MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Clostridium saccharoperbutylacetonicum N1-4(HMT) plasmid Csp_135p

Total Repeats: 409

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020292	TAAT	2	8	11	18	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_020292	ATTA	2	8	202	209	50 %	50 %	0 %	0 %	451822615
3	NC_020292	TTAT	2	8	344	351	25 %	75 %	0 %	0 %	451822615
4	NC_020292	AAGA	2	8	856	863	75 %	0 %	25 %	0 %	451822615
5	NC_020292	AATT	2	8	1190	1197	50 %	50 %	0 %	0 %	451822616
6	NC_020292	TCTA	2	8	1273	1280	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
7	NC_020292	ATTT	2	8	1323	1330	25 %	75 %	0 %	0 %	451822617
8	NC_020292	CATT	2	8	1521	1528	25 %	50 %	0 %	25 %	451822617
9	NC_020292	ATTT	2	8	1721	1728	25 %	75 %	0 %	0 %	451822617
10	NC_020292	CTTA	2	8	1818	1825	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
11	NC_020292	TCTA	2	8	2197	2204	25 %	50 %	0 %	25 %	451822618
12	NC_020292	TTTA	2	8	2239	2246	25 %	75 %	0 %	0 %	451822618
13	NC_020292	AAGA	2	8	2461	2468	75 %	0 %	25 %	0 %	451822618
14	NC_020292	CTTC	2	8	2483	2490	0 %	50 %	0 %	50 %	451822618
15	NC_020292	TCTA	2	8	2827	2834	25 %	50 %	0 %	25 %	451822618
16	NC_020292	TCAT	2	8	3455	3462	25 %	50 %	0 %	25 %	451822618
17	NC_020292	ATTT	2	8	3793	3800	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_020292	ATTT	2	8	3963	3970	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_020292	CATT	2	8	4219	4226	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
20	NC_020292	ACAA	2	8	4453	4460	75 %	0 %	0 %	25 %	451822619
21	NC_020292	ATTC	2	8	4750	4757	25 %	50 %	0 %	25 %	451822619
22	NC_020292	CAAC	2	8	5122	5129	50 %	0 %	0 %	50 %	451822619
23	NC_020292	TATT	2	8	5888	5895	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_020292	TTAT	2	8	6038	6045	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_020292	TGAA	2	8	6145	6152	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
26	NC_020292	ATTT	2	8	6216	6223	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_020292	TAAA	2	8	6531	6538	75 %	25 %	0 %	0 %	451822620
28	NC_020292	CTTA	2	8	6731	6738	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
29	NC_020292	CTTT	2	8	6783	6790	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
30	NC_020292	CTTT	2	8	6913	6920	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
31	NC_020292	ATTA	2	8	7123	7130	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_020292	TATT	2	8	7172	7179	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_020292	TTAA	2	8	7809	7816	50 %	50 %	0 %	0 %	451822621
34	NC_020292	AGAA	2	8	8216	8223	75 %	0 %	25 %	0 %	451822621
35	NC_020292	AGAA	2	8	8429	8436	75 %	0 %	25 %	0 %	451822621
36	NC_020292	AATA	2	8	8454	8461	75 %	25 %	0 %	0 %	451822621
37	NC_020292	CTGC	2	8	8505	8512	0 %	25 %	25 %	50 %	451822621
38	NC_020292	CATA	2	8	8561	8568	50 %	25 %	0 %	25 %	451822621
39	NC_020292	ATTA	2	8	8790	8797	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_020292	ATTA	2	8	8889	8896	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_020292	GTAA	2	8	9037	9044	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
42	NC_020292	TAAT	3	12	9063	9074	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_020292	AAAT	2	8	9249	9256	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_020292	ATTT	2	8	9306	9313	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_020292	AATG	2	8	9328	9335	50 %	25 %	25 %	0 %	451822622
