 %	20 %	20 %	40 %	472433759
80	NC_020542	GCCAG	2	10	99501	99510	20 %	0 %	40 %	40 %	472433760
81	NC_020542	AGCGC	2	10	100011	100020	20 %	0 %	40 %	40 %	472433760
82	NC_020542	GCCAG	2	10	100791	100800	20 %	0 %	40 %	40 %	472433760
83	NC_020542	GGCCG	2	10	101284	101293	0 %	0 %	60 %	40 %	472433760
84	NC_020542	GAAGC	2	10	101606	101615	40 %	0 %	40 %	20 %	472433761
85	NC_020542	GTGAT	2	10	102157	102166	20 %	40 %	40 %	0 %	472433762
86	NC_020542	GCTTG	2	10	103052	103061	0 %	40 %	40 %	20 %	472433764
87	NC_020542	CGAAG	2	10	103100	103109	40 %	0 %	40 %	20 %	472433764
88	NC_020542	ATCTG	2	10	103851	103860	20 %	40 %	20 %	20 %	472433765
89	NC_020542	CGGCC	2	10	108127	108136	0 %	0 %	40 %	60 %	472433767
90	NC_020542	CGGAC	2	10	109482	109491	20 %	0 %	40 %	40 %	472433769
91	NC_020542	GCCCT	2	10	109741	109750	0 %	20 %	20 %	60 %	472433769
92	NC_020542	TAGGG	2	10	111290	111299	20 %	20 %	60 %	0 %	472433770
93	NC_020542	GGCGA	2	10	115779	115788	20 %	0 %	60 %	20 %	472433774
94	NC_020542	GGCCC	2	10	117917	117926	0 %	0 %	40 %	60 %	472433776
95	NC_020542	GGCCG	2	10	117936	117945	0 %	0 %	60 %	40 %	472433776
96	NC_020542	GAGCG	2	10	120310	120319	20 %	0 %	60 %	20 %	472433779
97	NC_020542	CGGCG	2	10	122212	122221	0 %	0 %	60 %	40 %	472433780
98	NC_020542	CGCAT	2	10	123814	123823	20 %	20 %	20 %	40 %	472433782
99	NC_020542	CGCGC	2	10	124548	124557	0 %	0 %	40 %	60 %	472433783
100	NC_020542	GCCCC	2	10	127564	127573	0 %	0 %	20 %	80 %	472433786
101	NC_020542	CGCAT	2	10	128622	128631	20 %	20 %	20 %	40 %	472433786
102	NC_020542	CTTCG	2	10	128994	129003	0 %	40 %	20 %	40 %	472433787
103	NC_020542	CCGGC	2	10	129882	129891	0 %	0 %	40 %	60 %	472433787
104	NC_020542	GCCAT	2	10	130121	130130	20 %	20 %	20 %	40 %	472433787
105	NC_020542	CGGCG	2	10	131056	131065	0 %	0 %	60 %	40 %	472433788
106	NC_020542	CCATG	2	10	132502	132511	20 %	20 %	20 %	40 %	472433790
107	NC_020542	CGAAC	2	10	133640	133649	40 %	0 %	20 %	40 %	472433791
108	NC_020542	AGCTG	2	10	134932	134941	20 %	20 %	40 %	20 %	472433791
109	NC_020542	CCATC	2	10	135575	135584	20 %	20 %	0 %	60 %	472433792
110	NC_020542	CCCCG	2	10	141435	141444	0 %	0 %	20 %	80 %	472433796
111	NC_020542	GCCCT	2	10	142445	142454	0 %	20 %	20 %	60 %	472433797
112	NC_020542	CGCGG	2	10	143645	143654	0 %	0 %	60 %	40 %	472433798
113	NC_020542	TCCCT	2	10	147527	147536	0 %	40 %	0 %	60 %	472433801
114	NC_020542	GCCGC	2	10	151961	151970	0 %	0 %	40 %	60 %	472433805
115	NC_020542	CGAAT	2	10	152821	152830	40 %	20 %	20 %	20 %	472433806
116	NC_020542	GCCGC	2	10	154176	154185	0 %	0 %	40 %	60 %	472433808
117	NC_020542	GCCGG	2	10	155411	155420	0 %	0 %	60 %	40 %	472433809
118	NC_020542	CTGCG	2	10	155855	155864	0 %	20 %	40 %	40 %	472433809
119	NC_020542	GGCAT	2	10	157087	157096	20 %	20 %	40 %	20 %	472433811
