MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Chlamydia trachomatis IU888 complete genome

Total Repeats: 2871

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020512	GGAT	2	8	57	64	25 %	25 %	50 %	0 %	478428136
2	NC_020512	AGTG	2	8	547	554	25 %	25 %	50 %	0 %	478428136
3	NC_020512	TGGC	2	8	581	588	0 %	25 %	50 %	25 %	478428136
4	NC_020512	AATG	2	8	1066	1073	50 %	25 %	25 %	0 %	478428136
5	NC_020512	CTAT	2	8	1400	1407	25 %	50 %	0 %	25 %	478428136
6	NC_020512	AAGG	2	8	1909	1916	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
7	NC_020512	AGTA	2	8	2089	2096	50 %	25 %	25 %	0 %	478428137
8	NC_020512	ATGA	2	8	2493	2500	50 %	25 %	25 %	0 %	478428138
9	NC_020512	GATA	2	8	2531	2538	50 %	25 %	25 %	0 %	478428138
10	NC_020512	TTTC	2	8	2828	2835	0 %	75 %	0 %	25 %	478428139
11	NC_020512	CATG	2	8	3709	3716	25 %	25 %	25 %	25 %	478428139
12	NC_020512	TTCC	2	8	4014	4021	0 %	50 %	0 %	50 %	478428139
13	NC_020512	TTTA	2	8	4412	4419	25 %	75 %	0 %	0 %	478428140
14	NC_020512	ATCC	2	8	4712	4719	25 %	25 %	0 %	50 %	478428140
15	NC_020512	GACG	2	8	5459	5466	25 %	0 %	50 %	25 %	478428140
16	NC_020512	TTGG	2	8	5562	5569	0 %	50 %	50 %	0 %	478428140
17	NC_020512	TGGA	2	8	5921	5928	25 %	25 %	50 %	0 %	478428141
18	NC_020512	CTTT	2	8	6298	6305	0 %	75 %	0 %	25 %	478428141
19	NC_020512	GGGA	2	8	6813	6820	25 %	0 %	75 %	0 %	478428141
20	NC_020512	GGAG	2	8	6904	6911	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
21	NC_020512	GGTG	2	8	7116	7123	0 %	25 %	75 %	0 %	478428142
22	NC_020512	AAAT	2	8	7182	7189	75 %	25 %	0 %	0 %	478428142
23	NC_020512	TATG	2	8	7553	7560	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
24	NC_020512	ATTT	2	8	7694	7701	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_020512	ATTT	2	8	7785	7792	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_020512	AAGC	2	8	8420	8427	50 %	0 %	25 %	25 %	478428143
27	NC_020512	ATTG	2	8	8818	8825	25 %	50 %	25 %	0 %	478428144
28	NC_020512	AGCG	2	8	9285	9292	25 %	0 %	50 %	25 %	478428144
29	NC_020512	AAAG	2	8	9306	9313	75 %	0 %	25 %	0 %	478428144
30	NC_020512	CTTT	2	8	9646	9653	0 %	75 %	0 %	25 %	478428144
31	NC_020512	TATT	2	8	9909	9916	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_020512	TTCG	2	8	10020	10027	0 %	50 %	25 %	25 %	478428145
33	NC_020512	AATT	2	8	10125	10132	50 %	50 %	0 %	0 %	478428145
34	NC_020512	ATGG	2	8	10184	10191	25 %	25 %	50 %	0 %	478428145
35	NC_020512	CTTT	2	8	10809	10816	0 %	75 %	0 %	25 %	478428146
36	NC_020512	GCAA	2	8	11026	11033	50 %	0 %	25 %	25 %	478428146
37	NC_020512	AGCC	2	8	11256	11263	25 %	0 %	25 %	50 %	478428146
38	NC_020512	GAAA	2	8	11399	11406	75 %	0 %	25 %	0 %	478428146
39	NC_020512	AGAA	2	8	11803	11810	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
40	NC_020512	AATG	2	8	12142	12149	50 %	25 %	25 %	0 %	478428147
41	NC_020512	GTTT	2	8	13174	13181	0 %	75 %	25 %	0 %	478428148
42	NC_020512	ATGC	2	8	13604	13611	25 %	25 %	25 %	25 %	478428148
43	NC_020512	AAGG	2	8	14039	14046	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
44	NC_020512	TTGT	2	8	14640	14647	0 %	75 %	25 %	0 %	478428149
45	NC_020512	TTCT	2	8	14811	14818	0 %	75 %	0 %	25 %	478428149
46	NC_020512	ATTT	2	8	15017	15024	25 %	75 %	0 %	0 %	478428149
47	NC_020512	TTTC	2	8	15679	15686	0 %	75 %	0 %	25 %	478428150
