MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Di-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis IU888 complete genome

Total Repeats: 384

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020512	TC	3	6	2270	2275	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
2	NC_020512	GA	3	6	7596	7601	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
3	NC_020512	AG	3	6	9951	9956	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
4	NC_020512	TA	3	6	11849	11854	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_020512	TA	3	6	13940	13945	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_020512	TA	4	8	14164	14171	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_020512	AG	3	6	18116	18121	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
8	NC_020512	GA	3	6	18129	18134	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
9	NC_020512	CT	3	6	19051	19056	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
10	NC_020512	AG	3	6	21117	21122	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
11	NC_020512	GA	3	6	21275	21280	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
12	NC_020512	AG	3	6	21792	21797	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
13	NC_020512	CT	3	6	21861	21866	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
14	NC_020512	GA	3	6	27113	27118	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
15	NC_020512	CT	3	6	27120	27125	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
16	NC_020512	TC	3	6	28488	28493	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
17	NC_020512	AG	3	6	28571	28576	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
18	NC_020512	GA	3	6	36985	36990	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
19	NC_020512	AT	3	6	37087	37092	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_020512	CT	3	6	39354	39359	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
21	NC_020512	CT	3	6	40725	40730	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
22	NC_020512	AG	3	6	42851	42856	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
23	NC_020512	CT	3	6	42917	42922	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
24	NC_020512	GA	5	10	43192	43201	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
25	NC_020512	AG	3	6	43316	43321	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
26	NC_020512	TC	3	6	44408	44413	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
27	NC_020512	AG	3	6	48644	48649	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
28	NC_020512	TG	4	8	51997	52004	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
29	NC_020512	GA	3	6	56315	56320	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
30	NC_020512	GA	3	6	61460	61465	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
31	NC_020512	AG	4	8	65479	65486	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
32	NC_020512	TA	3	6	85908	85913	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_020512	GA	3	6	91261	91266	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
34	NC_020512	CT	3	6	93611	93616	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
35	NC_020512	GA	3	6	94139	94144	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
36	NC_020512	TA	3	6	94755	94760	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_020512	TC	3	6	100631	100636	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
38	NC_020512	AT	3	6	100682	100687	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_020512	GC	3	6	102788	102793	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
40	NC_020512	TA	3	6	107358	107363	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_020512	TG	3	6	116612	116617	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
42	NC_020512	AG	4	8	119199	119206	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
43	NC_020512	GA	3	6	121021	121026	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
44	NC_020512	TG	3	6	121280	121285	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
45	NC_020512	CT	3	6	121905	121910	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
46	NC_020512	AT	3	6	122607	122612	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_020512	TC	3	6	122817	122822	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
48	NC_020512	GA	3	6	123152	123157	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
49	NC_020512	TA	3	6	123261	123266	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_020512	GT	3	6	124250	124255	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
51	NC_020512	CT	3	6	128787	128792	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
52	NC_020512	TC	3	6	131109	131114	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
53	NC_020512	AG	3	6	131186	131191	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
54	NC_020512	AG	3	6	131211	131216	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
55	NC_020512	TG	3	6	134018	134023	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
56	NC_020512	GA	3	6	138937	138942	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
57	NC_020512	AT	3	6	143169	143174	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_020512	GA	3	6	152407	152412	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
59	NC_020512	AG	3	6	157975	157980	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
60	NC_020512	TC	3	6	172440	172445	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
61	NC_020512	AG	3	6	172572	172577	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
62	NC_020512	CT	3	6	172590	172595	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
63	NC_020512	TG	3	6	179081	179086	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
64	NC_020512	CT	3	6	183215	183220	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
65	NC_020512	GA	4	8	183257	183264	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
66	NC_020512	GA	3	6	183461	183466	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
67	NC_020512	GA	3	6	183775	183780	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
68	NC_020512	GA	3	6	183878	183883	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
69	NC_020512	TC	3	6	184285	184290	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
70	NC_020512	GA	3	6	184517	184522	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
71	NC_020512	TC	3	6	192633	192638	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
72	NC_020512	AT	3	6	192975	192980	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_020512	AG	3	6	197752	197757	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
74	NC_020512	TC	3	6	200744	200749	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
75	NC_020512	AG	3	6	202576	202581	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
76	NC_020512	CT	3	6	204502	204507	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
77	NC_020512	GA	4	8	207563	207570	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
