MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydophila psittaci Mat116

Total Repeats: 492

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020248	AATC	2	8	5416	5423	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
2	NC_020248	TAAT	2	8	6733	6740	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_020248	GAAT	2	8	6853	6860	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
4	NC_020248	TAAA	2	8	17026	17033	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_020248	TTTC	2	8	17683	17690	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
6	NC_020248	ACTT	2	8	23761	23768	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
7	NC_020248	TTAA	2	8	26594	26601	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_020248	TATT	2	8	26651	26658	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_020248	ATTA	2	8	26663	26670	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_020248	GAAT	2	8	29622	29629	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
11	NC_020248	AGAA	2	8	29787	29794	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
12	NC_020248	TTTC	2	8	31645	31652	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
13	NC_020248	TCTA	2	8	32049	32056	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
14	NC_020248	AATT	2	8	32370	32377	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_020248	TTAA	2	8	32410	32417	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_020248	TTTA	2	8	33112	33119	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_020248	AAGG	2	8	33383	33390	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
18	NC_020248	TTAA	2	8	33512	33519	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_020248	AGAT	2	8	33555	33562	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
20	NC_020248	TCAA	2	8	37780	37787	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
21	NC_020248	AAAG	2	8	52606	52613	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
22	NC_020248	TTTA	2	8	52616	52623	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_020248	GAAG	2	8	52720	52727	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
24	NC_020248	AGAA	2	8	54476	54483	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
25	NC_020248	AAAG	2	8	54773	54780	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
26	NC_020248	GTTT	2	8	59879	59886	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
27	NC_020248	TATG	2	8	59894	59901	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
28	NC_020248	GTTG	2	8	61148	61155	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
29	NC_020248	TCTG	2	8	61996	62003	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
30	NC_020248	GCTT	2	8	62642	62649	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
31	NC_020248	TCTA	2	8	63230	63237	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
32	NC_020248	CTTT	2	8	64554	64561	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
33	NC_020248	ATCT	2	8	69446	69453	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
34	NC_020248	GATA	2	8	70198	70205	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
35	NC_020248	TAAT	2	8	77641	77648	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_020248	TATT	2	8	77658	77665	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_020248	TTAA	2	8	77667	77674	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_020248	TAAA	2	8	77698	77705	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_020248	ATTA	2	8	77715	77722	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_020248	AAAG	2	8	78223	78230	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
41	NC_020248	ACAG	2	8	78706	78713	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
42	NC_020248	TAAG	2	8	79282	79289	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
43	NC_020248	TAAA	2	8	80478	80485	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_020248	GAAA	2	8	80934	80941	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
45	NC_020248	TAAA	2	8	81007	81014	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_020248	AGAA	2	8	81281	81288	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
47	NC_020248	GAAG	2	8	81479	81486	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
48	NC_020248	AAAG	2	8	83457	83464	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
49	NC_020248	CAAG	2	8	84814	84821	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
50	NC_020248	TTTA	2	8	87370	87377	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_020248	ATAA	2	8	87425	87432	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_020248	ATAC	2	8	99159	99166	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
53	NC_020248	AACA	2	8	99327	99334	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
54	NC_020248	TGAT	2	8	99595	99602	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
55	NC_020248	TTAA	2	8	107076	107083	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_020248	ATTT	2	8	122714	122721	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_020248	AAAG	2	8	122889	122896	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
58	NC_020248	TAAT	2	8	123058	123065	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_020248	TTAA	2	8	128473	128480	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_020248	CTGG	2	8	128624	128631	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
61	NC_020248	TTTA	2	8	128650	128657	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_020248	TAGT	2	8	140209	140216	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
63	NC_020248	TTAT	2	8	146051	146058	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_020248	TTAT	2	8	146086	146093	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_020248	GTAA	2	8	146107	146114	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
66	NC_020248	TTTA	2	8	147384	147391	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_020248	AATA	2	8	147439	147446	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_020248	ATTT	3	12	147497	147508	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_020248	TAAG	2	8	148563	148570	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
70	NC_020248	AAAG	2	8	148593	148600	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
71	NC_020248	TCCT	2	8	154796	154803	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
72	NC_020248	AAGC	2	8	158110	158117	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
73	NC_020248	CCTT	2	8	159707	159714	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
74	NC_020248	ACTG	2	8	159811	159818	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
75	NC_020248	AAAT	2	8	164537	164544	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_020248	ACTT	2	8	164588	164595	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
77	NC_020248	TAGT	2	8	170038	170045	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