48	NC_020512	AAAT	2	8	16161	16168	75 %	25 %	0 %	0 %	478428150
49	NC_020512	CAAA	2	8	16673	16680	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
50	NC_020512	GTAA	2	8	17003	17010	50 %	25 %	25 %	0 %	478428151
51	NC_020512	CTAA	2	8	17196	17203	50 %	25 %	0 %	25 %	478428151
52	NC_020512	AGAA	2	8	17459	17466	75 %	0 %	25 %	0 %	478428151
53	NC_020512	ATTT	2	8	17605	17612	25 %	75 %	0 %	0 %	478428151
54	NC_020512	TGCG	2	8	19127	19134	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
55	NC_020512	GAAG	2	8	20111	20118	50 %	0 %	50 %	0 %	478428153
56	NC_020512	TTTG	2	8	20137	20144	0 %	75 %	25 %	0 %	478428153
57	NC_020512	TGTA	2	8	20829	20836	25 %	50 %	25 %	0 %	478428154
58	NC_020512	GCCA	2	8	21621	21628	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
59	NC_020512	CGCT	2	8	21869	21876	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
60	NC_020512	TTAA	2	8	21890	21897	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_020512	GTTA	2	8	21927	21934	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
62	NC_020512	GATC	2	8	21982	21989	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
63	NC_020512	TGGG	2	8	22247	22254	0 %	25 %	75 %	0 %	478428155
64	NC_020512	CATT	2	8	23304	23311	25 %	50 %	0 %	25 %	478428155
65	NC_020512	GCTT	2	8	23647	23654	0 %	50 %	25 %	25 %	478428155
66	NC_020512	GGTT	2	8	23695	23702	0 %	50 %	50 %	0 %	478428155
67	NC_020512	TTCT	2	8	24065	24072	0 %	75 %	0 %	25 %	478428155
68	NC_020512	TAAC	2	8	24167	24174	50 %	25 %	0 %	25 %	478428155
69	NC_020512	CATT	2	8	24290	24297	25 %	50 %	0 %	25 %	478428155
70	NC_020512	GGTA	2	8	24660	24667	25 %	25 %	50 %	0 %	478428155
71	NC_020512	TTGA	2	8	25655	25662	25 %	50 %	25 %	0 %	478428156
72	NC_020512	TTCG	2	8	25800	25807	0 %	50 %	25 %	25 %	478428156
73	NC_020512	TAGG	2	8	25879	25886	25 %	25 %	50 %	0 %	478428156
74	NC_020512	TTCC	2	8	26003	26010	0 %	50 %	0 %	50 %	478428156
75	NC_020512	TAGG	2	8	26117	26124	25 %	25 %	50 %	0 %	478428156
76	NC_020512	TTTC	2	8	26552	26559	0 %	75 %	0 %	25 %	478428156
77	NC_020512	GCTT	2	8	26889	26896	0 %	50 %	25 %	25 %	478428156
78	NC_020512	GGAA	2	8	27472	27479	50 %	0 %	50 %	0 %	478428157
79	NC_020512	TTAA	2	8	27545	27552	50 %	50 %	0 %	0 %	478428157
80	NC_020512	AAAG	2	8	27595	27602	75 %	0 %	25 %	0 %	478428157
81	NC_020512	GGGC	2	8	27875	27882	0 %	0 %	75 %	25 %	478428157
82	NC_020512	GTTT	2	8	28158	28165	0 %	75 %	25 %	0 %	478428158
83	NC_020512	CAGA	2	8	28180	28187	50 %	0 %	25 %	25 %	478428158
84	NC_020512	ATTG	2	8	28539	28546	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
85	NC_020512	CTTT	2	8	30152	30159	0 %	75 %	0 %	25 %	478428160
86	NC_020512	TTTG	2	8	30167	30174	0 %	75 %	25 %	0 %	478428160
87	NC_020512	TTGT	2	8	30202	30209	0 %	75 %	25 %	0 %	478428160
88	NC_020512	TGGC	2	8	30365	30372	0 %	25 %	50 %	25 %	478428160
89	NC_020512	AAAG	2	8	30925	30932	75 %	0 %	25 %	0 %	478428161
90	NC_020512	AAAC	2	8	30995	31002	75 %	0 %	0 %	25 %	478428161
91	NC_020512	GATG	2	8	31138	31145	25 %	25 %	50 %	0 %	478428161
92	NC_020512	GATA	2	8	32247	32254	50 %	25 %	25 %	0 %	478428163
93	NC_020512	TGAT	2	8	34742	34749	25 %	50 %	25 %	0 %	478428166
94	NC_020512	AAGA	3	12	34870	34881	75 %	0 %	25 %	0 %	478428166
95	NC_020512	AAGC	2	8	35090	35097	50 %	0 %	25 %	25 %	478428167
