MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Lactococcus lactis subsp. lactis IO-1 DNA

Total Repeats: 965

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020450	TTGCTG	2	12	422	433	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	459284226
2	NC_020450	TTGAAG	2	12	1631	1642	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	459284227
3	NC_020450	AATTGA	2	12	6202	6213	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	459284229
4	NC_020450	AAAGAT	2	12	11236	11247	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	459284232
5	NC_020450	TAAAAA	2	12	13063	13074	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	459284234
6	NC_020450	TTGACA	2	12	17646	17657	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	459284237
7	NC_020450	GTTTTT	2	12	19160	19171	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	459284238
8	NC_020450	AAGAAA	2	12	19213	19224	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	459284238
9	NC_020450	AAAGAA	2	12	20912	20923	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	459284242
10	NC_020450	CAGATA	2	12	21954	21965	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	459284242
11	NC_020450	GTAAAA	2	12	24326	24337	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	459284245
12	NC_020450	CAGGTA	2	12	24792	24803	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	459284245
13	NC_020450	TGTCGG	2	12	24886	24897	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	459284245
14	NC_020450	AGAAAA	2	12	30547	30558	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	459284247
15	NC_020450	CGGCTG	2	12	35769	35780	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	459284252
16	NC_020450	GATAAT	2	12	36131	36142	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	459284253
17	NC_020450	TGGTTT	2	12	41868	41879	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	459284258
18	NC_020450	ATCTTT	2	12	43630	43641	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	459284259
19	NC_020450	GAGCAA	2	12	47590	47601	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	459284263
20	NC_020450	GGTCAG	2	12	48138	48149	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	459284264
21	NC_020450	TTGCTT	2	12	50095	50106	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	459284266
22	NC_020450	TTTTTA	2	12	50407	50418	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	459284266
23	NC_020450	ACCATT	2	12	50658	50669	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	459284266
24	NC_020450	GGCTCA	2	12	50837	50848	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	459284266
25	NC_020450	TTTAGG	2	12	51110	51121	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	459284266
26	NC_020450	TCGTAA	2	12	55146	55157	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	459284269
27	NC_020450	TCTTTG	2	12	56734	56745	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	459284270
28	NC_020450	CTTTTG	2	12	64469	64480	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	459284279
29	NC_020450	AAAATT	2	12	64716	64727	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	459284279
30	NC_020450	ATCAAA	2	12	66719	66730	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	459284281
31	NC_020450	TGGACG	2	12	69826	69837	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	459284284
32	NC_020450	GAATTA	2	12	78878	78889	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	459284293
33	NC_020450	TTTTGA	2	12	81121	81132	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	459284295
34	NC_020450	TATGGG	2	12	88918	88929	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	459284301
35	NC_020450	ATTAAT	2	12	89335	89346	50 %	50 %	0 %	0 %	459284302
36	NC_020450	TTTTCT	2	12	93608	93619	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	459284307
37	NC_020450	AGGAAA	2	12	97779	97790	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	459284310
38	NC_020450	TGAAAT	2	12	100966	100977	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	459284312
39	NC_020450	TTCATA	2	12	103491	103502	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	459284316
40	NC_020450	TCATAA	2	12	109810	109821	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	459284326
41	NC_020450	CATGAT	2	12	113667	113678	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	459284331
42	NC_020450	AATTAA	2	12	115825	115836	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	459284333
43	NC_020450	AAAGAA	2	12	116105	116116	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	459284333
44	NC_020450	AAATGG	2	12	123211	123222	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	459284334
45	NC_020450	ATTTTG	2	12	123708	123719	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	459284334
46	NC_020450	AGCGGG	2	12	127534	127545	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	459284337
47	NC_020450	ATAATT	2	12	133143	133154	50 %	50 %	0 %	0 %	459284343
48	NC_020450	AGTCGT	2	12	133972	133983	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	459284344
49	NC_020450	TGCCTT	2	12	135114	135125	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	459284346
50	NC_020450	TTGCTT	2	12	139803	139814	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	459284350
51	NC_020450	AATACA	2	12	141404	141415	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	459284352
52	NC_020450	ATTGAA	2	12	141617	141628	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	459284352
53	NC_020450	GCTTAT	2	12	141797	141808	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	459284352
54	NC_020450	AGTTTG	2	12	148925	148936	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	459284359
55	NC_020450	ATTGGG	2	12	154236	154247	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	459284363
56	NC_020450	AAATAG	2	12	156731	156742	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	459284365
57	NC_020450	TCGTAA	2	12	157485	157496	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	459284366
58	NC_020450	CTTTTT	2	12	161291	161302	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	459284370
59	NC_020450	ATGTTG	2	12	166692	166703	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	459284375
60	NC_020450	AGAAGT	2	12	167792	167803	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	459284376
61	NC_020450	AACTTT	2	12	167867	167878	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	459284376
62	NC_020450	TTGGAA	2	12	170216	170227	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	459284379
63	NC_020450	GAAGGT	2	12	173212	173223	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	459284384
64	NC_020450	GAAAAC	2	12	173755	173766	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	459284384
65	NC_020450	CTGAAT	2	12	174679	174690	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	459284386
