MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Streptomyces hygroscopicus subsp. jinggangensis TL01 plasmid pSHJGH2

Total Repeats: 79

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020293	CCCGC	2	10	275	284	0 %	0 %	20 %	80 %	457866852
2	NC_020293	CTCGG	2	10	946	955	0 %	20 %	40 %	40 %	457866852
3	NC_020293	GCTCG	2	10	2133	2142	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
4	NC_020293	CTGAG	2	10	2275	2284	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
5	NC_020293	CTCGG	2	10	2462	2471	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
6	NC_020293	CCTGG	2	10	2594	2603	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
7	NC_020293	GCCGC	2	10	3808	3817	0 %	0 %	40 %	60 %	457866854
8	NC_020293	TCCAC	2	10	4033	4042	20 %	20 %	0 %	60 %	457866854
9	NC_020293	CACTC	2	10	4117	4126	20 %	20 %	0 %	60 %	457866854
10	NC_020293	CACGA	2	10	4814	4823	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
11	NC_020293	GGGTC	2	10	5463	5472	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
12	NC_020293	GGGCA	2	10	6351	6360	20 %	0 %	60 %	20 %	457866856
13	NC_020293	TCCGC	2	10	6836	6845	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
14	NC_020293	GCCGC	2	10	7148	7157	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
15	NC_020293	CCGGG	2	10	7226	7235	0 %	0 %	60 %	40 %	457866857
16	NC_020293	GGCCG	2	10	9234	9243	0 %	0 %	60 %	40 %	457866858
17	NC_020293	CCGGT	2	10	9986	9995	0 %	20 %	40 %	40 %	457866859
18	NC_020293	AAGAC	2	10	10588	10597	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
19	NC_020293	CCGGC	2	10	11655	11664	0 %	0 %	40 %	60 %	457866862
20	NC_020293	CCCGG	2	10	11734	11743	0 %	0 %	40 %	60 %	457866862
21	NC_020293	CTGCG	2	10	11916	11925	0 %	20 %	40 %	40 %	457866862
22	NC_020293	GCCTG	2	10	12897	12906	0 %	20 %	40 %	40 %	457866863
23	NC_020293	TCTGT	2	10	12908	12917	0 %	60 %	20 %	20 %	457866863
24	NC_020293	CGCGC	2	10	14994	15003	0 %	0 %	40 %	60 %	457866865
25	NC_020293	GAAGG	2	10	16609	16618	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
26	NC_020293	CCGGT	2	10	17313	17322	0 %	20 %	40 %	40 %	457866867
27	NC_020293	CACGC	2	10	17591	17600	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
28	NC_020293	GCCGG	2	10	20545	20554	0 %	0 %	60 %	40 %	457866871
29	NC_020293	CGGTG	2	10	21067	21076	0 %	20 %	60 %	20 %	457866872
30	NC_020293	CTGTC	2	10	22302	22311	0 %	40 %	20 %	40 %	457866873
31	NC_020293	GTGAG	2	10	23433	23442	20 %	20 %	60 %	0 %	457866875
32	NC_020293	GCGAG	2	10	27355	27364	20 %	0 %	60 %	20 %	457866882
33	NC_020293	TCGAC	2	10	29379	29388	20 %	20 %	20 %	40 %	457866883
34	NC_020293	CGCCC	2	10	29926	29935	0 %	0 %	20 %	80 %	457866883
35	NC_020293	GCGCC	2	10	30163	30172	0 %	0 %	40 %	60 %	457866883
36	NC_020293	GCCCG	2	10	31399	31408	0 %	0 %	40 %	60 %	457866883
37	NC_020293	GTCCC	2	10	32414	32423	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
38	NC_020293	GCGCT	2	10	33450	33459	0 %	20 %	40 %	40 %	457866885
39	NC_020293	GGCGG	2	10	34602	34611	0 %	0 %	80 %	20 %	457866887
