MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Coding Repeats of Staphylococcus aureus subsp. aureus ST228 plasmid pI1T1 complete sequence

Total Repeats: 254

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020530	TCA	2	6	909	914	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	472455755
2	NC_020530	TAG	2	6	942	947	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	472455755
3	NC_020530	ATT	2	6	1013	1018	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	472455755
4	NC_020530	ATC	2	6	1105	1110	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	472455755
5	NC_020530	GCA	2	6	1187	1192	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	472455755
6	NC_020530	CAT	2	6	1203	1208	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	472455755
7	NC_020530	TGA	2	6	1388	1393	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	472455755
8	NC_020530	AAT	2	6	1474	1479	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	472455755
9	NC_020530	TTC	2	6	1639	1644	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	472455755
10	NC_020530	ATT	2	6	1691	1696	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	472455755
11	NC_020530	TGT	2	6	1712	1717	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	472455755
12	NC_020530	TTC	2	6	1759	1764	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	472455755
13	NC_020530	TTC	2	6	1861	1866	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	472455755
14	NC_020530	CCA	2	6	2015	2020	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	472455755
15	NC_020530	AAT	2	6	2149	2154	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	472455755
16	NC_020530	AGT	2	6	2201	2206	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	472455755
17	NC_020530	TCA	2	6	2237	2242	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	472455755
18	NC_020530	AGC	2	6	2281	2286	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	472455755
19	NC_020530	ATA	2	6	2357	2362	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	472455755
20	NC_020530	ATT	2	6	2393	2398	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	472455755
21	NC_020530	CTT	2	6	2424	2429	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	472455755
22	NC_020530	ACA	2	6	2519	2524	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	472455755
23	NC_020530	ATG	2	6	2549	2554	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	472455755
24	NC_020530	TCA	2	6	2577	2582	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	472455755
25	NC_020530	TCT	2	6	2693	2698	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	472455755
26	NC_020530	TAG	2	6	2734	2739	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	472455755
27	NC_020530	TCT	2	6	2786	2791	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	472455755
28	NC_020530	TTC	2	6	2890	2895	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	472455755
29	NC_020530	TCT	2	6	3041	3046	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	472455755
30	NC_020530	CAT	2	6	4133	4138	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	472455756
31	NC_020530	TAT	2	6	4229	4234	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	472455756
32	NC_020530	AGC	2	6	4317	4322	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	472455756
33	NC_020530	GTT	2	6	4421	4426	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	472455756
34	NC_020530	TAT	2	6	4475	4480	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	472455756
35	NC_020530	ATC	2	6	4569	4574	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	472455756
36	NC_020530	TTA	2	6	4603	4608	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	472455756
37	NC_020530	AAT	2	6	4885	4890	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	472455756
38	NC_020530	TAT	2	6	4921	4926	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	472455757
39	NC_020530	AAG	2	6	4937	4942	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	472455757
40	NC_020530	TTA	2	6	4960	4965	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	472455757
41	NC_020530	TTA	2	6	5005	5010	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	472455757
42	NC_020530	CTT	2	6	5077	5082	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	472455757
43	NC_020530	TAA	2	6	5130	5135	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	472455757
44	NC_020530	AAT	2	6	5140	5145	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	472455757
45	NC_020530	ACC	2	6	5197	5202	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	472455757
46	NC_020530	ATA	2	6	5258	5263	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	472455757
47	NC_020530	TTA	2	6	5291	5296	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	472455757
48	NC_020530	TTA	2	6	5323	5328	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	472455757
49	NC_020530	TCT	2	6	5606	5611	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	472455757
50	NC_020530	TAT	3	9	5613	5621	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	472455757
51	NC_020530	TAA	2	6	5700	5705	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	472455757
52	NC_020530	TAT	2	6	5742	5747	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	472455757
53	NC_020530	AGA	2	6	5827	5832	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	472455757
54	NC_020530	AAG	2	6	5846	5851	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	472455757
55	NC_020530	GAA	2	6	6054	6059	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	472455757
56	NC_020530	ATG	2	6	6167	6172	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	472455757
57	NC_020530	TAA	2	6	6342	6347	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	472455757
58	NC_020530	ATG	2	6	6430	6435	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	472455757
59	NC_020530	TCT	2	6	6478	6483	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	472455757
60	NC_020530	ATT	2	6	6486	6491	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	472455757
61	NC_020530	TAA	2	6	6558	6563	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	472455757
62	NC_020530	GGT	2	6	6566	6571	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	472455757
63	NC_020530	TAT	2	6	6604	6609	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	472455757
64	NC_020530	TTG	2	6	7514	7519	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	472455758
65	NC_020530	TAA	2	6	7581	7586	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	472455758
66	NC_020530	AGA	2	6	7611	7616	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	472455758
67	NC_020530	GCA	2	6	7672	7677	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	472455758
68	NC_020530	TTC	2	6	7713	7718	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	472455758
69	NC_020530	GTC	2	6	7760	7765	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	472455758
70	NC_020530	AAT	2	6	7894	7899	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	472455758
71	NC_020530	ATC	2	6	8069	8074	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	472455759
72	NC_020530	AAG	2	6	8185	8190	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	472455759
73	NC_020530	ATG	2	6	8257	8262	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	472455759
74	NC_020530	ATT	2	6	8265	8270	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	472455759
75	NC_020530	ATT	2	6	8281	8286	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	472455759
76	NC_020530	ATG	2	6	8328	8333	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	472455759
77	NC_020530	GTG	2	6	8547	8552	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	472455759
78	NC_020530	AGA	2	6	8561	8566	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	472455759
79	NC_020530	AAG	2	6	8593	8598	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	472455759
80	NC_020530	ATT	2	6	9560	9565	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	472455760
81	NC_020530	TGC	2	6	9669	9674	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	472455760
82	NC_020530	CAT	2	6	9695	9700	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	472455760
83	NC_020530	CCT	2	6	9728	9733	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	472455760
84	NC_020530	ATT	2	6	9829	9834	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	472455760