120	NC_020542	CGCGC	2	10	157645	157654	0 %	0 %	40 %	60 %	472433811
121	NC_020542	AGCGA	2	10	159074	159083	40 %	0 %	40 %	20 %	472433811
122	NC_020542	CGGGA	2	10	161198	161207	20 %	0 %	60 %	20 %	472433813
123	NC_020542	CACGA	2	10	163224	163233	40 %	0 %	20 %	40 %	472433816
124	NC_020542	CGCTG	2	10	163505	163514	0 %	20 %	40 %	40 %	472433816
125	NC_020542	GCGCG	2	10	163690	163699	0 %	0 %	60 %	40 %	472433816
126	NC_020542	CCGGG	2	10	164456	164465	0 %	0 %	60 %	40 %	472433816
127	NC_020542	CTGTC	2	10	165280	165289	0 %	40 %	20 %	40 %	472433818
128	NC_020542	TCAGC	2	10	166732	166741	20 %	20 %	20 %	40 %	472433820
129	NC_020542	CGATC	2	10	168266	168275	20 %	20 %	20 %	40 %	472433820
130	NC_020542	CAACG	2	10	170267	170276	40 %	0 %	20 %	40 %	472433823
131	NC_020542	GATCG	2	10	170846	170855	20 %	20 %	40 %	20 %	472433823
132	NC_020542	CTGAC	2	10	175722	175731	20 %	20 %	20 %	40 %	472433827
133	NC_020542	CTGAC	2	10	176873	176882	20 %	20 %	20 %	40 %	472433829
134	NC_020542	CCGCG	2	10	178691	178700	0 %	0 %	40 %	60 %	472433831
135	NC_020542	TCCGA	2	10	179702	179711	20 %	20 %	20 %	40 %	472433831
136	NC_020542	CGCCA	2	10	180122	180131	20 %	0 %	20 %	60 %	472433832
137	NC_020542	CGGGC	2	10	181181	181190	0 %	0 %	60 %	40 %	472433834
138	NC_020542	CCAAC	2	10	185652	185661	40 %	0 %	0 %	60 %	472433838
139	NC_020542	GACCG	2	10	186513	186522	20 %	0 %	40 %	40 %	472433839
140	NC_020542	TGCGG	2	10	187784	187793	0 %	20 %	60 %	20 %	472433840
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143	NC_020542	AAGCG	2	10	190657	190666	40 %	0 %	40 %	20 %	472433843
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146	NC_020542	GCCGC	2	10	196520	196529	0 %	0 %	40 %	60 %	472433851
147	NC_020542	CATCT	2	10	199083	199092	20 %	40 %	0 %	40 %	472433856
148	NC_020542	CCATG	2	10	199319	199328	20 %	20 %	20 %	40 %	472433856
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150	NC_020542	GCTGG	2	10	200936	200945	0 %	20 %	60 %	20 %	472433857
151	NC_020542	TGCTC	2	10	202705	202714	0 %	40 %	20 %	40 %	472433859
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154	NC_020542	GATCC	2	10	210057	210066	20 %	20 %	20 %	40 %	472433870
155	NC_020542	GACCG	2	10	210303	210312	20 %	0 %	40 %	40 %	472433870
156	NC_020542	CGCGG	2	10	211314	211323	0 %	0 %	60 %	40 %	472433870
157	NC_020542	CGTGA	2	10	214340	214349	20 %	20 %	40 %	20 %	472433873
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159	NC_020542	CGGCA	2	10	216220	216229	20 %	0 %	40 %	40 %	472433876
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161	NC_020542	AGGGC	2	10	216654	216663	20 %	0 %	60 %	20 %	472433876
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164	NC_020542	CAGGG	2	10	222719	222728	20 %	0 %	60 %	20 %	472433882