78	NC_020248	AAGA	2	8	173636	173643	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
79	NC_020248	TAAA	2	8	179320	179327	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_020248	TTTA	2	8	179380	179387	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_020248	AACT	2	8	179396	179403	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
82	NC_020248	AACA	2	8	185935	185942	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
83	NC_020248	GATT	2	8	187263	187270	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
84	NC_020248	GAAA	2	8	191678	191685	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
85	NC_020248	AGAT	2	8	191749	191756	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
86	NC_020248	GTTT	2	8	193682	193689	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
87	NC_020248	TATT	2	8	195407	195414	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_020248	TAAA	3	12	195438	195449	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_020248	GTTT	2	8	196488	196495	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
90	NC_020248	CACT	2	8	198136	198143	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
91	NC_020248	CTTT	2	8	198390	198397	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
92	NC_020248	ATTA	2	8	198407	198414	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_020248	CTTT	2	8	198564	198571	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
94	NC_020248	AATC	2	8	198572	198579	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
95	NC_020248	ATTA	2	8	198709	198716	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_020248	TAAA	2	8	204047	204054	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_020248	TTTA	2	8	205615	205622	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_020248	GATC	2	8	208319	208326	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
99	NC_020248	AATT	2	8	210327	210334	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_020248	GTTT	2	8	211834	211841	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
101	NC_020248	AAGA	2	8	222890	222897	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
102	NC_020248	TCTT	2	8	231391	231398	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
103	NC_020248	ATTA	2	8	232205	232212	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_020248	CTTG	2	8	238128	238135	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
105	NC_020248	GAAT	2	8	238180	238187	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
106	NC_020248	AATT	2	8	238319	238326	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_020248	TTTC	2	8	238419	238426	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
108	NC_020248	GATT	2	8	239102	239109	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
109	NC_020248	ACTA	2	8	239311	239318	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
110	NC_020248	AAAT	2	8	239697	239704	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_020248	GTTT	2	8	240850	240857	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
112	NC_020248	TCAT	2	8	241080	241087	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
113	NC_020248	AGGA	2	8	244010	244017	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
114	NC_020248	CTGG	2	8	251239	251246	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
115	NC_020248	TTGA	2	8	253848	253855	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
116	NC_020248	TAAA	2	8	262975	262982	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_020248	GTTC	2	8	266660	266667	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
118	NC_020248	TAAT	2	8	266763	266770	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_020248	AATT	2	8	266778	266785	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_020248	TAAT	2	8	267851	267858	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_020248	TAAA	2	8	267964	267971	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_020248	TTGT	2	8	274590	274597	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
123	NC_020248	AAAT	2	8	276638	276645	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_020248	TACT	2	8	281163	281170	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
125	NC_020248	AATT	2	8	281184	281191	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_020248	TGTA	2	8	281227	281234	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
127	NC_020248	GTTT	2	8	282134	282141	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
128	NC_020248	TCGT	2	8	283777	283784	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
129	NC_020248	TAAA	2	8	289734	289741	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_020248	ATTT	2	8	289791	289798	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_020248	TAAT	3	12	289838	289849	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_020248	TAGA	2	8	291673	291680	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
133	NC_020248	TCTA	2	8	291705	291712	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
134	NC_020248	CATA	2	8	291833	291840	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
135	NC_020248	AAGG	2	8	298082	298089	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
136	NC_020248	GATT	2	8	299098	299105	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
137	NC_020248	GTTG	2	8	299576	299583	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
138	NC_020248	AATG	2	8	299828	299835	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
139	NC_020248	CAAA	2	8	299991	299998	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
140	NC_020248	TGTT	2	8	301294	301301	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
141	NC_020248	ATTG	2	8	301381	301388	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
142	NC_020248	TTGA	2	8	301452	301459	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
143	NC_020248	GAAA	2	8	307873	307880	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
144	NC_020248	CTAC	2	8	307941	307948	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
145	NC_020248	GGGA	2	8	310600	310607	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
146	NC_020248	CTGC	2	8	310778	310785	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
147	NC_020248	CTGC	2	8	312202	312209	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
148	NC_020248	CCTT	2	8	312303	312310	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
149	NC_020248	TTGA	2	8	312367	312374	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
150	NC_020248	TAGT	2	8	313392	313399	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
151	NC_020248	ATGC	2	8	319148	319155	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
152	NC_020248	TTCG	2	8	319269	319276	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
153	NC_020248	AGGA	2	8	319286	319293	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.