MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Bibersteinia trehalosi USDA-ARS-USMARC-192

Total Repeats: 247

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020515	ATTTT	2	10	213	222	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_020515	TATTT	2	10	35659	35668	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_020515	GCAAG	2	10	37028	37037	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
4	NC_020515	TTTTG	2	10	37231	37240	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
5	NC_020515	TTGAA	2	10	39983	39992	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
6	NC_020515	TATTT	2	10	45972	45981	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_020515	AAATA	2	10	52547	52556	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_020515	TTTTC	2	10	55068	55077	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
9	NC_020515	TTGAA	2	10	62486	62495	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
10	NC_020515	AGTCG	2	10	65582	65591	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
11	NC_020515	AGGTT	2	10	65909	65918	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
12	NC_020515	AAAAT	2	10	84045	84054	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_020515	TGAAC	2	10	94226	94235	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
14	NC_020515	TATCC	2	10	101399	101408	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
15	NC_020515	TTTGC	2	10	101527	101536	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
16	NC_020515	TGATC	2	10	101569	101578	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
17	NC_020515	ATTTT	2	10	103601	103610	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_020515	AAAAT	2	10	107926	107935	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_020515	CAAAA	2	10	111757	111766	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
20	NC_020515	TTAGG	2	10	111831	111840	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
21	NC_020515	CTATA	2	10	113019	113028	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
22	NC_020515	TTTTA	2	10	132611	132620	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_020515	TGTTA	2	10	176723	176732	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
24	NC_020515	ATAAG	2	10	185304	185313	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
25	NC_020515	ATTTT	2	10	200226	200235	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_020515	AAGCA	2	10	200236	200245	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
27	NC_020515	TAAAA	2	10	216016	216025	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_020515	TTGAA	2	10	216323	216332	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
29	NC_020515	AGTCG	2	10	219514	219523	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
30	NC_020515	AGGTT	2	10	219841	219850	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
31	NC_020515	TTGGA	2	10	222571	222580	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
32	NC_020515	TTACT	2	10	229219	229228	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
33	NC_020515	ATAAA	2	10	250737	250746	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_020515	CAACG	2	10	258599	258608	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
35	NC_020515	CAAAT	2	10	271204	271213	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
36	NC_020515	ATTTT	2	10	278100	278109	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_020515	TTATT	2	10	291436	291445	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_020515	CTTTT	2	10	313743	313752	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
39	NC_020515	TTAAT	2	10	313784	313793	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_020515	TTGAA	2	10	348254	348263	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
41	NC_020515	AGTCG	2	10	351445	351454	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
42	NC_020515	AGGTT	2	10	351772	351781	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
43	NC_020515	TTTAA	2	10	353517	353526	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_020515	ATTAT	2	10	353723	353732	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_020515	TAAAA	2	10	367668	367677	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_020515	CTAGC	2	10	367749	367758	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
47	NC_020515	AAGAT	2	10	372269	372278	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
48	NC_020515	TTGAA	2	10	374673	374682	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
49	NC_020515	AGTCG	2	10	377779	377788	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
50	NC_020515	AGGTT	2	10	378106	378115	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
51	NC_020515	TTATT	2	10	379972	379981	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_020515	TTTAA	2	10	380129	380138	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_020515	GATAA	2	10	380259	380268	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
54	NC_020515	TTTGG	2	10	423459	423468	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
55	NC_020515	TTTTA	2	10	445902	445911	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_020515	CTTTA	2	10	454585	454594	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
57	NC_020515	AATTG	2	10	490735	490744	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
58	NC_020515	TAGCC	2	10	490746	490755	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
59	NC_020515	TTAAA	2	10	498296	498305	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_020515	ATTAA	2	10	509163	509172	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_020515	TTATT	2	10	519172	519181	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_020515	GAAAA	2	10	547938	547947	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
63	NC_020515	TTTAA	2	10	570337	570346	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_020515	ATTAA	2	10	582524	582533	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_020515	CAAAA	2	10	596196	596205	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
