MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydophila psittaci Mat116

Total Repeats: 169

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020248	TGTTT	2	10	6762	6771	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
2	NC_020248	ATAAA	2	10	34282	34291	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_020248	TTTTG	2	10	52483	52492	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
4	NC_020248	TTAAT	2	10	57951	57960	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_020248	TAGTT	2	10	62802	62811	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
6	NC_020248	GAATG	2	10	62818	62827	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
7	NC_020248	GACGC	2	10	63158	63167	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
8	NC_020248	CACTT	2	10	71111	71120	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
9	NC_020248	AATTT	2	10	77723	77732	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_020248	AGTTC	2	10	79156	79165	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
11	NC_020248	CGTAT	2	10	81525	81534	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
12	NC_020248	AGAAA	2	10	87330	87339	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
13	NC_020248	AAGTT	2	10	87450	87459	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
14	NC_020248	AATTA	2	10	93939	93948	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_020248	ATTTG	2	10	98930	98939	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
16	NC_020248	AAAAT	2	10	99648	99657	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_020248	CTTTT	2	10	108326	108335	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
18	NC_020248	CTTTT	2	10	122836	122845	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
19	NC_020248	TTCTT	2	10	131319	131328	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
20	NC_020248	TTTTA	2	10	148151	148160	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_020248	TAAAT	2	10	164474	164483	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_020248	TTTTC	2	10	169215	169224	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
23	NC_020248	CTGTT	2	10	169694	169703	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
24	NC_020248	AATGA	2	10	169729	169738	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
25	NC_020248	CAAAA	2	10	173536	173545	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
26	NC_020248	CGCAT	2	10	173906	173915	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
27	NC_020248	AATGT	2	10	187344	187353	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
28	NC_020248	TTTTA	2	10	193884	193893	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_020248	CCCTA	2	10	195246	195255	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
30	NC_020248	GTTTT	2	10	198597	198606	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
31	NC_020248	ATTAA	2	10	201019	201028	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_020248	ATAAA	2	10	225859	225868	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_020248	TAAAA	2	10	240077	240086	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_020248	TTTAA	2	10	255838	255847	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_020248	AAGAT	2	10	255912	255921	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
36	NC_020248	GAAGA	2	10	267600	267609	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
37	NC_020248	TAAAA	2	10	274609	274618	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_020248	TATTT	2	10	289854	289863	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_020248	TTGTG	2	10	297639	297648	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
40	NC_020248	AGAAC	2	10	298314	298323	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
41	NC_020248	TTTCG	2	10	298894	298903	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
42	NC_020248	AAAGG	2	10	301544	301553	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
43	NC_020248	ATAGG	2	10	307779	307788	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
44	NC_020248	AAAGA	2	10	307799	307808	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
45	NC_020248	AAGTT	2	10	307929	307938	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
46	NC_020248	TATTT	2	10	311288	311297	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_020248	AATAT	2	10	313553	313562	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_020248	TAAGA	2	10	319076	319085	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
49	NC_020248	AAGAC	2	10	321425	321434	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
50	NC_020248	TGAAA	2	10	327500	327509	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
51	NC_020248	ATTAT	2	10	337005	337014	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_020248	CTTTT	2	10	337887	337896	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
53	NC_020248	TTTCT	2	10	342322	342331	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
54	NC_020248	AATAA	2	10	345687	345696	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_020248	TGAAA	2	10	346917	346926	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
56	NC_020248	GTATT	2	10	358054	358063	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
57	NC_020248	GAATA	2	10	366131	366140	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
58	NC_020248	CACTA	2	10	384790	384799	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
59	NC_020248	GTTTC	2	10	385890	385899	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
60	NC_020248	ATTTA	2	10	388678	388687	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_020248	TTTAA	2	10	392033	392042	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_020248	TTACT	2	10	417363	417372	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
63	NC_020248	CAGCT	2	10	434249	434258	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
64	NC_020248	TAGGT	2	10	434675	434684	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
65	NC_020248	ATTTT	2	10	441316	441325	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_020248	GCTTC	2	10	450227	450236	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
67	NC_020248	ATAGA	2	10	458226	458235	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
68	NC_020248	TAAAA	2	10	460607	460616	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_020248	ATGTA	2	10	465092	465101	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
70	NC_020248	TAAAT	2	10	471738	471747	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_020248	AACTT	2	10	471751	471760	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
72	NC_020248	TGAGA	2	10	471860	471869	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
73	NC_020248	TTAAA	2	10	473106	473115	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_020248	AAATA	2	10	478415	478424	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_020248	TTAAA	2	10	479574	479583	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_020248	TTTAC	2	10	488397	488406	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