78	NC_020512	CT	4	8	207611	207618	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
79	NC_020512	AG	4	8	218847	218854	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
80	NC_020512	CA	3	6	218906	218911	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
81	NC_020512	TA	3	6	220401	220406	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_020512	CT	3	6	222041	222046	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
83	NC_020512	TC	3	6	225042	225047	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
84	NC_020512	AG	3	6	225073	225078	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
85	NC_020512	TC	3	6	239273	239278	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
86	NC_020512	AG	3	6	239299	239304	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
87	NC_020512	CA	3	6	244223	244228	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
88	NC_020512	GT	3	6	244440	244445	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
89	NC_020512	GA	3	6	251308	251313	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
90	NC_020512	TG	3	6	251418	251423	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
91	NC_020512	AG	3	6	252220	252225	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
92	NC_020512	AG	3	6	253229	253234	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
93	NC_020512	TA	3	6	255035	255040	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_020512	TC	3	6	257342	257347	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
95	NC_020512	AG	3	6	258820	258825	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
96	NC_020512	TA	3	6	265180	265185	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_020512	CA	3	6	266987	266992	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
98	NC_020512	TC	3	6	268887	268892	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
99	NC_020512	TA	3	6	274440	274445	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_020512	AT	4	8	285000	285007	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_020512	CT	3	6	285852	285857	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
102	NC_020512	TC	4	8	285943	285950	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
103	NC_020512	TC	3	6	287634	287639	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
104	NC_020512	TC	3	6	287691	287696	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
105	NC_020512	CT	3	6	288164	288169	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
106	NC_020512	AT	3	6	300178	300183	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_020512	CA	3	6	302507	302512	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
108	NC_020512	AC	3	6	302548	302553	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
109	NC_020512	GA	3	6	307238	307243	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
110	NC_020512	AG	3	6	316458	316463	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
111	NC_020512	CT	3	6	348425	348430	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
112	NC_020512	CT	3	6	351497	351502	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
113	NC_020512	TC	3	6	355723	355728	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
114	NC_020512	CT	3	6	359639	359644	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
115	NC_020512	AC	3	6	362972	362977	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
116	NC_020512	GA	3	6	364884	364889	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
117	NC_020512	TC	3	6	364962	364967	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
118	NC_020512	TA	3	6	365164	365169	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_020512	GC	3	6	366693	366698	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
120	NC_020512	TC	3	6	366997	367002	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
121	NC_020512	TA	3	6	367067	367072	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_020512	AC	3	6	367779	367784	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
123	NC_020512	CT	4	8	367951	367958	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
124	NC_020512	CT	3	6	368184	368189	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
125	NC_020512	CA	3	6	368193	368198	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
126	NC_020512	GT	3	6	368511	368516	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
127	NC_020512	CT	4	8	382281	382288	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
128	NC_020512	GA	3	6	386989	386994	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
129	NC_020512	CG	3	6	392120	392125	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
130	NC_020512	CA	3	6	393170	393175	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
131	NC_020512	TC	3	6	395717	395722	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
132	NC_020512	CT	3	6	396207	396212	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
133	NC_020512	GA	3	6	396337	396342	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
134	NC_020512	GA	3	6	396468	396473	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
135	NC_020512	CT	3	6	410573	410578	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
136	NC_020512	CT	3	6	411560	411565	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
137	NC_020512	CT	3	6	412357	412362	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
138	NC_020512	CT	3	6	430288	430293	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
139	NC_020512	CT	3	6	431311	431316	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
140	NC_020512	AG	3	6	431658	431663	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
141	NC_020512	GA	3	6	433353	433358	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
142	NC_020512	AC	3	6	437352	437357	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
143	NC_020512	CT	3	6	441631	441636	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
144	NC_020512	AC	3	6	441669	441674	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
145	NC_020512	CA	3	6	444138	444143	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
146	NC_020512	CT	3	6	445538	445543	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
147	NC_020512	CT	3	6	454820	454825	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
148	NC_020512	CT	3	6	457273	457278	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
149	NC_020512	AG	3	6	460961	460966	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
150	NC_020512	TC	3	6	467499	467504	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
151	NC_020512	AT	3	6	467568	467573	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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153	NC_020512	TA	3	6	468985	468990	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
154	NC_020512	GA	3	6	469083	469088	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
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156	NC_020512	GA	4	8	486437	486444	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.