66	NC_020515	TTGAA	2	10	598958	598967	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
67	NC_020515	AGTCG	2	10	602064	602073	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
68	NC_020515	AGGTT	2	10	602391	602400	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
69	NC_020515	CTTAT	2	10	604221	604230	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
70	NC_020515	TTTGT	2	10	624427	624436	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
71	NC_020515	CATTT	2	10	635596	635605	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
72	NC_020515	TTGTA	2	10	641374	641383	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
73	NC_020515	TAAAA	2	10	646343	646352	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_020515	CTATT	2	10	650922	650931	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
75	NC_020515	TACTC	2	10	670082	670091	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
76	NC_020515	CATTT	2	10	681402	681411	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
77	NC_020515	AAATA	2	10	712873	712882	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_020515	CATAA	2	10	721387	721396	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
79	NC_020515	TTGTT	2	10	723415	723424	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
80	NC_020515	TAAAA	2	10	733294	733303	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_020515	AGAGA	2	10	743740	743749	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
82	NC_020515	ATTAA	2	10	743914	743923	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_020515	ATGTT	2	10	833741	833750	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
84	NC_020515	ATTTT	2	10	835731	835740	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_020515	ATCTA	2	10	835818	835827	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
86	NC_020515	AATCA	2	10	839006	839015	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
87	NC_020515	CCTTG	2	10	844065	844074	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
88	NC_020515	CCTTG	2	10	844329	844338	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
89	NC_020515	TTGAA	2	10	863898	863907	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
90	NC_020515	AGTCG	2	10	867089	867098	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
91	NC_020515	AGGTT	2	10	867416	867425	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
92	NC_020515	GATGC	2	10	869380	869389	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
93	NC_020515	ATCTG	2	10	871080	871089	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
94	NC_020515	ATTAT	2	10	888513	888522	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_020515	ATTAT	2	10	890569	890578	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_020515	AATAG	2	10	890622	890631	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
97	NC_020515	TTATT	2	10	890702	890711	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_020515	TAAAA	2	10	890798	890807	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_020515	TAAAT	2	10	892554	892563	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_020515	AGATC	2	10	892907	892916	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
101	NC_020515	ACATA	2	10	894535	894544	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
102	NC_020515	ATTTT	2	10	894974	894983	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_020515	TTTAT	2	10	895023	895032	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_020515	ATTAA	2	10	916602	916611	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_020515	TTGAA	2	10	919940	919949	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
106	NC_020515	CTTTT	2	10	924783	924792	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
107	NC_020515	TGTTT	2	10	933107	933116	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
108	NC_020515	ATTTT	2	10	944246	944255	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_020515	TTTGT	2	10	944293	944302	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
110	NC_020515	TAAGT	2	10	946322	946331	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
111	NC_020515	GAGAA	2	10	950728	950737	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
112	NC_020515	TAAGG	2	10	958300	958309	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
113	NC_020515	TTTTG	2	10	961292	961301	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
114	NC_020515	TTCTT	2	10	982161	982170	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
115	NC_020515	CTTAG	2	10	992276	992285	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
116	NC_020515	TTTTC	2	10	1007135	1007144	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
117	NC_020515	TTTAA	2	10	1029682	1029691	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_020515	CTATG	2	10	1032040	1032049	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
119	NC_020515	CTTTT	2	10	1043866	1043875	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
120	NC_020515	GAAGG	2	10	1044509	1044518	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
121	NC_020515	TAAGT	2	10	1055362	1055371	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
122	NC_020515	GAAAA	2	10	1070496	1070505	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
123	NC_020515	GTTTT	2	10	1094633	1094642	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
124	NC_020515	ATTGG	2	10	1109644	1109653	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
125	NC_020515	TCATA	2	10	1110626	1110635	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
126	NC_020515	GATAA	2	10	1141748	1141757	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
127	NC_020515	TTAAA	2	10	1164776	1164785	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_020515	GAAAA	2	10	1169768	1169777	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
