MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Coding Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Javiana str. CFSAN001992 plasmid pCFSAN001992_1

Total Repeats: 211

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020306	TGA	2	6	50	55	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	452119510
2	NC_020306	TAA	2	6	110	115	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	452119510
3	NC_020306	TGC	2	6	182	187	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	452119510
4	NC_020306	AAT	2	6	210	215	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	452119510
5	NC_020306	AGC	2	6	232	237	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	452119510
6	NC_020306	CAC	2	6	1692	1697	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	452119511
7	NC_020306	TTC	2	6	1713	1718	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	452119511
8	NC_020306	GCA	2	6	1751	1756	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	452119511
9	NC_020306	GTG	2	6	2027	2032	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	452119511
10	NC_020306	CGG	2	6	2339	2344	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	452119512
11	NC_020306	TCT	2	6	2368	2373	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	452119512
12	NC_020306	CAG	2	6	2457	2462	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	452119512
13	NC_020306	GGT	2	6	2524	2529	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	452119512
14	NC_020306	GCT	2	6	2676	2681	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	452119512
15	NC_020306	TGA	2	6	2705	2710	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	452119512
16	NC_020306	CCA	2	6	2724	2729	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	452119512
17	NC_020306	GCG	2	6	2775	2780	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	452119512
18	NC_020306	CAG	2	6	2787	2792	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	452119512
19	NC_020306	CTT	2	6	2864	2869	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	452119512
20	NC_020306	CTC	2	6	2889	2894	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	452119512
21	NC_020306	CTG	2	6	3329	3334	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	452119513
22	NC_020306	CGC	2	6	3468	3473	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	452119513
23	NC_020306	GCG	2	6	3478	3483	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	452119513
24	NC_020306	ACC	2	6	3522	3527	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	452119513
25	NC_020306	TTC	2	6	5226	5231	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	452119514
26	NC_020306	TGA	2	6	5373	5378	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	452119514
27	NC_020306	AGC	2	6	5388	5393	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	452119514
28	NC_020306	CGG	2	6	5429	5434	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	452119514
29	NC_020306	TGG	2	6	5510	5515	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	452119514
30	NC_020306	GTT	2	6	5518	5523	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	452119514
31	NC_020306	TTG	2	6	5580	5585	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	452119514
32	NC_020306	CGG	2	6	5586	5591	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	452119514
33	NC_020306	GAC	2	6	5600	5605	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	452119514
34	NC_020306	TCA	2	6	5611	5616	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	452119514
35	NC_020306	GCG	2	6	5632	5637	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	452119514
36	NC_020306	GCT	2	6	5680	5685	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	452119514
37	NC_020306	GAT	2	6	5693	5698	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	452119514
38	NC_020306	TGG	2	6	5861	5866	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	452119515
39	NC_020306	ACC	2	6	5870	5875	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	452119515
40	NC_020306	TGG	2	6	6070	6075	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	452119515
41	NC_020306	GTC	2	6	6103	6108	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	452119515
42	NC_020306	GGC	2	6	6132	6137	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	452119515
43	NC_020306	TGG	2	6	6173	6178	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	452119515
44	NC_020306	GCT	2	6	6240	6245	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	452119515
45	NC_020306	GCT	3	9	6294	6302	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	452119515
46	NC_020306	TGA	2	6	6335	6340	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	452119515
47	NC_020306	GTG	2	6	6391	6396	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	452119515
48	NC_020306	CAT	2	6	6729	6734	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	452119516
49	NC_020306	CTG	2	6	6761	6766	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	452119517
50	NC_020306	CTG	2	6	6775	6780	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	452119517
51	NC_020306	CTT	2	6	6800	6805	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	452119517
52	NC_020306	CAT	2	6	6984	6989	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	452119517
53	NC_020306	GGA	2	6	7047	7052	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	452119517
54	NC_020306	GAT	2	6	7061	7066	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	452119517
55	NC_020306	GTT	2	6	7129	7134	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	452119518
56	NC_020306	TGG	2	6	7158	7163	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	452119518
57	NC_020306	TGA	2	6	7192	7197	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	452119518
58	NC_020306	TGC	2	6	7229	7234	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	452119518
59	NC_020306	ATG	2	6	7240	7245	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	452119518
60	NC_020306	TCC	2	6	7277	7282	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	452119518
61	NC_020306	CGC	2	6	7566	7571	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	452119519
62	NC_020306	CAG	2	6	7642	7647	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	452119519
63	NC_020306	GGT	2	6	7686	7691	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	452119519
64	NC_020306	GTG	2	6	7735	7740	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	452119519
65	NC_020306	ACA	2	6	7769	7774	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	452119519
66	NC_020306	CAG	2	6	7779	7784	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	452119519
67	NC_020306	GGC	2	6	7785	7790	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	452119519
68	NC_020306	CTG	2	6	7798	7803	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	452119519
69	NC_020306	GTC	2	6	7877	7882	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	452119519
70	NC_020306	GCA	2	6	7915	7920	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	452119519