96	NC_020512	GTTC	2	8	35123	35130	0 %	50 %	25 %	25 %	478428167
97	NC_020512	GGCA	2	8	35502	35509	25 %	0 %	50 %	25 %	478428168
98	NC_020512	TCGA	2	8	35759	35766	25 %	25 %	25 %	25 %	478428168
99	NC_020512	TGCT	2	8	35912	35919	0 %	50 %	25 %	25 %	478428168
100	NC_020512	TTGG	2	8	36144	36151	0 %	50 %	50 %	0 %	478428168
101	NC_020512	AGAT	2	8	36864	36871	50 %	25 %	25 %	0 %	478428168
102	NC_020512	CTTT	2	8	37237	37244	0 %	75 %	0 %	25 %	478428169
103	NC_020512	ATGA	2	8	37727	37734	50 %	25 %	25 %	0 %	478428169
104	NC_020512	TAGG	2	8	37886	37893	25 %	25 %	50 %	0 %	478428169
105	NC_020512	CAAT	2	8	38070	38077	50 %	25 %	0 %	25 %	478428169
106	NC_020512	AATG	2	8	38857	38864	50 %	25 %	25 %	0 %	478428169
107	NC_020512	AGAA	2	8	39694	39701	75 %	0 %	25 %	0 %	478428170
108	NC_020512	AAGA	2	8	39746	39753	75 %	0 %	25 %	0 %	478428170
109	NC_020512	ATCC	2	8	39754	39761	25 %	25 %	0 %	50 %	478428170
110	NC_020512	TAAT	2	8	39965	39972	50 %	50 %	0 %	0 %	478428170
111	NC_020512	GTGC	2	8	42054	42061	0 %	25 %	50 %	25 %	478428172
112	NC_020512	AGAA	2	8	42473	42480	75 %	0 %	25 %	0 %	478428172
113	NC_020512	GGAT	2	8	42625	42632	25 %	25 %	50 %	0 %	478428172
114	NC_020512	AAAC	2	8	43833	43840	75 %	0 %	0 %	25 %	478428174
115	NC_020512	CAAT	2	8	44037	44044	50 %	25 %	0 %	25 %	478428174
116	NC_020512	TGTT	2	8	44417	44424	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
117	NC_020512	AATA	2	8	44656	44663	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_020512	ATTT	2	8	44794	44801	25 %	75 %	0 %	0 %	478428176
119	NC_020512	GCTC	2	8	45102	45109	0 %	25 %	25 %	50 %	478428176
120	NC_020512	TTCT	2	8	45244	45251	0 %	75 %	0 %	25 %	478428176
121	NC_020512	TTGA	2	8	45844	45851	25 %	50 %	25 %	0 %	478428177
122	NC_020512	TGTT	2	8	46016	46023	0 %	75 %	25 %	0 %	478428177
123	NC_020512	CTAT	2	8	46046	46053	25 %	50 %	0 %	25 %	478428177
124	NC_020512	TGTT	2	8	46075	46082	0 %	75 %	25 %	0 %	478428177
125	NC_020512	CTAT	2	8	46371	46378	25 %	50 %	0 %	25 %	478428177
126	NC_020512	AAGA	2	8	46867	46874	75 %	0 %	25 %	0 %	478428178
127	NC_020512	AAGA	2	8	46924	46931	75 %	0 %	25 %	0 %	478428178
128	NC_020512	AAAG	2	8	46964	46971	75 %	0 %	25 %	0 %	478428178
129	NC_020512	AAGA	2	8	47079	47086	75 %	0 %	25 %	0 %	478428178
130	NC_020512	ACTT	2	8	47340	47347	25 %	50 %	0 %	25 %	478428178
131	NC_020512	ATGG	2	8	47966	47973	25 %	25 %	50 %	0 %	478428178
132	NC_020512	AGGA	2	8	47997	48004	50 %	0 %	50 %	0 %	478428178
133	NC_020512	GAAC	2	8	48544	48551	50 %	0 %	25 %	25 %	478428178
134	NC_020512	AAGT	2	8	48579	48586	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
135	NC_020512	AACA	2	8	48788	48795	75 %	0 %	0 %	25 %	478428179
136	NC_020512	CTTT	2	8	48984	48991	0 %	75 %	0 %	25 %	478428179
137	NC_020512	CTTT	2	8	49875	49882	0 %	75 %	0 %	25 %	478428180
138	NC_020512	GTAG	2	8	49893	49900	25 %	25 %	50 %	0 %	478428180
139	NC_020512	GAAG	2	8	51321	51328	50 %	0 %	50 %	0 %	478428181
140	NC_020512	TTCA	2	8	51743	51750	25 %	50 %	0 %	25 %	478428181
141	NC_020512	TCTA	2	8	51960	51967	25 %	50 %	0 %	25 %	478428181
142	NC_020512	TATT	2	8	52894	52901	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_020512	GGAA	2	8	53125	53132	50 %	0 %	50 %	0 %	478428183
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