46	NC_020292	CAAA	2	8	9353	9360	75 %	0 %	0 %	25 %	451822622
47	NC_020292	AAGC	2	8	9917	9924	50 %	0 %	25 %	25 %	451822622
48	NC_020292	ATTT	2	8	9966	9973	25 %	75 %	0 %	0 %	451822622
49	NC_020292	AAAT	2	8	10221	10228	75 %	25 %	0 %	0 %	451822622
50	NC_020292	ATTA	2	8	11197	11204	50 %	50 %	0 %	0 %	451822622
51	NC_020292	TAAT	2	8	12124	12131	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_020292	TAAT	2	8	12524	12531	50 %	50 %	0 %	0 %	451822623
53	NC_020292	TAAA	2	8	12632	12639	75 %	25 %	0 %	0 %	451822623
54	NC_020292	TAAT	2	8	12866	12873	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_020292	CTGC	2	8	12919	12926	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
56	NC_020292	GAAA	2	8	13257	13264	75 %	0 %	25 %	0 %	451822624
57	NC_020292	GTAA	2	8	14195	14202	50 %	25 %	25 %	0 %	451822626
58	NC_020292	AAAG	2	8	14503	14510	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
59	NC_020292	AATA	2	8	14777	14784	75 %	25 %	0 %	0 %	451822627
60	NC_020292	AAAT	2	8	14820	14827	75 %	25 %	0 %	0 %	451822627
61	NC_020292	ATAA	2	8	14915	14922	75 %	25 %	0 %	0 %	451822627
62	NC_020292	ATTT	2	8	16281	16288	25 %	75 %	0 %	0 %	451822629
63	NC_020292	ATTT	2	8	17052	17059	25 %	75 %	0 %	0 %	451822630
64	NC_020292	ATAG	2	8	17411	17418	50 %	25 %	25 %	0 %	451822630
65	NC_020292	GGCA	2	8	17953	17960	25 %	0 %	50 %	25 %	451822630
66	NC_020292	TATG	2	8	18178	18185	25 %	50 %	25 %	0 %	451822630
67	NC_020292	TTCT	2	8	18342	18349	0 %	75 %	0 %	25 %	451822630
68	NC_020292	CCTA	2	8	18937	18944	25 %	25 %	0 %	50 %	451822630
69	NC_020292	AAAG	2	8	19082	19089	75 %	0 %	25 %	0 %	451822630
70	NC_020292	CATT	2	8	19431	19438	25 %	50 %	0 %	25 %	451822630
71	NC_020292	AAAT	2	8	19717	19724	75 %	25 %	0 %	0 %	451822630
72	NC_020292	AGAT	2	8	19943	19950	50 %	25 %	25 %	0 %	451822631
73	NC_020292	AAGA	2	8	20079	20086	75 %	0 %	25 %	0 %	451822631
74	NC_020292	GAAA	2	8	20145	20152	75 %	0 %	25 %	0 %	451822631
75	NC_020292	AAAT	2	8	20381	20388	75 %	25 %	0 %	0 %	451822631
76	NC_020292	TAAA	2	8	20440	20447	75 %	25 %	0 %	0 %	451822631
77	NC_020292	GATG	2	8	20495	20502	25 %	25 %	50 %	0 %	451822631
78	NC_020292	GAAT	2	8	20710	20717	50 %	25 %	25 %	0 %	451822631
79	NC_020292	ATTA	2	8	20922	20929	50 %	50 %	0 %	0 %	451822631
80	NC_020292	AATA	2	8	21027	21034	75 %	25 %	0 %	0 %	451822631
81	NC_020292	TATT	3	12	21083	21094	25 %	75 %	0 %	0 %	451822631
82	NC_020292	TTTA	2	8	21137	21144	25 %	75 %	0 %	0 %	451822631
83	NC_020292	TAAT	2	8	21289	21296	50 %	50 %	0 %	0 %	451822631
84	NC_020292	GAAA	2	8	21342	21349	75 %	0 %	25 %	0 %	451822631
85	NC_020292	ATAA	2	8	21705	21712	75 %	25 %	0 %	0 %	451822631
86	NC_020292	GGAT	2	8	21905	21912	25 %	25 %	50 %	0 %	451822631
87	NC_020292	ATGA	2	8	21924	21931	50 %	25 %	25 %	0 %	451822631
88	NC_020292	ATGA	2	8	21972	21979	50 %	25 %	25 %	0 %	451822631
89	NC_020292	GGAT	2	8	22001	22008	25 %	25 %	50 %	0 %	451822631
90	NC_020292	ATTT	2	8	22064	22071	25 %	75 %	0 %	0 %	451822631
91	NC_020292	AAAT	2	8	22079	22086	75 %	25 %	0 %	0 %	451822631
92	NC_020292	TAAA	2	8	22138	22145	75 %	25 %	0 %	0 %	451822631
93	NC_020292	ATTT	2	8	22158	22165	25 %	75 %	0 %	0 %	451822631
94	NC_020292	TATT	2	8	22462	22469	25 %	75 %	0 %	0 %	451822631
95	NC_020292	AATT	2	8	22505	22512	50 %	50 %	0 %	0 %	451822631