71	NC_020306	GAC	2	6	7957	7962	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	452119519
72	NC_020306	ACA	2	6	8257	8262	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	452119520
73	NC_020306	AAC	2	6	8420	8425	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	452119520
74	NC_020306	TCT	2	6	8824	8829	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	452119522
75	NC_020306	AGA	2	6	8846	8851	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	452119522
76	NC_020306	CGC	2	6	8863	8868	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	452119522
77	NC_020306	CCA	2	6	8882	8887	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	452119522
78	NC_020306	GAA	2	6	8976	8981	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	452119522
79	NC_020306	AGA	2	6	9297	9302	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	452119522
80	NC_020306	ACC	2	6	9355	9360	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	452119522
81	NC_020306	TGA	2	6	9389	9394	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	452119522
82	NC_020306	CAG	2	6	9406	9411	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	452119522
83	NC_020306	GAA	2	6	9433	9438	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	452119522
84	NC_020306	GCC	2	6	9620	9625	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	452119523
85	NC_020306	TGA	2	6	9626	9631	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	452119523
86	NC_020306	CAC	2	6	9644	9649	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	452119523
87	NC_020306	CCA	2	6	9714	9719	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	452119523
88	NC_020306	TGA	2	6	11123	11128	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	452119524
89	NC_020306	TCA	2	6	11184	11189	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	452119524
90	NC_020306	CGT	2	6	11193	11198	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	452119524
91	NC_020306	TCT	2	6	11202	11207	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	452119524
92	NC_020306	CTG	2	6	11235	11240	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	452119524
93	NC_020306	ATG	2	6	11241	11246	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	452119524
94	NC_020306	CAG	2	6	11320	11325	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	452119524
95	NC_020306	AAT	2	6	11326	11331	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	452119524
96	NC_020306	TTC	2	6	11333	11338	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	452119524
97	NC_020306	CTT	2	6	11492	11497	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	452119525
98	NC_020306	AGC	2	6	11514	11519	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	452119525
99	NC_020306	ACC	2	6	11524	11529	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	452119525
100	NC_020306	CTT	2	6	11598	11603	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	452119525
101	NC_020306	GCA	2	6	11720	11725	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	452119525
102	NC_020306	GCG	2	6	11758	11763	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	452119525
103	NC_020306	TCT	2	6	12742	12747	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	452119526
104	NC_020306	TAC	2	6	12805	12810	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	452119526
105	NC_020306	ACT	2	6	12867	12872	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	452119526
106	NC_020306	TAA	3	9	12939	12947	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	452119526
107	NC_020306	GCA	2	6	12972	12977	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	452119526
108	NC_020306	TGA	2	6	13092	13097	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	452119526
109	NC_020306	TAA	2	6	13332	13337	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	452119526
110	NC_020306	AAG	2	6	13389	13394	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	452119526
111	NC_020306	CAG	2	6	13563	13568	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	452119527
112	NC_020306	TGA	2	6	13645	13650	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	452119527
113	NC_020306	CTG	2	6	13680	13685	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	452119527
114	NC_020306	AAC	2	6	13820	13825	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	452119527
115	NC_020306	GTC	2	6	13847	13852	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	452119527
116	NC_020306	CAG	2	6	13932	13937	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	452119527
117	NC_020306	ACT	3	9	13982	13990	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	452119527
118	NC_020306	CTC	2	6	14028	14033	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	452119527
119	NC_020306	GAC	2	6	14372	14377	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	452119528
120	NC_020306	CAT	2	6	14686	14691	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	452119528
121	NC_020306	TTG	2	6	14704	14709	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	452119528
122	NC_020306	TGT	2	6	14803	14808	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	452119528
123	NC_020306	ACT	2	6	14848	14853	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	452119528
124	NC_020306	ATG	2	6	14935	14940	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	452119528
125	NC_020306	ATA	2	6	15139	15144	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	452119528
126	NC_020306	AGT	2	6	15150	15155	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	452119528
127	NC_020306	GTA	2	6	15196	15201	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	452119528
128	NC_020306	CGG	2	6	15226	15231	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	452119528
129	NC_020306	TGC	2	6	15251	15256	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	452119528
130	NC_020306	AAT	2	6	15315	15320	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	452119528
131	NC_020306	ATT	2	6	15346	15351	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	452119528
132	NC_020306	ATT	2	6	15373	15378	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	452119528
133	NC_020306	TTA	2	6	15379	15384	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	452119528
134	NC_020306	CTA	2	6	15473	15478	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	452119528
135	NC_020306	TCC	2	6	15486	15491	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	452119528
136	NC_020306	CTT	2	6	15520	15525	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	452119528
137	NC_020306	AGC	2	6	15529	15534	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	452119528
138	NC_020306	ACT	2	6	15891	15896	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	452119528
139	NC_020306	CAA	2	6	16023	16028	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	452119528
140	NC_020306	TGA	2	6	16052	16057	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	452119528
141	NC_020306	GAA	2	6	16067	16072	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	452119528
