MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis IU888 complete genome

Total Repeats: 113

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020512	TATTT	2	10	7632	7641	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_020512	AAAGA	2	10	33693	33702	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
3	NC_020512	TGCAA	2	10	42928	42937	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
4	NC_020512	CAAAA	2	10	43246	43255	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
5	NC_020512	GAAGA	2	10	48612	48621	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
6	NC_020512	CTATT	2	10	50197	50206	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
7	NC_020512	AATTT	2	10	54770	54779	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_020512	AAAAG	2	10	69674	69683	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
9	NC_020512	CTTGC	2	10	72617	72626	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
10	NC_020512	AAAAG	2	10	77367	77376	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
11	NC_020512	ATCAA	2	10	79065	79074	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
12	NC_020512	TTTGT	2	10	85802	85811	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
13	NC_020512	AATAA	2	10	88801	88810	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_020512	TTTAA	2	10	94337	94346	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_020512	CTTTT	2	10	94872	94881	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
16	NC_020512	ACAAA	2	10	98412	98421	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
17	NC_020512	GCTCT	2	10	114697	114706	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
18	NC_020512	TAGGA	2	10	122831	122840	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
19	NC_020512	GCTTC	2	10	123160	123169	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
20	NC_020512	TTGCA	2	10	137686	137695	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
21	NC_020512	AAAAG	2	10	142158	142167	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
22	NC_020512	TTCTA	2	10	157945	157954	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
23	NC_020512	CAAAA	2	10	162403	162412	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
24	NC_020512	TTGAG	2	10	183140	183149	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
25	NC_020512	GAATG	2	10	183165	183174	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
26	NC_020512	CGATA	2	10	188092	188101	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
27	NC_020512	TATGC	2	10	192788	192797	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
28	NC_020512	AAGAA	2	10	192954	192963	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
29	NC_020512	CTAAG	2	10	203529	203538	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
30	NC_020512	ATTTC	2	10	222020	222029	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
31	NC_020512	CAATA	2	10	225143	225152	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
32	NC_020512	TACAA	2	10	248855	248864	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
33	NC_020512	TTTCA	2	10	264963	264972	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
34	NC_020512	AAAGC	2	10	299792	299801	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
35	NC_020512	TGTTT	2	10	302671	302680	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
36	NC_020512	GCAAC	2	10	334715	334724	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
37	NC_020512	CTTGT	2	10	334775	334784	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
38	NC_020512	CCTTT	2	10	335233	335242	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
39	NC_020512	AAGGC	2	10	362981	362990	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
40	NC_020512	GCTTC	2	10	365093	365102	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
41	NC_020512	AGTAG	2	10	365171	365180	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
42	NC_020512	AGGGA	2	10	367508	367517	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
43	NC_020512	TCTCT	2	10	368724	368733	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
44	NC_020512	AACAA	2	10	369107	369116	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
45	NC_020512	AAAAC	2	10	369429	369438	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
46	NC_020512	AAGCG	2	10	404951	404960	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
47	NC_020512	TATCT	2	10	410479	410488	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
48	NC_020512	GTATA	2	10	417198	417207	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
49	NC_020512	AGCAA	2	10	417234	417243	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
50	NC_020512	AAAAT	2	10	419083	419092	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_020512	CTCTT	2	10	429147	429156	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
52	NC_020512	TAAAA	2	10	431690	431699	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_020512	AGAAA	2	10	437365	437374	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
54	NC_020512	CTCTT	2	10	437404	437413	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
55	NC_020512	GAAGA	2	10	437414	437423	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
56	NC_020512	AAATT	2	10	437701	437710	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_020512	AATTT	2	10	437722	437731	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_020512	TAAAA	2	10	465930	465939	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_020512	CAAAA	2	10	486377	486386	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
60	NC_020512	AATCT	2	10	503718	503727	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
61	NC_020512	CTTCT	2	10	503931	503940	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
62	NC_020512	TTTCT	2	10	509321	509330	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
63	NC_020512	CCTTT	2	10	510330	510339	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
64	NC_020512	TAAAA	2	10	515350	515359	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_020512	AGGAA	2	10	517334	517343	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
66	NC_020512	ATGAA	2	10	517358	517367	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
67	NC_020512	TTGGA	2	10	524810	524819	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
68	NC_020512	CAAAA	2	10	525585	525594	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
69	NC_020512	AAAAG	2	10	558722	558731	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
70	NC_020512	GAAAA	2	10	565906	565915	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
71	NC_020512	ATTTT	2	10	567343	567352	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_020512	ATACT	2	10	573416	573425	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
73	NC_020512	AAAGG	2	10	582372	582381	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
74	NC_020512	ATTAA	2	10	637920	637929	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_020512	TCGTC	2	10	650817	650826	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
76	NC_020512	GCAAA	2	10	672386	672395	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
77	NC_020512	TATCG	2	10	673607	673616	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
78	NC_020512	TAAAA	2	10	686441	686450	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_020512	TTTAT	2	10	698396	698405	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_020512	TCATG	2	10	698591	698600	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
81	NC_020512	AAAAC	2	10	702702	702711	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
82	NC_020512	GAAAA	2	10	708052	708061	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
83	NC_020512	TTATT	2	10	715116	715125	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_020512	GAAGA	2	10	738016	738025	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
85	NC_020512	TTTCT	2	10	747530	747539	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
86	NC_020512	AGAAT	2	10	760826	760835	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
87	NC_020512	AGGGG	2	10	761057	761066	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
88	NC_020512	AAAAG	2	10	781626	781635	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
89	NC_020512	AGGTA	2	10	785024	785033	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
90	NC_020512	TCCTT	2	10	786207	786216	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
91	NC_020512	TTTCT	2	10	805623	805632	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
92	NC_020512	AGAAA	2	10	814155	814164	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
93	NC_020512	AAGAG	2	10	825994	826003	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
94	NC_020512	CTTTT	2	10	860275	860284	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
95	NC_020512	AGAAA	2	10	864632	864641	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
96	NC_020512	GAAGA	2	10	876806	876815	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
97	NC_020512	CTTTT	2	10	882326	882335	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
98	NC_020512	TAGAA	2	10	890796	890805	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
99	NC_020512	CTTTT	2	10	906831	906840	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
100	NC_020512	TTTTA	2	10	907576	907585	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_020512	AGAGC	2	10	909863	909872	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
102	NC_020512	TCGTT	2	10	937958	937967	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
103	NC_020512	TTCTT	2	10	940914	940923	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
104	NC_020512	GGTAG	2	10	945096	945105	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
105	NC_020512	AGATA	2	10	945107	945116	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
106	NC_020512	CTTCA	2	10	962799	962808	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
107	NC_020512	CTAGT	2	10	969656	969665	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
108	NC_020512	TAAAA	2	10	985651	985660	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_020512	ATAAA	2	10	985682	985691	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_020512	CGGGG	2	10	1007092	1007101	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
111	NC_020512	TATTT	2	10	1009250	1009259	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_020512	TAGAA	2	10	1020678	1020687	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
113	NC_020512	TTTTA	2	10	1042995	1043004	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.