MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydophila psittaci Mat116

Total Repeats: 66

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020248	ATTTAA	2	12	33594	33605	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_020248	TTTTTA	2	12	39394	39405	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_020248	TTGTTC	2	12	61407	61418	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_020248	TTATGG	2	12	62229	62240	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5	NC_020248	ATTTGG	2	12	62613	62624	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
6	NC_020248	AAAGAA	2	12	63210	63221	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
7	NC_020248	ATTATA	2	12	77737	77748	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_020248	TTTCTT	2	12	122994	123005	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_020248	TTCCGT	2	12	147987	147998	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_020248	TAAAGA	2	12	173097	173108	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
11	NC_020248	TTTTTA	2	12	210445	210456	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_020248	TAAAGA	2	12	226797	226808	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
13	NC_020248	TTGAAT	2	12	243974	243985	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
14	NC_020248	GACTTT	2	12	257994	258005	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
15	NC_020248	ATATAA	2	12	261723	261734	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_020248	TTTTTA	2	12	261751	261762	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_020248	GGGAAA	2	12	267684	267695	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
18	NC_020248	TAAGAA	2	12	277599	277610	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
19	NC_020248	TAAAAT	2	12	291783	291794	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_020248	TCCAGA	2	12	312056	312067	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_020248	GCAATC	2	12	312699	312710	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_020248	AGAACC	2	12	320825	320836	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_020248	TGAAAA	2	12	331800	331811	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
24	NC_020248	ATTTTT	2	12	366191	366202	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_020248	AAAATC	2	12	391204	391215	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
26	NC_020248	AATATC	2	12	417532	417543	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
27	NC_020248	GACTGT	2	12	419610	419621	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_020248	GTTGGA	2	12	420401	420412	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
29	NC_020248	AGATGC	2	12	434651	434662	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_020248	ATGCTA	2	12	460706	460717	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
31	NC_020248	AAAAAT	2	12	465155	465166	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_020248	TATAAT	2	12	484605	484616	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_020248	TTAATT	2	12	502301	502312	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_020248	TATTTT	2	12	650867	650878	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_020248	CTTTTG	2	12	650924	650935	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
36	NC_020248	AAATAC	2	12	656475	656486	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_020248	CAATCT	2	12	657060	657071	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_020248	TCATTC	2	12	659309	659320	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_020248	AAGGGA	2	12	698150	698161	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
40	NC_020248	ATTAAT	2	12	700838	700849	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_020248	ATTTTA	2	12	744409	744420	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_020248	TAACCT	2	12	785791	785802	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_020248	TGAAAG	2	12	795836	795847	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
44	NC_020248	CTATGT	2	12	806073	806084	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_020248	CAAAAC	2	12	832058	832069	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_020248	TTTATT	2	12	852791	852802	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_020248	TATCAG	2	12	928344	928355	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
48	NC_020248	ATTTTA	2	12	943199	943210	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_020248	ATCTAT	2	12	958483	958494	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
50	NC_020248	ATAAAA	2	12	974931	974942	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_020248	TGAGAA	2	12	987775	987786	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
52	NC_020248	TTTTCT	2	12	1005883	1005894	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
53	NC_020248	AAATAA	2	12	1010448	1010459	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_020248	TCGCTT	2	12	1013266	1013277	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_020248	TTATCC	2	12	1014169	1014180	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_020248	AAATTT	2	12	1016321	1016332	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_020248	CTTTGT	2	12	1027766	1027777	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_020248	AAAAAT	2	12	1048035	1048046	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_020248	TTTTAA	2	12	1050964	1050975	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_020248	TAATTT	2	12	1094662	1094673	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_020248	AAAATA	2	12	1133160	1133171	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_020248	TATCGA	2	12	1138037	1138048	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
63	NC_020248	GAGAAG	2	12	1138162	1138173	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
64	NC_020248	TACAGA	2	12	1145834	1145845	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
65	NC_020248	GTTAAA	2	12	1158759	1158770	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
66	NC_020248	CCTTCG	2	12	1161548	1161559	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.