142	NC_020306	ATT	2	6	16090	16095	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	452119528
143	NC_020306	GTG	2	6	16170	16175	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	452119528
144	NC_020306	TTA	2	6	16354	16359	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	452119528
145	NC_020306	TAT	2	6	16489	16494	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	452119529
146	NC_020306	AAT	2	6	16547	16552	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	452119529
147	NC_020306	AGC	2	6	16652	16657	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	452119529
148	NC_020306	AAC	3	9	16792	16800	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	452119529
149	NC_020306	ATA	3	9	17088	17096	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	452119529
150	NC_020306	ATG	2	6	17169	17174	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	452119529
151	NC_020306	ATT	2	6	17203	17208	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	452119529
152	NC_020306	GCA	2	6	17314	17319	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	452119529
153	NC_020306	TGT	2	6	17368	17373	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	452119529
154	NC_020306	ACT	2	6	17539	17544	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	452119529
155	NC_020306	GGT	2	6	17654	17659	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	452119529
156	NC_020306	CAA	2	6	17910	17915	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	452119530
157	NC_020306	CTT	2	6	17960	17965	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	452119530
158	NC_020306	TCT	2	6	17987	17992	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	452119530
159	NC_020306	AGG	2	6	17998	18003	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	452119530
160	NC_020306	CTT	2	6	18059	18064	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	452119530
161	NC_020306	GCA	2	6	18070	18075	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	452119530
162	NC_020306	CAG	2	6	18103	18108	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	452119530
163	NC_020306	CTG	2	6	18165	18170	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	452119530
164	NC_020306	GAG	2	6	18191	18196	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	452119530
165	NC_020306	CTT	2	6	18212	18217	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	452119530
166	NC_020306	GTC	2	6	18521	18526	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	452119531
167	NC_020306	AGA	2	6	18608	18613	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	452119531
168	NC_020306	CTA	2	6	18632	18637	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	452119531
169	NC_020306	GCT	2	6	18668	18673	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	452119531
170	NC_020306	ACC	2	6	18986	18991	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	452119531
171	NC_020306	TGT	2	6	19021	19026	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	452119531
172	NC_020306	GAT	2	6	19036	19041	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	452119531
173	NC_020306	AAT	2	6	19055	19060	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	452119531
174	NC_020306	ATA	2	6	19077	19082	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	452119531
175	NC_020306	TTA	2	6	19083	19088	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	452119531
176	NC_020306	CCG	2	6	19092	19097	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	452119531
177	NC_020306	TGA	3	9	19240	19248	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	452119531
178	NC_020306	GTC	2	6	19257	19262	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	452119531
179	NC_020306	CAG	2	6	19567	19572	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	452119532
180	NC_020306	CGA	2	6	19793	19798	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	452119532
181	NC_020306	TTC	2	6	19803	19808	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	452119532
182	NC_020306	TAT	2	6	19857	19862	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	452119532
183	NC_020306	ACT	2	6	19872	19877	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	452119532
184	NC_020306	AGC	2	6	19901	19906	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	452119532
185	NC_020306	CTG	2	6	20006	20011	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	452119532
186	NC_020306	GAT	2	6	20018	20023	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	452119532
187	NC_020306	CAA	2	6	20057	20062	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	452119532
188	NC_020306	ATT	2	6	20075	20080	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	452119532
189	NC_020306	TAT	2	6	20134	20139	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	452119532
190	NC_020306	CAT	2	6	20179	20184	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	452119532
191	NC_020306	GTA	2	6	20237	20242	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	452119532
192	NC_020306	ATT	2	6	20256	20261	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	452119532
193	NC_020306	TTA	2	6	20293	20298	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	452119532
194	NC_020306	ATC	3	9	20304	20312	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	452119532
195	NC_020306	TCA	2	6	20602	20607	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	452119533
196	NC_020306	GGA	2	6	20641	20646	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	452119533
197	NC_020306	GAC	2	6	20730	20735	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	452119533
198	NC_020306	TTC	2	6	20788	20793	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	452119533
199	NC_020306	GAG	2	6	20875	20880	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	452119533
200	NC_020306	ACA	2	6	20895	20900	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	452119533
201	NC_020306	CAC	2	6	20934	20939	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	452119533
202	NC_020306	GAA	2	6	20967	20972	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	452119533
203	NC_020306	CAA	2	6	20988	20993	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	452119533
204	NC_020306	ATA	2	6	21057	21062	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	452119533
205	NC_020306	ATA	2	6	21103	21108	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	452119533
206	NC_020306	TAA	2	6	21387	21392	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	452119534
207	NC_020306	TGA	2	6	21614	21619	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	452119534
208	NC_020306	GGA	2	6	21626	21631	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	452119534
209	NC_020306	CTT	2	6	21736	21741	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	452119534
210	NC_020306	TCC	2	6	21781	21786	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	452119534
211	NC_020306	TGA	2	6	21947	21952	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	452119534

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.