MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Sphingomonas sp. MM-1 plasmid pISP0

Total Repeats: 111

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020542	CCAT	2	8	475	482	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
2	NC_020542	CGCC	2	8	727	734	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
3	NC_020542	ACGC	2	8	1865	1872	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
4	NC_020542	CGGG	2	8	2118	2125	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
5	NC_020542	TGCC	2	8	3741	3748	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
6	NC_020542	TATG	2	8	9268	9275	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
7	NC_020542	TGCC	2	8	14451	14458	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
8	NC_020542	CGTT	2	8	15272	15279	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
9	NC_020542	GCTT	2	8	19689	19696	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
10	NC_020542	AAGG	2	8	19717	19724	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
11	NC_020542	GCGT	2	8	22705	22712	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
12	NC_020542	CCTC	2	8	37540	37547	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
13	NC_020542	GGAA	2	8	41745	41752	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
14	NC_020542	TCCC	2	8	43649	43656	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
15	NC_020542	CGGG	2	8	49415	49422	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
16	NC_020542	TAGA	2	8	49772	49779	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
17	NC_020542	TCAA	2	8	49944	49951	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
18	NC_020542	TTGC	2	8	53135	53142	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
19	NC_020542	CCTT	2	8	53608	53615	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
20	NC_020542	CGGG	2	8	53629	53636	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
21	NC_020542	CCCG	2	8	54680	54687	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
22	NC_020542	GGCG	2	8	54970	54977	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
23	NC_020542	CCGC	2	8	56158	56165	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
24	NC_020542	CATC	2	8	56268	56275	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
25	NC_020542	CGGG	2	8	56744	56751	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
26	NC_020542	CTTG	2	8	56865	56872	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
27	NC_020542	CGCC	2	8	58668	58675	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
28	NC_020542	GCAT	2	8	58760	58767	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
29	NC_020542	GATC	2	8	58957	58964	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
30	NC_020542	CGGC	2	8	68784	68791	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
31	NC_020542	GCCG	2	8	69337	69344	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
32	NC_020542	GATC	2	8	72488	72495	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
33	NC_020542	GCCG	2	8	72502	72509	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
34	NC_020542	CGAG	2	8	72644	72651	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
35	NC_020542	GGTA	2	8	73814	73821	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
36	NC_020542	AGCA	2	8	74470	74477	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
37	NC_020542	GCGT	2	8	75030	75037	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
38	NC_020542	GCAT	2	8	80109	80116	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
39	NC_020542	GCGT	2	8	80187	80194	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
40	NC_020542	TAAG	2	8	87285	87292	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
41	NC_020542	CTGT	2	8	88441	88448	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
42	NC_020542	GATC	2	8	88521	88528	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
43	NC_020542	TCGA	2	8	88997	89004	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
44	NC_020542	TTGG	2	8	96792	96799	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
45	NC_020542	ATCG	2	8	97220	97227	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
46	NC_020542	TGCG	2	8	97229	97236	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
47	NC_020542	GCCG	2	8	104113	104120	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
48	NC_020542	GCAA	2	8	105459	105466	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
49	NC_020542	CCCG	2	8	105581	105588	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
50	NC_020542	GGCG	2	8	106166	106173	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
51	NC_020542	GCGG	2	8	106527	106534	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
52	NC_020542	GCGG	2	8	107644	107651	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
53	NC_020542	GCCC	2	8	108695	108702	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
54	NC_020542	AAGG	2	8	108717	108724	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
55	NC_020542	GCAA	2	8	109190	109197	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
56	NC_020542	CGGC	2	8	110228	110235	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
57	NC_020542	GCCC	2	8	111449	111456	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
58	NC_020542	GCCG	2	8	111602	111609	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
59	NC_020542	GAAA	2	8	113807	113814	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
60	NC_020542	ACGG	2	8	114449	114456	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
61	NC_020542	AGGC	2	8	114707	114714	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
62	NC_020542	GATG	2	8	115377	115384	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
63	NC_020542	GAAC	2	8	115399	115406	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
64	NC_020542	CGCC	2	8	116676	116683	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
65	NC_020542	AGGA	2	8	118989	118996	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
66	NC_020542	GGAC	2	8	119021	119028	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
67	NC_020542	TCGG	2	8	119201	119208	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
68	NC_020542	GCCG	2	8	119769	119776	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
69	NC_020542	GCCG	2	8	119783	119790	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
70	NC_020542	GCTG	2	8	121353	121360	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
71	NC_020542	GCGG	2	8	121724	121731	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
72	NC_020542	ATAA	2	8	122831	122838	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_020542	GACC	2	8	125503	125510	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
74	NC_020542	TGAC	2	8	131234	131241	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
75	NC_020542	GCAG	2	8	135247	135254	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
76	NC_020542	TCCA	2	8	141819	141826	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
77	NC_020542	ACGG	2	8	142630	142637	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
78	NC_020542	ATGG	2	8	148841	148848	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
79	NC_020542	GCCG	2	8	148912	148919	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
80	NC_020542	CGGC	2	8	149870	149877	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
81	NC_020542	CGGC	2	8	149924	149931	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
82	NC_020542	GCCG	2	8	149939	149946	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
83	NC_020542	AGCC	2	8	150010	150017	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
84	NC_020542	CGGA	2	8	154968	154975	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
85	NC_020542	ATGG	2	8	159793	159800	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
86	NC_020542	CCGT	2	8	160436	160443	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
87	NC_020542	AAGC	2	8	160893	160900	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
88	NC_020542	TTCC	2	8	165044	165051	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
89	NC_020542	GCGA	2	8	165901	165908	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
90	NC_020542	GCTG	2	8	175025	175032	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
91	NC_020542	TTCG	2	8	175044	175051	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
92	NC_020542	GCTC	2	8	177936	177943	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
93	NC_020542	ACGA	2	8	178130	178137	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
94	NC_020542	GGTT	2	8	178149	178156	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
95	NC_020542	ACCG	2	8	178183	178190	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
96	NC_020542	CATT	2	8	180524	180531	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
97	NC_020542	CCGC	2	8	192869	192876	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
98	NC_020542	GCGA	2	8	193973	193980	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
99	NC_020542	TCCG	2	8	194041	194048	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
100	NC_020542	TGGG	2	8	201161	201168	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
101	NC_020542	CAGG	2	8	203543	203550	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
102	NC_020542	ATTC	2	8	204868	204875	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
103	NC_020542	GTGG	2	8	223775	223782	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
104	NC_020542	ACTG	2	8	251197	251204	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
105	NC_020542	ATCA	2	8	251269	251276	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
106	NC_020542	TTCA	2	8	251537	251544	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
107	NC_020542	CTGT	2	8	252986	252993	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
108	NC_020542	GATC	2	8	257638	257645	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
109	NC_020542	GCGG	2	8	257657	257664	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
110	NC_020542	GGCC	2	8	266802	266809	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
111	NC_020542	CGGC	2	8	269899	269906	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.