MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Clostridium saccharoperbutylacetonicum N1-4(HMT) plasmid Csp_135p

Total Repeats: 82

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020292	GTTACA	2	12	1003	1014	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	451822616
2	NC_020292	TACCAA	2	12	5169	5180	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	451822619
3	NC_020292	TTCAAG	2	12	5412	5423	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	451822619
4	NC_020292	CAAAAT	2	12	8110	8121	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	451822621
5	NC_020292	AAAAGA	2	12	9454	9465	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	451822622
6	NC_020292	AATAGT	2	12	9926	9937	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	451822622
7	NC_020292	TGTATC	2	12	15466	15477	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	451822627
8	NC_020292	TGGTAT	2	12	18508	18519	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	451822630
9	NC_020292	TCCAGA	3	18	23636	23653	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	451822631
10	NC_020292	AAAGAT	2	12	25951	25962	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	451822633
11	NC_020292	AGTGAA	2	12	26795	26806	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	451822634
12	NC_020292	AGAAAT	2	12	28457	28468	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	451822635
13	NC_020292	CAGTAG	2	12	32821	32832	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	451822638
14	NC_020292	AAATGC	2	12	33197	33208	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	451822638
15	NC_020292	TTCTAA	2	12	35522	35533	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	451822639
16	NC_020292	TAACTT	2	12	35665	35676	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	451822639
17	NC_020292	AGATAA	2	12	36897	36908	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	451822640
18	NC_020292	ATATAA	2	12	40895	40906	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	451822645
19	NC_020292	TAGAAA	2	12	43534	43545	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	451822646
20	NC_020292	AATTAA	2	12	45022	45033	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	451822646
21	NC_020292	AGAATT	2	12	48180	48191	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	451822647
22	NC_020292	TTCAAG	2	12	49206	49217	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	451822647
23	NC_020292	TATAAT	2	12	52011	52022	50 %	50 %	0 %	0 %	451822647
24	NC_020292	GTAGAT	2	12	53656	53667	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	451822650
25	NC_020292	TACAGA	2	12	53970	53981	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	451822650
26	NC_020292	TTGAAG	2	12	56686	56697	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	451822653
27	NC_020292	ACTTGG	2	12	60950	60961	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	451822654
28	NC_020292	AGTTAT	2	12	63619	63630	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	451822654
29	NC_020292	ATTAAA	2	12	63849	63860	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	451822654
30	NC_020292	TTTTAA	2	12	64160	64171	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	451822655
31	NC_020292	TGATTT	2	12	64379	64390	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	451822655
32	NC_020292	TTAAGG	2	12	66060	66071	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	451822657
33	NC_020292	TAGAGA	2	12	66439	66450	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	451822657
34	NC_020292	ATAAAA	2	12	67921	67932	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	451822659
35	NC_020292	TGGAGG	2	12	68608	68619	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	451822660
36	NC_020292	CCAAAT	2	12	68732	68743	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	451822660
37	NC_020292	GCAAAT	2	12	71771	71782	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	451822662
38	NC_020292	GTAAAT	2	12	74183	74194	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	451822664
39	NC_020292	TGGAGG	2	12	75720	75731	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	451822667
40	NC_020292	ATTAAA	2	12	76357	76368	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	451822667
41	NC_020292	TAAAAT	2	12	78114	78125	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	451822669
42	NC_020292	TGGAGG	2	12	78441	78452	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	451822669
43	NC_020292	ATGCTT	2	12	79734	79745	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	451822670
44	NC_020292	TGGAGG	2	12	79858	79869	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	451822670
45	NC_020292	GATGTG	2	12	82486	82497	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	451822672
46	NC_020292	ATAAAA	2	12	83016	83027	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	451822672
47	NC_020292	TATAAA	2	12	84133	84144	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	451822673
48	NC_020292	ATGGTT	2	12	86103	86114	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	451822675
49	NC_020292	TAAAAG	2	12	86763	86774	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	451822675
50	NC_020292	TGGGGT	2	12	89901	89912	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	451822677
51	NC_020292	AATAAA	2	12	89988	89999	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	451822677
52	NC_020292	CAATAG	2	12	90266	90277	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	451822677
53	NC_020292	TTAAAA	2	12	90817	90828	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	451822678
54	NC_020292	AAGTGG	2	12	90992	91003	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	451822678
55	NC_020292	TATATG	2	12	93219	93230	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	451822679
56	NC_020292	CAGCTG	2	12	94887	94898	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	451822682
57	NC_020292	CTGAAT	2	12	94926	94937	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	451822682
58	NC_020292	TTATAC	2	12	95343	95354	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	451822683
59	NC_020292	TGAAAA	2	12	96309	96320	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	451822684
60	NC_020292	TTTGAA	2	12	99150	99161	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	451822685
61	NC_020292	TACAAT	2	12	100185	100196	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	451822685
62	NC_020292	TATGAA	2	12	101076	101087	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	451822686
63	NC_020292	GATAAT	2	12	101131	101142	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	451822686
64	NC_020292	AACCTA	2	12	102280	102291	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	451822686
65	NC_020292	AAATAA	2	12	104299	104310	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	451822688
66	NC_020292	TTTGAA	2	12	104424	104435	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	451822688
67	NC_020292	AATACA	2	12	105193	105204	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	451822689
68	NC_020292	AGAATT	2	12	108584	108595	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	451822694
69	NC_020292	ATTAAA	2	12	110425	110436	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	451822696
70	NC_020292	AATACC	2	12	119512	119523	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	451822702
71	NC_020292	TTTTCT	2	12	119645	119656	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	451822702
72	NC_020292	TAGTTG	2	12	120785	120796	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	451822704
73	NC_020292	CAGTAG	2	12	121229	121240	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	451822704
74	NC_020292	TTACAG	2	12	121634	121645	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	451822704
75	NC_020292	TTTTAC	2	12	122949	122960	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	451822704
76	NC_020292	TCCAAC	2	12	127219	127230	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	451822708
77	NC_020292	CAAGTT	2	12	127350	127361	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	451822708
78	NC_020292	ATTCTC	2	12	130080	130091	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	451822710
79	NC_020292	ATTTTT	2	12	130597	130608	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	451822711
80	NC_020292	ATTTTT	2	12	130690	130701	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	451822712
81	NC_020292	AACATA	2	12	131787	131798	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	451822714
82	NC_020292	CATTTT	2	12	134171	134182	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	451822717

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.