129	NC_020515	GCTTT	2	10	1183427	1183436	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
130	NC_020515	AAAAT	2	10	1191406	1191415	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_020515	TAACG	2	10	1198962	1198971	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
132	NC_020515	TATGC	2	10	1237915	1237924	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
133	NC_020515	AATTA	2	10	1261492	1261501	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_020515	TAACT	2	10	1270276	1270285	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
135	NC_020515	AAATA	2	10	1271422	1271431	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_020515	AAGGA	2	10	1271494	1271503	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
137	NC_020515	TCAAA	2	10	1273448	1273457	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
138	NC_020515	AAAGT	2	10	1273637	1273646	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
139	NC_020515	ATTTT	2	10	1273743	1273752	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_020515	ACAGC	17	85	1297477	1297561	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
141	NC_020515	TGGAT	2	10	1299434	1299443	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
142	NC_020515	GAAAA	2	10	1299468	1299477	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
143	NC_020515	TAACG	2	10	1311609	1311618	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
144	NC_020515	ATTTT	2	10	1328741	1328750	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_020515	TAGAC	2	10	1328820	1328829	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
146	NC_020515	AAAAT	2	10	1338070	1338079	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_020515	TGAAT	2	10	1356396	1356405	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
148	NC_020515	TGCAA	2	10	1356514	1356523	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
149	NC_020515	ACGCA	2	10	1369841	1369850	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
150	NC_020515	TAATT	2	10	1377861	1377870	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_020515	ATTTA	2	10	1390959	1390968	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_020515	ATTTA	2	10	1407686	1407695	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
153	NC_020515	TTTTG	2	10	1422261	1422270	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
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157	NC_020515	TAAAA	2	10	1485224	1485233	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
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161	NC_020515	TTTAT	2	10	1503584	1503593	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
162	NC_020515	ATTAT	2	10	1527914	1527923	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
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168	NC_020515	ATCTT	2	10	1565287	1565296	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
169	NC_020515	TTTTC	2	10	1590317	1590326	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
170	NC_020515	ATGCT	2	10	1620602	1620611	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
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172	NC_020515	TTAAC	2	10	1662235	1662244	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
173	NC_020515	AAAAT	2	10	1662475	1662484	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
174	NC_020515	GAATT	2	10	1667380	1667389	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
175	NC_020515	TTGCA	2	10	1722885	1722894	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
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177	NC_020515	ATTTA	3	15	1762302	1762316	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
178	NC_020515	TATCT	2	10	1762406	1762415	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
179	NC_020515	AAAAT	2	10	1762580	1762589	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
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182	NC_020515	TTTAT	2	10	1769224	1769233	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
183	NC_020515	TTTAC	2	10	1769386	1769395	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
184	NC_020515	TTTCT	2	10	1775309	1775318	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
185	NC_020515	ATCAT	2	10	1784020	1784029	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
186	NC_020515	GCCAC	2	10	1784559	1784568	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
187	NC_020515	ATTTT	2	10	1784677	1784686	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
188	NC_020515	GCTTA	2	10	1798634	1798643	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
189	NC_020515	AACTT	2	10	1812141	1812150	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
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191	NC_020515	AACAA	2	10	1850221	1850230	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
192	NC_020515	TTATT	2	10	1861157	1861166	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
193	NC_020515	CTTTG	2	10	1886392	1886401	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
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195	NC_020515	CATGC	2	10	1918445	1918454	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
196	NC_020515	TGTAA	2	10	1925626	1925635	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
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199	NC_020515	ATTTT	2	10	1940644	1940653	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
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201	NC_020515	GATAT	2	10	1944624	1944633	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
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245	NC_020515	AAATC	2	10	2394891	2394900	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
246	NC_020515	TTCAT	2	10	2394923	2394932	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
247	NC_020515	AAATT	2	10	2397122	2397131	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.