MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Sulfolobus acidocaldarius Ron12/I

Total Repeats: 341

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020247	TAACT	2	10	3346	3355	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
2	NC_020247	TATTG	2	10	29514	29523	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
3	NC_020247	CATAA	2	10	29592	29601	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
4	NC_020247	ATTTT	2	10	29630	29639	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_020247	ACTTA	2	10	48342	48351	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
6	NC_020247	AAACT	2	10	49143	49152	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
7	NC_020247	TAACA	2	10	82731	82740	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
8	NC_020247	ATTTT	2	10	92817	92826	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_020247	ATATA	2	10	154717	154726	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_020247	GAAAA	2	10	185049	185058	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
11	NC_020247	ATATT	2	10	188122	188131	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_020247	AAATT	2	10	201573	201582	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_020247	GTATT	2	10	206337	206346	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
14	NC_020247	TCTCT	2	10	225020	225029	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
15	NC_020247	CTTAA	2	10	242974	242983	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
16	NC_020247	TTAGG	2	10	248057	248066	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
17	NC_020247	TAAAA	2	10	251695	251704	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_020247	TTATA	2	10	257049	257058	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_020247	ATAAA	2	10	258392	258401	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_020247	ATAAA	2	10	260581	260590	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_020247	ATTTA	2	10	271127	271136	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_020247	TTAAA	2	10	275315	275324	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_020247	TTAAA	3	15	283465	283479	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_020247	TTTAG	2	10	295093	295102	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
25	NC_020247	ATTTT	2	10	295786	295795	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_020247	TTTAG	2	10	296798	296807	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
27	NC_020247	TCAAA	2	10	299946	299955	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
28	NC_020247	TGTGA	2	10	308074	308083	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
29	NC_020247	AAATA	2	10	317610	317619	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_020247	TAAAT	2	10	325222	325231	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_020247	AAAAT	2	10	329297	329306	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_020247	AAATT	2	10	329494	329503	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_020247	TTACC	2	10	331559	331568	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
34	NC_020247	AATAT	2	10	333460	333469	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_020247	TTTTA	2	10	333870	333879	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_020247	TATAT	2	10	362897	362906	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_020247	TTTAG	2	10	371235	371244	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
38	NC_020247	TTACG	2	10	372052	372061	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
39	NC_020247	ATTTT	2	10	387435	387444	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_020247	AAAAT	2	10	410796	410805	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_020247	GTCCT	2	10	410822	410831	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
42	NC_020247	AGGAT	2	10	411194	411203	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
43	NC_020247	CCCCG	2	10	417515	417524	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
44	NC_020247	GAACG	2	10	417903	417912	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
45	NC_020247	CTGAC	2	10	419131	419140	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
46	NC_020247	CTTTC	2	10	419180	419189	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
47	NC_020247	ACTAT	2	10	419302	419311	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
48	NC_020247	TTTAC	2	10	419341	419350	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
49	NC_020247	GAAGA	2	10	420257	420266	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
50	NC_020247	GAATA	2	10	421078	421087	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
51	NC_020247	ATGAA	2	10	424447	424456	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
52	NC_020247	ATGTA	2	10	430450	430459	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
53	NC_020247	ATCAA	2	10	431575	431584	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
54	NC_020247	ACTAT	2	10	435375	435384	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
55	NC_020247	ATTTC	2	10	435432	435441	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
56	NC_020247	GACAT	2	10	435456	435465	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
57	NC_020247	AGGAA	2	10	435485	435494	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
58	NC_020247	ATTTT	2	10	440543	440552	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_020247	TATCT	2	10	442319	442328	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
60	NC_020247	TCCGT	2	10	449493	449502	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
61	NC_020247	ATTAT	2	10	500014	500023	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_020247	TATGA	2	10	524184	524193	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
63	NC_020247	TAAAT	2	10	537191	537200	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_020247	GAAAA	2	10	537649	537658	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
65	NC_020247	GACGT	2	10	537969	537978	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
66	NC_020247	CCTCC	2	10	539107	539116	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
67	NC_020247	ATTAT	2	10	542403	542412	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_020247	ACTAG	2	10	544354	544363	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
69	NC_020247	TTTAC	2	10	544987	544996	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
70	NC_020247	AGATT	2	10	554396	554405	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
71	NC_020247	TAGAT	2	10	560735	560744	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
72	NC_020247	TTATA	2	10	579364	579373	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_020247	ATTTT	2	10	579587	579596	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_020247	TGCCC	2	10	581944	581953	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
75	NC_020247	TACTC	2	10	582149	582158	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
76	NC_020247	ACTTA	2	10	582657	582666	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
77	NC_020247	ATGAA	2	10	584075	584084	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
78	NC_020247	TTTAA	2	10	594231	594240	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_020247	GTTTA	2	10	643522	643531	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
80	NC_020247	GTTAT	2	10	647106	647115	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
81	NC_020247	ACCTA	2	10	650774	650783	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
82	NC_020247	AAAGG	2	10	694778	694787	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
83	NC_020247	ATTTA	2	10	696026	696035	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_020247	AGTTT	2	10	696951	696960	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
85	NC_020247	GAAAT	2	10	698527	698536	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
86	NC_020247	CTAAA	2	10	701631	701640	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
87	NC_020247	TAAAT	2	10	706157	706166	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_020247	TATCT	2	10	716157	716166	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
89	NC_020247	CTAAT	2	10	731086	731095	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