165	NC_020542	AGCGC	2	10	223332	223341	20 %	0 %	40 %	40 %	472433882
166	NC_020542	TGCGC	2	10	223578	223587	0 %	20 %	40 %	40 %	472433882
167	NC_020542	AGACG	2	10	224054	224063	40 %	0 %	40 %	20 %	472433883
168	NC_020542	GGCCA	2	10	224628	224637	20 %	0 %	40 %	40 %	472433883
169	NC_020542	GCGCG	2	10	225044	225053	0 %	0 %	60 %	40 %	472433883
170	NC_020542	AAGCC	2	10	225427	225436	40 %	0 %	20 %	40 %	472433883
171	NC_020542	GCGCG	2	10	225460	225469	0 %	0 %	60 %	40 %	472433883
172	NC_020542	ATTTC	2	10	226525	226534	20 %	60 %	0 %	20 %	472433883
173	NC_020542	TGGCA	2	10	227682	227691	20 %	20 %	40 %	20 %	472433884
174	NC_020542	GGCGC	2	10	228161	228170	0 %	0 %	60 %	40 %	472433884
175	NC_020542	ATCGC	2	10	230073	230082	20 %	20 %	20 %	40 %	472433885
176	NC_020542	AGGGC	2	10	230249	230258	20 %	0 %	60 %	20 %	472433885
177	NC_020542	GCTCG	2	10	230390	230399	0 %	20 %	40 %	40 %	472433885
178	NC_020542	GCCTT	2	10	230643	230652	0 %	40 %	20 %	40 %	472433885
179	NC_020542	CGAGG	2	10	236569	236578	20 %	0 %	60 %	20 %	472433887
180	NC_020542	ACGCT	2	10	236871	236880	20 %	20 %	20 %	40 %	472433887
181	NC_020542	GCCCG	2	10	237553	237562	0 %	0 %	40 %	60 %	472433887
182	NC_020542	AAGGC	2	10	238478	238487	40 %	0 %	40 %	20 %	472433887
183	NC_020542	GCCTG	2	10	239257	239266	0 %	20 %	40 %	40 %	472433888
184	NC_020542	CGCGA	2	10	241816	241825	20 %	0 %	40 %	40 %	472433888
185	NC_020542	CGAAG	2	10	242192	242201	40 %	0 %	40 %	20 %	472433888
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187	NC_020542	TGCCG	2	10	244894	244903	0 %	20 %	40 %	40 %	472433890
188	NC_020542	GCCAG	2	10	250059	250068	20 %	0 %	40 %	40 %	472433894
189	NC_020542	CTGCC	2	10	251110	251119	0 %	20 %	20 %	60 %	472433894
190	NC_020542	CCCGG	2	10	254104	254113	0 %	0 %	40 %	60 %	472433897
191	NC_020542	CAGCG	2	10	258775	258784	20 %	0 %	40 %	40 %	472433903
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194	NC_020542	GCTGG	2	10	260176	260185	0 %	20 %	60 %	20 %	472433904
195	NC_020542	GCCGC	2	10	260239	260248	0 %	0 %	40 %	60 %	472433904
196	NC_020542	GAGCA	2	10	261696	261705	40 %	0 %	40 %	20 %	472433906
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199	NC_020542	GCGCC	2	10	264729	264738	0 %	0 %	40 %	60 %	472433908
200	NC_020542	CGAAC	2	10	267693	267702	40 %	0 %	20 %	40 %	472433910
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203	NC_020542	GCACA	2	10	271614	271623	40 %	0 %	20 %	40 %	472433912
204	NC_020542	CCATC	2	10	272151	272160	20 %	20 %	0 %	60 %	472433913
205	NC_020542	TGGGC	2	10	272723	272732	0 %	20 %	60 %	20 %	472433913
206	NC_020542	CGCTG	2	10	273068	273077	0 %	20 %	40 %	40 %	472433913
207	NC_020542	GTGGA	2	10	273237	273246	20 %	20 %	60 %	0 %	472433914

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.