MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Coding Repeats of Chlamydia trachomatis IU824 complete genome

Total Repeats: 12630

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020511	AGG	2	6	18	23	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	471328176
2	NC_020511	TAA	3	9	93	101	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	471328176
3	NC_020511	GTA	2	6	137	142	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	471328176
4	NC_020511	AGT	2	6	168	173	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	471328176
5	NC_020511	CAA	2	6	338	343	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	471328176
6	NC_020511	AGT	2	6	364	369	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	471328176
7	NC_020511	GTG	2	6	380	385	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	471328176
8	NC_020511	CAG	2	6	416	421	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	471328176
9	NC_020511	GCC	2	6	604	609	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	471328176
10	NC_020511	TGC	2	6	663	668	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	471328176
11	NC_020511	ATT	2	6	675	680	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	471328176
12	NC_020511	CGA	2	6	697	702	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	471328176
13	NC_020511	TAT	2	6	839	844	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	471328176
14	NC_020511	GAA	2	6	886	891	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	471328176
15	NC_020511	AGA	2	6	915	920	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	471328176
16	NC_020511	AGA	2	6	969	974	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	471328176
17	NC_020511	CAA	2	6	1042	1047	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	471328176
18	NC_020511	TTG	2	6	1185	1190	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	471328176
19	NC_020511	CTC	2	6	1214	1219	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	471328176
20	NC_020511	GAT	2	6	1276	1281	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	471328176
21	NC_020511	GAT	2	6	1330	1335	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	471328176
22	NC_020511	ATG	2	6	1393	1398	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	471328176
23	NC_020511	CCT	2	6	1552	1557	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	471328176
24	NC_020511	CTT	2	6	1613	1618	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	471328176
25	NC_020511	CAG	2	6	1678	1683	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	471328176
26	NC_020511	TGA	2	6	1739	1744	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	471328176
27	NC_020511	ATG	2	6	1936	1941	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	471328177
28	NC_020511	GTG	2	6	1942	1947	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	471328177
29	NC_020511	TCC	2	6	1951	1956	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	471328177
30	NC_020511	AGC	2	6	1965	1970	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	471328177
31	NC_020511	AGC	2	6	1992	1997	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	471328177
32	NC_020511	AAG	2	6	2003	2008	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	471328177
33	NC_020511	TAC	2	6	2041	2046	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	471328177
34	NC_020511	GCT	2	6	2051	2056	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	471328177
35	NC_020511	AGA	2	6	2161	2166	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	471328177
36	NC_020511	AGA	2	6	2417	2422	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	471328178
37	NC_020511	ATC	2	6	2424	2429	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	471328178
38	NC_020511	TGC	2	6	2444	2449	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	471328178
39	NC_020511	CAT	2	6	2568	2573	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	471328178
40	NC_020511	AGA	2	6	2597	2602	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	471328178
41	NC_020511	AAG	2	6	2626	2631	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	471328178
42	NC_020511	GGA	2	6	2661	2666	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	471328178
43	NC_020511	ATC	2	6	2790	2795	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	471328179
44	NC_020511	ATA	2	6	2940	2945	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	471328179
45	NC_020511	AAC	2	6	2965	2970	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	471328179
46	NC_020511	GGT	2	6	3019	3024	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	471328179
47	NC_020511	AAT	2	6	3125	3130	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	471328179
48	NC_020511	TTC	2	6	3160	3165	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	471328179
49	NC_020511	GCA	2	6	3179	3184	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	471328179
50	NC_020511	GGA	2	6	3227	3232	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	471328179
51	NC_020511	CAG	2	6	3246	3251	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	471328179
52	NC_020511	GTT	2	6	3263	3268	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	471328179
53	NC_020511	GGT	2	6	3355	3360	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	471328179
54	NC_020511	AAG	2	6	3513	3518	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	471328179
55	NC_020511	ATT	2	6	3575	3580	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	471328179
56	NC_020511	TTG	2	6	3627	3632	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	471328179
57	NC_020511	AAG	2	6	3738	3743	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	471328179
58	NC_020511	AAG	2	6	3753	3758	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	471328179
59	NC_020511	CAG	2	6	3795	3800	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	471328179
60	NC_020511	GCT	2	6	3866	3871	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	471328179
61	NC_020511	AAG	2	6	4032	4037	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	471328179
62	NC_020511	CAG	2	6	4082	4087	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	471328179
63	NC_020511	GGA	2	6	4169	4174	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	471328179
64	NC_020511	AAT	2	6	4179	4184	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	471328179
65	NC_020511	ATT	2	6	4259	4264	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	471328180
66	NC_020511	TGA	2	6	4289	4294	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	471328180
67	NC_020511	GTA	2	6	4521	4526	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	471328180
68	NC_020511	AGA	2	6	4568	4573	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	471328180
69	NC_020511	GAA	2	6	4752	4757	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	471328180
70	NC_020511	CGT	2	6	4884	4889	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	471328180
71	NC_020511	GTT	2	6	4935	4940	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	471328180
72	NC_020511	TGA	2	6	5072	5077	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	471328180
73	NC_020511	TTG	2	6	5167	5172	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	471328180
74	NC_020511	TTC	2	6	5308	5313	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	471328180
75	NC_020511	TCT	2	6	5400	5405	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	471328180
76	NC_020511	AGA	2	6	5420	5425	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	471328180
77	NC_020511	GTT	2	6	5447	5452	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	471328180
78	NC_020511	GGT	2	6	5495	5500	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	471328180
79	NC_020511	CTC	2	6	5599	5604	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	471328180
80	NC_020511	AGC	2	6	5630	5635	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	471328180
81	NC_020511	ATT	2	6	5747	5752	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	471328181
82	NC_020511	TCT	2	6	5765	5770	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	471328181
83	NC_020511	GCT	2	6	5811	5816	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	471328181
