MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Corynebacterium halotolerans YIM 70093 = DSM 44683 plasmid pCha1

Total Repeats: 78

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020303	CCGAG	2	10	301	310	20 %	0 %	40 %	40 %	451945537
2	NC_020303	CCCTC	2	10	519	528	0 %	20 %	0 %	80 %	451945537
3	NC_020303	CCGGC	2	10	3091	3100	0 %	0 %	40 %	60 %	451945539
4	NC_020303	GATGT	2	10	4076	4085	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
5	NC_020303	TCGGC	2	10	4875	4884	0 %	20 %	40 %	40 %	451945540
6	NC_020303	CTTGT	2	10	4969	4978	0 %	60 %	20 %	20 %	451945540
7	NC_020303	AGCCT	2	10	5092	5101	20 %	20 %	20 %	40 %	451945540
8	NC_020303	GGAAG	2	10	5412	5421	40 %	0 %	60 %	0 %	451945540
9	NC_020303	CCAGC	2	10	8100	8109	20 %	0 %	20 %	60 %	451945543
10	NC_020303	CGGAT	2	10	8916	8925	20 %	20 %	40 %	20 %	451945544
11	NC_020303	CCAGC	2	10	11500	11509	20 %	0 %	20 %	60 %	451945547
12	NC_020303	CGGAT	2	10	12316	12325	20 %	20 %	40 %	20 %	451945548
13	NC_020303	GATCG	2	10	13108	13117	20 %	20 %	40 %	20 %	451945549
14	NC_020303	GTTGA	2	10	13444	13453	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
15	NC_020303	AGACA	2	10	14150	14159	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
16	NC_020303	GCCGC	2	10	14195	14204	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
17	NC_020303	GGGCG	2	10	15591	15600	0 %	0 %	80 %	20 %	451945551
18	NC_020303	CGCTT	2	10	18945	18954	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
19	NC_020303	GGGGC	2	10	20377	20386	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
20	NC_020303	CCAGC	2	10	20610	20619	20 %	0 %	20 %	60 %	451945555
21	NC_020303	CGGAT	2	10	21426	21435	20 %	20 %	40 %	20 %	451945556
22	NC_020303	TGCGC	2	10	22499	22508	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
23	NC_020303	GGGGT	2	10	22628	22637	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
24	NC_020303	CTGTG	2	10	22706	22715	0 %	40 %	40 %	20 %	451945559
25	NC_020303	GCCAG	2	10	22807	22816	20 %	0 %	40 %	40 %	451945559
26	NC_020303	CTCGC	2	10	23766	23775	0 %	20 %	20 %	60 %	451945559
27	NC_020303	CCCGC	2	10	24197	24206	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
28	NC_020303	TCCGG	2	10	24585	24594	0 %	20 %	40 %	40 %	451945560
29	NC_020303	TCCAT	2	10	25993	26002	20 %	40 %	0 %	40 %	451945561
30	NC_020303	CGGTT	2	10	26278	26287	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
31	NC_020303	CCGAC	2	10	26633	26642	20 %	0 %	20 %	60 %	451945562
32	NC_020303	CCGGG	2	10	28871	28880	0 %	0 %	60 %	40 %	451945564
33	NC_020303	CCCCG	2	10	29167	29176	0 %	0 %	20 %	80 %	451945564
34	NC_020303	GCATC	2	10	30875	30884	20 %	20 %	20 %	40 %	451945565
35	NC_020303	GCCGG	2	10	32114	32123	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
36	NC_020303	GGGCC	2	10	36737	36746	0 %	0 %	60 %	40 %	451945569
37	NC_020303	GGCCC	2	10	37822	37831	0 %	0 %	40 %	60 %	451945570
38	NC_020303	GTGGC	2	10	38284	38293	0 %	20 %	60 %	20 %	451945571
