MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Lactococcus lactis subsp. lactis IO-1 DNA

Total Repeats: 142

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020450	TTAAAT	2	12	10490	10501	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_020450	GTTGAC	2	12	33569	33580	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_020450	TAGTTT	2	12	51430	51441	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
4	NC_020450	TAAAAA	2	12	62554	62565	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_020450	TGAAAT	2	12	104601	104612	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
6	NC_020450	ATAAAA	2	12	153034	153045	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_020450	TAAAAA	2	12	153095	153106	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_020450	TAAAAA	2	12	198555	198566	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_020450	AAATAG	2	12	203389	203400	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
10	NC_020450	TGAAAA	2	12	209374	209385	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
11	NC_020450	TAAAAA	2	12	215646	215657	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_020450	AAAAGA	2	12	224961	224972	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
13	NC_020450	TAAATT	2	12	229842	229853	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_020450	ATTCTA	2	12	237891	237902	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
15	NC_020450	ATTTAA	2	12	343789	343800	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_020450	AGCAAT	2	12	348781	348792	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_020450	TAAAAT	2	12	364156	364167	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_020450	ATTTTT	2	12	381403	381414	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_020450	ATGAAA	2	12	403877	403888	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
20	NC_020450	TTTTTA	2	12	408706	408717	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_020450	ACACCG	2	12	414353	414364	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
22	NC_020450	AAATAA	2	12	420141	420152	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_020450	TGTTTT	2	12	436363	436374	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
24	NC_020450	TTTTAG	2	12	442317	442328	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
25	NC_020450	TGGAAG	2	12	475289	475300	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
26	NC_020450	TTTGCT	2	12	481099	481110	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
27	NC_020450	GTAAAG	2	12	493831	493842	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
28	NC_020450	ATTTTT	2	12	504336	504347	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_020450	AAAAAG	2	12	508205	508216	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
30	NC_020450	GAAAAG	2	12	509220	509231	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
31	NC_020450	AGAAAA	2	12	518899	518910	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
32	NC_020450	GGTTAA	2	12	544738	544749	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
33	NC_020450	TATAAA	2	12	589797	589808	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_020450	GAAGCG	2	12	640032	640043	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_020450	AATTAA	2	12	706306	706317	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_020450	AGCATT	2	12	714625	714636	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_020450	TAAAGA	2	12	735290	735301	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
38	NC_020450	GATTTC	2	12	752140	752151	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
39	NC_020450	TTATTT	2	12	758515	758526	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_020450	AGATTT	2	12	799700	799711	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
41	NC_020450	TTTTAT	2	12	812594	812605	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_020450	ATATAA	2	12	814433	814444	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_020450	TCAAAA	2	12	825288	825299	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
44	NC_020450	AAGAAA	2	12	874830	874841	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
45	NC_020450	ATTAAC	5	30	886987	887016	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_020450	GTTTAA	2	12	887596	887607	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
47	NC_020450	TATAAA	2	12	887969	887980	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_020450	GGGTTT	2	12	898438	898449	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
49	NC_020450	TAAAAA	2	12	901063	901074	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_020450	AAAAGT	2	12	912266	912277	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
51	NC_020450	CTTAAA	2	12	916544	916555	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
52	NC_020450	TAGTAA	2	12	916577	916588	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
53	NC_020450	TAAAAA	2	12	926969	926980	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_020450	TAAATA	2	12	929888	929899	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_020450	TAAAAA	2	12	939775	939786	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_020450	ATTAAT	2	12	943072	943083	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_020450	AAAACA	2	12	945467	945478	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_020450	TTTAAA	2	12	1007121	1007132	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_020450	TGACAA	2	12	1019143	1019154	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_020450	TAAAAA	2	12	1021100	1021111	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_020450	AATATA	2	12	1027644	1027655	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_020450	ATTTTT	2	12	1035589	1035600	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_020450	TTTTTA	2	12	1059099	1059110	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_020450	AGTAAA	2	12	1121619	1121630	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
65	NC_020450	GGATAA	2	12	1174795	1174806	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
66	NC_020450	TTTTCT	2	12	1212465	1212476	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
67	NC_020450	GAATAA	2	12	1245834	1245845	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
68	NC_020450	TCCTTT	2	12	1257274	1257285	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_020450	TGAGCT	2	12	1266166	1266177	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_020450	TTAGAG	2	12	1273199	1273210	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