77	NC_020248	AAAAT	2	10	488454	488463	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_020248	TAGGG	2	10	499371	499380	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
79	NC_020248	AGGAT	2	10	502729	502738	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
80	NC_020248	TTTTA	2	10	502978	502987	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_020248	GCATT	2	10	536730	536739	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
82	NC_020248	ATCTT	2	10	537018	537027	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
83	NC_020248	TAAAA	2	10	543649	543658	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_020248	TTTCT	2	10	554236	554245	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
85	NC_020248	AAATA	3	15	554249	554263	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_020248	TTATT	2	10	565539	565548	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_020248	ATTAA	2	10	565577	565586	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_020248	ATATA	2	10	580000	580009	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_020248	ACAAA	2	10	581258	581267	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
90	NC_020248	CAATA	2	10	586855	586864	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
91	NC_020248	CTTAT	2	10	586899	586908	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
92	NC_020248	AATTA	2	10	587722	587731	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_020248	ATTTT	2	10	591625	591634	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_020248	ATTTA	2	10	591940	591949	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_020248	ATTTT	2	10	595812	595821	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_020248	TATCC	2	10	617304	617313	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
97	NC_020248	AGGGG	2	10	625128	625137	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
98	NC_020248	ATCAA	2	10	648808	648817	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
99	NC_020248	TTTTA	2	10	651798	651807	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_020248	GTATT	2	10	652546	652555	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
101	NC_020248	ATTCT	2	10	655621	655630	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
102	NC_020248	AAGAG	2	10	658008	658017	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
103	NC_020248	TCTTA	2	10	659156	659165	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
104	NC_020248	AAATA	2	10	659187	659196	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_020248	CTAAG	2	10	662160	662169	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
106	NC_020248	TTAAT	2	10	664043	664052	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_020248	CACAA	2	10	668583	668592	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
108	NC_020248	TAAAA	2	10	670435	670444	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_020248	TAAAA	2	10	686745	686754	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_020248	AAGCA	2	10	699693	699702	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
111	NC_020248	GTCTT	2	10	703133	703142	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
112	NC_020248	GAGTT	2	10	704731	704740	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
113	NC_020248	CAGAG	2	10	718354	718363	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
114	NC_020248	GGCCT	2	10	750273	750282	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
115	NC_020248	AATCA	2	10	752255	752264	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
116	NC_020248	GAAAA	2	10	793897	793906	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
117	NC_020248	AGCTA	2	10	797036	797045	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
118	NC_020248	TTTAC	2	10	798959	798968	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
119	NC_020248	TAGTT	2	10	798977	798986	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
120	NC_020248	CCCTC	2	10	799164	799173	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
121	NC_020248	AAGAA	2	10	801654	801663	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
122	NC_020248	GTTTT	2	10	810903	810912	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
123	NC_020248	GGGCA	2	10	824232	824241	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
124	NC_020248	TCTTT	2	10	826680	826689	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
125	NC_020248	ATTTT	2	10	836640	836649	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_020248	AGAAC	2	10	847117	847126	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
127	NC_020248	TTTTG	2	10	850346	850355	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
128	NC_020248	CAGAT	2	10	852023	852032	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
129	NC_020248	TAAAA	2	10	856550	856559	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_020248	AAAAG	2	10	858264	858273	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
131	NC_020248	TCAAA	2	10	859831	859840	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
132	NC_020248	TAAAA	2	10	865267	865276	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_020248	AAAAG	2	10	873218	873227	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
134	NC_020248	TTTTC	2	10	876355	876364	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
135	NC_020248	AAGTT	2	10	886119	886128	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
136	NC_020248	TCTAT	2	10	912564	912573	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
137	NC_020248	TTTCT	2	10	914645	914654	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
138	NC_020248	CAAAA	2	10	917440	917449	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
139	NC_020248	TTAAA	2	10	925588	925597	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_020248	TACAC	2	10	930310	930319	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
141	NC_020248	ACATC	2	10	930667	930676	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
142	NC_020248	TTCTT	2	10	938809	938818	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
143	NC_020248	AGCGT	2	10	943314	943323	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
144	NC_020248	ACTAG	2	10	946394	946403	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
145	NC_020248	TTTTG	2	10	952769	952778	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
146	NC_020248	GAAAA	2	10	957711	957720	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
147	NC_020248	CCCTT	2	10	964159	964168	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
148	NC_020248	AATTT	2	10	976165	976174	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_020248	TCTTT	2	10	987628	987637	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
150	NC_020248	TATTG	2	10	987823	987832	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
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165	NC_020248	TTAAT	2	10	1064574	1064583	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
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169	NC_020248	AAAAG	2	10	1145912	1145921	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.