MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Lactobacillus plantarum ZJ316

Total Repeats: 112

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020229	ATTAAT	2	12	555	566	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_020229	CGTAAA	2	12	22779	22790	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_020229	TTCTCT	2	12	30640	30651	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_020229	ACAAAG	2	12	31781	31792	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_020229	AGAAAA	2	12	41190	41201	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
6	NC_020229	ATACCA	2	12	58933	58944	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_020229	TTATTT	2	12	59086	59097	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_020229	TAATCA	2	12	66489	66500	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_020229	AAAGCA	2	12	77926	77937	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
10	NC_020229	CGTTGT	2	12	113480	113491	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_020229	TCTATT	2	12	181307	181318	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_020229	TACGTC	2	12	184452	184463	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_020229	TTAAAA	2	12	224959	224970	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_020229	GCCATC	2	12	232445	232456	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
15	NC_020229	TAACGG	2	12	239781	239792	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
16	NC_020229	TTAACT	2	12	244082	244093	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_020229	CAACTA	2	12	299625	299636	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_020229	ATTTGA	2	12	378713	378724	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
19	NC_020229	GTTAAC	2	12	401792	401803	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_020229	AAAGAT	2	12	448976	448987	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
21	NC_020229	AAAAGG	2	12	628429	628440	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
22	NC_020229	TTTTAA	2	12	673714	673725	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_020229	ACTAAT	2	12	736071	736082	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_020229	TTTTTA	2	12	736514	736525	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_020229	ATTAAG	2	12	737024	737035	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
26	NC_020229	TTAAAA	2	12	775896	775907	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_020229	TCTAAT	2	12	782591	782602	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_020229	TTGAGG	2	12	832923	832934	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
29	NC_020229	AAATTA	2	12	843492	843503	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_020229	ATAATT	2	12	936403	936414	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_020229	TTCTCT	2	12	936688	936699	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_020229	TCAATT	2	12	963754	963765	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_020229	TATCAT	2	12	969622	969633	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_020229	ATGATT	2	12	974800	974811	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
35	NC_020229	TGAAAC	2	12	1013737	1013748	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
36	NC_020229	CCTAAG	2	12	1189782	1189793	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_020229	ATAATT	2	12	1235099	1235110	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_020229	AAATCA	2	12	1236028	1236039	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
39	NC_020229	TTTTTA	2	12	1243603	1243614	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_020229	ACTAAT	2	12	1362175	1362186	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_020229	GGGGGT	2	12	1454095	1454106	0 %	16.67 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
42	NC_020229	TAATTG	2	12	1474457	1474468	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
43	NC_020229	TTTGAT	2	12	1502842	1502853	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
44	NC_020229	TTTGCT	2	12	1541496	1541507	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_020229	GTTATA	2	12	1648388	1648399	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
46	NC_020229	AATTAT	2	12	1739965	1739976	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_020229	TTATGA	2	12	1788896	1788907	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
48	NC_020229	ACCGTT	2	12	1829662	1829673	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_020229	CATAAC	2	12	1838241	1838252	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_020229	AATCAT	2	12	1859745	1859756	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
51	NC_020229	TCATTA	2	12	1878572	1878583	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
52	NC_020229	TTAACG	2	12	1881604	1881615	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
53	NC_020229	TTGACG	2	12	1916500	1916511	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
54	NC_020229	CAATTT	2	12	1939580	1939591	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
55	NC_020229	CAAACT	2	12	1980848	1980859	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_020229	GCACAA	2	12	2022051	2022062	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
57	NC_020229	TGGCCT	2	12	2029485	2029496	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
58	NC_020229	TACAGA	2	12	2072661	2072672	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
59	NC_020229	TAATGC	2	12	2110944	2110955	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_020229	AATTCA	2	12	2119261	2119272	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_020229	TAAATT	2	12	2145652	2145663	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_020229	TGCCAA	2	12	2197385	2197396	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
63	NC_020229	ATTAGT	2	12	2256684	2256695	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
64	NC_020229	ACAACC	2	12	2278680	2278691	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
65	NC_020229	CCAAAA	2	12	2279918	2279929	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_020229	CTTTAA	2	12	2302259	2302270	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
67	NC_020229	TTTTAT	2	12	2357151	2357162	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_020229	TTTCAT	2	12	2382132	2382143	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
69	NC_020229	TTAAAA	2	12	2382397	2382408	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_020229	TAACCT	2	12	2383169	2383180	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_020229	AAAATA	2	12	2442919	2442930	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_020229	CAATAT	2	12	2454981	2454992	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
73	NC_020229	TATTTA	2	12	2454993	2455004	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_020229	TTACCG	2	12	2463191	2463202	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_020229	AATTCA	2	12	2473044	2473055	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
76	NC_020229	AATTTA	2	12	2475594	2475605	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_020229	GGCTAA	2	12	2511647	2511658	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_020229	AAACTG	2	12	2515546	2515557	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
79	NC_020229	CTTTGT	2	12	2525570	2525581	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
80	NC_020229	TTCATC	2	12	2563383	2563394	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
81	NC_020229	ATTTTG	2	12	2566300	2566311	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
82	NC_020229	GTTATA	2	12	2575040	2575051	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
83	NC_020229	TTAATA	2	12	2600731	2600742	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_020229	TTTTCA	2	12	2630706	2630717	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
85	NC_020229	CTTTAG	2	12	2656579	2656590	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
86	NC_020229	GAATAT	2	12	2668302	2668313	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
87	NC_020229	ATCATG	2	12	2680234	2680245	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
88	NC_020229	AATCAC	2	12	2705294	2705305	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_020229	TCTTAA	2	12	2718523	2718534	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
90	NC_020229	ATTAGT	2	12	2718997	2719008	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
91	NC_020229	CACTGA	2	12	2770157	2770168	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
92	NC_020229	TAAAAT	2	12	2797693	2797704	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_020229	ACTGAA	2	12	2801425	2801436	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
94	NC_020229	GAGCCG	2	12	2802720	2802731	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
95	NC_020229	CAACAC	2	12	2806009	2806020	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
96	NC_020229	ATGCAA	2	12	2860643	2860654	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
97	NC_020229	GTATTT	2	12	2866953	2866964	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
98	NC_020229	TACTTT	2	12	2905051	2905062	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
99	NC_020229	GACAAC	2	12	2917807	2917818	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
100	NC_020229	ATTGCA	2	12	2927312	2927323	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
101	NC_020229	TAAAAA	2	12	2984644	2984655	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_020229	TAATTA	2	12	2990060	2990071	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_020229	AACCTA	2	12	2994759	2994770	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
104	NC_020229	TTCAAT	2	12	3037294	3037305	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
105	NC_020229	ACTAAT	2	12	3061518	3061529	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
106	NC_020229	AAAGAT	2	12	3062131	3062142	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
107	NC_020229	TAGTTT	2	12	3068521	3068532	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
108	NC_020229	TTTTTA	2	12	3073749	3073760	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_020229	AGCGAC	2	12	3086246	3086257	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
110	NC_020229	ATAATC	2	12	3153477	3153488	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
111	NC_020229	TAATCG	2	12	3160385	3160396	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
112	NC_020229	ATTAGT	2	12	3178864	3178875	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.