MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Coding Repeats of Chlamydia trachomatis IU888 complete genome

Total Repeats: 12669

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020512	AGG	2	6	18	23	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478428136
2	NC_020512	TAA	3	9	93	101	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478428136
3	NC_020512	GTA	2	6	137	142	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478428136
4	NC_020512	AGT	2	6	168	173	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478428136
5	NC_020512	CAA	2	6	338	343	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478428136
6	NC_020512	AGT	2	6	364	369	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478428136
7	NC_020512	GTG	2	6	380	385	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	478428136
8	NC_020512	CAG	2	6	416	421	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478428136
9	NC_020512	GCC	2	6	604	609	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	478428136
10	NC_020512	TGC	2	6	663	668	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478428136
11	NC_020512	ATT	2	6	675	680	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478428136
12	NC_020512	CGA	2	6	697	702	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478428136
13	NC_020512	TAT	2	6	839	844	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478428136
14	NC_020512	GAA	2	6	886	891	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478428136
15	NC_020512	AGA	2	6	915	920	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478428136
16	NC_020512	AGA	2	6	969	974	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478428136
17	NC_020512	CAA	2	6	1042	1047	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478428136
18	NC_020512	TTG	2	6	1185	1190	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478428136
19	NC_020512	CTC	2	6	1214	1219	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478428136
20	NC_020512	GAT	2	6	1276	1281	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478428136
21	NC_020512	GAT	2	6	1330	1335	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478428136
22	NC_020512	ATG	2	6	1393	1398	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478428136
23	NC_020512	CCT	2	6	1552	1557	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478428136
24	NC_020512	CTT	2	6	1613	1618	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478428136
25	NC_020512	CAG	2	6	1678	1683	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478428136
26	NC_020512	TGA	2	6	1739	1744	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478428136
27	NC_020512	ATG	2	6	1936	1941	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478428137
28	NC_020512	GTG	2	6	1942	1947	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	478428137
29	NC_020512	TCC	2	6	1951	1956	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478428137
30	NC_020512	AGC	2	6	1965	1970	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478428137
31	NC_020512	AGC	2	6	1992	1997	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478428137
32	NC_020512	AAG	2	6	2003	2008	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478428137
33	NC_020512	TAC	2	6	2041	2046	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478428137
34	NC_020512	GCT	2	6	2051	2056	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478428137
35	NC_020512	AGA	2	6	2161	2166	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478428137
36	NC_020512	AGA	2	6	2417	2422	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478428138
37	NC_020512	ATC	2	6	2424	2429	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478428138
38	NC_020512	TGC	2	6	2444	2449	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478428138
39	NC_020512	CAT	2	6	2568	2573	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478428138
40	NC_020512	AGA	2	6	2597	2602	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478428138
41	NC_020512	AAG	2	6	2626	2631	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478428138
42	NC_020512	GGA	2	6	2661	2666	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478428138
43	NC_020512	ATC	2	6	2790	2795	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478428139
44	NC_020512	ATA	2	6	2940	2945	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478428139
45	NC_020512	AAC	2	6	2965	2970	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478428139
46	NC_020512	GGT	2	6	3019	3024	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	478428139
47	NC_020512	AAT	2	6	3125	3130	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478428139
48	NC_020512	TTC	2	6	3160	3165	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478428139
49	NC_020512	GCA	2	6	3179	3184	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478428139
50	NC_020512	GGA	2	6	3227	3232	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478428139
51	NC_020512	CAG	2	6	3246	3251	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478428139
52	NC_020512	GTT	2	6	3263	3268	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478428139
53	NC_020512	GGT	2	6	3355	3360	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	478428139
54	NC_020512	AAG	2	6	3513	3518	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478428139
55	NC_020512	ATT	2	6	3575	3580	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478428139
56	NC_020512	TTG	2	6	3627	3632	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478428139
57	NC_020512	AAG	2	6	3738	3743	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478428139
58	NC_020512	AAG	2	6	3753	3758	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478428139
59	NC_020512	CAG	2	6	3795	3800	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478428139
60	NC_020512	GCT	2	6	3866	3871	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478428139
61	NC_020512	AAG	2	6	4032	4037	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478428139
62	NC_020512	CAG	2	6	4082	4087	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478428139
63	NC_020512	GGA	2	6	4169	4174	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478428139
64	NC_020512	AAT	2	6	4179	4184	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478428139
65	NC_020512	ATT	2	6	4259	4264	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478428140
66	NC_020512	TGA	2	6	4289	4294	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478428140
67	NC_020512	GTA	2	6	4521	4526	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478428140
68	NC_020512	AGA	2	6	4568	4573	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478428140
69	NC_020512	GAA	2	6	4752	4757	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478428140
70	NC_020512	CGT	2	6	4884	4889	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478428140
71	NC_020512	GTT	2	6	4935	4940	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478428140
72	NC_020512	TGA	2	6	5072	5077	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478428140
73	NC_020512	TTG	2	6	5167	5172	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478428140
74	NC_020512	TTC	2	6	5308	5313	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478428140
75	NC_020512	TCT	2	6	5400	5405	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478428140
76	NC_020512	AGA	2	6	5420	5425	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478428140
77	NC_020512	GTT	2	6	5447	5452	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478428140
78	NC_020512	GGT	2	6	5495	5500	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	478428140
79	NC_020512	CTC	2	6	5599	5604	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478428140
80	NC_020512	AGC	2	6	5630	5635	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478428140
81	NC_020512	ATT	2	6	5747	5752	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478428141
82	NC_020512	TCT	2	6	5765	5770	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478428141