71	NC_020450	TACCAA	2	12	1279488	1279499	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_020450	CAAGTA	2	12	1279524	1279535	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
73	NC_020450	ATTATA	2	12	1312892	1312903	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_020450	ATGAAT	2	12	1316651	1316662	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
75	NC_020450	TATTTT	2	12	1320094	1320105	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_020450	TTTTTG	4	24	1320548	1320571	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
77	NC_020450	ATAATT	2	12	1334898	1334909	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_020450	TTTTTC	2	12	1348086	1348097	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
79	NC_020450	TTCTGT	2	12	1360861	1360872	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
80	NC_020450	AATCAA	2	12	1380661	1380672	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
81	NC_020450	TTAAAT	2	12	1390696	1390707	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_020450	TTAATT	2	12	1395273	1395284	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_020450	AATATT	2	12	1398494	1398505	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_020450	GAAATA	2	12	1410016	1410027	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
85	NC_020450	CTTTTT	2	12	1437895	1437906	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
86	NC_020450	TCTATT	2	12	1449771	1449782	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
87	NC_020450	TAAAAA	2	12	1456233	1456244	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_020450	GTAATA	2	12	1468659	1468670	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
89	NC_020450	TAGTTT	2	12	1469530	1469541	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
90	NC_020450	TAAATC	2	12	1486920	1486931	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
91	NC_020450	ACGAAA	2	12	1536197	1536208	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
92	NC_020450	ATATTA	2	12	1570758	1570769	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_020450	CTATCA	2	12	1592787	1592798	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
94	NC_020450	CAATTT	2	12	1597067	1597078	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
95	NC_020450	TGCTTT	2	12	1597104	1597115	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
96	NC_020450	CTATTT	2	12	1635851	1635862	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
97	NC_020450	TTTTAC	3	18	1643471	1643488	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
98	NC_020450	TTTACA	2	12	1653460	1653471	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
99	NC_020450	TAAAAA	2	12	1665323	1665334	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_020450	CTTCGG	2	12	1669239	1669250	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_020450	TTATTT	2	12	1684662	1684673	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_020450	TTACTT	2	12	1705134	1705145	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
103	NC_020450	ATTTTG	2	12	1712087	1712098	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
104	NC_020450	TAAAAA	2	12	1716389	1716400	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_020450	TATTTT	2	12	1746907	1746918	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_020450	ATTTTT	2	12	1748065	1748076	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_020450	CAAAAA	2	12	1783427	1783438	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
108	NC_020450	ATTTTT	2	12	1791863	1791874	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_020450	TTTACT	2	12	1797579	1797590	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
110	NC_020450	CTTTCT	2	12	1802844	1802855	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
111	NC_020450	CATTTT	2	12	1806948	1806959	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
112	NC_020450	AAAATA	2	12	1827949	1827960	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_020450	TTAAAA	2	12	1829105	1829116	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_020450	TATTTT	2	12	1866903	1866914	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_020450	CATTTT	2	12	1956431	1956442	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
116	NC_020450	AAAACA	2	12	1970887	1970898	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
117	NC_020450	ATTTTA	2	12	1988129	1988140	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_020450	TAAAAT	2	12	1992788	1992799	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_020450	TATTTT	2	12	2018721	2018732	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_020450	TTATCT	2	12	2066526	2066537	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
121	NC_020450	CTTCCA	2	12	2071235	2071246	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
122	NC_020450	AAAATA	2	12	2100133	2100144	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_020450	TTTTTA	2	12	2101893	2101904	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_020450	TACAAA	2	12	2109151	2109162	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
125	NC_020450	TTTTTA	2	12	2141223	2141234	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_020450	TAAAAA	2	12	2161861	2161872	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_020450	ACAATT	2	12	2163139	2163150	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
128	NC_020450	CAAAAT	2	12	2164246	2164257	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
129	NC_020450	TATAAA	2	12	2179078	2179089	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_020450	AATTAT	2	12	2179127	2179138	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_020450	CAAAAT	2	12	2212193	2212204	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
132	NC_020450	TTTTTA	2	12	2223267	2223278	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_020450	TTTATT	2	12	2255348	2255359	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_020450	CTTCCA	2	12	2282058	2282069	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
135	NC_020450	CTTCCA	2	12	2322083	2322094	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
136	NC_020450	TAAAAA	2	12	2336357	2336368	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_020450	AAGCAA	2	12	2372641	2372652	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
138	NC_020450	ATTTTT	2	12	2384040	2384051	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_020450	CAAAAG	2	12	2389979	2389990	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
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141	NC_020450	CTTCCA	2	12	2396751	2396762	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
142	NC_020450	CTTCCA	2	12	2415928	2415939	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.