66	NC_020450	GCAAAA	2	12	175050	175061	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	459284386
67	NC_020450	AAAAGC	2	12	175091	175102	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	459284386
68	NC_020450	TAAAAA	2	12	177406	177417	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	459284388
69	NC_020450	GGACTT	2	12	178234	178245	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	459284389
70	NC_020450	TTTTAT	2	12	180496	180507	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	459284391
71	NC_020450	AAGAAC	2	12	181665	181676	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	459284392
72	NC_020450	GAAAAT	2	12	183687	183698	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	459284394
73	NC_020450	GTTTAT	2	12	185377	185388	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	459284395
74	NC_020450	TTTCAA	2	12	186185	186196	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	459284396
75	NC_020450	GACATT	2	12	187014	187025	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	459284397
76	NC_020450	TGGATA	2	12	194107	194118	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	459284402
77	NC_020450	ATTATG	2	12	194917	194928	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	459284402
78	NC_020450	TGAAAA	2	12	200297	200308	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	459284405
79	NC_020450	GAGTTA	2	12	203222	203233	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	459284407
80	NC_020450	TGAAGA	2	12	204684	204695	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	459284410
81	NC_020450	CTGACC	2	12	209079	209090	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	459284416
82	NC_020450	ACGTAA	2	12	214671	214682	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	459284423
83	NC_020450	ACGTAA	2	12	214695	214706	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	459284423
84	NC_020450	TGGAAT	2	12	217729	217740	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	459284426
85	NC_020450	GCTGTC	2	12	220835	220846	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	459284431
86	NC_020450	TTTTAT	2	12	229666	229677	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	459284437
87	NC_020450	TGTTAT	2	12	230208	230219	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	459284438
88	NC_020450	GTTCGA	2	12	232393	232404	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	459284440
89	NC_020450	ATAAAA	2	12	233090	233101	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	459284440
90	NC_020450	CATAGT	2	12	236758	236769	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	459284443
91	NC_020450	GTTGAA	2	12	238266	238277	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	459284445
92	NC_020450	TTTGAT	2	12	239317	239328	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	459284446
93	NC_020450	TTTTGC	2	12	245836	245847	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	459284453
94	NC_020450	TTATTG	2	12	251354	251365	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	459284458
95	NC_020450	CTCTTT	2	12	253195	253206	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	459284460
96	NC_020450	CTTAAA	2	12	253678	253689	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	459284460
97	NC_020450	CAAGCC	2	12	254754	254765	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	459284461
98	NC_020450	TCTGGT	2	12	256473	256484	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	459284462
99	NC_020450	AAAAAC	2	12	256573	256584	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	459284462
100	NC_020450	GTCTTG	2	12	256717	256728	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	459284462
101	NC_020450	TTGAAC	2	12	265235	265246	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	459284471
102	NC_020450	TGTTGC	2	12	268754	268765	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	459284475
103	NC_020450	TCTTGT	2	12	269227	269238	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	459284476
104	NC_020450	CTCCAA	2	12	271076	271087	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	459284477
105	NC_020450	ATAAAA	2	12	271572	271583	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	459284478
106	NC_020450	GCCAAA	2	12	277171	277182	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	459284484
107	NC_020450	AAGCAA	2	12	280022	280033	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	459284487
108	NC_020450	CCAACA	2	12	282961	282972	50 %	0 %	0 %	50 %	459284488
109	NC_020450	GACATC	2	12	284619	284630	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	459284490
110	NC_020450	GGGATA	2	12	286587	286598	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	459284492
111	NC_020450	TCAACT	2	12	289295	289306	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	459284493
112	NC_020450	ATTTAA	2	12	295051	295062	50 %	50 %	0 %	0 %	459284498
113	NC_020450	ATAAAA	2	12	296117	296128	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	459284499
114	NC_020450	CAATCA	2	12	297259	297270	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	459284500
115	NC_020450	ATTCTG	2	12	298791	298802	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	459284501
116	NC_020450	TGAAAA	2	12	300938	300949	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	459284503
117	NC_020450	TAACTA	2	12	306139	306150	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	459284509
118	NC_020450	TTACTT	2	12	306459	306470	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	459284510
119	NC_020450	TTGCTT	2	12	310178	310189	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	459284514
120	NC_020450	ATGATT	2	12	311311	311322	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	459284514
121	NC_020450	AGATAA	2	12	316258	316269	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	459284519
122	NC_020450	AAAAAG	2	12	316440	316451	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	459284519
123	NC_020450	AATGAT	2	12	317523	317534	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	459284521
124	NC_020450	AAAAAG	2	12	317784	317795	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	459284521
125	NC_020450	TCTGGA	2	12	318676	318687	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	459284522
126	NC_020450	GAAAAG	2	12	324249	324260	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	459284528
127	NC_020450	AGATTT	2	12	329112	329123	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	459284531
128	NC_020450	CAAAAG	2	12	330503	330514	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	459284532
129	NC_020450	TCTGGT	2	12	336214	336225	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	459284537
130	NC_020450	GGATTG	2	12	336560	336571	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	459284537