90	NC_020247	TTTCA	2	10	731097	731106	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
91	NC_020247	GATTT	2	10	748525	748534	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
92	NC_020247	GGATA	2	10	782588	782597	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
93	NC_020247	ATATC	2	10	794895	794904	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
94	NC_020247	TAAAA	2	10	823031	823040	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_020247	TCTAA	2	10	829440	829449	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
96	NC_020247	ATTTC	2	10	855349	855358	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
97	NC_020247	TTATT	2	10	858621	858630	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_020247	GACAG	2	10	867244	867253	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
99	NC_020247	AGATT	2	10	886091	886100	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
100	NC_020247	TATCG	2	10	895783	895792	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
101	NC_020247	GTCCA	2	10	896507	896516	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
102	NC_020247	ACACT	2	10	901137	901146	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
103	NC_020247	AATTA	2	10	907441	907450	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_020247	TCTGA	2	10	907663	907672	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
105	NC_020247	TTTGT	2	10	908674	908683	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
106	NC_020247	TATAC	2	10	921751	921760	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
107	NC_020247	CTTTA	2	10	928142	928151	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
108	NC_020247	TAAGG	2	10	928276	928285	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
109	NC_020247	ATTTT	2	10	946308	946317	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_020247	ATCTT	2	10	948285	948294	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
111	NC_020247	AAATG	2	10	948359	948368	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
112	NC_020247	ATTTA	2	10	951066	951075	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_020247	ATACA	2	10	951456	951465	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
114	NC_020247	GATTT	2	10	954240	954249	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
115	NC_020247	TTTAG	2	10	954272	954281	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
116	NC_020247	TGAAC	2	10	966759	966768	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
117	NC_020247	AAACA	2	10	967707	967716	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
118	NC_020247	TTAAA	2	10	970775	970784	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_020247	ACAAA	2	10	978526	978535	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
120	NC_020247	ATTAA	2	10	984048	984057	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_020247	ACTGT	2	10	986265	986274	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
122	NC_020247	AATAG	2	10	986276	986285	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
123	NC_020247	TATTT	2	10	988660	988669	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_020247	TTTTA	2	10	994418	994427	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_020247	TTATT	2	10	999668	999677	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_020247	GTATA	2	10	999924	999933	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
127	NC_020247	AAGTA	2	10	1005045	1005054	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
128	NC_020247	CTCTT	2	10	1039361	1039370	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
129	NC_020247	AGTTT	2	10	1042131	1042140	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
130	NC_020247	GTTAA	2	10	1051510	1051519	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
131	NC_020247	AACTT	2	10	1051524	1051533	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
132	NC_020247	TCCAC	2	10	1051626	1051635	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
133	NC_020247	ATAAA	2	10	1080318	1080327	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_020247	CAAGC	2	10	1083486	1083495	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
135	NC_020247	CTTTA	2	10	1098922	1098931	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
136	NC_020247	CCCCA	2	10	1103974	1103983	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
137	NC_020247	AGGGG	2	10	1104036	1104045	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
138	NC_020247	CGAGC	2	10	1106902	1106911	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
139	NC_020247	TAGTT	2	10	1113783	1113792	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
140	NC_020247	AAAAT	2	10	1166820	1166829	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_020247	GATAA	2	10	1177137	1177146	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
142	NC_020247	ATATA	2	10	1198281	1198290	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_020247	GGTAA	2	10	1240307	1240316	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
144	NC_020247	ATTTT	2	10	1248618	1248627	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_020247	TTCTC	2	10	1248723	1248732	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
146	NC_020247	TATGT	2	10	1274006	1274015	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
147	NC_020247	CTATT	2	10	1275112	1275121	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
148	NC_020247	CTATT	2	10	1276039	1276048	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
149	NC_020247	ATTTA	2	10	1294053	1294062	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_020247	AAGAT	2	10	1300245	1300254	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
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152	NC_020247	TTTTC	2	10	1304182	1304191	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
153	NC_020247	CCATG	2	10	1305559	1305568	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
154	NC_020247	TACGT	2	10	1307356	1307365	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
155	NC_020247	TTAAA	2	10	1314542	1314551	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
156	NC_020247	TTTAG	2	10	1336532	1336541	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
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165	NC_020247	TATAT	2	10	1459184	1459193	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
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168	NC_020247	CTGTC	2	10	1480725	1480734	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
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175	NC_020247	TATAT	2	10	1512187	1512196	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
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182	NC_020247	TACTC	2	10	1560028	1560037	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
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199	NC_020247	AAATA	2	10	1641456	1641465	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
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328	NC_020247	ATAAG	2	10	2163262	2163271	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
329	NC_020247	TTAAG	2	10	2163623	2163632	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
330	NC_020247	GATAA	2	10	2164315	2164324	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
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332	NC_020247	TTAGT	2	10	2192756	2192765	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
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335	NC_020247	AAAGT	2	10	2196283	2196292	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
336	NC_020247	TTTTA	2	10	2202728	2202737	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
337	NC_020247	TCAGT	2	10	2203938	2203947	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
338	NC_020247	AAACC	2	10	2205580	2205589	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
339	NC_020247	TTTGA	2	10	2215232	2215241	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
340	NC_020247	TAATA	2	10	2216339	2216348	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
341	NC_020247	AACTT	2	10	2219026	2219035	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.