40	NC_020293	GCTCG	2	10	34853	34862	0 %	20 %	40 %	40 %	457866888
41	NC_020293	GGCGC	2	10	38427	38436	0 %	0 %	60 %	40 %	457866888
42	NC_020293	CCAGC	2	10	38811	38820	20 %	0 %	20 %	60 %	457866888
43	NC_020293	GCAGC	2	10	39251	39260	20 %	0 %	40 %	40 %	457866888
44	NC_020293	CCCCA	2	10	40328	40337	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
45	NC_020293	TGCGC	2	10	40349	40358	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
46	NC_020293	CGCGG	2	10	40498	40507	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
47	NC_020293	GCCCG	2	10	40831	40840	0 %	0 %	40 %	60 %	457866889
48	NC_020293	GCCGC	2	10	41139	41148	0 %	0 %	40 %	60 %	457866889
49	NC_020293	CGGGG	2	10	41471	41480	0 %	0 %	80 %	20 %	457866890
50	NC_020293	CGCGC	2	10	42843	42852	0 %	0 %	40 %	60 %	457866893
51	NC_020293	TGCGC	2	10	42912	42921	0 %	20 %	40 %	40 %	457866893
52	NC_020293	CGGGC	2	10	43807	43816	0 %	0 %	60 %	40 %	457866894
53	NC_020293	TGGTC	2	10	44392	44401	0 %	40 %	40 %	20 %	457866896
54	NC_020293	GCCCG	2	10	46279	46288	0 %	0 %	40 %	60 %	457866898
55	NC_020293	GCGGT	2	10	46417	46426	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
56	NC_020293	CGGCC	2	10	46915	46924	0 %	0 %	40 %	60 %	457866899
57	NC_020293	CATTG	2	10	47721	47730	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
58	NC_020293	TCGCG	2	10	48307	48316	0 %	20 %	40 %	40 %	457866900
59	NC_020293	CGGTC	2	10	48338	48347	0 %	20 %	40 %	40 %	457866900
60	NC_020293	TCCCT	2	10	48485	48494	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
61	NC_020293	GGGAG	2	10	50092	50101	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
62	NC_020293	AGCTC	2	10	51186	51195	20 %	20 %	20 %	40 %	457866904
63	NC_020293	CTGCG	2	10	54660	54669	0 %	20 %	40 %	40 %	457866906
64	NC_020293	GCGGT	2	10	54819	54828	0 %	20 %	60 %	20 %	457866906
65	NC_020293	GTCGT	2	10	56359	56368	0 %	40 %	40 %	20 %	457866908
66	NC_020293	CACAC	2	10	56916	56925	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
67	NC_020293	GTGCC	2	10	57901	57910	0 %	20 %	40 %	40 %	457866909
68	NC_020293	CGTCC	2	10	58149	58158	0 %	20 %	20 %	60 %	457866909
69	NC_020293	GGGCG	2	10	58761	58770	0 %	0 %	80 %	20 %	457866910
70	NC_020293	CTGCG	2	10	58805	58814	0 %	20 %	40 %	40 %	457866910
71	NC_020293	CGGCC	2	10	59101	59110	0 %	0 %	40 %	60 %	457866910
72	NC_020293	CCGGG	2	10	60902	60911	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
73	NC_020293	AGGGG	2	10	62155	62164	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
74	NC_020293	GGTCG	2	10	63306	63315	0 %	20 %	60 %	20 %	457866915
75	NC_020293	CAGGG	2	10	64605	64614	20 %	0 %	60 %	20 %	457866917
76	NC_020293	TCGTG	2	10	65250	65259	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
77	NC_020293	CGCTG	2	10	69066	69075	0 %	20 %	40 %	40 %	457866922
78	NC_020293	GCGCG	2	10	70008	70017	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
79	NC_020293	CCGGG	2	10	72770	72779	0 %	0 %	60 %	40 %	457866926

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.