83	NC_020512	GCT	2	6	5811	5816	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478428141
84	NC_020512	GAT	2	6	5846	5851	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478428141
85	NC_020512	ACG	2	6	5884	5889	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478428141
86	NC_020512	GAA	2	6	5908	5913	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478428141
87	NC_020512	AGA	3	9	5985	5993	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478428141
88	NC_020512	GCT	2	6	5994	5999	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478428141
89	NC_020512	AGA	2	6	6003	6008	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478428141
90	NC_020512	TGG	2	6	6039	6044	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	478428141
91	NC_020512	AGA	3	9	6057	6065	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478428141
92	NC_020512	GGA	2	6	6066	6071	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478428141
93	NC_020512	TCA	2	6	6251	6256	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478428141
94	NC_020512	GGA	2	6	6288	6293	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478428141
95	NC_020512	CTT	2	6	6348	6353	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478428141
96	NC_020512	CTG	2	6	6354	6359	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478428141
97	NC_020512	CAG	2	6	6509	6514	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478428141
98	NC_020512	GCA	2	6	6547	6552	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478428141
99	NC_020512	AGG	2	6	7038	7043	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478428142
100	NC_020512	GAA	2	6	7082	7087	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478428142
101	NC_020512	GCA	2	6	7346	7351	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478428142
102	NC_020512	AAG	2	6	7387	7392	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478428142
103	NC_020512	TGC	2	6	7420	7425	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478428142
104	NC_020512	TCG	2	6	7914	7919	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478428143
105	NC_020512	TCC	2	6	7957	7962	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478428143
106	NC_020512	GTT	2	6	8065	8070	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478428143
107	NC_020512	TTA	2	6	8435	8440	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478428143
108	NC_020512	TTC	2	6	8758	8763	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478428143
109	NC_020512	GAA	2	6	8902	8907	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478428144
110	NC_020512	ACC	2	6	9030	9035	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	478428144
111	NC_020512	CTT	2	6	9083	9088	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478428144
112	NC_020512	GAG	2	6	9163	9168	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478428144
113	NC_020512	ATA	2	6	9180	9185	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478428144
114	NC_020512	AGG	2	6	9204	9209	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478428144
115	NC_020512	GAA	2	6	9384	9389	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478428144
116	NC_020512	CAG	2	6	9400	9405	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478428144
117	NC_020512	TGT	2	6	9471	9476	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478428144
118	NC_020512	GAG	2	6	9486	9491	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478428144
119	NC_020512	TAC	2	6	9554	9559	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478428144
120	NC_020512	GTT	2	6	9658	9663	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478428144
121	NC_020512	AAG	2	6	9682	9687	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478428144
122	NC_020512	GAG	2	6	9708	9713	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478428144
123	NC_020512	TTA	2	6	9998	10003	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478428145
124	NC_020512	AGA	2	6	10033	10038	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478428145
125	NC_020512	TGC	2	6	10263	10268	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478428145
126	NC_020512	GAA	2	6	10290	10295	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478428145
127	NC_020512	TCG	2	6	10350	10355	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478428145
128	NC_020512	TGG	2	6	10373	10378	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	478428145
129	NC_020512	GTA	2	6	10424	10429	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478428146
130	NC_020512	AGC	2	6	10584	10589	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478428146
131	NC_020512	CTT	2	6	10598	10603	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478428146
132	NC_020512	ATG	2	6	10759	10764	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478428146
133	NC_020512	CGT	2	6	10786	10791	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478428146
134	NC_020512	GAC	2	6	10956	10961	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478428146
135	NC_020512	GGT	2	6	11043	11048	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	478428146
136	NC_020512	GAA	2	6	11089	11094	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478428146
137	NC_020512	CAA	2	6	11111	11116	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478428146
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139	NC_020512	CGA	2	6	11230	11235	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478428146
140	NC_020512	CTT	2	6	11336	11341	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478428146
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142	NC_020512	CTT	2	6	11390	11395	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478428146
143	NC_020512	ATC	2	6	11500	11505	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478428146
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151	NC_020512	ATA	3	9	12183	12191	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478428147
152	NC_020512	TAT	2	6	12202	12207	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478428147
153	NC_020512	ACA	2	6	12213	12218	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478428147
154	NC_020512	TAG	2	6	12312	12317	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478428147
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159	NC_020512	AGA	2	6	12608	12613	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478428147
160	NC_020512	CAA	2	6	12910	12915	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478428147
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162	NC_020512	ATA	2	6	13074	13079	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478428147
163	NC_020512	ATA	2	6	13166	13171	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478428148
164	NC_020512	TAC	2	6	13294	13299	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478428148
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247	NC_020512	TCC	2	6	20805	20810	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478428154
248	NC_020512	ACG	2	6	20919	20924	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478428154
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250	NC_020512	TGT	2	6	22224	22229	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478428155
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252	NC_020512	GGA	2	6	22469	22474	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478428155
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254	NC_020512	GAC	2	6	22630	22635	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478428155
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256	NC_020512	TTG	2	6	22874	22879	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478428155
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259	NC_020512	TCG	2	6	23142	23147	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478428155
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