MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Dehalococcoides mccartyi BTF08

Total Repeats: 115

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020387	ATTTC	2	10	5814	5823	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
2	NC_020387	TAAAA	2	10	18502	18511	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_020387	TAATT	2	10	19585	19594	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_020387	TATCT	2	10	42013	42022	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
5	NC_020387	GTGAA	2	10	48589	48598	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
6	NC_020387	TCCCG	2	10	50897	50906	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
7	NC_020387	GCTTT	2	10	50985	50994	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
8	NC_020387	TAAAA	2	10	53699	53708	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_020387	GTAAA	2	10	77019	77028	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
10	NC_020387	AAATG	2	10	77213	77222	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
11	NC_020387	TTTTA	2	10	120566	120575	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_020387	AGGTG	2	10	120616	120625	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
13	NC_020387	TAAGC	2	10	125830	125839	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
14	NC_020387	ACCTT	2	10	143614	143623	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
15	NC_020387	AATTC	2	10	159289	159298	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
16	NC_020387	TTATA	2	10	177917	177926	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_020387	ATTTT	2	10	178775	178784	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_020387	ACAGG	2	10	184197	184206	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
19	NC_020387	TAAAA	2	10	184477	184486	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_020387	AGGGT	2	10	186743	186752	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
21	NC_020387	ACAGG	2	10	222500	222509	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
22	NC_020387	ACAGG	2	10	226915	226924	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
23	NC_020387	TATTT	2	10	234330	234339	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_020387	CTGAA	2	10	262870	262879	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
25	NC_020387	CAGGG	2	10	262998	263007	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
26	NC_020387	ATTAG	2	10	309865	309874	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
27	NC_020387	AGTCA	2	10	341929	341938	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
28	NC_020387	TGTTT	2	10	357039	357048	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
29	NC_020387	ATAAA	2	10	371470	371479	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_020387	TTGAC	2	10	388867	388876	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
31	NC_020387	TTTTC	2	10	393742	393751	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
32	NC_020387	TACAA	2	10	398895	398904	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
33	NC_020387	ATAGC	2	10	417522	417531	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
34	NC_020387	GGGTA	2	10	423951	423960	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
35	NC_020387	ATTTA	2	10	514916	514925	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_020387	AAATA	2	10	530900	530909	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_020387	ATATT	2	10	573881	573890	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_020387	CCCGA	2	10	575588	575597	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
39	NC_020387	TATCT	2	10	612068	612077	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
40	NC_020387	GGCAG	2	10	612473	612482	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
41	NC_020387	TTTAA	2	10	626269	626278	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_020387	ACTAA	2	10	635556	635565	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
43	NC_020387	ATTGG	2	10	644842	644851	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
44	NC_020387	CTAAA	2	10	647649	647658	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
45	NC_020387	TATAG	2	10	649671	649680	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
46	NC_020387	CTTTT	2	10	652242	652251	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
47	NC_020387	AGTAT	2	10	656357	656366	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
48	NC_020387	TAAAT	2	10	682445	682454	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_020387	TTATA	2	10	725606	725615	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_020387	TTTTA	2	10	729247	729256	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_020387	TTGCC	2	10	734362	734371	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
52	NC_020387	TGACC	2	10	751156	751165	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
53	NC_020387	AAAGT	2	10	752810	752819	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
54	NC_020387	CTTTA	2	10	755205	755214	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
55	NC_020387	CAGAC	2	10	755315	755324	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
56	NC_020387	ATATT	2	10	764373	764382	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_020387	TATAA	2	10	767728	767737	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_020387	TTTCA	2	10	780501	780510	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
59	NC_020387	ACCAA	2	10	802033	802042	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
60	NC_020387	CTATA	2	10	802245	802254	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
61	NC_020387	AAACA	2	10	817962	817971	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
62	NC_020387	CTTTA	2	10	841054	841063	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
63	NC_020387	CCTGT	2	10	849033	849042	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
64	NC_020387	ACAGA	2	10	886520	886529	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
65	NC_020387	ATCAA	2	10	886602	886611	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
66	NC_020387	TAAAC	2	10	889073	889082	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
67	NC_020387	TGACG	2	10	894672	894681	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
68	NC_020387	ATATT	2	10	897574	897583	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_020387	ATATT	2	10	905752	905761	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_020387	GGGAC	2	10	915358	915367	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
71	NC_020387	GCCCC	2	10	915437	915446	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
72	NC_020387	AAACC	2	10	929920	929929	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
73	NC_020387	ACCCC	2	10	944957	944966	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
74	NC_020387	TTAAG	2	10	959638	959647	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
75	NC_020387	CAGTC	2	10	971486	971495	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
76	NC_020387	AACTA	2	10	973704	973713	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
77	NC_020387	TTTAA	2	10	978465	978474	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_020387	TTGGG	2	10	978820	978829	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
79	NC_020387	GCGGT	2	10	981976	981985	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
80	NC_020387	AACGC	2	10	1009283	1009292	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
81	NC_020387	GGTCA	2	10	1031651	1031660	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
82	NC_020387	ATAAA	2	10	1045689	1045698	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_020387	TATAA	2	10	1065736	1065745	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_020387	TCCGG	2	10	1070096	1070105	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
85	NC_020387	CTGCC	2	10	1070229	1070238	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
86	NC_020387	TAGCA	2	10	1086677	1086686	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
87	NC_020387	AATAC	2	10	1092777	1092786	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
88	NC_020387	AGAAT	2	10	1092858	1092867	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
89	NC_020387	AAAAG	2	10	1092868	1092877	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
90	NC_020387	TTATA	2	10	1095659	1095668	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_020387	TACTA	2	10	1103311	1103320	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
92	NC_020387	CAGGT	2	10	1105910	1105919	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
93	NC_020387	AGACT	2	10	1108911	1108920	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
94	NC_020387	GAATT	2	10	1112857	1112866	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
95	NC_020387	ATAAA	2	10	1131674	1131683	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_020387	TGAAA	2	10	1175893	1175902	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
97	NC_020387	AATCT	2	10	1224412	1224421	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
98	NC_020387	ACAAG	2	10	1253140	1253149	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
99	NC_020387	TGACC	2	10	1273481	1273490	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
100	NC_020387	TGACC	2	10	1292697	1292706	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
101	NC_020387	AACTC	2	10	1306539	1306548	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
102	NC_020387	AACCC	2	10	1311312	1311321	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
103	NC_020387	AGGGC	2	10	1313814	1313823	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
104	NC_020387	AGGGC	2	10	1318036	1318045	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
105	NC_020387	AAGCT	2	10	1318125	1318134	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
106	NC_020387	GAATT	2	10	1320742	1320751	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
107	NC_020387	CTTAA	2	10	1326489	1326498	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
108	NC_020387	CAAAA	2	10	1339506	1339515	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
109	NC_020387	AGCCG	2	10	1352429	1352438	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
110	NC_020387	CTTTC	2	10	1377810	1377819	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
111	NC_020387	TAAAG	2	10	1377949	1377958	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
112	NC_020387	AACTG	2	10	1391217	1391226	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
113	NC_020387	GCCAT	2	10	1406762	1406771	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
114	NC_020387	CTATA	2	10	1411183	1411192	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
115	NC_020387	TATTT	2	10	1429807	1429816	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.