39	NC_020303	GACGG	2	10	40233	40242	20 %	0 %	60 %	20 %	451945572
40	NC_020303	TTCTG	2	10	40841	40850	0 %	60 %	20 %	20 %	451945572
41	NC_020303	AACGG	2	10	41274	41283	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
42	NC_020303	GCTCG	2	10	43723	43732	0 %	20 %	40 %	40 %	451945576
43	NC_020303	GCACC	2	10	44451	44460	20 %	0 %	20 %	60 %	451945577
44	NC_020303	CGGAC	2	10	45795	45804	20 %	0 %	40 %	40 %	451945577
45	NC_020303	TCGGT	2	10	46708	46717	0 %	40 %	40 %	20 %	451945578
46	NC_020303	CCGGC	2	10	48242	48251	0 %	0 %	40 %	60 %	451945579
47	NC_020303	GGTGG	2	10	49033	49042	0 %	20 %	80 %	0 %	451945580
48	NC_020303	GGGGA	2	10	51856	51865	20 %	0 %	80 %	0 %	451945581
49	NC_020303	GACCA	2	10	52362	52371	40 %	0 %	20 %	40 %	451945582
50	NC_020303	GCTGC	2	10	52986	52995	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
51	NC_020303	CATCC	2	10	55442	55451	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
52	NC_020303	GGTGG	2	10	58528	58537	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
53	NC_020303	CGGTT	2	10	59963	59972	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
54	NC_020303	CGGAG	2	10	60695	60704	20 %	0 %	60 %	20 %	451945590
55	NC_020303	TCGAT	2	10	64438	64447	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
56	NC_020303	CCGGC	2	10	65391	65400	0 %	0 %	40 %	60 %	451945594
57	NC_020303	GCGAG	2	10	68864	68873	20 %	0 %	60 %	20 %	451945597
58	NC_020303	CGGCC	2	10	69603	69612	0 %	0 %	40 %	60 %	451945597
59	NC_020303	TGCTC	2	10	69656	69665	0 %	40 %	20 %	40 %	451945597
60	NC_020303	CCCGG	2	10	69834	69843	0 %	0 %	40 %	60 %	451945597
61	NC_020303	GCAGG	2	10	70803	70812	20 %	0 %	60 %	20 %	451945598
62	NC_020303	CATCA	2	10	71200	71209	40 %	20 %	0 %	40 %	451945598
63	NC_020303	TCAGG	2	10	73564	73573	20 %	20 %	40 %	20 %	451945601
64	NC_020303	CCCGG	2	10	74343	74352	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
65	NC_020303	CCGGG	2	10	74521	74530	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
66	NC_020303	TGCCG	2	10	75474	75483	0 %	20 %	40 %	40 %	451945603
67	NC_020303	ATGAG	2	10	75719	75728	40 %	20 %	40 %	0 %	451945603
68	NC_020303	CACCC	2	10	76077	76086	20 %	0 %	0 %	80 %	451945603
69	NC_020303	GTGCC	2	10	76805	76814	0 %	20 %	40 %	40 %	451945604
70	NC_020303	CCCCG	2	10	76888	76897	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
71	NC_020303	GGCCA	2	10	77016	77025	20 %	0 %	40 %	40 %	451945605
72	NC_020303	GTGGA	2	10	77217	77226	20 %	20 %	60 %	0 %	451945605
73	NC_020303	TCCTC	2	10	81091	81100	0 %	40 %	0 %	60 %	451945608
74	NC_020303	TCGCC	2	10	81691	81700	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
75	NC_020303	CTCGG	2	10	82078	82087	0 %	20 %	40 %	40 %	451945610
76	NC_020303	TGGCT	2	10	82514	82523	0 %	40 %	40 %	20 %	451945610
77	NC_020303	CTCAA	2	10	83539	83548	40 %	20 %	0 %	40 %	451945610
78	NC_020303	ACCCA	2	10	86185	86194	40 %	0 %	0 %	60 %	451945610

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.