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132	NC_020450	TCAAAA	2	12	341928	341939	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	459284540
133	NC_020450	CACTTG	2	12	345030	345041	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	459284543
134	NC_020450	AAAGCT	2	12	349098	349109	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	459284546
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136	NC_020450	TCAAGC	2	12	350623	350634	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	459284549
137	NC_020450	ATAAAA	2	12	352083	352094	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	459284550
138	NC_020450	AAAATC	2	12	355828	355839	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	459284555
139	NC_020450	TTGCAG	2	12	356680	356691	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	459284555
140	NC_020450	TTTGAA	2	12	359147	359158	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	459284557
141	NC_020450	CGTAAT	2	12	359382	359393	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	459284558
142	NC_020450	CTTTAG	2	12	359424	359435	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	459284558
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144	NC_020450	TTAAAA	2	12	361880	361891	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	459284560
145	NC_020450	GTAAAA	2	12	369415	369426	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	459284565
146	NC_020450	ATTTTT	2	12	370760	370771	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	459284568
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148	NC_020450	TTTTTC	2	12	373502	373513	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	459284570
149	NC_020450	TTTATC	2	12	375773	375784	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	459284571
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219	NC_020450	AAATTA	2	12	556635	556646	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	459284744
220	NC_020450	CAATAT	2	12	557760	557771	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	459284746
221	NC_020450	TTGAAG	2	12	561082	561093	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	459284748
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223	NC_020450	TTGCAT	2	12	573864	573875	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	459284758
224	NC_020450	TAAAGC	2	12	574420	574431	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	459284759
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226	NC_020450	GAAGCA	2	12	579569	579580	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	459284761
227	NC_020450	AATTGC	2	12	580102	580113	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	459284761
228	NC_020450	ACAAGG	2	12	581098	581109	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	459284761
229	NC_020450	TTTCAT	2	12	582632	582643	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	459284762
230	NC_020450	TTTCAC	2	12	584507	584518	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	459284765
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232	NC_020450	TTTATA	2	12	598118	598129	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	459284776
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346	NC_020450	ATTGCC	2	12	836915	836926	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	459284999
347	NC_020450	TTGAAG	2	12	840507	840518	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	459285003
348	NC_020450	ATCGGA	2	12	842730	842741	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	459285005
349	NC_020450	TATGAC	2	12	846180	846191	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	459285006
350	NC_020450	CTGTAG	2	12	846619	846630	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	459285006
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354	NC_020450	TCAAGT	2	12	852174	852185	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	459285010
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356	NC_020450	ATTGCC	2	12	853791	853802	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	459285011
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361	NC_020450	AATTTT	2	12	870025	870036	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	459285028
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372	NC_020450	ATGAGT	2	12	889299	889310	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	459285048
373	NC_020450	GTTCAA	2	12	891917	891928	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	459285050
374	NC_020450	ATTGAA	2	12	892793	892804	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	459285050
375	NC_020450	GGCTAG	2	12	893679	893690	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	459285050
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440	NC_020450	ATAGCT	2	12	1071189	1071200	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	459285227
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443	NC_020450	TGAACG	2	12	1075988	1075999	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	459285231
444	NC_020450	TGCTGA	2	12	1079476	1079487	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	459285233
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447	NC_020450	TGAAGA	2	12	1082656	1082667	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	459285234
448	NC_020450	AAAGCA	2	12	1084484	1084495	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	459285236
449	NC_020450	TGCTGA	2	12	1084630	1084641	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	459285236
450	NC_020450	ATGACC	2	12	1085684	1085695	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	459285237
451	NC_020450	TAAAAA	2	12	1088901	1088912	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	459285239
452	NC_020450	GTCGTT	2	12	1089124	1089135	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	459285239
453	NC_020450	TCTGGT	2	12	1094433	1094444	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	459285242
454	NC_020450	TTGAAA	2	12	1095258	1095269	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	459285244
455	NC_020450	AGTTAA	2	12	1097000	1097011	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	459285246
456	NC_020450	AAATTC	2	12	1097206	1097217	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	459285246
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458	NC_020450	AGGAAC	2	12	1101310	1101321	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	459285250
459	NC_020450	GATTGG	2	12	1103692	1103703	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	459285252
460	NC_020450	AAAAGC	2	12	1107310	1107321	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	459285255
461	NC_020450	CTGGAG	2	12	1115706	1115717	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	459285264
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