84	NC_020511	GAT	2	6	5846	5851	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	471328181
85	NC_020511	ACG	2	6	5884	5889	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	471328181
86	NC_020511	GAA	2	6	5908	5913	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	471328181
87	NC_020511	AGA	3	9	5985	5993	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	471328181
88	NC_020511	GCT	2	6	5994	5999	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	471328181
89	NC_020511	AGA	2	6	6003	6008	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	471328181
90	NC_020511	TGG	2	6	6039	6044	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	471328181
91	NC_020511	AGA	3	9	6057	6065	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	471328181
92	NC_020511	GGA	2	6	6066	6071	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	471328181
93	NC_020511	TCA	2	6	6251	6256	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	471328181
94	NC_020511	GGA	2	6	6288	6293	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	471328181
95	NC_020511	CTT	2	6	6348	6353	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	471328181
96	NC_020511	CTG	2	6	6354	6359	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	471328181
97	NC_020511	CAG	2	6	6509	6514	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	471328181
98	NC_020511	GCA	2	6	6547	6552	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	471328181
99	NC_020511	AGG	2	6	7038	7043	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	471328182
100	NC_020511	GAA	2	6	7082	7087	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	471328182
101	NC_020511	GCA	2	6	7346	7351	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	471328182
102	NC_020511	AAG	2	6	7387	7392	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	471328182
103	NC_020511	TGC	2	6	7420	7425	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	471328182
104	NC_020511	TCG	2	6	7914	7919	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	471328183
105	NC_020511	TCC	2	6	7957	7962	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	471328183
106	NC_020511	GTT	2	6	8065	8070	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	471328183
107	NC_020511	TTA	2	6	8435	8440	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	471328183
108	NC_020511	TTC	2	6	8758	8763	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	471328183
109	NC_020511	GAA	2	6	8902	8907	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	471328184
110	NC_020511	ACC	2	6	9030	9035	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	471328184
111	NC_020511	CTT	2	6	9083	9088	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	471328184
112	NC_020511	GAG	2	6	9163	9168	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	471328184
113	NC_020511	ATA	2	6	9180	9185	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	471328184
114	NC_020511	AGG	2	6	9204	9209	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	471328184
115	NC_020511	GAA	2	6	9384	9389	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	471328184
116	NC_020511	CAG	2	6	9400	9405	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	471328184
117	NC_020511	TGT	2	6	9471	9476	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	471328184
118	NC_020511	GAG	2	6	9486	9491	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	471328184
119	NC_020511	TAC	2	6	9554	9559	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	471328184
120	NC_020511	GTT	2	6	9658	9663	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	471328184
121	NC_020511	AAG	2	6	9682	9687	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	471328184
122	NC_020511	GAG	2	6	9708	9713	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	471328184
123	NC_020511	TTA	2	6	9998	10003	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	471328185
124	NC_020511	AGA	2	6	10033	10038	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	471328185
125	NC_020511	TGC	2	6	10263	10268	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	471328185
126	NC_020511	GAA	2	6	10290	10295	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	471328185
127	NC_020511	TCG	2	6	10350	10355	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	471328185
128	NC_020511	TGG	2	6	10373	10378	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	471328185
129	NC_020511	GTA	2	6	10424	10429	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	471328186
130	NC_020511	AGC	2	6	10584	10589	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	471328186
131	NC_020511	CTT	2	6	10598	10603	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	471328186
132	NC_020511	ATG	2	6	10759	10764	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	471328186
133	NC_020511	CGT	2	6	10786	10791	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	471328186
134	NC_020511	GAC	2	6	10956	10961	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	471328186
135	NC_020511	GGT	2	6	11043	11048	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	471328186
136	NC_020511	GAA	2	6	11089	11094	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	471328186
137	NC_020511	CAA	2	6	11111	11116	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	471328186
138	NC_020511	GGA	2	6	11173	11178	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	471328186
139	NC_020511	CGA	2	6	11230	11235	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	471328186
140	NC_020511	CTT	2	6	11336	11341	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	471328186
141	NC_020511	TTG	2	6	11376	11381	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	471328186
142	NC_020511	CTT	2	6	11390	11395	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	471328186
143	NC_020511	ATC	2	6	11500	11505	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	471328186
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145	NC_020511	AGA	2	6	11612	11617	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	471328186
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151	NC_020511	ATA	3	9	12183	12191	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	471328187
152	NC_020511	TAT	2	6	12202	12207	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	471328187
153	NC_020511	ACA	2	6	12213	12218	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	471328187
154	NC_020511	TAG	2	6	12312	12317	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	471328187
155	NC_020511	TAC	2	6	12506	12511	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	471328187
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159	NC_020511	AGA	2	6	12608	12613	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	471328187
160	NC_020511	CAA	2	6	12910	12915	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	471328187
161	NC_020511	ATC	2	6	12933	12938	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	471328187
162	NC_020511	ATA	2	6	13074	13079	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	471328187
163	NC_020511	ATA	2	6	13166	13171	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	471328188
164	NC_020511	TAC	2	6	13294	13299	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	471328188
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247	NC_020511	TCC	2	6	20805	20810	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	471328194
248	NC_020511	ACG	2	6	20919	20924	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	471328194
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250	NC_020511	TGT	2	6	22224	22229	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	471328195
251	NC_020511	GAA	2	6	22378	22383	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	471328195
252	NC_020511	GGA	2	6	22469	22474	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	471328195
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256	NC_020511	TTG	2	6	22874	22879	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	471328195
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259	NC_020511	TCG	2	6	23142	23147	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	471328195
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