85	NC_020530	ATA	2	6	9849	9854	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	472455760
86	NC_020530	GTT	2	6	9862	9867	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	472455760
87	NC_020530	TTC	2	6	9954	9959	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	472455760
88	NC_020530	ATA	2	6	10005	10010	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	472455760
89	NC_020530	TAC	2	6	10022	10027	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	472455760
90	NC_020530	AGT	3	9	10053	10061	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	472455760
91	NC_020530	TCA	2	6	10124	10129	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	472455760
92	NC_020530	ATG	2	6	10335	10340	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	472455761
93	NC_020530	TAG	2	6	10366	10371	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	472455761
94	NC_020530	GTT	2	6	10392	10397	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	472455761
95	NC_020530	GAA	2	6	10549	10554	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	472455761
96	NC_020530	ATT	2	6	10562	10567	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	472455761
97	NC_020530	TAA	2	6	10672	10677	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	472455761
98	NC_020530	ACT	2	6	10683	10688	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	472455761
99	NC_020530	GGA	2	6	10794	10799	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	472455761
100	NC_020530	ATA	2	6	10857	10862	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	472455761
101	NC_020530	AAG	2	6	10999	11004	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	472455761
102	NC_020530	ATT	2	6	11016	11021	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	472455761
103	NC_020530	TGC	2	6	11147	11152	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	472455761
104	NC_020530	TTA	2	6	11187	11192	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	472455761
105	NC_020530	GAA	2	6	11217	11222	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	472455761
106	NC_020530	GCG	2	6	11304	11309	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	472455761
107	NC_020530	TAT	2	6	11369	11374	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	472455761
108	NC_020530	TAA	2	6	11470	11475	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	472455761
109	NC_020530	GCT	2	6	11511	11516	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	472455761
110	NC_020530	TCT	2	6	11577	11582	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	472455761
111	NC_020530	TCA	2	6	11619	11624	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	472455761
112	NC_020530	GAA	2	6	11658	11663	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	472455761
113	NC_020530	CAT	2	6	11731	11736	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	472455761
114	NC_020530	ATG	2	6	11740	11745	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	472455761
115	NC_020530	TAG	2	6	11764	11769	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	472455761
116	NC_020530	TGA	2	6	12052	12057	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	472455762
117	NC_020530	TAG	2	6	12121	12126	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	472455762
118	NC_020530	TTA	2	6	12210	12215	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	472455762
119	NC_020530	TTA	2	6	12358	12363	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	472455762
120	NC_020530	TAT	3	9	12401	12409	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	472455762
121	NC_020530	TAC	2	6	12415	12420	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	472455762
122	NC_020530	ATG	2	6	12598	12603	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	472455762
123	NC_020530	ATT	2	6	12614	12619	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	472455762
124	NC_020530	TTC	2	6	13005	13010	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	472455763
125	NC_020530	ATC	2	6	13020	13025	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	472455763
126	NC_020530	TGT	2	6	13120	13125	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	472455763
127	NC_020530	TTC	2	6	13143	13148	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	472455763
128	NC_020530	CTT	2	6	13160	13165	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	472455763
129	NC_020530	TTA	2	6	13261	13266	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	472455763
130	NC_020530	TTG	2	6	13284	13289	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	472455763
131	NC_020530	TTG	2	6	13329	13334	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	472455763
132	NC_020530	GTT	2	6	13340	13345	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	472455763
133	NC_020530	ATT	2	6	13455	13460	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	472455763
134	NC_020530	ATT	2	6	13638	13643	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	472455763
135	NC_020530	ACC	2	6	13741	13746	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	472455763
136	NC_020530	TAT	2	6	14140	14145	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	472455764
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139	NC_020530	AAT	2	6	14321	14326	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	472455764
140	NC_020530	TAA	2	6	14347	14352	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	472455764
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142	NC_020530	TAA	2	6	14452	14457	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	472455764
143	NC_020530	ATA	2	6	14622	14627	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	472455764
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145	NC_020530	ATA	2	6	14697	14702	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	472455764
146	NC_020530	ATC	2	6	14703	14708	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	472455764
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151	NC_020530	ATT	2	6	14834	14839	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	472455764
152	NC_020530	TTA	2	6	14890	14895	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	472455764
153	NC_020530	AGA	2	6	14902	14907	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	472455764
154	NC_020530	GAA	2	6	15023	15028	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	472455764
155	NC_020530	AAT	2	6	15084	15089	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	472455764
156	NC_020530	ATA	2	6	19051	19056	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	472455765
157	NC_020530	CTT	2	6	19104	19109	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	472455765
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164	NC_020530	CTT	2	6	19716	19721	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	472455765
165	NC_020530	ATT	2	6	19991	19996	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	472455766
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169	NC_020530	TTA	2	6	20193	20198	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	472455766
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172	NC_020530	TTA	2	6	20345	20350	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	472455766
173	NC_020530	AAT	2	6	20473	20478	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	472455766
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189	NC_020530	ATT	3	9	22380	22388	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	472455768
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247	NC_020530	ATC	2	6	28868	28873	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	472455774
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249	NC_020530	ACA	2	6	30040	30045	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	472455775
250	NC_020530	CAA	2	6	30181	30186	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	472455775
251	NC_020530	GCA	2	6	30222	30227	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	472455775
252	NC_020530	TCC	2	6	30312	30317	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	472455775
253	NC_020530	CAG	2	6	30358	30363	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	472455775
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.