96	NC_020292	ATAA	2	8	22578	22585	75 %	25 %	0 %	0 %	451822631
97	NC_020292	TAAA	2	8	22912	22919	75 %	25 %	0 %	0 %	451822631
98	NC_020292	ATGC	2	8	24050	24057	25 %	25 %	25 %	25 %	451822631
99	NC_020292	GAAA	2	8	24731	24738	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
100	NC_020292	AATC	2	8	26381	26388	50 %	25 %	0 %	25 %	451822634
101	NC_020292	ACCA	2	8	26665	26672	50 %	0 %	0 %	50 %	451822634
102	NC_020292	TTAA	2	8	26768	26775	50 %	50 %	0 %	0 %	451822634
103	NC_020292	ATAA	2	8	27191	27198	75 %	25 %	0 %	0 %	451822634
104	NC_020292	AGAA	2	8	27518	27525	75 %	0 %	25 %	0 %	451822635
105	NC_020292	TAAA	2	8	27705	27712	75 %	25 %	0 %	0 %	451822635
106	NC_020292	GTTT	2	8	27952	27959	0 %	75 %	25 %	0 %	451822635
107	NC_020292	ATTA	2	8	28519	28526	50 %	50 %	0 %	0 %	451822635
108	NC_020292	TATT	2	8	28849	28856	25 %	75 %	0 %	0 %	451822635
109	NC_020292	AAAG	2	8	28987	28994	75 %	0 %	25 %	0 %	451822635
110	NC_020292	AAAT	2	8	29862	29869	75 %	25 %	0 %	0 %	451822635
111	NC_020292	CAAA	2	8	30032	30039	75 %	0 %	0 %	25 %	451822635
112	NC_020292	AAAG	2	8	30512	30519	75 %	0 %	25 %	0 %	451822636
113	NC_020292	AAAT	2	8	30828	30835	75 %	25 %	0 %	0 %	451822636
114	NC_020292	TGAA	2	8	30921	30928	50 %	25 %	25 %	0 %	451822636
115	NC_020292	ATTA	2	8	31700	31707	50 %	50 %	0 %	0 %	451822636
116	NC_020292	TGAT	2	8	31921	31928	25 %	50 %	25 %	0 %	451822636
117	NC_020292	AAAC	2	8	32004	32011	75 %	0 %	0 %	25 %	451822637
118	NC_020292	TAAT	2	8	32014	32021	50 %	50 %	0 %	0 %	451822637
119	NC_020292	CAGA	2	8	32247	32254	50 %	0 %	25 %	25 %	451822637
120	NC_020292	ACAG	2	8	32308	32315	50 %	0 %	25 %	25 %	451822637
121	NC_020292	ATTT	2	8	32445	32452	25 %	75 %	0 %	0 %	451822637
122	NC_020292	AGAA	2	8	32534	32541	75 %	0 %	25 %	0 %	451822637
123	NC_020292	ACAG	2	8	32769	32776	50 %	0 %	25 %	25 %	451822638
124	NC_020292	AAGC	2	8	32916	32923	50 %	0 %	25 %	25 %	451822638
125	NC_020292	TCAA	2	8	33725	33732	50 %	25 %	0 %	25 %	451822638
126	NC_020292	CAAA	2	8	33839	33846	75 %	0 %	0 %	25 %	451822638
127	NC_020292	ATTT	2	8	34079	34086	25 %	75 %	0 %	0 %	451822638
128	NC_020292	AAGA	2	8	34958	34965	75 %	0 %	25 %	0 %	451822638
129	NC_020292	TTCT	2	8	35939	35946	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
130	NC_020292	CTTT	2	8	36323	36330	0 %	75 %	0 %	25 %	451822640
131	NC_020292	TTGG	2	8	36544	36551	0 %	50 %	50 %	0 %	451822640
132	NC_020292	GATT	2	8	36669	36676	25 %	50 %	25 %	0 %	451822640
133	NC_020292	AAAG	2	8	36790	36797	75 %	0 %	25 %	0 %	451822640
134	NC_020292	TGCA	2	8	37197	37204	25 %	25 %	25 %	25 %	451822640
135	NC_020292	TTAT	2	8	37251	37258	25 %	75 %	0 %	0 %	451822640
136	NC_020292	TAAT	2	8	38360	38367	50 %	50 %	0 %	0 %	451822642
137	NC_020292	AACC	2	8	38399	38406	50 %	0 %	0 %	50 %	451822642
138	NC_020292	TAGA	2	8	38504	38511	50 %	25 %	25 %	0 %	451822642
139	NC_020292	TTTA	2	8	38935	38942	25 %	75 %	0 %	0 %	451822642
140	NC_020292	AATG	2	8	39192	39199	50 %	25 %	25 %	0 %	451822642
141	NC_020292	TTCT	2	8	39910	39917	0 %	75 %	0 %	25 %	451822644
142	NC_020292	GATT	2	8	39985	39992	25 %	50 %	25 %	0 %	451822644
143	NC_020292	AAAT	2	8	40643	40650	75 %	25 %	0 %	0 %	451822645
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145	NC_020292	TAAA	2	8	41536	41543	75 %	25 %	0 %	0 %	451822646
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.